在抵挡住黑暗核心的入侵之后，记忆组又生成了另一种细胞。这种细胞体形微小，只有正常细胞的一半。它表体灰白，核心带有一点暗金的颜色。这些是攻击细胞，如果将记忆组生成的细胞视为一支军队，那么这些攻击型细胞便是军队的前锋。
它们被打量制造出来之后，便拉出几道锋线朝入侵者攻去。这些细胞在血管中迅速地杀进入侵者的阵营，它们往往两三个细胞一起钻进核心细胞里，接着外层的胞衣融解，里层的暗金核心突然炸开。三两核心一起爆炸，产生的震荡将入侵者瞬间震成了粉末。
这些攻击型细胞就像是敢死队一样，它们由记忆组不断生成，接着一波波涌进了入侵者的阵地。于是零的皮肤上，那些暗黑的纹路渐渐往下消退。
在制造出攻击型细胞后，记忆组又增加了另一种细胞。这种细胞是暗红色的，表面生长着无数细微的触须，它会游走在攻击细胞和入侵者的战场。跟着触须涌动，捕捉着攻击细胞核心爆炸后的残片。当捕获四到五块残片之后，这种细胞就会分裂。
它会分裂出三到四个攻击型细胞，这些暗红细胞就像战场上的医疗兵。回收着攻击细胞的残片，然后分裂出新的细胞来。如此一来，攻击细胞的数量立刻提升了一个量级，且仍在不断增多。
由记忆组生成的细胞种类不同，分工不同。它们就如同一支训练有素的军队，各兵种间互相配合。防御、冲杀、救护一切井井有条。相比之下，黑暗核心的入侵细胞更像是一支野军。它们只有疯狂的进攻，却没有战术，更没有团队配合。
在这样的情况下，这场细胞层面的战斗里，入侵者渐渐处于不利的局面。黑暗核心的入侵细胞不断被消灭，每消灭一个细胞，对它来说就是一种损失。可能这种损失起初时微乎其微，但随着战斗的发展，当损失的细胞数量达到一个量级的时候，对黑暗核心便是巨大的创伤。
黑暗核心开始收缩入侵细胞，它们集中到几个区域，而不再分散到各道血管中，自然是想和记忆组的细胞军团来场大会战。黑暗核心的入侵细胞毫无疑问是极为强大的，它们充满了侵略性和攻击性，就像是一架架低空呼啸飞掠的轰炸机，所到之处，普通的细胞根本没有还手之力。
就目前而言，还没有哪种生命的细胞可以强横到抵抗黑暗核心的入侵细胸。
可惜这次它撞上了铁板，零激活的记忆组能够生成各种物质。记忆组最擅长的就是当零的身体受到损害的时候，会自动记录其损伤并且迅速建立起来一套针对的防御机制。如此一来，若无法在短时间内摧毁零，那么零就能够不断进化。理论上来说，零甚至可以进行星际旅行，如果他的身体能够强横到进入外太空而一段时间不死的话，记忆组完全能够将其改造出适合外层空间生存的状态。
因此，黑暗核心的细胞虽然强横，却还不至于令记忆组束手无措。
当黑暗核心摆出决战的格局时，记忆组也不客气。它们又生成了第四种细胞，这种细胞和入侵者很相似，都是浑身冒刺。只是它呈暗金色，一出现，便混在攻击细胞中杀进了入侵者的阵列里。新的暗金细胞攻击性十分明显，它们一接近入侵细胞，就会狠狠撞在一起。
接着胞衣外层的暗金针刺会扎进入侵者体内，接着一缕暗金色的光芒便会侵入核心细胞之中，入侵细胞会迅速被这团金光占满。当那暗金色的光芒充斥细胞每个角落时，入侵细胞便这么给改造了过来。
这第四种细胞，其中已经被记忆组写入了当初那些传播者细胞的基因片断。它们具备将自己的特征传播给其它细胞，并迅速将之斥反，化为同类的能力。如此一来，一片片的金色波纹在入侵者细胞中扩散。每一秒钟，都有无以数计的入侵细胞被斥反。而临阵倒戈的入侵细胞，又会进一步扩散。
到了这个时候，黑暗核心已经节节败退。它的入侵细胞战损已经达到了无法接受的程度，即使这些细胞合拢重新还原为黑暗核心，也会出现一些无法弥补的损伤。黑暗核心开始打退堂鼓，分出一部分入侵细胞抵抗着记忆组的细胞军团，剩下的则开始退却。
但很快的，黑暗核心发现这个算盘也打不响。那些防御细胞不知何时已经悄然绕到入侵细胞的后方，和前面的几种细胞一起包围了战场。这些防御细胞的攻击性虽然差了些，可入侵细胞却无法打破由它们构成的防线。而前方的锋线上，大片的金色正如同潮水呼啸而至，于是零的脑海里听到了一声尖叫。
那声音里，分明带着恐惧的味道。
原来黑暗核心也会害怕，或许说它从普罗休斯体内分离之后，为了适应环境而不得不进化出自我意识。如此一来，虽然可以自主进化，但有了意识，便也会拥有类似生物的情绪。那是生命与生俱来的本能，就连黑暗核心也不例外。或许它化身成黑暗之神后，压根没想到有一天会逼上这样的绝境。
战斗仍在继续，记忆组的细胞军团已经开始收缩战线，入侵者全数被歼灭只是时间上的问题。黑暗核心同样意识到这个问题，它似是下了一个决定，接着零的脑海中响起一个低沉，略带匆促的声音：“我投降！我可以放弃抵抗，甚至开放我的意志。你将成为我的主人而非宿主，只要你不毁灭我，你会得到更为强大的力量。”
不得不说，这是一个十分诱惑的提议。黑暗核心作为普罗修斯的动力源泉，其价值绝非普通的生物器官所能够衡量。试想想，即便只是得到它用支配者伪装成的种子，像莫妮这种只是拥有潜力的人类都可以一跃成为九阶强者。那么得到完整的黑暗核心，零说不定能够一步跨进十二阶，甚至更高的层次！
可这个想法才刚升起，就立刻被零掐灭。若是其它性质的东西，零或许会赌一把。可这是黑暗核心，天知道它会不会给自己留下什么后门。到时候无法成为它的主人，反而沦为宿主，那就可悲了。
力量固然重要，但来自于自己的力量无论何时都要保险一些。零咬牙，在脑海里回应道：“我拒绝！”
他的意志被记忆组忠实地执行，细胞军团加大了歼灭的力度，一时间，入侵细胞的阵线隐有崩溃之势。黑暗核心突然收拢了所有细胞，它们集合在一起，飞快地重组回原先棱形晶石的模样，而不再以细胞的形态出现。同时，棱形晶石的表面喷出一圈淡淡的黑焰，这是防御性能全开的表现。
在这样的状态下，黑暗核心不会那么容易被吞噬掉，还有机会逃出零的体内。只是记忆组似乎不打算让它如愿以偿，无以数计的金色细胞一拥而上，它们撞上黑暗核心的时候就会被那外层的火焰烧成了灰。可金色细胞实在太多了，除却之前记忆组自行生产的之外，其中有一小半来自于被同化的入侵细胞。
如此一来，零的血管中充斥着大片的金色。它们就像悍不畏死的小兵，前扑后继地冲击着黑暗核心。在金色细胞的不断冲击之下，黑暗核心外层那圈火焰越来越淡，到最终完全熄灭。没有了火焰的保护，金色细胞开始进攻黑暗核心的本体。
它们那些金色的尖刺每次只能在黑暗核心的表面开出一个几乎无法察觉的缺口，而且金刺一旦进入黑暗核心之中，就会被核心深处散发的一阵震荡性力场所震爆，然后核心会分泌出一种漆黑的物质将缺口补上。只是金色细胞的数量太多，多到足以迅速消耗核心能量的程度。
到了这时，黑暗核心已经到了强弩之末。只能被动地防御着金色细胞的入侵，当金色细胞耗损了三分之二的时候，黑暗核心的表面已经千疮百孔，它甚至已经没有力量去修补缺口，只能将能量紧缩到中心处。而这个时候，金色细胞开始将自己的基因片断传播进黑暗核心里，试图改变其基因，使之同化。
这是前所末有的事，就连零也不知道，一旦同化成功，那么黑暗核心会变成什么东西？这个问题没有人能够知道，随着金色细胞的不断进攻，它们同时也为记忆组截取了黑暗核心的基因片断。零的大脑枢阵立刻运行起来，开始破译黑暗核心。但从建立起来的数据模型来看，要完全破译黑暗核心需要的时间不是一般的长，几与破译虚无的奥秘不相上下。
黑暗核心这时发生了变化，它的外层已经注满了一圈金色，只有中心处仍是漆黑一团。它的自主意识似乎消失了，没有再形成某种强烈的意志波动，只有纯粹的于核心深处仍有能量的震荡感传来。突然，核心外围的一圈物质突然崩裂迸碎。
核心被磨去了棱角，如今只剩下指甲般大小的圆形晶体。这是黑暗核心最终，也是最纯粹的物质，它已经还原到最初的形态，甚至比从普罗休斯体内被剥离出来的时候还要更加纯粹！