起义原定于8月9日在汉口发动，拟以汉口为中心，湘、鄂、皖各地五路兵马同时响应，但因康、梁等人允诺的汇款迟迟未到，自立军粮饷无着，起义日期只得后延，待款而动。
然而，因长江沿岸戒严，安徽大通自立军前军未能接到起义延期的通知。秦力山、吴禄贞等人于8月9日准时起义，一举轰毁大通盐局，击毁盐局轮船、厘卡炮船多艘，夺得炮船8只，占领了大通县城。两江总督刘坤一、安徽巡抚王之春急调湖北、安徽两省清军全力进剿，另派3艘兵轮驶入大通江面进行堵截。经三天战斗，义军伤亡惨重，秦力山、吴禄贞只好率众退往九华山，随后解散义军。大通起义就此失败。
8月9日当天，唐才常从上海溯江西上，抵汉口指挥起义，但因炮械延误，起义时间一拖再拖。这时大通起义失利的消息传来，湖北清军又蠢蠢欲动。唐才常、林圭等人默察形势，决定破釜沉舟，于8月28日在汉口起义，湘、鄂各地同时并举，计划汉口自立军先夺取汉阳兵工厂，解决武器装备后一举占领武汉三镇，然后挥师西安，救回光绪帝（此时由于八国联军攻陷北京，光绪随慈禧逃往西安）。
湖广总督张之洞对自立军的活动早有了解。义和团兴起后，英国一面极力拉拢张之洞结成“东南互保”，一面策动康有为指使自立军拥立张之洞在长江流域宣布独立，建立“东南自立之国”。唐才常、林圭等奉康有为旨意，也曾劝说张之洞宣布独立，脱离清政府。在清廷、英国和自立军三者之间，张之洞反复权衡，态度暧昧。但到自立军起事前，慈禧与光绪已从北京安全逃往西安，清政府得以苟延残喘，于是张之洞决计剿灭自立军，并将这一决定通告英国驻汉口领事傅磊斯。
英国此前也暗中支持唐才常，有意把自立军作为可资利用的肢解中国的途径之一。但此刻八国联军正与清政府洽谈媾和条件，对慈禧采取“保全主义”；同时英国也惧怕自立军起义动摇它在长江流域的统治秩序，故转变态度，支持张之洞扑灭自立军。
8月21日晚，张之洞下令清军包围唐才常、林圭在前花楼街宝顺里4号的住所和设在汉口英租界内李慎德堂的自立军总部，并于次日清晨逮捕了唐才常、林圭等30多人，查获自立军大批军械、印章、书札及“富有票”等。次日清晨，唐才常、林圭、傅慈祥等20余人在武昌紫阳湖畔被残酷杀害。
退往九华山的秦力山、吴禄贞得知唐才常等人被害后，立即解散部队，分别潜伏。新堤自立军右军一部及湖北蒲圻、麻城、沙市、巴东和湖南常德、岳州等地的自立军及会党组织也曾举行起义或开展零星、分散的斗争，但在张之洞严厉镇压下也相继失败。
唐才常领导的自立军是资产阶级革命派、保皇党及各地会党等诸多社会力量组成的联盟武装，其成立伊始，政治纲领就自相矛盾，宗旨模糊，兼之对英帝国主义和洋务派官僚张之洞抱有不切实际的幻想，因而起义未给清政府造成沉重打击即迅速失败。但自立军起义是戊戌变法后在长江流域掀起的有10多万人参加的武装斗争，锋芒直指掌握清朝实权的后党顽固派，在当时具有进步意义。这次起义还吸引了革命派参加，导致了保皇派的分化和革命派的发展，为推动两湖地区资产阶级民主革命运动创造了条件。
两宫太后“庚子西狩”
1900年8月10日，八国联军大败屯军河西务的李秉衡军，清廷知联军不可阻挡，攻陷北京乃迟早之事，遂下诏“西巡”，并准备车辆。12日，慈禧太后令赴使馆求和，朝臣个个推辞，均不敢往。13日，八国联军进逼北京城下，皇宫日夜不安。14日，八国联军攻城，外城破。清军退人内城，与八国联军展开激烈巷战，城中大乱。慈禧太后忧心如焚，一日召见朝臣五次。朝臣越到越少，夜深12时召见，只王文韶、刚毅、赵舒翘三人到。慈禧不禁垂泪道：“只剩你三人在此，其余均舍我母子二人而去，你三人务必随驾西行。”三人诺诺。
1900年8月15日晨，内城巷战更紧。慈禧换上蓝布衫，梳汉式头，扮作乡下农妇。光绪换上黑纱厂衫和黑布短裙。慈禧诏令妃嫔不准随行，并不顾光绪泣求，推珍妃于井中，而后出西华门奔德胜门，出德胜门西奔而去。太后和光绪均乘驴车，同行人很少，只有太监数人步行相随。沿途不时有人赶上同行，到怀来县时，已有载漪、奕勖、载勋、刚毅、王文韶等大臣10余人，各部司10余人，护驾将士200多人。这一日，两宫等忙于逃难，滴水未进。护驾将士以随驾为名开道，驾尚未到，乱兵已至，抢的居民铺户，处处皆空。銮驾未到，民户已跑光，食物已抢尽。当晚抵贯市，两宫等已饿了一天，有民户献上麦豆，众人捧在手里吃了。当晚住在清真寺中，天冷无卧具，村妇送来未干的布被，两宫只好将就铺上睡下。贯市富商李姓，请圣驾喝小米粥，并奉上三乘驼轿，两宫和皇帝这才吃顿饱饭，免了乘驴车之苦。
16日，两宫携皇帝再行，白天酷热，行路很苦，傍晚才到居庸关。整整一日，两宫只吃了两个鸡蛋，其他人却都饿着。17日，抵怀来县，县令吴永来接，匆忙准备行馆饮食，不料饮食被饥饿的士兵们抢吃了。给随从们熬的小米粥，三锅只保住一锅没被乱兵抢吃掉。慈禧无奈，只好将就着喝了点粥。喝完粥，慈禧要吃鸡蛋，吴永急派人上街去找。找来找去只找到5个。慈禧吃了3个，两个留给光绪。慈禧又要换衣，吴永只好将母亲的遗衣奉上，公主们也只好将就着穿吴永的衣服。19日，两宫抵沙城，宣化府备轿4顶，并送旗装若干。至此，慈禧等才有轿乘，有旗装穿。
20日，两宫抵鸡鸣驿，以光绪帝名义发布久经修改之罪己诏。诏曰：近日民教不和，变生仓促，竟至震惊九庙，慈舆播迁。自顾藐躬，负罪实甚。然祸乱之萌，非一朝一夕，果使大小臣工有公忠体国之忱，无泄沓偷安之习，何至一旦败坏若此？尔中外文武大小臣工天良何在？试念平日之爱恩遇者何若？其自许忠义者安在？此罪己诏是随行的军机章京鲍心增随拟，初稿原有许多沉痛自责字句，经过亲王大臣们七删八改，成为慈禧毫无过失，有责任的只是光绪，有罪的只是大小臣工的诏书。罪己诏后段自然有一些卧薪尝胆励精图治等一番废话，但既然罪己都不能做到，还能吸取教训励精图治吗？
21日，两宫抵宣化府。此乃大镇，供应稍好。早巳疲惫不堪的两宫等在此休息4日，略养精神。在宣化，慈禧太后令陕西巡抚端方在西安预备驻跸之所，初定人陕避难。25日，两宫离宣化抵左卫原。26日抵怀安县城，27日抵天镇县城，28日抵聚乐堡。
30日，两宫携光绪抵大同府。大同城镇较大，大同府总兵衙门食宿条件也比前此各地均好。两宫遂准备在此休息4日后再行。自8月15日出京到30日抵大同府，半月之间，两宫及皇帝备尝艰辛，随从大臣更是苦不堪言。直到抵达大同，供应稍觉全备，众人始脱饥饿之苦。
9月3日，两宫在大同总兵府休整了4天后，从大同起驾至怀仁县。在怀仁县住了一夜，4日启抵岱得堡，又住一夜。5日到广武镇，6日到阳明堡并过雁门关，7日到原平镇。
9月8日，两宫到忻州城。忻州知府已备好黄轿3乘，绿轿2乘。如此，两宫和光绪才恢复了威仪。9日，两宫携光绪抵达黄土寨。
9月10日，两宫銮驾抵达太原。乾隆帝巡幸五台山时曾住太原，供张、陈设、仪物均在。慈禧一行住进行宫，顿时恢复了宫中气派。慈禧高兴地说许多物件连宫中都没有，心中大安，准备在此暂住一段时间。
八国联军攻占北京后，慈禧下令奕劻、李鸿章与各国议和，自己则越走越远，惟恐联军追及。约在8月底，日本首先提出两宫携皇帝回宫，以便议和。9月2日，端方将日本此意转告在大同的慈禧。慈禧不予理会，并于3日离开大同，向太原进发。8月29日和9月17日、26日，杨儒、李鸿章、奕劻等纷纷奏请两宫回京，以便主持大局。9月15日、16日、21日、23日，日本、比利时、俄国、美国等国先后要求并规劝两宫回京，以便议和。
对于中外敦请回銮的奏报，慈禧或者推托敷衍，或者干脆不理。慈禧太后当初力主排外，终至与各国宣战，惟恐各国报复。现联军仍在北京，且四处攻掠，山西震动，山东惊恐，慈禧避之犹恐不及，哪里还敢回京送上门去。慈禧太后早已打定主意，联军一日不撤出北京，就一日不作回京之想。因此，9月12日，慈禧再次让端方在西安预备驻跸之所。
9月29日，慈禧不顾中外反复恳切的回銮要求，下诏于10月1日巡幸西安。
10月1日，两宫携光绪在董福祥部甘军护送下，从太原起驾西行。2日抵达祁县，3日抵达平遥，4日抵达介休，5日抵达灵石，6日抵达霍州，7日抵达赵城，9日抵达平阳，11日抵达曲沃侯马，12日抵达闻喜，14日抵达临晋，17日抵达蒲州，19日抵达潼关，21日抵达毕节，22日抵达华州，25日抵达西安临潼。
10月26日，两宫銮驾抵达西安。
西安本是古都，慈禧初到，颇有自慰之意。慈禧一到西安，即把巡抚衙门改为行宫，准备一直住到联军撤出北京为止。
在两宫銮驾直趋西安的过程中，10月3日、4日、5日、6日、9日，美国、意大利、法国、德国等仍然不断要求两宫回京。张之洞、刘坤一、袁世凯、盛宣怀等封疆大吏也情辞恳切，纷纷奏请两宫回京。慈禧当然不为之所动。
从8月15日两宫携光绪离京，到10月26日两宫銮驾抵达西安，这两个多月颠泊流离的大逃难，就是两宫太后的“庚子西狩”。