清王朝是我国历史上最后一个封建王朝。从清王朝近280年的统治过程看，它继承了元、明两代对藏区管辖的有效政策，实行了更加直接、更加全面的统辖。
尤其是清代前半期在藏区推行的一系列政策，对藏区、特别是西藏封建农奴制经济的发展，对清代统一的多民族国家的巩固发展起到了积极的作用。随着清政权的日益腐败衰落，加之帝国主义列强的不断入侵，整个藏区各族人民同样经历了与中华民族整体命运别无二致的坎坷历程，这是中国封建社会末期内忧外患酿造的必然结果。
【第一节】西藏噶丹颇章地方政权的建立及其与清政权的早期联系
一、噶丹颇章政权的建立
15世纪初格鲁派创立以后，经过了近两个世纪的传播和发展，形成了一个庞大的寺院集团，其影响覆盖整个藏区、蒙古地区、土族地区和藏蒙汉接壤区域的汉族地区，赢得了这些地区大多数群众的信奉和拥护。格鲁派势力的不断发展壮大，危及藏蒙地区其他教派和部分地方势力的利益，不可避免地引起另一些教派和地方势力的敌视反对，逐渐形成了格鲁派及其一贯支持者帕竹政权与噶玛噶举派及其支持者藏巴汗地方政权相对垒的局面。1564年，帕竹阐化王阿旺扎西扎巴去世后，帕竹政权日益衰落。1618年，以后藏为据点的藏巴汗彭措南杰（1568—1621年）推翻帕竹政权，控制了后藏全部地区和前藏大部分地区。1621年彭措南杰去世后，其子丹迥旺布（1606—1642年）继任藏巴汗，他极力遏制打击格鲁派势力。
正值这个关键时期，年仅28岁的四世****喇嘛圆寂，使格鲁派雪上加霜。尽管格鲁派处境艰辛，但因有两个世纪的发展，已深深植根于藏蒙社会。单凭藏巴汗和噶玛噶举派当时的力量要扼杀格鲁派是远远不够的。1633年，藏巴汗派人到漠南蒙古察哈尔部，说服察哈尔的林丹汗改信噶玛噶举派，并劝其率领蒙古军队前往西藏联合消灭格鲁派。林丹汗应允并带兵行至青海夏日塔拉时暴病去世，藏巴汗消灭格鲁派的计划因此流产。
后来藏巴汗又派密使与当时盘踞在青海的喀尔喀部却图汗结盟。却图汗原为漠北蒙古喀尔喀七大部落的首领，因与当地其他蒙古部落的战争中战败而率所部数万人进入青海，很快征服了游牧于青海湖周围的蒙藏各部落，成了“青海王”。却图汗信奉噶玛噶举派，所以当即答应藏巴汗的请求，于1653年派兵入藏，企图一举消灭格鲁派。与此同时，在康区信奉本教的白利土司敦月多吉，一贯反对佛教，利用一切手段破坏了西康地区萨迦派、格鲁派、宁玛派的大多数寺院，肆意迫害各教派僧侣，将许多喇嘛逮捕入狱。由于敦月多吉反对格鲁派，藏巴汗与白利土司也结成了反对格鲁派的联盟，从而使格鲁派三面受敌。
1634年，却图汗父子经与红帽派饶降巴喇嘛等会晤，决定联合消灭格鲁派。
会后，却图汗派其子阿尔斯兰率兵万余进军西藏，任务是迫害格鲁派僧侣，捣毁格鲁派寺院。但阿尔斯兰却违背父命，在羊卓雍地区倒戈，与藏巴汗的军队开战，并到拉萨专门拜谒了****喇嘛。此事激怒了却图汗，遂密令饶降巴等人杀死了阿尔斯兰。就在却图汗等密谋消灭格鲁派的同时，五世****、四世****和支持格鲁派的前藏领主第巴却吉多杰等共同商讨，秘密派人到西蒙古厄鲁特求援。接到格鲁派求援要求后，和硕特部首领固始汗自告奋勇，要求前往。
固始汗，本名图鲁拜琥（1582—1655年），是漠西厄鲁特蒙古四部之一和硕特的首领，是和硕特汗王哈尼诺果尔的第四子。少年时便以勇武扬名，25岁时因调解厄鲁特与喀尔喀之间的冲突成功，被喀尔喀汗王授予大国师印，因此被人们称为固始汗。他继承汗位后，率众在天山南路游牧。明末时期，因受到准噶尔部势力挤压，他便产生袭据青海、控制卫藏的企图，格鲁派的求援对固始汗来说正好是个难得的机遇。1636年冬，在准噶尔部首领巴图尔洪台吉的配合下，固始汗率兵万余途经伊犁、塔里木盆地，于1637年进入青海。经与却图汗部激战，消灭了却图汗部，占据了青海湖环湖大片土地。却图汗被消灭，引起了白利土司敦月多吉的恐惧。1639年，他捎信给藏巴汗，说：“让我们为友谊而联合起来……在将被毁掉的色拉、哲蚌、甘丹三大寺院的废墟之上建塔是很好的事。让我们每个人信奉适合自己的宗教——佛教或本教吧。”就在白利土司和藏巴汗加紧联络之时，1640年，固始汗在发兵进藏途中，首先消灭了敦月多吉势力，释放了所有被关押的格鲁派、萨迦派、宁玛派僧人，从而赢得了上述几个教派僧人及其信教群众的好感。1641年夏，固始汗佯装兵返青海，然后突然进军西藏，向藏巴汗发动攻击。藏巴汗噶玛丹迥旺布虽拼力抵抗，但最终被击败并投降。固始汗囚藏巴汗于柳吾溪，开始并没想杀他。后从俘获的黑帽派十世活佛却英多吉的厨师曲英佩带的护身盒内发现了一份分别盖有红帽系活佛、黑帽系活佛和藏巴汗印章的秘密文件，主要内容是他们伺机联合发动叛乱，杀掉固始汗，囚禁五世****和四世****，彻底摧毁格鲁派寺院。固始汗见到此密件后，便下令将藏巴汗用湿牛皮裹捆起来后投入柳吾溪附近的河里处死，并下决心彻底击垮了噶玛噶举派。
消灭了藏巴汗后，固始汗便任命西藏行政官员，封赐世俗贵族，驻军达木（今当雄），置西藏于他的统治之下。在固始汗的支持下，格鲁派取得了青、康、藏地区佛教的统治地位。固始汗奉五世****为宗教领袖，将桑珠孜在内的西藏十三万户奉献给****喇嘛，以西藏赋税供养格鲁派。将西藏地方行政事务交由第巴索南群培管理。第巴是****的亲信，对****来说，第巴有着辅佐处理日常事务的性质，有时可代表****全权处置有关事宜。可见，取代藏巴汗政权的第巴政权是和硕特汗王和****喇嘛共同领导的，是蒙藏联盟性质的西藏地方政权。由于当时****喇嘛居所在哲蚌寺噶丹颇章宫，这个政权又称为噶丹颇章政权。噶丹颇章政权的建立，标志着西藏各教派、各地方势力之间长达二十多年的纷争局面结束。相对安定的社会秩序，为西藏经济、社会、文化发展和促进藏区同内地的联系交往提供了新的环境，也为格鲁派扩大影响、发展其寺院集团势力提供了机遇。同时也促进了满洲统治者对格鲁派的重视与接近，为而后西藏乃至整个藏区同清王朝建立密切关系打下了基础。
二、西藏地方政权与清政权的早期联系
明万历四十四年（1616年），努尔哈赤在今辽宁新宾称汗，国号金，史称后金。
万历四十六年（1618年），努尔哈赤誓师告天，正式举兵反明。天启六年（1626年），努尔哈赤逝世，皇太极继位。崇祯七年（1634年），皇太极率军远征察哈尔部林丹汗，林丹汗在败走青海的途中病逝。次年，其子降金。至此，内蒙古诸部全部归顺金政权。崇祯九年（1636年），皇太极称帝，国号大清，改元崇德。明崇祯十一年、清崇德三年（1638年），清太宗皇太极考虑到有利于加强“满蒙联盟”等原因，接受蒙古喀尔喀三汗请求，派车辰等人出使西藏，并致书土伯特汗。书云：
宽温仁圣汗致土伯特汗曰：
自古历代帝王创业，佛法未尝断绝，朕已遣车辰、固始、绰尔济启程前往乌思藏。大呼图克图、藏王不必遣使前来。凡所欲言之事，俱由朕使车辰、固始、绰尔济面商。特此告知。
赐吉祥哈达，特以侑缄。
丁丑年冬月望日，于荷花盛放之城——盛京。
这是清政权最高统治者写给西藏政教首领的第一封书信。据苏发祥博士分析，当时的西藏，藏巴汗及其支持下的噶玛噶举派势力正炽，格鲁派正值生死存亡之机，因此，此处的“土伯特汗”当属藏巴汗无疑，而“大呼图克图”应指五世****喇嘛。而且认为，从后来的形势分析，此信没有送出去的可能性很大。
明崇祯十二年、清崇德四年（1639年），皇太极派出了以察汗喇嘛为首的使团赍书进藏。当察汗喇嘛为首的使团尚在赴藏途中时，五世****和固始汗联合派出以伊拉古克三呼图克图为首的使团前往盛京。经过长途跋涉，伊拉古克三呼图克图率领的使团于1642年10月抵盛京（沈阳）。对此，皇太极极为重视，“亲率诸王、贝勒、大臣出怀远门迎之。迎至马馆前，率众拜天，行三跪九叩礼毕，进马馆，上御座。伊拉古克三呼图克图等朝见，上起迎。伊拉古克三呼图克图等以****喇嘛书进上，上立受之，遇以优礼”。
皇太极重赏伊拉古克三呼图克图等人，并赐宴崇政殿，还命诸王、贝勒分别宴请，每5日一宴。伊拉古克三在盛京停留了8个月，于1643年6月启程返藏。皇太极亲率诸王、贝勒送至演武场，大宴饯行。还命多尔衮等送到永定桥。
清太宗如此高规格接待西藏使团，用意就在于同藏区地方势力建立良好的关系，为以后的政治统治奠定基础。1643年6月20日，清太宗在演武场大宴饯行伊拉古克三呼图克图一行的同时遣察干格隆、巴喇衮噶尔格隆等人同往西藏，并分别致书****喇嘛、四世****、噶玛法王、萨迦法王、固始汗等人。其中，给****喇嘛的书信内容是：
与****喇嘛书曰：
大清国宽温仁圣皇帝致书于大持金刚****喇嘛：今承喇嘛有拯济众生之念，欲兴扶佛法，遣使通书，朕心甚悦。兹特恭候安吉。凡所欲言，俱令察干格隆、巴喇衮噶尔格隆、喇克巴格隆、诺木齐格隆、诺莫干格隆、萨木谭格隆、衮格垂尔扎尔格隆等口悉。外附奉金碗一、银盆二、银茶桶三、玛瑙杯一、水晶杯二、玉杯六、玉壶一、镀金甲二、玲珑撒袋二、雕鞍二、金镶玉带一、镀金银带一、玲珑刀二、锦缎四，特以侑缄。
写给四世****的书信内容文字和附送的礼物与****的一样。写给固始汗的书信内容是：
又与固始汗书曰：
大清国宽温仁圣皇帝致书于固始汗：朕闻有违道悖而行者，尔已惩创之矣。朕思自古圣王致治，佛法未尝断绝，今欲于图白忒部落敦礼高僧，故遣使与伊拉古克三胡土克图偕行，不分服色红黄，随处咨访，以宏佛教，以护国祚，尔其知之。附甲胄全副，特以侑缄。
从清太宗遣察干格隆等送达当时西藏政教首领的7份书信看，给****和****的书信言辞热情，表达尊奉，而且附送的礼物也较他人丰厚，表现了清政权当时已有的选择倾向。
【第二节】五世****喇嘛觐见顺治帝，清朝册封五世****喇嘛和固始汗
一、五世****喇嘛觐见顺治帝
1643年8月，皇太极逝世，年仅6岁的第九子福临继位，是为清世祖，改元顺治。因顺治帝年幼，由睿亲王多尔衮和郑亲王济尔哈朗辅政。1644年3月，明末农民起义军领袖李自成率军攻入北京，推翻了明朝统治。但月余后，因吴三桂降清，山海关失守，清军攻陷北京，李自成败逃。至此，清王朝开始统治中国。此时，在西藏，固始汗彻底摧垮了藏巴汗政权，格鲁派在西藏和整个藏区取得最终胜利。
1644年2月，清军攻入北京之前，顺治帝就遣使赍书邀请****喇嘛，并致书告知固始汗。兹录邀请书如下：
大清皇帝赦曰：
闻尔高僧胡图克图，为嗣承古王创立之政教大统不致中断，扫除叛逆，辅助生灵，并竭诚应邀，不胜喜悦。兹念两利，特遣使偕伊拉古克三胡图克图往迎。今朕之势极盛，安定皇朝，平息暴乱，救民涂炭，是赖稽古之荫，三宝之启佑，乃至灵所赐也。钦此。
1644年，清朝入关定都北京后，顺治帝很快遣使入藏，问候五世****、四世****、固始汗，并在西藏各大寺院发放布施，以密切刚刚入主中原的清王朝与西藏政教首领的关系。1648年7月，顺治帝遣喇嘛席喇布格隆赍书敦请****喇嘛，同时分别致书四世****罗桑却吉坚赞等人，希望“俾劝****喇嘛来京”。1649年7月，“****喇嘛遣使奉表，言于壬辰年（1652年）夏日朝见，并贡方物”。
顺治帝见奉表大喜。1650年派噶足喜饶喇嘛等再次入藏，敦请****喇嘛赴京。1651年5月，顺治帝又派多卜藏古西等入藏，带赦书、礼品召请****喇嘛。同年12月，还遣使偕噶足喇嘛等200多人，专程迎接****喇嘛。
顺治九年（1652年，藏历火龙年）三月，五世****喇嘛率众多藏蒙官员、僧侣和侍从三千余人，从哲蚌寺出发离藏赴京。与****在藏启程的同时（1652年3月），顺治帝遣理藩院侍郎沙济达喇和户、礼、兵、工四部理事离京前往汤古忒部迎接****喇嘛。五世****经当雄的扎西塘向青海进发，七月底经今青海海南州抵达塔尔寺，下榻塔尔寺吉祥新宫。从塔尔寺出发经甘肃庄浪（今永登）抵达根协地方。
从这里开始，五世****由骑马改乘皇帝所赐的金顶黄轿。并上奏顺治帝“觐见之地，或在归化城，或在代噶，伏惟上裁”。
这里所说的归化城即今内蒙古呼和浩特市，代噶即今内蒙古凉城。接到五世****奏书后，顺治帝曾一度考虑亲自到内蒙古与****相见，但又考虑到****随员庞大，在“今年岁收甚歉”的情况下“恐于我无益”。
也考虑“迩因内地西南用兵，羽书来往，皆系军国重务，难以轻置”等原因，决定“特遣亲王、大臣前往”。特派和硕承泽亲王硕塞及内大臣率四部事官远赴代噶迎接。顺治帝接见五世****的地方也改为北京南苑。
二、清朝册封五世****喇嘛和固始汗
南苑，明时称“南海子”。清初开始，在这里举行阅兵。到康熙、乾隆时，这里狩猎、阅兵甚盛。1653年（顺治九年十二月）1月14日，五世****喇嘛在南苑谒见顺治皇帝，后便被迎往北京德胜门外的东黄寺居住，不久从东黄寺迁到特为****而建的西黄寺。五世****喇嘛在京停留了两个月，受到清廷十分隆重的接待，获得极为丰厚的赏赐。顺治皇帝数次在太和殿设大宴款待****喇嘛，并命诸王依次设宴，“就彼馆舍款之”。三月，****启程离京返藏，顺治皇帝在太和殿设宴送行，赐金银、鞍马、珠宝等，并命皇叔济尔哈朗、礼部尚书觉罗朗球送至京郊清河，设宴饯别，由八旗官兵护送，出长城前往内蒙古代噶地方。1653年5月，五世****喇嘛在代噶停留之时，顺治皇帝派遣礼部尚书觉罗朗球、理藩院侍郎席达礼等人，赍送刻有满汉藏3种文字的金册、金印，在前来拜谒****喇嘛的众多蒙古王公贵族面前举行授封仪式，正式册封五世****喇嘛为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇****喇嘛”。金册册文曰：