1901年9月7日，英、美、德、俄等11个帝国主义国家强迫清政府签订了屈辱的《辛丑条约》。八国联军之役终以清政府失败而告终，义和团运动也被中外反动势力联合绞杀。但中国人民并未就此屈服。1902年初，各地义和团余部为反对《辛丑条约》和清政府的屠杀，举起“扫清灭洋”大旗，继续坚持反帝反封建斗争，其中规模最大的直、鲁交界地区景廷宾起义，坚持4个月之久。
义和团运动是在19世纪末20世纪初中华民族与帝国主义的矛盾空前尖锐的形势下，以农民为主体的广大人民群众，采取旧式农民战争形式掀起的自发的反帝爱国运动。由于农民阶级自身的局限和严重弱点，无法完成反抗帝国主义侵略的艰巨历史使命。但义和团英勇抗击了八国联军，沉重打击了帝国主义列强瓜分中国的狂妄野心。
义和团在北京
1899年12月6日清廷撤毓贤山东巡抚职，令袁世凯署山东巡抚。袁世凯到任后，对义和团实行严厉的镇压政策，同时扩充军队，编练乡团，清查保甲，分化瓦解义和团。在袁世凯的严剿下，山东义和团伤亡较重。为避袁世凯之锋，山东义和团逐渐向直隶地区流动。
到1900年3月间，山东义和团已大部流人直隶地区。在山东义和团的推动下，直隶地区，特别是天津地区的民众也纷起设坛练拳。这样，义和团活动的中心逐渐转入直隶，渐至天津。在天津义和团迅速发展的同时，北京也于4月间出现了义和团。汹涌澎湃的义和团运动开始向封建统治的都城发展。
早在1895年，就有山东义和团、金钟罩、红灯照人京教习拳脚，但都不是义和团装束。1897年，北京城南曾发现义和拳埋下的碑文。1899年，京城内以青少年为主练习神拳的活动开始流行，并逐渐扩展到广大市民、清军士兵甚至王公贵族。1900年春，习拳练武在京城已相当普遍，景山后墙外空地是当时群众练武最集中最活跃的地方。有些外地拳师在“授艺”的同时，悄悄地传播反洋灭教思想。活动在邻近州县的义和团，有时也便装“潜来京师，凡遇教堂，则遍粘招贴，谓三月杪，当与教堂为难”。但直至此时，北京仍没有义和团装束之人。
1900年4月，在东单牌楼西裱褙胡同于谦祠堂内出现了义和团第一个坛口。同时，在北京西郊温泉山煤洞中掘出一个义和团预先埋好的《刘伯温预言碑》。4月29日，义和团又以玉皇大帝当场现身说法的方式，发布“万众一心精练义和拳术，协力同心共灭洋鬼子”的反教揭帖。在4月，义和团还在北京西郊宛平县马兰村发布坎字团的“晓谕”揭帖，自称要“扶清灭洋，替天行道”。
4月底5月初，北京邻近州县义和团公开地成群结队大批人京，北京城内居民入团设坛者也逐渐增多。他们“聚众为之’，“千百成群，择地操演”，大肆“铺团”（设立新的坛口）。义和团大多宣扬“助清灭洋，专与洋人教堂为难”。5月13日，义和团发出到北京南郊集合讯号，千百团民络绎而去。5月23日，宣武门南下洼义和团执“扶清灭洋”大旗设坛“铺团”，民众人团者甚众。5月27日，义和团毁近畿长辛店铁路。28日又毁丰台铁路。同日，宣武门外义和团“供立神牌，演习符咒”。清军中不少爱国士兵也积极参加，董福祥部甘军练拳者500多人，虎神营、神机营士兵练拳的更多。
到5月底6月初，北京义和团已遍及城内外，城内义和团尚未大动干戈，只是以张贴揭帖等方式揭露帝国主义及洋教势，力“毁谤神圣，上欺中华君臣，下压中华黎民”的恶行，号召市民精练义和拳术，“同心协力，共灭洋鬼子”。而城外义和团却如直隶和天津地区义和团那样，毁铁路，拔电杆，直接进行破坏性的反帝斗争。照此发展下去，时日不多，北京也将如天津那样处处设坛，家家铸刃。
对义和团是利用之以抚，还是剿灭之以安，清廷仍在犹豫不决。5月1日，清廷诏令荣禄和袁世凯筹议是否可派员改造义和团以成团练。袁世凯奏称拳会实难改练乡团。但清廷仍诏令察看情形，分别办理。5月9日，鉴于京师义和团越来越众，清廷担心义和团聚众闹事酿成事端，令步军统领衙门设法严禁。但事已至此，义和团已禁不胜禁。所以，到5月17日，清廷口气又有松动，言滋事惑乱民心者是假借拳会之名的京城内外奸民，不可一概而论。5月18日，为堵塞各国公使之口，总理衙门照会英美公使，言朝廷决心力平拳乱。但到5月23日，清廷又令裕禄拿办实在滋事的义和团，不许任意株连，殃及无辜，显然并不主张严厉镇压义和团。此后24日、25日、29日、30日，清廷先后四次下令拿办义和团，但都反复强调各处情形不同，迁就适可养奸，操切亦恐激变，要求谨慎办理。而实际上清廷并未就限制义和团有什么具体的措施。5月30日，赵舒翘、何乃莹上书奏请招抚义和团。在5月，只有张之洞于31日致电总理衙门和荣禄，要求速剿义和团，保护铁路。对义和团，主剿的声音已经很微弱了。
进入6月，义和团反帝爱国运动日益高涨，清廷内部反复争论如何对待义和团问题。6月5日、6日，慈禧分别委派赵舒翘、何乃莹及刚毅前往良乡、涿州一带“开导”、“劝散”义和团，借以探查其虚实。通过观察，刚毅等人看到了义和团的强大威力，认为京师门户“拳民鏖集”，已蔓延到诛不胜诛、剿不胜剿的地步，建议清政府改剿为抚。在几经犹豫之后，慈禧终于不顾清廷内部“主剿派”的强烈反对，决心对义和团因势利导，进行招抚，以为清廷所用。6月8日，刚毅抵涿州，奉旨招抚义和团。这样，义和团终于得到清政府的承认，取得了合法地位。
从6月上旬开始，在慈禧太后招抚和默许下，直隶各地义和团不分昼夜，日以千计地涌人北京城。原来内城多一街一坛，现很快一街三四坛或五六坛。上至王公卿相，下至贩夫走卒以至娼优隶卒，几乎无人不团，无地不团。时人估算当时北京城中已有半数人为义和团民。6月9日，董福祥部甘军人城，宣称已令义和团做先锋，剿灭洋人，甘军做后应。此时，清廷已默许义和团仇杀教民。6月12日，义和团以“外城姚家井一带教民已先期避人使馆，不得肆其荼毒”为名，“将该处所有教民房屋，尽付之一炬，其彰仪门外西人跑马厅，也一并焚烧”。此为北京义和团焚烧教堂之始。
随后，北京义和团焚烧、捣毁城内及京郊各处教堂、洋楼，外国人开办的医院、商行及教徒住宅等亦被冲击。如崇文门内路东奉真教堂，沟栏胡同两教堂，宣武门大街耶稣堂、天主堂，东堂子胡同施医院，米市西路天主堂所开铺户，四牌楼六条胡同赫德家、日本旧馆，西交民巷教民房屋、海关办公洋房，前门大栅栏老德记西药房等，均被捣毁并付之一炬。“灭尽洋人教民”的反帝激情弥漫全城。至6月下旬，北京城内只剩下了法国天主教在北京最大的教堂——西什库教堂。
义和团在焚毁北京教堂和教民房屋的同时，还对教士、教民予以严惩，以至屠杀。6月13日晚，义和团将崇文门内所有教堂尽皆焚毁，杀教民及其家属二三百人。许多流氓地痞趁机抢劫。不久，董福祥部甘军也群起焚毁教堂和教民房屋，抢其财物。
义和团运动期间，在京各国侵略者不断向义和团挑衅。从6月10日起，由英国中将西摩尔率领的八国联军开始由天津向北京进军。在大沽口外的八国联军也开始蠢蠢欲动，准备攻占天津。这样，中国人民和帝国主义侵略者已经处于实际上的战争状态。
6月17日，八国联军攻占大沽炮台，天津义和团和清军开始围攻紫竹林租界和老龙头火车站。20日，北京义和团也和清军联合，开始围攻东交民巷公使馆和西什库教堂。
6月21日，清廷发布对外宣战诏书，同时另下一谕，招抚并嘉奖义和团。嘉奖义和团的谕旨说道：义和团以血肉之躯，与枪炮相搏，不用国家一兵，不糜国家一饷，执干戈以卫社稷，此皆社稷之福。现先行传旨嘉奖，事定之后，再行加恩。同时谕令官兵与义和团联合，共同抗敌，并令各省督抚“招集义民成团，借御外侮”。22日，清廷发放义和团粮米两万石，随后又发放银10万两给义和团，鼓励义和团保家卫国。
清廷招抚并嘉奖义和团、义和团成为合法团体后，北京义和团也和天津等地义和团一样，与清军联合打击帝国主义，加紧攻打东交民巷公使馆和西什库教堂，成为反抗帝国主义侵略的主要力量。
8月上旬，八国联军由天津向北京进攻，部分北京义和团参加了抗击八国联军侵占北京城的战斗。
八国联军占领北京后，义和团遭到八国联军的野蛮屠杀。不久，清廷为了讨好帝国主义，也对义和团实行屠杀政策。在中外反动势力联合剿杀下，轰轰烈烈的义和团反帝爱国运动失败。