1n93年，12岁的埃尔顿被送往阿德莱德北部的女王学校，以便上u纳入学科教育。在家里的时候，埃尔顿已经展现了他的聪明才智，能够掌握让他感兴趣的任何事情。他贪婪地阅读司各脱和狄更斯的小说，读完了吉本的历史教科书《罗马帝国的衰亡》（DeclineandFalloftheRomanEmpire）。他学会了抑扬顿挫地吟诵诗歌，讨论历史，描绘小鸟，父亲引导他进入了地质学、植物学和物理学的大门。然而，对于自己不喜欢的事物，埃尔顿却无动于衷，海蒂在试图教他乘法表的时候发现了这一点。
女王学校是新建的，没有任何声誉，只有学校校长林登（Linden）先生除外。圣彼得男校是阿德莱德历史悠久的男子私立学校之一，林登曾在该校担任过高级教师。不过，在埃尔顿就读女王学校的第一年，该校赢得了学校检查员的高度评价。这名检查员报告说，学生的读写能力令人满意，他们的算术和德语优秀，代数稳步前进，法语有待改进。
埃尔顿与老师关系良好，不过他认为自己的功课“与他人相比进展甚微”。这种悲观情绪在学校上学时期一直伴随着他。为了找回自尊，埃尔顿刻苦学习，并且卓有成效，他在拉丁语、法语、化学、数学和希腊语等课程上获奖，并且在首席法官塞缪尔·维厄（SamuelWaye）爵士主持的年度授奖演讲日上，他被选为当场朗诵一首幽默诗。
1896—1898年间，埃尔顿就读于圣彼得男校。这是一所面向基督教绅士的私立学校，由梅奥医生和同时代的人所创办，埃尔顿的父亲在该校读过书。埃尔顿在圣彼得男校并不快乐。读完第一学年后，由于不能同那些负责教室和体育活动的教师保持良好关系，他逐渐失去了学习兴趣，也失去了运动兴趣，放弃了他喜欢参加的一些团队运动项目。一位同学回忆说，埃尔顿在智力方面自命不凡，虽感觉迟钝和迂腐但却幽默，他对学校生活唯一难忘的贡献是攀爬学校人口处带有铁钉的大门。他在学校的这种奇特之举使埃尔顿赢得了“比尔”的绰号。这个绰号源自比尔·埃尔顿，一位众所周知的旅行喜剧演员。多年以后，埃尔顿写信告诉妻子：“在上学时，我常常过得不愉快，而且是在等待事情过去之后才认识到这一点的。在我十几岁的时候常常想，‘睡完就忘’真是一件值得庆幸的事情。”
与在学校相比，埃尔顿在家里更快乐。父母维持一种民主的氛围，而且尽管他们勉励孩子们不论选择什么都要去做好，但父亲还是认为，勤奋努力与其说是德行，还不如说是滑稽可笑。学校的管理严格而专横，刻苦学习——或者表面如此——被认为是对付青少年懒散和白日梦的最佳办法，这是因为学校旨在培养基督教绅士，因此宗教便被用来向学生普及道德教育以及抑制孩子们的不虔敬的活动。在家里，仅当简（Jane）姨妈出其不意地造访埃尔顿一家，在不知情的情况下为了逗孩子们开心惟妙惟肖地对维多利亚的道德观进行滑稽模仿的时候，宗教才被赋予了这样的用途。简姨妈哪怕只发出一丁点儿声音，埃尔顿都会用他那深受喜爱的大呼小叫让大家开怀大笑：“简姨妈，简姨妈，天哪！太闹了！”梅奥家的孩子们之所以被带到教堂，常常是为了让孩子们获得精神上的体验和有机会得到宗教熏陶，以培养他们一种宗教信仰，而不是用循循善诱的罪孽观来打动他们。
在家里时，埃尔顿的阅读和富有智力的交谈得到了鼓励，偶尔的情绪低落和冷漠归因于他太敏感。在学校的时候，情绪低落和冷漠被视为他在智力上自命不凡的症状。在阿德莱德，私立学校鼓励学生开展户外运动，大多数学生不是参加这支运动队就是那支运动队。埃尔顿皮肤苍白，容易受伤，在干燥的冬日和炎热的夏日会很快灼伤，所以他要么不得不待在室内，要么把他的皮肤包裹得严严实实，这部分地解释了他没有出现在学校团体运动项目队伍中的原因。取而代之的是，他开始进行游泳、网球、高尔夫球之类的自主性运动，这些运动允许他身穿自己喜欢的衣服以及决定何时参加运动。
梅奥家的孩子们形成了自己的小圈子。由于附近没有职业家庭，所以周边地区没有合适的玩伴。埃尔顿在学校也没有几个朋友。孩子们一起玩字谜游戏、骑马、骑自行车、外出露营。埃尔顿被称为“高跷”，佩内洛普叫“水坑”，而赫伯特叫“浴盆”。海伦和奥莉芙没有绰号。偶尔会允许朋友们加入这个圈子，他们会感到，与梅奥家的孩子们在一起家庭生活是多么丰富多彩。埃尔顿的父亲设法教育孩子们要和睦相处、相亲相爱，要乐于彼此给予和接受。“我们的家庭背景迥异于其他大多数人，”海伦·梅奥写道，“我们是幸运的——而且这本身就足以表明我们的家庭生活是多么重要和优越。”
埃尔顿并非总是举止得当，他做出了许多孩子气的恶作剧，与权威人士争斗，赫伯特也参与了其中一些恶作剧。他俩住在同一间卧室长达十年之久。这间卧室在楼上，百叶窗高耸于祖父的后院之上。他们得到了一根6英尺长的婆罗洲吹管。橄榄树高达60码，绿油油的叶子与吹管和谐一致。在百叶窗的掩护下，埃尔顿和赫伯特冷酷无情地向祖父的鸡舍吹风。橄榄树叶骤雨般地打在铁皮屋顶的声音把园丁唤醒，园丁会四处察看，挠挠头皮，然后走开，让孩子们乐不可支。在布尔战争期间的一个夏日的晚上，人们让埃尔顿和赫伯特向海滩上一堆30吨重的长木放火，这是为庆祝战争结束准备的。人们骑马数英里来看这场熊熊大火，当两个孩子听到人们问“和平宣布了吗？”他们欣喜万分。埃尔顿也到一个桥墩去骚扰在那里钓鱼的老人们取乐，他会挤对他们，然后比他们钓更多的鱼。
埃尔顿的学业虽然优良但却并不突出。在圣彼得男校四年级的男孩子中，他虽然被挑选为获得学院的威斯敏斯特古典论文奖，可成绩平平。1897年11月，为了进入阿德莱德大学，他参加了高等公共考试。圣彼得男校的6名学生通过考试并证书，还授予了高分。埃尔顿通过了考试，但英语、法语、纯粹数学和化学的成绩差强人意。1898年11月，他又考了一次，成绩依然没有提高。
埃尔顿有资格进入大学学习文科或者法律，但学不了医学，因为他没有考拉丁语。鉴于姐姐海伦已经开始学习医学，而埃尔顿及一家是了解这个规定的，于是埃尔顿决定不追随姐姐学医学。然而，在父母的大力督促下，他还是改变了主意。1899年3月，他又通过了一次考试，考了英语、法语、纯粹数学，这一次还考了拉丁语。
1899年7月，埃尔顿与7名年轻人一道成为阿德莱德大学医学系的学生。阿德莱德大学的教学设施糟糕透顶，图书馆窄小、阴冷、潮湿。在幽暗的阶梯教室里，学生们坐在硬邦邦的长凳上听课。由于教科书缺乏，摘要和期刊很少，他们不得不在课堂上记下老师所说的每一句话。有些同学的父母有钱送他们回英国“家乡”进入牛津大学或剑桥大学学习，许多学生对于这样的同学羡慕不已。
医学学业持续五年，学生应当在3—8月以及9—12月这两个学期至少听讲四分之三的课程。考试在第二个学期举行。医学的第一学年讲授解剖学、生物学、生理学、化学、植物学和物理学，其中前三门课还有实践任务，学生们必须学会这些课程的基础知识，以展现解剖以及为详细研究准备标本的技巧。埃尔顿学得不错，获得了二等通过，名列三甲。
在第二学年，埃尔顿更多地被引导到适合医学学生的专科主题上。在解剖学中，他学习了神经系统、感觉器官、肺部和脑部，以及如何解剖肘部和膝盖。他攻读了哲学、有机化学、药物学，学习了若干基础疗法。学生们被强力敦促在年终无数的考试以前完成功课。为了对学业有所帮助，医学系的学生们创办了学生会，鼓励会员撰写论文，促进友谊。他们在上半年每月聚会一次，在下半年则举办一次宴会以庆祝他们的成功。
大学不为学生提供舒适的设施，于是学生们组建了阿德莱德大学学生俱乐部（AdelaideUniversityUnion），埃尔顿参加了俱乐部委员会。他帮助学生俱乐部提高大学成员的社会生活，接收并讨论学术论文，还有就公认的主题举办辩论会。学生俱乐部得到了一间美观宽敞并配有桌子、杂志和报纸的房间，可以邀请成员过来抽烟、阅读、享受俱乐部的生活。（5）
第二学年，埃尔顿在大学的基本生活以及医学学生的排外性团体里拥有一个稳固的地位。可是在1900年末，他考试不及格，于是这一切就又都全部失去了。阿德莱德大学档案的近期历史是这样记录的：“在我们祖父辈的年代，如果没有通过所选择的专业的入门资格考试，那他们将陷入可怕的深渊，就像在高尚的板球比赛中，要么‘得分’，要么‘出局’。”埃尔顿出局了。
埃尔顿的失败改变了他的事业和生活。失败的原因不是很清楚。姐姐海伦说，他失去了学习医学的兴趣，找到了有趣的伙伴，背负了债务，做功课不足；弟弟赫伯特提到了某个女人及埃尔顿在赛马场上的惨重损失。同样，埃尔顿也不适合医学传授的方式。以前在海蒂教乘法表时他也曾经反抗过，因此现在他对阿德莱德大学要求医学系全体学生“记住并能够说出大量的解剖细节及临床事实与数字”进行反抗似乎是可能的。此外，父母对工作的态度大相径庭。海蒂和乔治一致同意，不仅应该敦促孩子们获得一份专业职业，而且应该了解广泛的人类事务，但是他们就如何做到这一点意见有很大的分歧。海蒂认为，坚持不懈并聚精会神地关注身边的任务，成功将水到渠成；乔治则有所保留，并以其古怪的方式确信“刻苦努力真是滑稽可笑”。19岁的埃尔顿并没有对这两种方法进行调和，他只选择了乔治的方法，在大学内外寻找乐趣，这拓宽了他对人类事务的经验，却没有保住他在最受逼迫、饱受考试折磨的大学同学中的地位。
海蒂和乔治大失所望。埃尔顿自愧不已，自尊心大损。他从来没有忘记过这种让家庭失望的感觉。“我想我把我的梦想告诉过你，”他于1938年写信给他的女儿，“那就是，我本应该在快乐的猎场同父亲和祖父相会，与他们一比高下和（在完全平等的条件下）探讨体验。”他为海蒂没有活着看到他在美国的成就深感遗憾。
看到埃尔顿受挫，家人断定，埃尔顿是因交友不慎而误入歧途的——他不得不承认对医学不感兴趣，所以，为了摆脱他们的影响，埃尔顿被送到了爱丁堡大学继续其学业。
人们对他在苏格兰的活动所知甚少。1901年6月，他代表阿德莱德大学的学生出席了格拉斯哥大学第九个五十周年大庆。埃尔顿说，在这个重要的宴会上，他到达太晚而没有坐上座位，他给宴会主持人递了自己的名片，主持人为他在南澳大利亚前总督旁边找了一个座位。是年9月，埃尔顿被爱丁堡大学录取，不过学习医学的时间并不长。在阿德莱德的时候，埃尔顿的父母坚持认为他还没有从结交不良朋友中摆脱出来，所以乔治决定把他送到伦敦圣乔治医院（St．George"sHospital）所属的小型医科学校学习。1903年4月末，埃尔顿注册并参加了皇家内科医生学院（RoyalCollegeofPhysicians）和皇家外科医生学院（。RoyalCollegeofSurgeons）的联合考试，它们提供的文凭相当于澳大利亚内科医学和外科医学的学士学位。
埃尔顿住在查尔斯·梅奥（ChinlesMayo）上校的家里——伦敦格罗夫公园街的“福克登（F0lkdene）”。1903年9月，少年时代的朋友约翰·科莱兰医生（Dr．johnCleland）拜访了埃尔顿，表面上他发现埃尔顿学习勤奋，但实际上，埃尔顿并没有专注于医学学习，他进退两难：一方面，他不想让父亲失望，另一方面，他无论怎么努力都没法让自己喜欢医学。在早期的时候，这种内心冲突致使他没有给家里写信，但如今，他不想学医了。1903年12月，他第三次放弃了医学。
乔治接受了这个决定，建议埃尔顿找一份工作，并在埃尔顿找工作期间提供一小笔津贴以供生活所需。埃尔顿在阿善提矿业公司（AshantiMiningCompany）找到了一个职位。这是一家金矿公司，位于西部非洲的奥布阿西（Dbuassi）。这里的生活对欧洲人的健康是有害的，对埃尔顿来说它意味着危险和失望。许多白种人患上并死于黑尿热，而在头6个月幸免于危险的人，他们大多数被船运回英国，所携带的疾病终生难以摆脱。埃尔顿决心要在西部非洲取得成功。他已经失去了深受尊敬的医学职业，所以，他像父亲和祖父以前做的那样，冒一把险是没有什么要失去的_o多年以后，他告诉孩子们，他去西部非洲寻找钻石，“看一看它是什么样子”。不过，作出这个决定是为了逃避失败，为了对他用自己的生命去做的事情建立起信心。然而，这次冒险再次以失败告终。
埃尔顿在公司总部工作，每天勤勤恳恳，甚至于每天早起，可是他的身体垮掉了，卫生官员决定于1904年3月下旬把他送回英国。他带给自己的是一场梦魇：登革热。
后来，埃尔顿根据自己的经历写了一部短篇小说。在小说中，西部非洲是一个“现实严酷”的地方，“突然降临和无可名状的死亡”等待着白种人。饱受病床折磨的人大多害怕死亡，他们被“那些为百万富翁带来滚滚黄金的捣碎机的怒吼”震聋了。医生向埃尔顿保证，他只是得了轻度发烧。埃尔顿狂笑道：“轻度发烧就找医生看病？！这一回我快要死了……难道你不能让我恢复正常吗？去你的吧！你的技术和科学都到哪儿去了？”医生冷酷地回答道：“科学？迄今所成就的全部科学就是让我们在灭绝板上钉钉子。”多年以后，埃尔顿描述道，在一名白种人死亡后，他的西非男仆“至少消失了一周时间，直到杀死主人的魔法有可能消散为止”。随着埃尔顿对心理学和人类学的兴趣的逐渐增长，他用自己在西部非洲的经历来证明土著人的原始思维、儿童时期的心理状况、成年神经病人的想法，以及日常生活中的迷信和非理性之间的相似之处。