太阳队生涯
就像命名这座城市的神鸟凤凰一样，巴克利在菲尼克斯获得了涅盘。他在太阳队的第一年如同梦幻一般，不仅获得NBA的MVP，还率领球队以62胜20负的球队最佳常规赛战绩杀入总决赛。在令人难忘的六场比赛中，太阳队输给了迈克尔·乔丹和他的芝加哥公牛队。
在接下来的两个赛季里，尽管巴克利一直受到伤病的困扰，他还是保持了高水准。在1994-1995赛季，太阳队杀进西部半决赛，却输给了当年的总冠军休斯顿火箭队。在太阳队呆了四个赛季后，巴克利离开菲尼克斯被交换到火箭队。
对于巴克利来说，1992年的夏天是值得纪念的。由于一起酒吧打架事件，他卷入了一场官司之中。在刚刚被判无罪后不久的6月17日，他被交易到菲尼克斯太阳队，而这唤起了他对于NBA总冠军的渴望。而这个夏天的晚些时候，他又以平均每场18分在参加1992年西班牙巴塞罗那奥运会的美国梦之队中排名第1。
巴克利在菲尼克斯太阳队的第1个赛季，球队取得了当年NBA最佳战绩，他也成为第3个在转会后第一年就赢得MVP称号的球员。巴克利平均每场拿下25。6分和12。2个篮板，分别列联盟的第5和第6。这个经历了9年赛场风云的NBA老兵把菲尼克斯太阳队一直送进了最后的总决赛。虽然公牛队以4-2战胜了太阳队，但是在季后赛中平均每场砍下26。6分、13。6个篮板以及每场出战42。8分钟的表现证明巴克利是完美的。他还在对阵西雅图超音速队的西部决赛第7场比赛中，一人独得44分和24个篮板。
在余下的职业生涯中，伤病开始降临到巴克利身上。由于背痛，他曾发誓要在1993-94赛季后退役。尽管受到他职业生涯中最痛苦的伤病困扰，巴克利仍然得到平均每场21。6分、11。2个篮板和49。5%的投篮命中率。他也连续第8年入选NBA全明星赛（由于左腿股四头肌腱断裂，他并未参加）。
整个赛季巴克利只参加了65场比赛，菲尼克斯太阳队也在西部半决赛中打满7场，败给了火箭队。在7月，也许是感到职业生涯中还有事情需要他来完成，巴克利宣布他将克服长期的背伤继续征战以后的赛季。
在1994-95赛季巴克利证明了自己仍然是NBA最好的球员之一。赛季初他被列入伤员名单，但是在他回归后就率领太阳队以59胜23负的战绩夺得太平洋赛区的冠军。在季后赛第1轮3：0淘汰波特兰开拓者队的比赛中，巴克利平均每场得到33。7分和13。7个篮板。
在联盟的半决赛菲尼克斯太阳队以3-1领先卫冕冠军休斯顿火箭队，但是却在第7场生死战中败给了对手。这是在很多年里太阳队第二次在以3-1领先的情况下输给火箭队了。在那轮系列赛中，巴克利平均每场得到22。3分和13。3个篮板，但是在第七场的生死战中，他左腿的伤势影响了他的表现。
在菲尼克斯太阳队的最后一个赛季，巴克利平均每场得到23。2分和11。6个篮板。但球队的成绩只有41胜41负，而且在季后赛第一轮就被淘汰出局。此后他被交易到了休斯顿火箭队。
火箭队生涯
有句格言说得好：“如果不能击败你的对手，那么就加入他。”巴克利在加入火箭队后又恢复了神勇，然而携手正在老去的超级巨星哈基姆·奥拉朱旺、克莱德·德雷克斯勒一起获取总冠军戒指的梦想却从来没有实现。当他宣布在休斯顿的第四个赛季将是自己在NBA的最后一个赛季后，他的时代结束了……当然，没有冠军戒指。
在1999年12月8日，他左膝四头肌腱断裂，迫使他在常规赛最后一场比赛中就结束这个赛季。具有讽刺意味的是，他是在对阵老东家费城76人队的比赛中受的伤，早年他曾在费城获得当地球迷的喜爱，培养了集体篮球的意识。
在火箭队的第一个赛季里，巴克利是排在奥拉朱旺之后的球队第二得分手，平均每场贡献19。2分和13。5个篮板，篮板数量有所复苏，且是其职业生涯的第二好成绩。虽然伤病使他只出战了53场比赛，火箭队仍以57胜25负的成绩进入西部决赛，但在6场交锋中负于犹他爵士队。
奥拉朱旺、德雷克斯勒和巴克利的三重唱本应在1997-98赛季再多合作一个赛季。然而颓势已现，巴克利的数据下滑到平均每场15。2分和11。7个篮板，球队也只取得了41胜41负的平庸战绩。这个耀眼的巨星组合只短暂的合作了两年。在季后赛第一轮1：4再次负于犹他爵士队后，德雷克斯勒选择了退役。
在1998-99赛季前，当巴克利为总冠军戒指做最后的努力时，火箭队得到了斯科蒂·皮蓬这名曾在芝加哥公牛队得到六枚总冠军戒指的超级巨星。在由于停摆而缩水的赛季中，巴克利打了42场比赛，在季后赛第一轮对阵洛杉矶湖人队的系列赛中，火箭队黯然出局。巴克利和皮蓬被证明是水火不容。在赛季结束后，两人刺耳的争吵传到了媒体那里，皮蓬随后被送到了波特兰开拓者队。
巴克利希望在他宣布退役的赛季里对球迷有所报答，但是由于左膝的股四头肌腱断裂，他不得不提前结束整个赛季。在此后的两年里，有关他重返赛场的流言就一直没有停止过。然而，他选择了做一名局外人。
巴克利开始做为一名TNT的篮球评论员从事关于NBA的报道工作，篮球仍然是他生活中不可或缺的一部分。现在的巴克利是一名篮球评论员，仍然在任何场合都敢大放厥词。
姚明刚到NBA打球时，起初一段表现不佳，巴克利说姚明要是能单场得19分就亲吻史密斯的屁股（史密斯是前火箭队后卫，在94、95两夺总冠军，现退役做篮球评论员），后来被媒体谬传为若姚明得19分巴克利亲吻姚明屁股，后来姚明用单场得20分回敬了巴克利，而这家伙也真是赌徒本色，愿赌服输，由于史密斯的腼腆，坏小子在全美国电视观众的注视下亲吻了一头驴的屁股。
外号“查尔斯爵士”
在NBA历史上，有五名球员得分超过20000分、篮板超过10000个和助攻超过4000次，他们是：卡里姆·阿卜杜尔·贾巴尔、威尔特·张伯伦、卡尔·马龙和凯文·加内特以及查尔斯·巴克利。但当谈到巴克利的成就时，很多人首先想到的是关于他16年辉煌的NBA生涯中那有趣的，有时甚至是喋喋不休的关于篮球和生活的评论。
然而，作为篮球史上最怪异的球员，尽管说他只有6尺6寸，实际上6尺4寸更准确，他打强力前锋时经常能统治比他高半英尺的球员。
巴克利为职业篮球贡献了他的活力、态度和技巧。当他带着“保龄球”的外号初进联盟时，他被认为是一个另类——身为一个小号的强力前锋却有着出众的篮板球技术。
巴克利并没有被吓倒，在他进入费城76人队后，他很快让关于他的负面报道消失。球迷们经常可以看到菜鸟巴克利在人群中抢到篮板，然后像坦克一样带球开进到前场并以怪兽般的进球完成他的表演。在半场进攻中，他能在任何区域投篮进球。在半场防守中，他可以平行跑位去断球，也能封盖中锋的投篮。
他令人敬畏的表演为他赢得了尊敬和一个新的外号：查尔斯爵士。
飞猪激斗大鲨鱼
奥尼尔和巴克利这两名篮下霸主现在是好朋友，但他们也曾经在赛场上激情“碰撞”过。在1999年的一场湖人与火箭的比赛中，身披火箭战袍的巴克利总是和奥尼尔在篮下卡位争抢篮板，两位都是个性张扬的巨星，对抗起来互不相让在一次争抢篮板时巴克利的头部被奥尼尔打了一下，“恶汉”巴克利的名号可不是白来的，他直接把球砸在奥尼尔身上。
奥尼尔也不是善民，他一记老拳挥向巴克利，但1。98米的巴克利利用自己身高的“优势”，直接弯下腰来抱住奥尼尔的大腿，将330磅的奥尼尔直接暴摔在地，然后被其他球员冲上来拉开。
历史评价
智勇双全的球员——在巴克利的职业生涯中，他是全明星和最佳阵容的常客。他出类拔萃的表现为他在菲尼克斯太阳队的第一个赛季就赢得了1993年的最有价值球员奖。当他面对比自己强壮的球员时，他表现得富有策略而机智，当面对瘦小一点的球员时，他又会变得很有侵略性。对于这个来自奥本大学的球员，没有什么事情是不可能。
“巴克利与魔术师约翰逊和大鸟拉里·伯德有相同之处，他们都不固定打某一个的位置。”比尔·沃尔顿在SLAM杂志的一个关于NBA伟大球员的主题里这样讲，“在篮球场上，他能做任何事情。没有人能像他这样。一个统治级的篮板手、防守者，能射杀三分，还能运球和组织进攻。”