9月2日。清廷诏准自1906年起废科举。本日，清廷沼准湖广总督张之洞、直隶总督袁世凯请废科举以推广学校的上奏，下令自1906年起废科举，兴学校，将育人取材合于学校一途。至此，中国历史上延续了1300多年的科举制度最终废除了。清廷在废科举的谕旨中说：“三代以前，选士皆由学校，而得人极盛，实我中国兴贤育才之隆轨，即东西洋各国富强之效，亦无不本于学堂。方今时局多艰，储才为急，朝廷以近日科举，每习空文，屡降明诏，饬令各省督抚广设学堂，将俾全国之人，咸趋实学，以便任使，用意至为深厚。前因管学大臣等议奏，已准将乡会试中额，分三科递减。兹据该督等奏称，科举不停，民间相率观望，欲推广学堂，必先停科举等语，所陈不无为见。着即自丙午科为始，所有乡会试一律停止，各省岁科考试，亦即停止，其以前之举贡生员，分别量予出路，及其余各条，均着照所请办理。总之，学堂本古学校之制，其奖励出身，又与科举无异。历次定章，原以修身读经为本，各门科学，尤皆切于实用。是在官绅申明宗旨，闻风兴起，多建学堂，普及教育，国家既获树人之益，即地方亦有光荣。经此次谕旨后，着学务大臣迅速颁发各种教科书，以定指归而宏造就。并着责成各该督抚，实力通筹，严饬府厅州县，赶紧于城乡各处，遍设蒙小学堂，慎择师资，广开民智，其各认真举办，随时考察，不得敷衍瞻徇，致滋流弊，务期进德修业，体用兼赅，共副朝廷劝学作人之至意。”
拒约会领导人马达臣等3人在广州被捕。先是，美国总统罗斯福的女儿艾丽斯与美国国防部部长塔夫脱等人要来中国游历，他们进入中国的第一站就是广州，将于近日到达。官方整顿市容，准备迎接，而广州市民则在街上张贴不欢迎的标语。两广总督岑春煊张贴告示，令撕去一切张贴，调查张贴者，严行惩办。美驻广州领事照会岑春煊，说拒约会鼓励人民张贴标语，让岑春煊查办。本日，岑春煊命广州知府和南海、番禺两县令，乘抵制美国华工禁约的拒约会开会之机，将其领导人马达臣、潘明信、夏重民逮捕。
9月3日。周馥奏准江北提督管理鲁、皖两省边界处捕务。江北幅员辽阔，中属安徽辖境，北接微山湖系山东辖境，一直是盐枭盗匪出没之区。向来两省捕务不相关照，以致匪类此拿彼窜。因此两江总督周馥奏请以后凡安徽、山东两省边界相连江北各州县的缉捕重要事件，由江北提督就近管理。清廷批准。
宋教仁在东京将《二十世纪之支那》杂志社的财产、印信等移交给同盟会接收代表黄兴，孙中山出席监收。
美国总统罗斯福之女艾丽斯乘船抵达广州，随行者有美国国防部长塔夫脱及议员30多人。
9月4日。清廷任命刘式训为出使法国大臣，周荣曜为出使比国大臣，黄诰为出使意大利大臣。
清廷将奉天府府丞兼学政改为东三省学政，奉天府府丞一缺被裁撤。奉天府府尹兼巡抚一缺，也被裁撤，所有府尹原管事务，均由赵尔巽认真管理。
9月5日。日俄两国在美国签订《朴次茅斯条约》。俄国被迫将中国旅顺、大连的租借权，长春至大连间的南满铁路及租借地，连同铁路沿线的一切权利让与日本，而保留自己在中国东北北部的权利。这是一个背着中国政府而签订的分赃条约。从此，日、俄就以长春为界，分割了中国东北三省，形成了南满北满对峙的局面。
日本驻华公使内田康哉拜见总理外务部******奕，告以日俄和议成立情形，又转述日本对于满洲善后问题之意。
9月6日。清廷饬令会议藏约大臣唐绍仪回京。
9月7日。两江总督周馥命苏州、江宁两地各拨银3000两救济上海遭受风暴潮水灾的难民。
9月8日。孙中山派冯自由、李自重到广州、香港、澳门等地联络同志及主持同盟会接收会员与筹建同盟会支部分会。不久，把香港兴中会改组为同盟会分会，陈少白任会长。
曾铸致书美商，指责美使胁迫清廷压迫拒约风潮，要求美国修改条约。
上海寰球学生会召开大会讨论抵制美华工禁约问题。
著名艺人汪笑侬为抵制美华工禁约，上演新编剧目《苦旅人》。
9月9日。中英在汉口签订《香港政府粤汉铁路借款合同》。参加签订人员，中方为湖广总督部堂张之洞；英方是汉口英领事。上月清廷从美国手中赎回粤汉铁路，这次又向香港英政府借款修筑，由香港政府借与湖北、湖南、广东3省共110万英镑。全文共10条。
上海士绅集议，选举董事创办地方自治，为全国首次举办地方自治之创例。
9月11日。清廷任命长庚为伊犁将军。
江宁布政使黄建、江苏布政使效曾缘事解任。
清廷下令各省学政专司考校学堂事务，以后学政事宜统归学务大臣考核，不再隶属礼部。
清廷以汪大燮为出使英国大臣。
驻京日俄两国公使照会清外务部：日俄和约签押，两国准将东三省境内兵队定期撤退，地方权利交还中国。
台北市电灯用户大增。此前，1888年台北首设电汽灯，巡抚衙门、布政衙门、机器局等有照明设备。1897年3月曾设台北电灯公司，但第二年2月即解散。直至本日，台北电灯才全面点亮，大放光明。
9月12日。清廷任命恩铭为江宁布政使，濮子潼为江苏布政使。
9月13日。清廷命盛宣怀往上海，会同商约大臣吕海寰商订中德条约。
上海公忠演说会在豫园召开抵制美华工禁约大会，有2700余人参加。
复旦公学开学。本年3月，震旦学院学生退学后，马相伯便开始另觅校舍。严复、熊季廉、王清穆、曾铸等都来相助。马相伯又请两江总督周馥拨吴淞营地70余亩建新校舍，周馥表示同意，并拨给开办经费1万元。在各方协助下，复旦公学终于在本日开学。马相伯被推为校长，李****为教务长，行政由于右任、邵力子等人分任。当时学生共有200余人。学校以民主自治、艰苦奋斗为办学原则。后来，在马相伯的请求下，周馥每月拨款2000元，学校基本费用有了保证。
9月14日。练兵处奏准申明军礼，整顿营规。嗣后除衙署公所外，凡官绅私宅，市肆开张，概不准借用军人守门。
清廷任命出使法国大臣刘式训兼任出使葡萄牙大臣，是为清驻葡萄牙第一任大臣。刘并不常驻葡萄牙，派参赞常川驻扎葡都，代办使事。
商部不允许蒙古借用俄款开办铁路。
9月15日。清廷命各省探明本地矿产，将已开未开各矿，详细注明奏报，并按两江办法集股试办，禁止私售，迅即筹办。
日俄两军签订停战条约，自16日起停止在东三省的全部战斗。
9月16日。清廷任命冯熙为安徽布政使。
清廷命外务部商部会同北洋大臣袁世凯、盛京将军赵尔巽筹议东三省开埠指定地界，推广通商，举办实业事宜。
甘肃新疆巡抚潘效苏因挪用公款23万两被革职，发往军台效力，清廷任命联魁为甘肃新疆巡抚。
清廷电饬出使日、俄、美大臣向3国声明中国赞成开放东北之议，并愿由中国自行开放。
9月17日。上海文明拒约社在城内布业公所集会抵制美华工禁约，有1000余人参加。
出洋考察政治的载泽等五大臣请训陛辞。
清廷任命陈璧署户部右侍郎。
9月18日。清廷命出使各国大臣会同出洋考察政治的载泽等五大臣博采各国政情，悉心考证，以资详密。
寓沪宁波人在四明公所集会，讨论抵制美约办法。
出使美国大臣梁诚谒见美国总统罗斯福，商谈美禁工条约引起的中国抵制美货风潮。
9月19日。沪宁铁路花费太多，清廷命两江总督周馥、江苏巡抚陆元鼎，切实监督沪宁铁路工程款项，并责成盛宣怀早日收回，以重路政而杜后患。
9月20日。清廷调原出使奥地利大臣杨晟任出使德国大臣，任命李经迈为出使奥地利大臣。
9月21日。清廷予故四川总督刘秉璋开复原职，功绩交国史馆立传。
广东学界在南武公学为抗议美国华工禁约而在驻沪美国领事馆前自杀的冯夏威举行追悼会。
《北京女报》创刊。这是中国最早的妇女日报。编辑人张展云，报主则是其母亲张老太太。张展云曾编辑过《北京日报》、《北京画报》，还曾创办与主持妇女镂花工厂，作为女子自立的示范。该报提倡女子教育，反对缠足，主张改革婚姻、破除迷信，反对不良风气。报纸日出一张，内容包括上谕、宫门抄、演说、女界新闻、知识、教育和文艺等栏目，报道政府政令、外国通讯、北京及各地妇女的活动与生活，介绍关于化学、物理、生物、医学及气象等方面的科学知识，并且登载小说，以开阔妇女眼界，增长妇女见识。
9月23日。清廷准户部奏，永远停铸当十大钱。
清廷任命李经方为商约大臣。
清廷命盛宜怀办理将先前与英商所订《苏杭甬铁路草合同》撤废事宜，争取由江浙绅民自办。
大通师范学堂在绍兴开学。光复会会员徐锡麟、陶成章两人都曾赴日留学，为了进行革命活动和武装起义的需要，在绍兴大通寺创办大通师范学堂，以培训其成员，但对外名义是为征兵培养后备力量，所以得到清廷批准。推徐锡麟为监督，黄怡为校长，招收来自金华、处州、绍兴各府的会党成员，对他们进行短期的革命教育和军事训练，培训革命骨干，内设体育、师范两科，设有国文、英文、日文、历史、舆地、理化等课程。大通师范学堂是光复会的革命机关，学生都是光复会会友。学生毕业文凭背面，都有革命组织的暗号。
9月24日。载泽等五大臣出京乘火车遇炸。载泽等5人定于今日（农历八月二十六日）从北京正阳门火车站乘火车启程，革命党人吴樾携带炸弹登车行刺，因人众拥挤，车身震动，炸弹遇撞引爆，吴樾当场死难，载泽与绍英受伤，未能成行，五大臣出洋改期。据载泽等为此事所具奏折记载：“窃臣等奉命前往各国考察政治，于本月十九日请训后料理起程事宜，定于二十六日乘火车出京。是日巳刻登车，正拟开行，陡闻轰震之声甚为剧烈，并见烟气弥漫，窗棂皆碎。查系炸弹猝发，臣等赶即下车。臣载泽额角已受微伤，臣绍英耳后发际及臂上受伤略重，随员仆从亦间有被伤者。当饬该处巡捕及铁路护勇立即查缉，因车站人多，炸弹引爆后纷纷散避，一时难于指究。计车内轰毙一人，车旁中伤毙踣三人。车内轰毁之处拣获铜片铅子，验系棉花药所制炸弹，似有人乘上车拥挤之际，暗行施放，其举动甚为可异。已知照步军统领衙门、工巡局、督办铁路大臣严密查拿。臣载泽现回家调理，臣绍英暂赴医院医治，一俟将息痊愈，酌订行期，再行奏明。”9月26日，清廷命步军统领衙门、顺天府、工巡局、督办铁路大臣等查拿凶犯，并将疏于防范的外城工巡局委员及南营参将、铁路车站委员等交部议处。
吴樾，字梦霞，又作孟侠，安徽桐城人，1878年出生。1901年入保定高等师范学堂，自此广结志士。1903年与杨笃生在上海发起军国民教育会，又与人创办两江公学，1905年创办《直隶白话报》，积极宣传革命。1905年赴东三省，闻清廷宜布预备立宪，并派五大臣出洋考察，即潜入北京，准备刺杀五大臣，揭露清廷假立宪的阴谋。有《吴樾遗书》，刊于《民报》增刊《天讨》。
南京商学各界2000余人举行抵制美约大会，决定处理违约办法。
清廷命李盛铎任出使比利时国大臣。
9月25日。清廷准商部奏，由商部头等顾问官翰林院修撰张謇、开缺署两淮盐运使四品卿衔汤寿潜、安徽候补道许鼎霖创设上海大达轮步股份有限公司，招集股份100万两，以刘锦藻为总办，李厚祜为会办。
清廷准商部奏，由前内阁学士兼礼部侍郎陈宝琛总理福建省铁路事宜。
上海道袁树勋到宝山、崇明等处勘查风暴潮灾情。
9月27日。北京户部银行开市，这是清廷最早设立的官办银行。
中国与各国在北京签订《改订修治黄浦河道条款》。1901年《辛丑条约》中规定设黄浦河道局及该局应办事务并应收款项，前两江总督刘坤一、湖广总督张之洞均认为其有碍主权，应修改，外务部乃奏请修浚黄浦归中国自办，中国自承其工和全部费用。全文共12款。
9月29日。《醒狮》在东京创刊。东京中国留学生会馆总发行，国内发行所有上海四马路教育馆、国粹学报社等。每期有论说、军事、教育、政法、学术、化学、医学、音乐、谈丛、文苑、小说、时评、杂录等栏目，编辑兼发行人李县，主要撰稿人有柳亚子、马君武、李叔同、宋教仁、高旭等。该刊具有强烈的爱国主义和鲜明的民主主义，并大力进行反满宣传，是革命派的重要刊物之一，前后共出5期。
抵制美华工禁约运动团杭慎修等在北京联络宗室、满、蒙、汉军与各省代表1500余人致书美公使柔克义，声明一日不废苛约，誓一日不用美货。
出使俄国大臣胡惟德电外务部，严防俄国侵略伊犁。
9月30日。刑部奏准变通妇女犯罪惩罚办法。以后妇女犯罪，除笞杖照新章一律改为罚金外，如罪该遣军流徒，系不孝及奸盗诈伪等项，改为留在本地习艺所工作，以10年为限。应监禁的，照原定年限也收入本地习艺所工作。寻常案件，准其赎罪，徒1年折银20两，每5两为一等，五徒准此递加，由徒入流，每一等加10两，三流准此递加。遣军照流科罪，如无力完缴，将应罚之数照新章按银数折算时日，改习工艺。至老幼病残有犯流徒等罪难以工作的，应仍照旧律旧例办理。清廷批准。
本月。香港立法局通过兴建九广铁路英段的决定。九广铁路于1906年动工，1910年10月1日正式通车，从尖沙咀到罗湖，全长22哩。
卢汉铁路改名为京汉铁路。据《申报》10月1日报道：“卢汉铁路刻下已筑至京师，计三十点钟自汉口开车可以直抵都城，故名京汉铁路。”
秋瑾在东京加入同盟会。同盟会成立半月后，由冯自由介绍，秋瑾在黄兴的寓所加入同盟会，旋被推为同盟会浙江主盟人。
京汉铁路临城支线开工。临城支线（鸭鸽营—临城）在今河北省西南部，从石家庄南57公里的鸭鸽营站向西南引向临城煤矿，长16.7公里，为运煤支线，1945年拆除。
廖仲恺被孙中山任命为同盟会总部的外务部副部长，后又兼任会计长。
日本在辽阳设立“关东总督府”，以陆军大将大岛义昌为总督，将南满置于日本军政殖民管理之下。
由上海广方言馆改办的上海工业学堂改组为兵工学堂，由陆军部接管。
章太炎著作《书》重印本再版。
10月
10月1日。招商局“协和”号轮船在山东附近海面触及日俄战争期间布下的水雷沉没。
10月2日。京张铁路开工。詹天佑任总工程师的京张铁路于本日正式动工。
商部尚书载振会晤法国驻京公使吕班，吕班提出以每年减少庚子赔款3／10为条件，由法中合股经营广西铁路、矿山。
寰球中国学生会会长李****等人乘火车去吴淞，遭到美国士兵的人格污辱，李****至驻沪美领事馆要求查办当事人。
10月4日。江苏学会发起人与沪上江苏士绅在上海商议该学会成立事宜。