5月14日。俄国将漠河口交还中国。驻扎漠河口外俄武官伯利次处科奉令撤回黑河听候调遣，将漠河口地方归还中国。所驻自盖木房6所，讨价1683卢布。瑷珲城北及大黑河等处俄营驻扎俄兵自今日起陆续撤回，每处留兵数名或10余名，看守营房。
法部奏定司法权限章程。法部以司法权、审判权划分不清，在执行中要么相互发生矛盾，要么遇事迁就，乃拟定司法权限章程12条上奏，以资遵守。本日，清廷从之。
5月15日。清廷命沿江沿海各省督抚严防私运军火，以消隐患。
民政部奏准各省酌裁民壮各役，募练巡警。民政部认为关键是先去民蠹以保安民生，因此应推广实行警察制。而各省民壮捕役，习惯沉痼，不便管理，于本日奏请通饬各省酌裁民壮捕役，改设巡警，增给饷薪，各设警务传习所一所，轮流训练，以应急需，经费由地方官酌量办理。清廷依议批准。
5月17日。江西九江南昌间铁路工人因索取工资，捣毁新坝分局。
袁世凯派蔡廷干统带军舰海容、海圻两艘游历南洋。借以保护华侨。
赵尔巽电外务部，请厢会日使禁阻日人越界夺取黄海、渤海及山东一带渔利。原盛京将军赵尔巽电外务部，日本远洋渔业团先曾声言收取黄海、渤海、山东沿海一带渔利，显系侵我海权，曾照会沈阳日领事禁阻。顷据盐业公司称，日人忽遣事务员20余人，雇用华兵50余人，并派小轮打鱼船由拔鱼圈前往，勒令渔户领旗，接着又带兵到西河套设局，按船收捐10日元不等，似此派兵胁迫恃强收税，显违公法约章，若不禁饬，不仅有损渔利，并且恐会激成事变，尤与中国领海主权有妨碍。除已饬渔业公司派兵严守，不要引起事端，并继续与日领交涉外，请外务部严切照会驻京日使，即行电致关东都督禁阻日人越界收取渔利。6月3日，袁世凯函请外务部严厉斥责驻京日使，禁阻日本人在沿海越界毁损船舶、逼令沿海渔民领旗纳税等蔑视中国领海主权的强横行为。
5月18日。黑龙江将军衙门以日俄议和，“俄既失利于南必思取偿于北”，令兵司严防。
5月22日至27日。黄冈起义。革命党人余既成、陈涌波等奉孙中山之命在潮州黄冈发动起义，成立军政府，布告安民。黄岗位于粤东，属潮州饶平县，商务繁盛，为闽粤往来孔道。先是许雪秋于本年2月19日在潮州举事未成，通知诸革命党人准备候命；黄冈革命党人余既成、陈涌波等遂设总机关于黄冈挑水巷泰兴号。3月，许雪秋又派人通知，拟联合海阳、揭阳、惠来、饶平、澄海各县之众，同时举事。陈涌波即前往汕头，领回款项军械，分别贮藏在革命党人家中，并赶造各种旗帜，命吴炳文掌理文书。事情泄露，潮州镇总兵黄金福领兵捕去两名革命党人。5月初，陈涌波赴香港报告，计划先期举事。胡汉民告诉他们，必须等孙中山命令行动。余、陈去香港后，消息杳无，黄金福加紧搜捕革命党人，形势危急，黄冈各同志迫不及待，都主张立即举事。时正值余既成、陈涌波由汕头携款回来，遂定于5月22日夜间发难。本日晚9时，各同志在距黄冈三里的连厝坟集合党众700余人，由主盟余永兴誓师，并宣布军法10条，规定：不听号令者杀，敢造谣言者杀，敢放火者杀，****妇女者杀，私藏军器者罚，私藏口粮者罚，强买者杀，私容官府者杀，入宅者罚，杀外国人及抢教堂者死。10时，即分途进攻城内各衙门。余、陈领一队入南门，攻守备署；林钟、张亦麟、张耀领一队入东门，攻拓林司巡检署。余渭螺、余御言、余卖等领一队入西门，攻海防厅及都司署。主力军集中攻协署，陈涌波在署外纵火，火光冲天，军威大振。清兵不敌，清弁蔡河中率部缴械投降，拓林司巡检王武及城守把总许登科被杀。黄冈遂为革命军占据，革命军在旧都司署成立军政府，布告安民。举陈涌波、余丑为正副司令，并以“大明都督府孙”或“广东国民军大都督孙”等名义发布文告及颁布纪律10余款，义军发展至六千人。黄冈起义军由陈涌波率一部向潮州等地迸发，清将黄金福率兵驻守，陈部进击不胜，黄冈余丑闻报披发誓师，攻击仍不取胜。次日，清援兵大集，起义军与清兵激战数小时，死伤甚众，乃退回黄冈。清军进入黄冈，搜获余丑等遗落之党人名册，按名逮捕，惨杀200余人。次日，广东水师提督李准率部赶至黄冈，又捕杀起义军多人。27日，为保存力量，起义军自行解散，余纪成等逃往香港。这是孙中山领导的第三次起义。
5月22日。黑龙江交涉总局呈请在大黑河设立交涉分局。专为稽征木石草税、过境牲畜税及禀办交涉事件，接解罪犯等，并委林清瑞为分局交涉委员。
东三省总督徐世昌奏准东三省官制。照此官制，将在奉天、吉林、黑龙江各省建行省公署，以总督为长官，巡抚为次官，三省巡抚各加副都统衔。设二厅，即承宣、咨议，以左右参赞领之；设七司，即交涉、旗务、民政、提学、度支、劝业、蒙务，以司使领之。另设督练处以扩军政，提法使以理刑法，并拟督抚办事要纲6条及东三省职司官制度章程12条。本日，清廷允准。
广东合浦县农民3000余人进城大闹县署，次日抢教堂。
5月25日。外务部颁布《洋货由营口运往满洲各商埠或入内分别征税办法》。望各省商埠照办。
呼兰府代省草拟婚姻办法四条。规定男女聘嫁婚书须呈官验明注册；男18岁方许议婚，女16岁准嫁人；限女家收彩礼京钱百缗、首饰八对，合银不得过16两，载在婚书。
5月26日。度支部奏请整顿王公圈地办法。度支部认为王公圈地多在顺天、直隶、东三省等处，一向由佃户承种，庄头缴租，由于不准民间买卖，亦不得增租夺佃。于是佃户或转相退兑，或私行租卖，而造册上仍然是原名，事实上早就不知改为何姓。因此，度支部建议通饬各王公，将其圈地旗产通查一次，限两年内查明，再造册送度支部分行各府备案，以后收租即可按籍调查，其佃户姓名即写此承种人，其从前私相授受者，一概免究，此后不得私自转兑。
5月28日。瑷珲（今爱辉）开为商埠。
5月30日。美国传教士林乐知病卒。1836年生，1860年来华，曾创办苏州博习书院、上海中西书院、中西女塾等，主编《教会新报》（后改名《万国公报》）达39年。
清廷与日本订立大连设关试办章程。日本取得辽东半岛之租界权后，为利用其转运储存货物，1906年9月开辟大连为******，后经日使林权助与清外务部协商，依照胶州开放办法，设关征税。本日，清代表税务司赫德与日本公使林权助签订大连海关现行试办章程总纲3款，及大连海关试行章程28款。并拟定大连设关征税办法18款，及副件内港行轮章程7款，所订各节声明试办一年，俟明年春酌量更订。大连设关事一切详细办法，需待税务司筹划妥协后，再行详订。大连设关征税办法，规定海关人员应在税务司中挑选日本人担任，如有变更，由总税务司与日本驻华公使商议。海关与日本官员、商人往来文件均用日文。凡货物由海路运进大连口岸时，均不征进口税，本地货物及海路运来物料制成的货物出口时，也不课征出口税。大连海关名义上由中国设立，实际操纵在日本人手中；而且大连为******，东三省资源无形流入日本，损失极大。
本月。台北枕头山高山族同胞抗击日警镇压。历时百余天，击伤日警百余人。
南京设立暨南学堂。在两江总督端方倡议下，清廷在南京创办暨南学堂，招收华侨子弟入学。
孙中山派黄兴、胡毅生分赴新军郭人漳、赵声部策反 。并委王和顺为中华民国军南军都督，负责联络会党及领导钦州地区起义。
福建省奏请设立官纸局。福建巡抚崇善上奏，闽省度支奇绌，现应该举办新政。一切用款，自己应设法筹措，以济急需。因许多省份设有官纸局，印刷各种纸张，发售民间，以其余利归公。在民间所费不多，而公家所益很大。现拟就闽省财政局内印刷各式官纸，分发各属，凡民间词讼、呈结婚帖及票权簿折等项，一律购用官纸局的纸张。所收纸价，除成本外，余款专为本省办理新政之用。饬先行试办，等有成效，再将详细章程呈部立案。
袁世凯、端方奏报鼓励留学生章程。奏章认为过去各省选派官费学生出洋留学，等毕业回国后，无论得到什么程度的何资历，均须在本省当差五年，以尽义务，五年期内，一概不准另就他省之职，他省亦不得调用此人。然而随着新政迭兴，“储才尤亟”。学生将近毕业，而各省已争先“电调”，聘用非本省出资培养的学生，这与原定章程不合。而派遣一名学生赴英美留学，所费培植之资，总在万金以上。派赴日本者较节省，亦非数千金不可。而“各省款目皆有定额”，如果这个省所派留学生毕业后到其他省份工作，那么此省便会有“乏材之虑”。而其他省份则“转收不耕之禾”，“但恐原派省份因此灰心”，便会影响到各省委派留学生的积极性。因此在章程内规定：凡今后留学生毕业回国，在五年义务期内，其他省份如要调用，应将原派省份所费培植之资如数清还，其各部调用者，亦照此例。这样派遣留学生的数目可望增多，数年以后陆续回国，各省也就不再有“乏材之虑”。实际上，因受各种因素的影响，大多数留学生归来之后并没有回到原来的省份。
江苏考选男生十名、女生三名赴美留学。两江总督端方于上年出洋考察政治，在美国参观学校时，耶鲁等三所大学表示，愿每年接受留美学生男生11名，女生3名，均免收学费，女生还免收膳食费。端方回国后，安排在江苏省考选这批留美学生。本月，在南京考选男生十名，赴美国耶鲁大学、干尼鲁大学；考取女生三名，赴美国威尔士利大学就读，其中有宋庆龄。此事为留美奖学金的先例，也是中国公费女生留学之始。
6月
6月1日。度支部奏准设立纸币厂与纸币印刷局。以刘世珩为纸币总办，曾习经委印刷局总办。
邮传部派周长龄接收新（民屯）奉（沈阳）铁路 。本年农历三月，中日订立新奉、吉长铁路借款合同，清廷以160万元收回这两条铁路。本日，派周长龄等办理接收事宜，将全路（约60公里）及车辆、器材检验接收。
6月2日至12日。惠州七女湖起义。孙中山派许雪秋赴潮汕运动会党起事之时，计划惠州潮州两地并举，使清军不能兼顾，除潮州先行准备外，又派遣黄耀廷、余绍卿、邓子瑜三人从南洋返回办理惠州、阳江、阳春等处军事。三人均于3月抵港。余绍卿原为两阳大盗（阳江、阳春），后亡命逃南洋，孙中山派他回国，委之以两阳及惠属方面军事。余抵港后，向冯自由领公费1500元，后便沓无消息；黄耀廷曾在庚子三洲田一役中任革命军先锋，以善战闻名，与惠州会党素有关系，抵港后由机关部领取公费1200元，发现香港警察已注意到他，即仓促逃回新加坡，惠州起义事遂由邓子瑜全责。邓子瑜，广东博罗人，行侠好义，曾在香港、新加坡一带经营旅馆业。及黄冈起义爆发，他派陈纯、林旺、孙稳等集合会党，准备与黄冈同时发难。原计划在归善（今惠阳）、博罗、龙门等处分三路起事，后因博罗、龙门两处会党不易集合，便号召一百数十人集中于七女湖，因此仅七女湖一处发动。七女湖距惠州府城20里，为著名归善墟场。本日，邓子瑜与陈纯等少数会党成员在距惠州20里的七女湖夺取清军枪械起义。5日，起义军攻占泰尾，连克泰尾、杨村、三达。8日，乘胜进攻柏塘等处，归善、博罗、龙门等地会党纷纷来会合，起义军骤增至200余人。当时清军正集中于黄冈，惠州兵力空虚，起义军接连取胜，广州震动。两广总督周馥急调水师提督李准由黄冈驰往惠州。起义军战斗十余日，因黄冈起义已失败，惠州孤立无援，只得埋藏军械，自行解散，起义遂告失败。这是孙中山领导的第四次起义。
黑龙江铁路交涉总局奏请划分各分局分管界限办法。对青山归总局管；自满沟至喇嘛甸子等五站归安达分局管；自小河子至朱家坎等五站归昂昂溪分局管；自碾子山至巴林木等五站归扎兰屯管；自雅鲁至雅克石等七站归博克图分局管；自扎勒木德至完工等五站归海拉尔分局管；自赫勒红德至满洲里四站归满洲里分局管。两局交界之间，应以道里匀计分管。
6月3日 。四川开县农民和“红灯教”徒聚众抗捐 。有2000余人参加，反抗苛征猪捐、土膏捐、学捐，拆毁各地教堂、学堂及教民住宅。
6月4日。清廷数次要求英、法政府驱逐孙中山。周馥致电外务部，告以孙中山、邓子瑜住香港，招引香港匪徒，人内地勾引乱民滋乱，请求密商英公使转电英政府，饬港督速将孙、邓逐出，以保中外治安。6月8日，两广总督为孙中山在河内活动一事电外务部，要求与法使交涉驱逐。6月13日，清廷向法国要求引渡孙中山。6月18日，外务部致电滇督桂抚，严防孙中山入滇。6月25日，滇督锡良为孙中山行踪事电外务部，告已往新加坡。7月18日，广西巡抚张鸣岐致电外务部，要求与法国交涉驱逐孙中山出境。9月，清廷又要求法国引渡孙中山，法国方面表示可对革命党人作永久性拘留。
6月5日。清外务部照会日公使林权助，请撤去东三省铁路界外的军线电局。东三省日俄兵业已撤退，两国所设的军用电线及电局本应一并撤去，俄国已经将东清铁路界外军用电线电局交还中国管理，但日本在该铁路界外军用电线电局尚未撤去。本日，外务部照会驻华日使，其铁路界外之军用电线电局，请一律撤去。
6月7日。呼兰府知府李鸿桂禀报呼兰府境内晒网地数目。称由泥河以南、呼兰河西岸至松花江北岸，除旗民人等领有老圈、报纳经费以及升科等项地亩外，挨靠江河、沟桂、草甸、柳通约有一万二三千垧，除以前的数目外，亦有浮地数千垧。
清廷设立海军处。隶属陆军部。初设正、副使各一名，下有机要、船政、运筹三司。管理全国海军政务，包括制定规章，考察教育，监督军械、造船和人员任免等。次年又新定条规，明确改处为兴立海军基础，筹拟扩充海军办法，设海政、船政、筹备、储蓄、医务、法务六司。1909年7月，从陆军部分出，正式改建为筹办海军事务处，主官称筹办海军大臣，设一厅七司。1910年4月，重订各司职掌，内部机构为参赞厅和军制、军政、军学、军防、军医、军枢、军储、军法八司。同年12月，改为海军部。
6月10日。《天义报》在东京创刊 。是近代中国最早的无政府主义期刊。它是女子“复权会”的机关刊物，标榜女界革命，声称以破坏固有之社会，实行人类之平等为宗旨，于提倡女杰革命外，兼提倡种族、政治、经济诸革命，故曰天义。自第八、九、十卷合册开始，宗旨改为破除国界、种界，实现世界主义；抵制世界一切之强权；颠覆一切近现之人治，实行共产制度；实行男女绝对之平等。发起人为何震、陆恢权、徐亚尊、张旭、周大鸿，捐助及赞成者有唐群英、方君英、何香凝、刘三、高旭等，实际创办人为何震的丈夫刘师培。