9月1日北军攻陷南京上月13日，张勋到达龙潭。他一面要求冯国璋自大胜关、三汊河渡江配合，一面令所属部队火速进攻，企图一举占领南京锁钥天保城。14日拂晓，张勋所部武卫前军不待冯部协同作战，即偕江苏第四师（师长徐宝珍）突袭紫金山。由于驻守部队叛变，张勋不战而克。旋为城守部队发觉，富贵山炮台当即发炮反击，第八师等部亦发起反攻，至中午夺回天保城，随即在天保架炮，轰击紫金山。下午6时，张、徐两军不支，弃山而走。16日，冯国璋曾命令渡江，但未能成功，仅第三师一部占领老虎山。同日，张勋佯攻雨花台，突袭天保城，虽曾一度占领，但由于讨袁军主力第八师二十九团的反攻，旋即丢失。翌日，讨袁军乘胜收复紫金山。在南京城内，新任第一师师长徐涛、第八师师长李可钧、卫戍团团长吴浩联络南京地方维持会，勾结北军图谋献城叛变，取消独立。16日下午，何海鸣卫队被卫戍团击散，何一度躲入金陵医院。第八师二十九团、第一师第三团等部士兵得知消息后，十分愤怒，是日深夜，第八师士兵围攻师部，镇压了李可钧和徐涛。但攻击卫戍团时失利。翌日，吴浩仍出布告，取消独立。一、八两师士兵遂联合击溃卫戍团，吴浩逃走。取消独立的阴谋再一次为革命士兵所粉碎。
此后，张尧卿乘乱自任为江苏都督，何海鸣兼第八师师长，韩恢任第一师师长。19日，张勋再次对南京发起猛烈攻击，重占天保城，并先后三次向太平门、洪武门一线发动进攻，一度攻入太平门，但遭城内讨袁军的堵截，被迫退回。20日晨，第八师二十九团、三十二团及炸弹队等部向天保城发起反攻，再次予以收复，但翌日下午，终因寡不敌众，复为张勋所占。这时，退至芜湖的安徽讨袁军总司令柏文蔚，应南京方面邀请，于8月19日，率卫队一营及宪兵共约1000多人到达南京，给血战中的南京军民以很大的鼓舞。柏文蔚当即被推举为都督，指挥讨袁军向天保城发动反攻，但未能攻下，终使南京城失去了屏障。当张勋和讨袁军血战的时候，冯国璋一直在隔江观火。22日，冯国璋看到张勋已确实占领天保城，才命令第一师和第五师于翌日晨分别向神策门、太平门发起攻击。是日，雷震春（时任第七师师长）率部由上海开抵镇江登陆，海军进驻南京下游卸甲甸，准备掩护冯军渡江。
正当北军围攻之际，南京城内领导集团又起纠纷。第一师师长韩恢因不受该师官兵欢迎，转任第三军军长（新募之兵，徒有虚名），而张尧卿则对柏文蔚占去都督一职表示不满。柏文蔚见何海鸣不得人望，内部矛盾重重，强敌压境，前途无望，留书何海鸣，欲带第八师出走。八师官兵坚决反对，柏的卫队多数也不愿随行。结果，柏文蔚于8月25日仅率少数人出水西门离开南京，中途为北军击散，仅与祁耿寰化装工人，逃往上海，转赴日本亡命。于是，何海鸣又兼任江苏都督、第八师师长等职，全权指挥。25日夜，海军海琛、应瑞、楚有三舰暗渡上游，直抵大胜关，不仅截断了南京与芜湖的联系，且利用舰队炮火助陆军攻城，并协助北洋第四师等部自上游渡江。26日，北军全力攻城。张勋马队突入朝阳门，张宗昌第三师一部攻入神策门。张勋狂喜，电京告捷。但是，张勋马队一入城即遭到预设坑道的阻拦，被守军全部歼灭。张宗昌部也遭到城墙两侧火力封锁，被迫退出城外。仅第五师按兵不动，未遭损失。此次失败后，冯国璋严饬南岸各部约会海军，联合张军协同进攻，再也不敢轻率冒进了。28日晨，第八师二十九团约100多人，出敌不意，由仪凤门出击，占领宝塔桥，直冲至幕府山下江岸处，距第三师司令部仅四五百米。北军死力抵抗，伤亡达40余名，司令部被迫后撤。
恰在这时，上游又传来芜湖失守的不利消息。28日，倪嗣冲部统领王治国、安徽第一旅旅长顾琢塘会合海军进攻芜湖，龚振鹏弃城出走。至此，南京完全陷于孤立。29日，北军完成了对南京城的全面包围。张勋、徐宝山部攻朝阳门，第三师攻神策门，第五师攻太平门，雷震春第七师及杨善德第四师一部协攻雨花台，四师另一部扼守通向芜湖及秣陵关的要道，海军控制江面，南京的形势顿时险恶起来。于是，南京商界通过英国医生马林向何海鸣交涉，表示愿意出钱请讨袁军和平让城。何海鸣拿了商会的钱，向商会发了一次饷。但第八师士兵群众坚决反对和平让城，决心死战到底。作了让城准备的各部，也只得各回原防。30日，何海鸣召开军事会议，准备以攻为守。他计划以第一师出雨花台，攻击紫金山；新编第五师出朝阳门，接应合攻；第八师出太平门，突击天保城；新编第六师出仪凤门，攻幕府山。可是，第一师迟迟没有行动，既打乱了出击计划，也打乱了守城部署。31日晨，北军发起了总攻击，讨袁军各部均为攻城敌军压制。9月1日晨，讨袁军卫队团长叛变，张勋所部乘机猛攻，用地雷轰开太平门、朝阳门间城垣，蜂拥而入。中午，敌第三师攻入神策门，第五师攻入太平门，徐宝山部也由通济门拥入。何海鸣、韩恢率讨袁军在钟鼓楼、内桥、鸽子桥一线进行巷战，终因敌我力量悬殊，一部由清凉山撤出城外，一部退守雨花台。下关及狮子山炮台也相继失守。9月2日晨，何海鸣率卫队及第一师第三团、第八师二十九团残部，在雨花台进行了最后一战，伤亡殆尽，队伍溃散。何海鸣与少数亲随躲于草丛中，后潜至武定桥下乘小船逃走。
北京南苑航空学校正式开学，秦国镛任校长。
9月3日袁世凯令嘉奖攻占南京的军事将领张勋晋授勋一位，冯国璋给予一等文虎章，刘冠雄授以勋二位。雷震春授以勋三位，施从滨授勋三位。
孔教会呈请教育部批准，在国子监举行“仲秋丁祭祀孔”，由众议院议长汤化龙主祭。袁世凯特派梁士诒为代表前往献香。陈焕章及日本顾问有贺长雄都参加了祭祀活动。
袁世凯令免江苏都督程德全职，以张勋继任。任朱熙署江苏陆军第二师师长。
参议院选王家襄为议长王家襄，字幼山，浙江会稽（今绍兴）人，1872年10月27日（清同治11年9月26日）生。其父王官亮，举人出身，曾署河南怀庆知府。1904年，王家襄东渡日本学警政，毕业于东京警视厅特设警察专科。1906年回国，任浙江全省巡警参议，旋调任绍兴府巡警总理。后转任浙江高等巡警学堂提调，兼法制教习。1909年9月，浙江谘议局成立，王当选议员，参与君主立宪活动甚力。1911年，王家襄应友人之招，赴吉林任巡警道。民国成立后南归任浙江杭县知事。1912年4月，当选第一届参议院议员，赴京就职。民国初年，政党纷起。王先为民国公会会员，后继为共和党员，后又为进步党员，任党务部长。1913年初，袁世凯下令进行国会议员选举，王家襄被选为参议院议员。“二次革命”起，张继辞参议院议长，本日，经参议院选举，王当选议长。
9月4日袁世凯准外交总长陆征祥，财政总长周学熙，司法总长许世英，农林总长陈振先，交通总长朱启钤辞职，各部部务以次长代理。
9月5日众议院议决先选总统后定宪法众议院议决先定总统选举法及其权限，于选举总统后再定宪法。6日，将此议案咨达参议院。8日，参议院议决通过。
9月6日袁世凯令免江苏民政长应德闳职，由韩国钧继任。
参议员周廷励、朱兆莘在北京发起组织集益社，本日成立。该社以广东省籍议员占多数。
9月7日公民党成立铁路协会（负责人梁士诒）、潜社（由国民党分出，负责人马小进）、集益社（负责人朱兆莘）、超然社（负责人郭人漳）、国会同志会（负责人李庆芳）等在北京组成袁世凯御用之公民党，该党以梁士诒为党首，通电宣布政见，鼓吹从速选举正式总统。
9月10日袁世凯任命屈映光署浙江民政长。
9月11日熊希龄内阁组成袁世凯特任孙宝琦为外交总长，朱启钤为内务总长，梁启超为司法总长，汪大燮为教育总长，张謇为工商总长，周自齐为交通总长，张謇暂兼农林总长，熊希龄兼财政总长。至此，熊希龄内阁组成。宋案发生后，在全国舆论的压力下，赵秉钧自5月间就被迫“请假”，国务总理一职一直由段祺瑞代理。各部总长也七零八落。7月底至8月初，对南方用兵节节胜利，使调整政府机构成为不可避免的事。为了取得进步党人的支持，7月31日，袁世凯正式任命熊希龄为国务总理。熊希龄内阁在组阁过程中遇到来自袁世凯的阻力。熊希龄在7月初得到组阁的消息后感到非常意外，7月18日上辞呈说：“自揣能力，与现在之暴烈分子、腐败官僚两派绝不相容”，所以总理一职“万难从命”。袁复电不允，并命他速来北京“计议大局”，7月20日能希龄入京，与袁面谈，并与进步党领导人筹商进退。进步党领袖梁启超认为组阁是扩张党势的大好时机，并极力怂恿熊希龄就任，而且表示自己愿意入阁担任财政总长，给予实际支持。熊希龄一到北京，袁就把一张总长的名单交给他：外交孙宝琦，财政周自齐，交通杨士琦，内务朱启钤，陆军段祺瑞，海军刘冠雄，重要的部都由北洋派占据，剩下农商、司法和教育三个部让熊希龄物色人选。以袁看来，代价已经相当高了。所以，他对熊希龄以梁启超为财政总长的要求始终不肯答应。8月26日熊就职，28日赴参众两院发表施政演说，但内阁人选仍未完全确定。一直拖到9月初，袁才同意采取折中的办法，由熊希龄自兼财政总长，而将周自齐调交通总长。9月11日，各国务员经国会通过，并由袁世凯任命。至此，民国以来的第三届内阁才正式组成。阁员9人中，进步党4人，其余5人都是北洋派。熊内阁是北洋派和进步党的联合内阁。由于梁启超、汪大燮和熊希龄都是社会名流，张謇是全国闻名的实业家兼教育家，于是这个内阁就被称为“第一流人才内阁”。
驻京日本公使以兖州、汉口、南京三处交涉案向外交部提出要求本年8月5日，日本大尉川崎在兖州戒严区域微服旅行，武卫前军误为间谍，袭留营中，旋即释放。8月11日汉口日本军官西村中尉行近刘家庙北军司令部门首，意图入内，军士劝阻不服，致被拘留，旋亦释放。本月1日北洋军克复南京，张军入城时击毙日本侨民3名。本日，日本公使承其本国政府训令，向外交部提出如下要求：（一）兖州事件。甲，直接负责者斥革，监督免官。乙，该队指挥官前往日本司令部陈谢。丙，中国政府行文日使陈谢。（二）汉口事件。甲，严罚在场指挥将校兵卒，由日本军官观刑。乙，革斥队长，申饬其监督上官。丙，该师团司令官赴领事馆陈谢。丁，由中国政府向日政府表明抱歉。（三）南京事件。甲，犯事兵卒及直接指挥官处以死刑及严罚。乙，南京都督及直接亲属长官严加戒饬。丙，都督赴领事馆陈谢。丁，死伤损害如数赔偿。戊，犯事联队至领事馆门前捧枪。己，中国政府向日本政府表明陈谢。北京政府于9月15日答应照办。
直隶昌黎日兵枪杀华警本日晚，昌黎县京奉车站铁路防兵因买物与小贩争执。巡警杨秋桐调解，复生冲突。日兵回营，邀集兵队数十至警署指责秋桐。警官出而劝解，又被日兵开枪轰击，击毙巡警三名，伤两名，不久死去。而日本方面则谓华警殴打日兵，日军官带队至警署责问，华警欲开枪轰击，不得已才开枪相应。北京政府以日人所述与直省报告不符，因与日使商议，双方派员前往该地调查，以凭核办。经调查，10月21日外交部向驻京日使提出要求条件。内容大致如下：（一）日本政府对于昌黎受伤巡警与已故巡警家属，应施以抚恤。（二）日本政府应将昌黎肇事之日兵严行惩办。（三）所有现在驻扎昌黎之兵应一律调换。（四）日本政府应确实保证将来不再发生此等惨剧。（五）日本驻京公使应向中国政府道歉。（六）日本驻昌黎之军队，应向该处巡警局道歉。磋商再四，日方始允抚恤、道歉，但拒不惩凶。此项交涉不久停顿，拖至1914年4月14日以日方赔偿方式了结。
9月12日袁世凯就9月1日张勋军攻陷南京时，乱兵杀害日侨三名；并抢掠日商店铺，下令“江苏都督张勋迅速查明戕掠凶犯，按军法从严治罪，其约束不严各该管官一并查明，分别参惩。所有被戕掠之日本商民，着李盛铎查明损害情形，按数赔偿并妥为慰问。”
袁世凯任命马福祥为甘肃、宁夏护军使兼署宁夏将军。
四川讨袁军失败早在重庆宣布独立以前，四川讨袁军就以龙光为第一支队长，进驻永川，准备进攻泸州。独立宣布后，即分兵两支，一支由吕超率领，向隆昌进攻；主力自王坪向立石站、寒坡场进击。讨袁军又以余际唐率部进攻合江一线，配合进攻泸州。对重庆北面，则以防御为主。成都方面，胡景伊部将、四川第一师师长周骏驻守泸州。胡于重庆宣布独立后，令王陵基将所部模范团及四川第二、三师编组一支队沿江东下。8月12日，袁世凯命令鄂督黎元洪、陕督张凤翔、滇督蔡锷、黔督唐继尧“酌拨劲旅，会合兜剿”，四督遵令拨队援川。战斗开始后，两军在隆昌、立石站一寒坡场相持不下，互有进退，讨袁军难以进展。8月14日，川军周骏所部左纵队即第一师第一团的营长梁渡、贺重熙、吴行光在隆昌前线击毙团长吴成礼，响应讨袁。28日，梁渡率部配合吕超夜袭泸州，直逼龙透关。周骏率部死守，岌岌可危。血战两昼夜，讨袁军屡攻不克。9月7日，讨袁军又四面攻泸。周骏在五峰顶督战，两军在泸州前方数里之草店子、牛壁关、黄角村一带鏖战一日，讨袁军伤亡严重，攻势顿挫。这时，川军第四师于9月8日进占资中，9月10日占领渝北门户合川。南路援川黔军由旅长黄毓成率领占领綦江，兵逼重庆。滇军由刘云峰率一旅之众入川，进至宜宾。陕军由张钫率一师之众兵临夔州。于是，余际唐、吕超率部还救重庆。但熊克武已于9月11日离渝出走。12日，黔军占领重庆。讨袁军残部陆续溃散。四川讨袁军失败，整个二次革命完全沉寂。
9月15日袁世凯令拿办川边泸城统领张煦。
9月16日袁世凯令四川民政长张培爵辞职。
9月17日袁世凯通令嘉奖入据重庆的贵州援川第一混成旅旅长黄毓成，特授勋五位，并任黄为重庆镇守使。
教育部致电各省都督，定旧历八月二十七日孔子生日为圣节，令各学校放假一日，并在该校行礼。
9月19日袁世凯任命韦绍皋为广西民政长，张广建为陕甘筹边使。
9月20日宪法起草委员会推定第一~第九章各章起草人，委员会开始起草宪法草案工作。23日又加推张耀曾、汪荣宝、黄云鹏、孙钟、李庆芳5人为宪法条文起草委员。
9月23日蒙古经棚失守内蒙古东境前经多伦镇守使王怀庆督率淮军进剿叠获胜利，毙匪多名。嗣以兵队不敷分驻。驻经棚军开拔他往，而填驻之米振标军未到，蒙匪乘虚而入，遂为所占。