6月26日。上海候补道俞明震由南京抵达上海，会同袁树勋与驻沪领事署交涉，要求他们签票协捕蔡元培、章太炎等6人。但领事认为案犯属于政治性质，拒绝协同拘捕。
6月27日。根据张百熙奏请，清廷派张之洞会同张百熙、荣庆将现办大学堂章程一切事宜，进行切实商订，并厘定各省学堂章程。
6月28日。清廷赏给广西候补道魏瀚四品卿衔，并令其会办福建船政事宜，撤消道员沈翊清的船政差使和四品卿衔。
6月29日。《苏报》摘要刊登章太炎的《驳康有为书》。本日，《苏报》以《康有为与觉罗君之关系》为题，摘要刊登了章太炎的《驳康有为论革命书》，并登广告加以推荐。在当时所处的封建君主****的中国，皇帝的名字神圣不可侵犯，但章太炎竟敢斥光绪皇帝为“载小丑”，打破了皇权的神话。章太炎指出，改良在中国没有出路，革命才是补泻兼备的良药。他还一针见血地揭露了康有为只可立宪、不可革命的动机是出于极端的自私。此文一刊出，鼓舞了革命派的志气，打击了顽固派，震动了整个舆论界。
租界当局拘捕章太炎等。《苏报》自本年5月聘请章士钊任主笔后，更加倾向革命，先后刊载了章士钊的《读<革命军>》、章太炎的《驳康有为论革命书》等。《苏报》旗帜鲜明地支持革命，引起清政府的注目，决定缉捕有关人士。公共租界警探巡捕多人于本日到苏报馆，出示牌告，要查禁爱国学社和《苏报》，捉拿钱允生、陈吉甫、陈叔畴、章太炎、邹容、龙积之、陈范等7人。陈范事先得到消息，已携眷属去日本，当场仅捕到司账员陈吉甫1人。6月30日，清廷再次派中西警探多名前往爱国学社捕人，当时吴稚晖、邹容均不在社，而蔡元培已离开上海的往青岛，故当场仅捕到章太炎1人。接着警探又去派克路702号《女学报》馆搜查，捕去陈范之子陈仲彝和《女学报》办事员钱宝仁。当日晚，龙泽厚自动投案。“《苏报》案”自此开始。
6月30日。贵州官军于本日攻占广西南丹。
英商汇丰银行盈利超过二百万元。本日，英商汇丰银行结算出半年来的账目，发现该行半年来盈余的款项除去各项开支之外，净余215．5244万元。汇丰银行于1864年在香港成立，次年3月3日正式营业，4月3日设上海分行。该行是外资银行把总行设在中国的惟一的一家银行。它除了经营一般银行业务之外，还利用特权为清政府经手对外赔款，收付借款，托存关税，盈利极为丰厚。另外，它还垄断和操纵了上海的外汇市场。汇丰银行通过对中国的盘剥而赚取了巨额的收入。
日本农商总会总办木村带会员在上海等地考察商情完毕返回日本，拟定在上海、汉口、广东、北京四处设农商总会，以便向中国推销商品。
本月。《经世文潮》于上海创刊。《经世文潮》是一种报刊文章类编性质的刊物，内容广泛，政治、经济、军事、文化等方面都有所涉及。其前身是《新世界学报》。该刊的宗旨是“爰集同志，宏搜东西各国鸿硕论建，按月成编以饷海内。务使二十世纪政界学界之风潮转，我四万万旧同胞之脑筋亦转。”
7月1日。清廷奖励镇压广西起义的刘春霖等人。据署理云贵总督丁振铎等电奏，广西官军已收复临安，擒拿了周云祥，清廷谕令对丁振铎、林绍军着加恩开复处分，刘春霖著赏给头品顶戴，其余在事出力员弁，俟奏报到日，再行降旨。
中东铁路举行交付曹运仪式。本日，中东铁路举行了交付营运仪式，尽管铁路线还没有完成，也不能正式通车。已交工的资产价值确定为374905598卢布。而且在这个数额中还包括因义和团起义所受的损失（追加工程和支出）。此时轨道连同支线约长2500公里。但此时建筑远未完成，很多桥梁是临时性的，在兴安的三公里隧道中还在砌筑拱顶。交工时确定，为了完成工程还需要57500000卢布。铁路平均建筑价值每公里等于107000卢布，这大大超过了正常的建筑价格。
7月2日。俄国陆军部大臣克鲁巴特金等召开的旅顺会议决定不占领朝鲜。
荣赫鹏、怀特率领士兵于本日行至甲冈，西藏甘坝营官要求怀特就在此地驻扎，等候中国委员到达后举行会议，却遭到怀特的蛮横拒绝，并声言一定要到甘坝才能谈判。
端方将拘拿《苏报》“案犯”的情况电告张之洞。租界当局拘拿章太炎、邹容等人之后，兼湖广总督端方迅即将此事电告内阁大学士张之洞：“顷据福开森电云：苏报悖逆革命党，遵已设法由沪道商美总领事会同各领签字，工部局即允协拿，计六人，现拿五人，苏报馆主笔在内。”
7月3日。中国教育会常熟支部负责人殷次伊，为上海租界当局缉捕《苏报》社诸同志之事所激愤，于自沪返虞的途中跳水自杀。
上海道袁树勋、候补道俞明震联衔致电两江总督魏光焘，详细汇报了“《苏报》案”的经过。
7月5日。怀特率兵越过甲冈，途中西藏地方所派大仲译罗布藏称勒、戴汪曲纳布等人拦马劝阻。但怀特态度极为蛮横，不仅不听，还命令侵略军用马鞭、棍子挥逐戍守的藏兵。
7月6日。杨兆塑奏请制订洋人在通商口岸购地应遵循的章程。自增设通商口岸以后，许多洋商、教士纷纷前来购置田宅。购地时，他们有的先与土地的主人议定价格，然后才向官府汇报，有的甚至避开官府私相交接，致使出现许多麻烦。出使比利时大臣杨兆将这些弊端向朝廷作了详述并希望朝廷能够制订洋人在通商口岸购地时应遵循的章程，他奏道：“应请饬下外务部行文各直省督抚，转饬府厅州县，凡洋人于通商口岸或内地指购地亩，先由售主禀报地方官呈验契单，并令洋人书据，载明该地作为何用，官为查勘，实非形胜之区，势无窒碍，方准购置。汇报督抚，并知照该国领事官，一体立案。交付地价之时，严禁吏胥从中需索，以恤民隐。洋人购地作用，如与书据不符，无关紧要者，准其营造，仍报明更正，如有大妨碍，由地方官申报上司，行文领事官驳正。倘查勘之际，疑系假冒，即由地方官移问该管领事，洋人是否属实，察知其伪，立将奸民从重惩治，以杜浇风，于交涉不无裨益。”清廷谕令外务部商议此事。
章太炎于本日在狱中致书给《新闻报》记者，“今日狱事起于满洲政府，以满洲政府与汉种四万万人构此大讼”，“江督关道则满洲政府之代表，吾辈数人则汉种四万万人之代表”。
怀特率侵藏英军强行进入甘坝。怀特率侵藏英军于本日入侵至甘坝汛地时，中国谈判委员何光燮赶到，立即向怀特提出抗议，并出示驻藏大臣裕钢给印度总督的复照。要求怀特退到甲冈界口双方举行会谈，但怀特却坚持非到甘坝不可。次日，怀特率领侵略军强行进驻甘坝寨内的原营官驻地驻扎，并“日索草粮食物之供应”。
7月7日。《苏报》馆被封。“《苏报》案”发生之后，清廷即准备将《苏报》馆封闭。但按租界旧例，案件不经审定，不能执行，且当时诸如《字林西报》、《泰晤士报》等西报也纷纷发表言论，反对封闭报馆。当时上海领袖领事美国人古纳却对清政府封闭《苏报》馆的要求表示同意，清廷聘请律师古柏向公廨请求将《苏报》馆封闭，公廨狱员即签发封条，由英国陪审官副署，经英领事签字，交工部局执行。开始工部局并不允许照办，上海道就命令公廨停止审讯，作为抵制。于是，《苏报》馆于本日被查封。
清廷谕令将广西巡抚王之春等人革职。据岑春煊奏，广西局势严重，而地方大员却没采取任何措施加以整顿。清廷震怒，决定严惩不力官吏，谕令，广西起义迭起，灾区甚广，该地方大吏却毫无布置，实堪痛恨。已革道员黄仁济粉饰欺蒙，上下解体，已革总兵申道发纵勇虐民，贻害尤甚，均着发往军台效力赎罪。布政使汤寿铭吏治废弛，按察使希贤、前署藩司，贿赂公行，均着即行革职。巡抚王之春办理军务，诸多蒙蔽，提督苏元春养痈成患，贻误地方，将其一并革职。
袁世凯奏请裁绿营兵饷，以补常备新军军需。光绪二十七年（1901年）时，因各省制兵的积弊而耗费了巨额军饷，清廷饬令各省加以整顿，将绿营裁去十分之二三。但由于当时直隶省的制兵历年通过抽、拨、截、留的手段所抽走的兵丁数额已较多，再加上天津还没有收回，所有这一切使得裁兵这一措施没有在直隶得以实行。到天津收回后，直隶已练成常备新军一镇，需要巨额军饷，致使这个问题又提上了日程。直隶总督袁世凯奏请裁节绿营兵饷，以作为常备新军的军饷，他奏道：“臣详加查核，天津镇左右城守三营，葛沽一营，通永镇并通州协山永协各左右二营，北塘一营，以上共十一营，当庚子之变，纷纷逃避，岂容再令入伍糜饷，自应悉数裁撤。此外督标提标正定、大名、宣化三镇并分防各营及津通两镇所辖各处汛，应请就现在兵数各裁一半，即于本年六月以前，一律裁齐，每年各节省一十四万余两。查制兵饷项，前于二十七年前督臣李鸿章因乱后司库匮乏，奏明减半支放，此次裁节之款，应按全数核算，其余裁存之兵，嗣后即发半饷，又可节省银五万余两，统计节省银二十万两左右，遇闰之年又加节省银一万六七千余两，尽数拨充常备军额饷之用。惟本年所裁各兵，上半年连闰已发折半银三万五千余两，实可拨用银十七万余两，其自来年起，即照节省全数拨用。一转移间，腾出旧有之饷，以瞻新练之兵，期副朝廷汰弱留强修明武备之至意。”
清廷以署理江西巡抚江西布政使柯逢时为广西巡抚，未到任前以广东布政使丁体常暂行署理，以湖南按察使胡湘林为广西布政使，以夏时署江西巡抚。
7月8日。清廷以湖北按察使李岷琛为江西布政使。
锡良奏请官办川汉铁路公司。列强在中国强占势力范围的时候，铁路修筑权的竞争尤其激烈。四川资源丰富，各国早巳蠢蠢欲动，在此情况下，四川总督锡良奏请官办川汉铁路公司。他奏道：“四川天府奥区，物产殷富，只以艰于运转，百货不能畅通。外人久已垂涎，群思揽办；中人亦多假名集股，而暗勾外人。计取强求，百端纷扰。若不及早主张，官设公司，招集华股，自保利权，迟之日久，势不容已。或息借洋款，许人兴修，必至喧宾夺主，退处无权。尤恐各国因此忽启争端，转多饶舌。况川省西通卫藏，南接滇黔，高据长江上游，倘路权属之他人，藩篱尽撤，且将建瓴而下；沿江数省，顿失险要。是川汉铁路关系川省犹小，关系全局实大。为今之计，非速筹自办不可。……再四思维，拟仿京张铁路章程，由川省设立川汉铁路公司，先尽华股招集试办，但不准影射朦混。”
军机处令端方、魏光焘设法让租界交出《苏报》“案犯”。章太炎、邹容等《苏报》“案犯”虽已被拘捕入狱，但由于他们身在租界之中，致使清廷无法亲手处置这些“诬谤皇室”的“痞匪”，这使他们极为恼火。于是，军机处致电署湖广总督端方及两江总督魏光焘，希望能设法让租界交出章太炎等6人。电文内容为：“顷接端署鄂督电称：已获逆犯六名，沪上各领事称，在租界犯案当在租界定罪、受罪。深虑祖护轻纵，逆焰愈炽，后患更大。务屑南洋设法催交，此系中国痞匪，诬谤皇室，妨害国家不安，与国事犯绝不相同。已电嘱律师担文照此切实辩论，务交中国自办，等语。希饬袁道俞道一体坚持此义，总期办到方妥。仍随时电商端署督，力筹妥办。并将拿办此案情形电奏，望速复。”
7月9日。盛宣怀与英国银公司订立沪宁铁路借款合同。清廷铁路总公司督办大臣盛宣怀与英国银公司于本日订立沪宁铁路借款合同，款额325万镑。沪宁铁路最早开端于淞沪铁路，该路于光绪初年筑成，后又拆毁。至1896年，南洋大臣奏请修筑吴淞至江宁的铁路，因工程费用过于浩大，决定先筑淞沪铁路，后筑沪宁铁路。当长仅16公里的淞沪铁路正在修筑之际，英国以俄、德、法等国已在我国获有若干路权为理由，特向中国索取津镇、广九、苏杭、浦信等几条铁路的特权，清政府就让铁路总公司与英商妥议，因此，盛宣怀就在1899年以总公司督办的名义与英国银公司订立沪宁铁路草约，后因义和团运动发生，致使此事中断。本日，盛宣怀与英方在上海订立正式合同，共25款。
7月10日。吴稚晖因“《苏报》案”离开上海前往英国避祸。
经济特科初试在保和殿举行。本日，经济特科保荐人员在保和殿进行初试。遵循重开经济特科的旨意，内外臣共保荐370多人，但实际参加考试的有156人。清廷令裕德、张英麟、徐会沣、张之洞、张仁黼、戴鸿慈、熙瑛、李照炜八人为阅卷大臣。考试试题中，试论1篇，策论1道。论题是《大戴礼保保其身体傅傅之德义师导之教训与近世各国学校体育德育智育同义论》，策题是《汉武帝造白金为币分为三品当钱多少各有定直其后白金渐贱制亦屡更竟未通行宜用何求整齐之策》。前者论教育，后者论经济。3天后阅卷大臣复命，4日后放榜。初试共取中127人，其中一等48名，二等79名，一等第一名为梁士诒，第二名为杨度。
7月11日。俄国对英国声明，满洲不得增设外国租界，但允许开辟商埠（哈尔滨除外），但俄国并没将此举通知中国。
上海引水公会成立。上海引水公会是专营上海港引水业的惟一团体，其成员全部由外国人充任。上海引水委员会特授予该公会一份“特许书”，规定它对上海引水拥有专利权。上海引水公会垄断了上海港的引水业务，攫取大量的引水费，加上引水船公司的股票获利，使外籍引水员的月收入达到数千银元。
7月12日。日军临时铁道大队在安东登陆。
7月13日。清廷谕令两江总督魏光焘等将宣传革命的章太炎、邹容等《苏报》“案犯”6人迅速押解到南京惩办。
7月14日。山东发生水灾。自本日起，连日大雨，各河盛涨，山东东平州、费县、平阳、东阿、阳谷等州县均遭水灾。
《蜀报》旬刊创刊，是一种鼓吹已经破产的“变法维新”论的刊物。
7月15日。公共租界会审公廨初审“《苏报》案”。公共租界会审公廨于本日开始会审《苏报》一案。此案的原告为清廷，被告为章太炎、邹容等人。原告律师外国人古柏代表清廷提出《中国政府控<苏报馆>条款》。清廷指控《苏报》、章太炎和邹容故意污蔑今上，诽谤政府，大逆不道。针对此指控，章太炎、邹容神态镇定，对答自如。后因章、邹所延请的律师来不及准备辩护词，公廨宣布退堂，并定于21日续审。中外人士对这场审讯都极为关注，当章太炎、邹容等被用马车送回巡捕房时，一路上观者如潮，章太炎见状，风趣地吟道，“风吹枷锁满城香，街市争看员外郎”。
崧蕃奏请仍严禁晋茶私销。陕甘总督崧蕃曾经奏请清廷将晋茶运销伊犁，以便拓宽市场增加政府收入，但一经实施，却发现一些意料不到的弊端，诸如侵占甘商引地，有碍课厘。故请求仍然严禁晋茶私销，以畅官引而保利源。