从6月25日到6月28日，为清廷第一次停攻使馆。6月26日，因围攻使馆有功，也是为了安定对朝廷停攻使馆愤愤不平的情绪，清廷奖赏董福祥部甘军和义和团。
从6月29日起，义和团和清军再攻东交民巷公使馆。7月1日，董福祥督军猛攻使馆，无大进展。清军和义和团攻击公使馆，虽然攻势不大，但荣禄仍然甚为担心，于7月7日再次恳求慈禧太后下令停攻使馆。慈禧尚未答复，7月8日，董福祥及义和团又对使馆发起猛攻，击毙奥军官（Thomann）一名。7月12日，身处南方的李鸿章和张之洞等致电奕勖、荣禄等，请停攻使馆，保护各国公使安全。同日，太常寺卿袁昶也上奏，请速保护公使馆，以维持大局。
******奕勖和军机大臣荣禄立即行动，与各国公使谋和。7月14日，奕勖和荣禄再次致书英国公使窦纳乐，要求各国公使移居总理衙门，然后护送出京。各国公使认为，固守待援，远比远赴天津安全，于是窦纳乐在次日复电拒绝。16日，******奕勖等又致书窦纳乐，商议停战一事。17日，清廷又致书法德美三国，请求调解。这期间，荣禄等不断派人与使馆秘密接触，希望各国公使出面斡旋，同意议和。
7月17日，清廷第二次下令停攻使馆。此次停攻，一直延伸到7月28日。次日，总理衙门派人到公使馆；表示一定要保证各国公使的安全。7月19日，******奕勖等又致书各国公使，仍请暂时避居天津，总理衙门将派宋庆和孙万林两军护送，否则，若有不测，总理衙门不能负责。各国公使拒绝。7月20日；总理衙门以面粉、蔬菜、冰和瓜果之类的生活必需晶赠使馆，以求缓和。7月25日，奕劻仍请各国公使赴天津避难。26日，奕勖再以瓜果食物等赠使馆。
7月29日，董福祥部和义和团再攻使馆。奕勖大惊，赶紧上奏停攻使馆，同时向使馆声明以后不敢再有围攻之事，并再催各国公使赴津避难。
8月3日，清廷第三次下令停攻使馆。
然而，八国联军完全拒绝议和。从8月4日起，约1万8千人的八国联军白天津向北京节节推进。4日，联军打败裕禄、宋庆、马玉昆等军，占领北仓；6日，攻占杨村，裕禄自杀；7日，攻占蔡村，败李秉衡；9日，攻占河西务，李秉衡再败退；11日，攻占张家湾，李秉衡自杀；12日攻占通州；13日，八国联军逼近北京，当日俄军攻占北京东便门。北京转瞬即破。
8月5日，当清军和义和团得知八国联军已由天津向北京攻击前进之后，立即起而围攻公使馆，目的是拘捕各国使臣，作为人质。8月13日，八国联军在城外包围攻击北京，企图尽快占领北京，解救被困在公使馆的各国公使。而清军董福祥部和义和团则对公使馆作最后的猛攻，仍然希望在联军攻破北京内城前拘捕各国公使，以挟持八国联军。盘踞在公使馆的联军部队和各国公使，在这最后的时刻作困兽之斗，拼死力顽抗。
8月14日，八国联军攻陷北京，挺进公使馆，打散清军和义和团，解了公使馆之围。
清军和义和团围攻东交民巷公使馆的战斗，从6月20日开始至8月14日结束，历时56天，击毙联军43人，击伤联军及使馆人员152人，但自己的伤亡更大。慈禧太后的出卖，是公使馆久攻不下的根本原因。这个战斗，虽然对帝国主义的嚣张气焰有一定程度的打击，却违反了驻在国保护外交使节的国际交往准则和惯例。这是清朝封建顽固派有意将义和团反帝斗争引向盲目排外的歧路的结果。
沙俄侵占东三省
沙俄早有吞我东北野心，时刻窥伺时机。1900年初，华北地区义和团运动高涨，东北地区义和团也不断拆铁路焚教堂杀教士。东北教会势力主要是沙俄的东正教，义和团运动的兴起，打击了俄国在东北的侵略势力。俄国乃决定借机出兵，吞并东北。
沙俄财政大臣维特声称：在中国东北，只要有10万至15万军队，就能把中国打得粉碎。
6月17日，八国联军攻占大沽口炮台。23日，俄国宣布与东北接壤的阿穆尔军区和西伯利亚军区的部队进人战争状态，开始紧张的战争部署。到7月初，已动员部队11．6万多人，组成4个军团，做好了进攻中国东北和华北的准备。沙俄的军事计划是：以旅顺口为基地的西伯利亚第一军团，负责夺取大沽、天津和营口，进逼北京和盛京（沈阳）；以伯力为基地的西伯利亚第二军团，作战方向是哈尔滨，占领哈尔滨后，迂回包围盛京；由阿穆尔军区部队右翼组成的西伯利亚第三军团以斯列田斯克为基地，从********城（海拉尔）和海兰泡两个方向直趋齐齐哈尔，攻占齐齐哈尔后，也迂回进攻盛京；阿穆尔军区部队左翼组成登陆军团，以海参崴为基地，作战方向是宁古塔、吉林，最后目标同样是盛京。在上述四路军队中，旅顺口、海兰泡和伯力三路为主力。为便于军事指挥，沙俄政府将北直隶和南满战场（旅顺口至盛京）交给关东地区部队和太平洋海军司令官阿列克谢耶夫中将指挥，将北满战场（吉林、黑龙江两省）交给阿穆尔军区司令格罗杰科夫指挥。陆军大臣库罗巴特金负责全面战事，直接向沙皇负责。
7月8日，俄军借口保护俄在东北的中东铁路，向黑龙江将军寿山提出将俄军数千名取道瑷珲、齐齐哈尔运往哈尔滨。寿山严词拒绝，言：中东铁路，中国给予保护，俄军如果来犯，中国坚决回击。9日，俄国发出侵略东北的******，沙皇亲自担任侵华俄军总司令。
7月14日，俄军15万分路向我东北入侵。15日，俄国一部抵达瑷珲，首先向守城清军启衅，守军起而抗击，俄军不敌退至海兰泡。从16日到21日，俄军制造了骇人听闻的海兰泡和江东六十四屯大惨案，在两地分别残酷屠杀我和平居民六七千人，揭开武装进犯中国东北的序幕。
7月18日，负责从伯力一线进攻哈尔滨的俄军开始出动。27日，俄军攻占三姓（黑龙江伊兰）后，继续向哈尔滨进犯。8月3日，俄军进攻呼兰，于当晚进抵哈尔滨松花江码头。4日，哈尔滨陷落。
7月25日，负责从旅顺金州一线向盛京推进的俄军开始进攻熊岳地区，守军不战而退。8月1日，俄军又攻占盖州，重镇营口告急。营口道台临镇脱逃。4日，俄军进攻营口，清军稍一接仗，便溃散奔逃。俄军未经战斗，即占营口。
8月2日，负责由海兰泡方向向齐齐哈尔推进的俄军攻占了黑龙江对面的重镇黑河屯。3日，俄军在付出重大代价后攻占了黑河和瑷珲之间的卡伦山。4日，俄军抵达瑷珲城郊，随后进行水路三面围攻，守军英勇抗击，激战终日，因敌强我弱，城陷。
短短的半个月时间，俄军大举推进，黑龙江三大要地——瑷珲、营口、哈尔滨，于8月4日同时陷落，整个黑龙江省只余齐齐哈尔一城。
俄军于8月4日攻占瑷珲后，随即向齐齐哈尔方向推进。清军将领凤翔率军节节抗击，不断给俄军以沉重打击。10日，在兴安岭伏击战中，凤翔英勇阵亡。14日，清将恒玉接替凤翔职务，继续抗击俄军。17日，经激战，俄军在付出重大代价后，攻占墨尔根城（今嫩江县城）。19日，坚决主张抗击俄军的黑龙江将军寿山，接到清政府的议和令，当即令黑龙江营务处总办程德全与俄军议和。俄军拒绝，继续向齐齐哈尔进攻。此时的齐齐哈尔，难民云集城内外，一片混乱。24日，俄军渡过谟纳尔河，逼近齐齐哈尔。27日，俄军猛攻齐齐哈尔。寿山见大势已去，对部署言：“不能战，也不能守，亦并不与俄人见面。”遂令部署以枪击其头，自杀殉国。
8月28日，俄军攻人齐齐哈尔。至此，黑龙江全省陷落。
从海参崴一线向吉林城推进的俄军，兵分两路：一路出双城子进攻牡丹江，一路由新基辅斯克出发进攻珲春。7月25日，双城子俄军攻占牡丹江车站。7月1日，新基辅斯克俄军攻占珲春。随后，攻占珲春之俄军移兵牡丹江，集中兵力进攻吉林重镇宁古塔。8月27日，俄军大举猛攻久攻不下的宁古塔清军重要阵地艾河村。次日，艾河村陷落，宁古塔守将双龄弃城而去。29日，俄军不战而得宁古塔。
吉林将军长顺早就主张议和。8月25日，长顺派人赴哈尔滨与俄军议和，约定俄军到吉林省城吉林城时，清军以白旗相见。俄军占宁古塔后，直趋吉林城，沿途清军奉长顺之令，不开一枪，皆举白旗。9月23日，俄军先头部队经长途奔波，疲惫不堪地进入吉林城，长顺投降。
至此，吉林全省陷落。
8月4日营口陷落后，俄军随即逼近海城。8日，俄军收缩兵力，集中攻击海城。10日，俄军分三路围攻海城。守军和义和团英勇抵抗，终因武器落后和各军不相统属，作战混乱，虽给俄军一定杀伤，但没能阻止俄军的猛攻。12日，海城陷落，俄军“大杀十日”，和平居民惨遭屠戮。这时，八国联军正向北京推进，沙俄遂抽调兵力到京津，暂时放松了对盛京一线的进攻。9月初，俄军陆续从京津战线撤出，转至海城。9月21日，海城和营口已集中俄军2万人。
9月23日，俄军由海城向盛京推进。24日，俄军抵牛庄，经激战，占领牛庄。26日，占领鞍山。27日，占领沙河，辽阳已无险可守；28日，俄军向辽阳进军，清军败走。29日，俄军进占辽阳。辽阳陷落，盛京失去屏障，再加上清军上下已无斗志，整个辽宁省岌岌可危。
俄军攻占辽阳后，盛京将军增祺当日即派人向阿列克谢耶夫乞和，不允。增祺明知局势危急，不但不组织抵抗，反而于当夜逃往新民厅。盛京副都统晋昌也把军队一抛，出法库门，逃往库鲁王旗。吉林省文武大员一个个也争先逃出盛京。清军全部溃散。城中百姓也纷纷出逃。城里城外，一片混乱。
10月1日，俄军先遣骑兵抵达盛京城外，随即从南门人城，占领盛京皇宫和盛京将军府等衙署，掳去枪炮弹药无数，爆破了军火局。
10月2日，大批俄军进城。至此，东北全境陷落。