孙中山发表宣言告全体国民促袁辞职宣言中说：“愿全体国民一致主张，令袁氏辞职，以息战祸。庶可以挽救国危，而慰民望。”同日，孙中山并致电袁世凯，敦促袁辞职。电文中说：“文于去年北上，与公握手言欢，闻公谆谆以国家与人民为念，以一日在职为苦。文谓国民属望于公，不以在临时政府而已，十年以内，大总统非公莫属。……何图宋案发生，证据宣布，愕然出诸意外，不料公言与行违至于如此，既愤且懑！而公更违法借款，以作战费，无故调兵，以速战祸。异己既去，兵衅仍挑，以致东南军荷戈而起，众中一辞，集于公一身。……清帝辞位，公举其谋，清帝不忍人民涂炭，公宁忍之？公果欲一战成事，宜用于效忠清帝之时，不宜用于此时也。……公今日舍辞职外，决无他策。……若公必欲残民以逞，善言不入，文不忍东南人民久困兵革，必以前此反对君主****之决心，反对公之一人，义无反顾。”同日，孙中山还发表通电，表示如袁不愿辞职，他“惟有从国民之后”，推翻袁世凯。
袁世凯密遣蔡廷干运动外交团，不准革命党领袖人物在各地租界居留，并允报以“特别利益”。上海公共租界工部局旋于23日提出取消孙中山、黄兴、陈其美、岑春煊、李平书、沈缦云、王一亭、杨信之八人租界居留权。26日，经驻沪领事团议决同意，并饬工部局出示宣布。
中法订立《同成铁路借款合同》交通部、财政部与法国、比利时两国铁路公司订立同成铁路借款合同。本年，京绥铁路的修建已将达大同，陇海路汴洛段已完成，洛潼段也开始修筑。山西商办同蒲铁路公司因财力困难，造成工期延迟，公司濒于破产。北京政府即准备将同蒲铁路收归国有，并将由蒲州河对面的潼关路接至西安，经汉中至成都，为同成铁路，作为京汉铁路以西的一条干线。为此，与法、比公司磋商同成铁路的借款。本日，由财政部、交通部两部总长同比、法公司代表，签订该路1000万镑的借款合同22条。
7月23日袁世凯令销去孙中山筹办全国铁路全权职务。31日，袁世凯令将所有铁路公司条例内事权暂由交通部执行。
7月24日北洋军占领徐州在江苏战场上，战斗爆发前，北洋第五师在韩庄前线仅驻有两营兵力，由旅长方玉普率领，五师其他部队散处各地，尚未集中。张勋屯兵兖州，跃跃欲试，但并未南移。在讨袁军方面，同样也无准备。冷通于南京宜布独立之前回到徐州，仓促收拢部队，于7月15日占领利国驿。16日晨，冷通未待全师集中，也未待一、八两师北上，即以孤军率先投入进攻，企图一举占领韩庄。方玉普率部抵抗，坚守待援。江苏第三师攻击竟日，未能得手。17日展，冷加强了前线的兵力，继续发动猛攻。正酣战间，张勋武卫前军统领张文生率部来援，田中玉部巡防营随后也到达韩庄前线。江苏第三师遭北军夹击，被迫退守利国驿。7月18日，北军转入反攻。袁世凯调兵遣将，支援前线。北洋第五师十九团由团长潘鸿钧率领，步行二百里赶到韩庄，炮五团团长郑士琦也自济南率步兵一营、炮队一连赶到前线，将利国驿车站轰毁。北军兵力加强，讨袁军后援未到，被迫撤出利国驿，扼守二郎山口。19日，富有战斗力的讨袁军主力第八师由刘建藩率领抵达前线，向敌军左翼实施反攻，激战一昼夜，包围敌军一部。北洋第五师将两营后备队全部投入战斗，才突围后撤。是日上午，讨袁军江苏第一师一支队开赴前线，声势大振，再度向敌攻击，迫使北军撤退到利国驿附近。讨袁军前锋一度追过运河。但是，讨袁军兵力不足，未能扩大战果。22日，北洋第四师何丰林旅开抵前线，北军实力加强。张勋所部马队绕道台儿庄进击徐州东路，威胁讨袁军侧背。讨袁军在徐州北的柳泉一茅村之间与敌激战，态势不利。这时，江苏第三师张宗昌部马队在北军策动下竟率先后退，扰乱了讨袁军的阵线。讨袁军全线溃退，放弃徐州，直奔蚌埠。北军于7月24日未遇抵抗，占领徐州。讨袁军尽管建制完好无损，但高级将领们斗志消沉，无意部署节节抵抗。一、八两师奉命撤回南京。第三师则军心涣散，冷通脱离部队回到南京，旅长伍崇仁等退守浦口，向北军接洽投降。只因北军进兵迟缓，才使战事处于间歇状态。
7月25日袁世凯下令革去代理福建第十四师师长陆军中将许崇智军职并拿办，革去代理九江镇守使陆军少将耿毅军职并拿办。
梁启超致信袁世凯请尊重国会1913年7月23日，袁世凯下令逮捕冯自由等国民党籍议员，引起国民党籍议员的恐慌。梁启超为了维持国会议员人数在2／3以上，以便“内阁通过，宪法制定，总统选出”，于本日写信给袁世凯，要他“将尊重国会之意一为表示，或用命令，或咨两院议长，使宣明此意，以释谣诼”。第二天，梁启超又给袁世凯写信催促速发议员公费，告诫他“以为兵威既振，则国会政党不复足为轻重，窃谓误天下者必此言也”。袁世凯还需要国会选他做总统，接受了梁启超的意见。
湖南宣布独立湖南都督谭延自辛亥革命之后，处在革命党人的包围之下，参加了同盟会国民党。他原本是前清立宪派人士，因此，与各方面都保持着密切的关系。由于湖南革命党十分活跃，谭延不能不参加四省联盟。但湖口起义之后，他即通电说：“伏望大总统开诚布公，与民休息；副总统、各省都督排难解纷，各抒谠论，以维大局。勿使浔阳一隅，首为全国糜烂起点。”希望息事宁人。当时，湖南籍革命党人纷纷回湘活动。谭人凤、周震鳞、陈强、唐蟒等人日夕向谭延进言，要求宣布独立。谭延穷于应付，偷偷派人到鄂，向黎元洪私通款曲说：“已准备药水，如湘称独立，即服毒自尽，以谢天下。”黎元洪担心湖南没有谭延将更难抑制革命党人的活动，因此，他力劝谭“徒死无益，不如暂为一时权宜之计，阳为附和，徐图敉平”。于是，谭延依黎计行事，尽量敷衍革命党人，竭力推迟宣布讨袁的时间。当时，湖南革命党人正面临着军力不足的严重困难。自宋案发生之后，为了备战，程潜匆匆忙忙编组了三个步兵团和一个炮兵营，尚不足一师兵力。尤其严重的是，湖南军队缺乏武器弹药。先是，长沙的军火集中在荷花池军装局，袁世凯在湖南的走卒向瑞琮、唐乾一等人，为了阻止革命党人起兵，在谭延眼开眼闭之下，大肆活动。他们于7月7日偷偷地放了一把火，将荷花池的军火烧得精光，这样一来，湖南军队几乎瘫痪。为了起兵，湖南革命党人不得不先向粤、赣要求支援军火，从而延缓了他们的军事行动。谭延7月25日，才被迫宣布独立讨袁，并部署讨袁军事，一方面自岳州出师湘、鄂边境，一方面组织援赣。
北军占领江西湖口本月11日，李烈钧对军事作了部署，密电委任林虎为讨袁军左翼司令，指挥一、二、七团攻击沙河、十里铺一线北军。任命方声涛为右翼司令，指挥三、九、十团攻击九江城南金鸡坡炮台北军，任命何子奇为湖口守备司令。在江西战场上，北军李纯仅有一师兵力，悬军深入，态势突出。他以一混成旅兵力部署在九江城内至沙河一线，另以一混成旅兵力部署在长江两岸集结待命。7月12日8时，林虎以一团兵力猛烈攻击沙河北军左翼，续增一团后兵力向北军右翼发起猛攻，另分一支进击十里铺要道，企图抄袭敌军后路，与北军发生遭遇战。激战竟日，讨袁军初战获胜，占领沙河。
但是，当左翼苦战之时，右翼方声涛尚未进入攻击阵地。九江赣军未能及时响应。7月12日下午，北军二十二团团长张敬尧率部进驻金鸡坡一马宿岭一线，协同叛将陈廷训（拥有一营兵力）布置防务。入夜，六师后续部队全部开赴九江，增强了十里铺一线的兵力。13日，两军复激战竟日，不分胜负。是日夜，李纯获得李烈钧将于当晚夜袭金鸡坡炮台的情报，急忙从右翼前线抽调兵力增援张敬尧。方声涛把队伍开赴前沿之后，听到沙河方向炮声停顿，以为战机不利，命令部队退回原地，放弃了进攻计划，又一次丧失了协同作战的时机，并且一进一退之间，也挫伤了士气。14日拂晓，李纯集中三个团的兵力向沙河镇一苗家湾一线发起进攻，林虎率部顽强抵抗。16日，被迫退却再也无力出击。7月16日7时，方声涛率第九团、机关枪两连、新编独立营向金鸡坡炮台发起进攻，在八里坡一线激战，北军几不支。战至下午6时，讨袁军失利，被迫退却。在撤退途中，营长叛变，丧失了进攻的能力。7月17日，北洋第二旅鲍贵卿旅第四团（欠一营）随后陆续开抵江西战场。袁世凯于7月16日任命段芝贵为第一军军长、江西宣抚使，节制赣、鄂北洋各军。7月20日，段芝贵率拱卫军八营抵达九江。海军次长汤芗铭也从北京经汉口前来指挥海军舰队。李烈钧鉴于战斗失利，遂将司令部移驻吴城，部署节节抵抗，以待湘、粤援师。但湘、粤援师迟迟不发，江西战场上的力量对比发生了逆转。段芝贵以李纯为左司令，王占元为右司令，除以李纯率一部驻守十里铺一线，与林虎相持外，其余各部会同海军舰队进攻湖口。7月23日晚开始，北军兵分三路，向湖口一线展开军事行动。25日，湖口被北军占领。
7月26日袁世凯任命龙济光为广东镇抚使，龙觐光为广东镇抚副使。
袁世凯命拿办陈炯明命令说：“迭据新加坡槟榔屿侨商、广州总商会、香港、澳门各政党、各行业商民人等屡电称本月十八日都督陈炯明在议会拔刀威逼议员宣告独立……陈炯明祸国祸乡，竟敢通电各省，措辞狂悖，罪不容诛，应即褫去广东都督职并撤销陆军中将暨陆军上将衔。着龙济光督饬各师旅长振兵声讨，悬赏拿办，其被胁之徒，但能主动自拨，概勿深究。”
7月27日袁世凯下令免去安徽民政长兼都督孙多森职，任命倪嗣冲为安徽都督兼民政长。
袁世凯下令任命彭光烈为川边陆军第一师师长，孙兆鸾为川边第二师师长，刘存厚为四川陆军第二师师长，熊克武为四川陆军第三师师长。
7月28日袁世凯任命郑汝成为上海镇守使。
7月29日南京独立取消本月25日，一度蛰居的程德全又重新活跃起来。他看到讨袁军到处失利，败局已定，遂于7月25日发表通电，声明南京独立的一切文电，是“假用德全名义号召”，他又与应德闳联名通电声称：“17日抵沪后，即密召苏属旧部水陆军警，筹商恢复。”并宣布在苏州行署办事，从而在政治上给南京独立以沉重的打击。驻苏州江苏第二师师长章驾时于南京独立后即弃职赴沪，旅长朱熙代理师长职务，这时接受程德全指挥。翌日，镇江也接受程德全的命令宣布取消独立，沪宁铁路当局也奉北京交通部的命令停止通车，宁、沪间的联系被截断，二次革命的中枢南京陷入了腹背受敌的严重局面。黄兴坐镇南京，一筹莫展。程德全于7月26日致电黄兴，要黄“取消讨袁名义，投戈释甲，痛自引咎，以谢天下”。28日，南京军界接到了程德全取消独立的密电，南京卫队营长张鹏翥更接到了程德全捉拿黄兴的电令。张把程的电令报告了黄兴。黄兴看到败局已定，悲愤万分，企图自杀，经部下一再规劝，遂于29日夜乘日轮静冈丸离宁。他本拟赴沪，因无法上岸，遂随轮前往日本。临行之际，他嘱陈之骥维持南京秩序，免遭乱兵蹂躏。黄兴走后，讨袁军重要将领章梓、洪承点也相继离去。于是，南京陷入了“三军无主”的局面。黄兴出走的同一天，岑春煊也离沪赴粤。7月29日，代理江苏民政长蔡寅、第八师师长陈之骥、代江苏第一师师长周应时等当即宣布取消南京独立，并立即发电与袁世凯联系，要求程德全、应德闳回到南京处理善后事宜。南京独立运动黯然瓦解。
7月30日原驻徐州江苏第三师讨袁军通电参、陆两部，声明取消独立，恳请北军停止前进。两部不久电复三师，指责该师轻听乱党指挥，突攻韩庄，属叛逆行为，应向冯国璋缴械，听候安置。8月1日，参陆两部电冯国璋转达袁世凯令，将该师立即缴械，士兵发给月饷遣散。
7月31日讨袁军进攻上海制造局失败上海讨袁军因幻想和平接管制造局，因而迟迟没有开战。这样就使北军于抵沪之后，赢得了半个多月的准备时间。临战之前，郑汝成放弃了龙华分局以收紧兵力，集中力量坚守总局。他又迫使原驻局内的六十一团、三十七团撤往局外，防止发生内应事变。北军日夜兴工，加强防御工事，决心坚守待援。海军倒向北军一边。7月16日吴淞要塞司令姜国梁宣布独立时，海军总司令李鼎新曾派舰队会同步队一营往攻吴淞。上海开战后，海军协助郑汝成攻击讨袁军。陈其美鉴于沪上各军力量不足，不得不向南京请援。南京方面看到上海行动不力，影响大局，只好从镇江赵念伯的三十二旅拨出一团支援上海，于7月19日到达。又把南京的福字营调回上海，于22日到达。福字营为刘福彪统带，辛亥革命时由上海游民分子组成，1912年间由程德全将该军调赴南京，有炮一营，步三营，但实力不足。刘部到沪后，陈其美将福宇营改编为特别敢死队。至此，上海讨袁军的兵力部署大体完成。
23日凌晨2点55分，战幕揭开，上海讨袁军向北军驻守的制造局发动进攻。六十一团、三十七团攻击制造局西栅，福字营助攻，松军、镇军攻击望道桥制造局正门。北军死战，海军发巨炮压制讨袁军火力，沪军炮兵营被摧毁，讨袁军的进攻遭到挫折。北军凭借既设阵地，发挥训练有素的技战术优势和火力优势，成功地以微小代价击退了讨袁军的进攻。讨袁军由于军官缺乏战术素养，士兵缺乏战斗训练，队形密集，射击不准，攻击乏力，自清晨3时一直战斗到上午11时，攻击无效，伤亡累累，不得不暂时停止进攻。23日夜，讨袁军因白天攻击不利，发起夜战，但依然未能奏效。郑汝成看到讨袁军攻击受挫，士气不振，顿时猖狂起来。他函致南市商团威胁说，如果陈其美不取消司令部，他就要进攻南市。陈其美为避免南市商场遭到战火破坏，遂将司令部迁往闸北南海会馆。24、25日双方继续战斗。26日，驻沪领事团与工部局西董会议，不准在租界及其附近地区进行战斗，”日晨，租界工部局借口闸北中国商人请求保护生命财产，派遣总巡捕卜罗斯率马队侵人中国地界，开往闸北南海会馆和湖州会馆，驱逐讨袁军。******所率原六十一团一部约200余名讨袁军为英军缴械。于是，闸北一度为英美军队控制。28日晚，讨袁军对制造局北军象征性地发起最后一次进攻，很快就脱离了战线。这一天，海军总长刘冠雄率领舰队护送北洋第四师李厚基旅南下，三天后陆续到达制造局。讨袁军遂由龙华向七宝一线退却，制造局解围。7月31日，浙江都督朱瑞派遣浙军开赴上海支援北军。松军被迫辗转撤往吴淞一带。进攻制造局之役至此完全失败，上海讨袁军被迫守江湾一吴淞一隅。