由于西平王及镇西武靖王在西藏拥有很大的军事权力，有人认为奥鲁赤及其子孙始终是吐蕃地区的最高军政长官，其实不然。因为宗王只是以皇室成员的身份代表朝廷镇戍某一地区，同时出镇宗王与镇戍区内的行省、行院之间也多分置莅事，“不相统摄”，还要受行省、行院长官的牵制与监视。所以说，出镇宗王根本不可能独掌一方军政大权。具体到西藏来说，情况也是如此。西平王、镇西武靖王既无权干涉宣慰使、本钦的任免，又无权在镇戍内征发赋役，吐蕃境内赋役的征发由宣政院统辖，宣慰司、本钦征集，西平王、镇西武靖王只能坐镇王府，均需由中央拨给，待有叛乱才奉命出征。
与宗王出镇并行的军事措施是元朝在西藏腹地驻屯蒙古军。据《元史》载，蒙哥汗“以和里统土番等处蒙古、汉军，皆仍前征进”。可知早在蒙哥汗时就有蒙古军驻屯于西藏。这时的蒙古驻屯军就是1239年入藏的道尔达部，彼时正驻屯在甘、青一带，此时随和里出兵西藏。后来设乌思藏宣慰司时，又设乌思藏管蒙古军都元帅二员，专管驻吐蕃蒙古军，成为定制。
元朝在西藏大规模屯军则是在至元十七年（1280年）。是年，忽必烈命宣政院使桑哥率蒙古军7万并朵甘思、朵思麻之军共10万往征与帝师八思巴作对的第二任萨迦本钦贡嘎桑哥攻下甲若仓城，处死了贡嘎桑布，随即，桑哥在西藏各险要关隘处派兵驻守。《汉藏史籍》记载：
“在蚌波岗，由尼玛衮和达尔格为首，抽调精兵，留下一百六十名兵士，担任达玛巴拉大师的警卫队。又从七个蒙古千户所的军队中，抽调七百人，担任警戒西路蒙古哨所的驻军。在南木官萨地区，留下以乌玛尔恰克为首的蒙古军四百。以多台为首的巴拉克的军队留驻塞日绒地方。卫普尔的军队，留驻甲孜、哲古、羊卓等地方，镇摄冬仁部落。多尔班土绵的军队驻当雄那玛尔、朗绒等藏北草地，以保障各个寺庙的安全。”吞并的范围是很广的，用意也很明确，“一方面为了防止西藏地方内乱，表明元中央王朝对西藏的直接管辖。另一方面为了防止西路蒙古军来夺取西藏”。
四、其他措施的实施
1．驿站的设置与（乌拉）制度的推行
元朝统治西藏，无论是对僧侣报聘，官吏往来，敕令下达，军旅进驻，户口清查，赋税征收，还是对加强经济文化的联系，首先建立一套通达方便的交通体系，显得十分重要。
忽必烈皇帝践祚之初就在西藏开始设置驿站。《汉藏史籍》记载：
皇帝（忽必烈）又下令说：“汝（答失蛮）等如能使朕听到强悍之吐蕃已纳入治下之赞颂即可······自萨迦以下，可视道路险易，村落贫富，选择适宜建立大小驿站之地，仿照汉地设立驿站之例，立起驿站来，使上师八思巴前往吐蕃之时，一路顺利。另一方面，你受任宣政院之职，如能详细了解吐蕃地方之情势，对所掌之大事及众人必有利益，汝其前往！”答失蛮（达门）奉皇帝诏令及上师的法旨，带领许多随从，携带来往路上所需的物品，以及从大小御库领出的对吐蕃僧侣首领赏赐所需的物品，前来吐蕃。首先，他到了吐蕃地方佛教再弘的发源地——朵思麻的丹底水晶佛殿，依次经过朵堆（即朵甘思）、桌多桑珠、藏，最后到了具吉祥萨迦寺，一路上在各地召集民众，大行赏赉，宣读诏书和法旨。从汉藏交界之处起，直到萨迦以下，总计设置了27个大驿站。若分别论述，在朵思麻设立7个大站，在朵甘思设立了9个大站，在乌思藏设立了11个大站。在乌思藏的大站中，由乌斯地方（前藏）的人支应的大站有：索、夏克、孜巴、夏颇、贡、官萨、甲哇等7个，由藏地方（后藏）之人支应的大站有：达、春堆、达尔垅、仲达等4个，并规定了各个万户支应驿站的办法。
根据以上史料可知，元朝最早在西藏设立驿站是在八思巴1265年返回萨迦之前，其目的一方面是保证八思巴返乡顺利，另一方面也有利于元朝政府对吐蕃的联系和治理。这次设置的驿站，始于汉藏交界之处，中经朵思麻宣慰司、朵甘思宣慰司及乌思藏宣慰司，止于萨迦，建立了乌思藏、朵思麻、朵甘思三路站赤。大站之间又有小站，各站距离不等。驿站的数目，不同时期不尽相同，乌思藏、朵甘思、朵思麻三路站赤在元朝时基本保持了35个左右的大小驿站，全西藏地区约有40余站。
元朝的驿站由中央统一管理，管理驿站的官员“有驿令，有提领，又置脱脱禾孙于关会之地，以司辩诘”。乌思藏的驿站则“由乌思藏宣慰使司的官员管理，而在元朝中央负责全国佛教事务和藏族地区的行政事务的宣政院，也要负责对藏族地区驿站的管理”。管理西藏驿站的官员有甲姆本（即站官），专管驿站的物资供应和人畜差役，保证驿站畅通。在吐蕃的三条驿道重要处，也设“脱脱禾孙”专司稽查，如土番等处宣慰使司都元帅府境内，设有宁河（在今甘肃和政县）脱脱禾孙五员，积石州（在今青海循化）元帅府设脱脱禾孙一员等等，来往行人均由脱脱禾孙查验凭证（即颁发的印信宣敕及各种金银牌符）后，方能乘驿。
驿站的主要任务是供给来往使臣、商旅以铺马食宿，使其“止则有馆舍，顿则有供帐，饥渴则有饮食”。后来，又为军用专设了马甲姆（即军站）。驿站的运行是靠推行“乌拉”制度来保证的，从各驿站所在地的民户中划出固定的站户，担负乌拉差役，站户不仅亲自到驿站服役，还要出纳粮秣马匹等驿站所需。
由于乌拉差役的负担沉重，站户不断逃亡，致使驿务一度废弛，元朝政府不得不经常赈济站户。《元史》中关于赈济站户的记载屡见不鲜。如“至元二十五年（1288年）冬十月己未，乌思藏宣慰使软奴汪术尝赈其管内兵站饥户。
桑哥请赏之，赐银二千五百两”。“至元二十九年（1292年）九月甲申，乌思藏宣慰司言：‘由必里公反后，站驿遂绝，民贫，无可供。’命给乌思藏五驿各马百，牛二百，羊五百、皆以银。军七百三十六户，户银百五十两。”“延祐元年（1314年）夏四月丁亥，西番诸驿贫乏，给钞万锭。”尽管如此，驿站的困情并未彻底解决。于是，政府又不断变革驿站的“乌拉”制度。
1268年，元朝政府在西藏括户后，进一步明确了各个万户支应驿站乌拉差役的规定。如“拉堆洛、拉堆绛和纳里速的人户，支应萨迦大站。……曲弥万户的三千零三户人家，支应达尔垅的大站，夏鲁万户的三千八百九十二户，再加甲若仓的人户中除去八百三十二户后剩下的三千零六十户，负责支应春堆大站……”。到了1280年，宣政院使桑哥率兵入藏后，对西藏驿站进行了整顿，停止乌思藏各万户的站户驻站服役，改为驻西藏的蒙古军负责乌拉差役，规定“乌思地方各万户，以马头为单位，将马匹、驮畜、乳畜，肉羊，供给驿站之青稞、褐布、帐篷、马鞍、坐垫、、绳具、炉子、卧具、医药以及人员，统付与蒙古人。乌思地方之人不必在北部驻站，蒙古军人亦得吐蕃年年供应物资，驿站和乌拉们俱有便利，对众人俱有利益”。
驿站的普遍设置，极大地便利了元朝中央对西藏的政治经济联系，也使其他一些治理措施得以更好的实施。
2．清查户口
“定期人口调查是蒙古的一个老习惯，标志着一块地区实为蒙古领有，纳入蒙古帝国。后来西藏也仿效了这种办法。认为人口调查就象征着征服，因此藏语中rtsaslen‘实行人口调查’一词就变为‘归顺’的文雅委婉的用语。”
早在1252年，蒙哥汗经略西藏时就对西藏进行过一次人口调查，这次括户与全国范围的括户同时进行。蒙哥汗诏谕八思巴协助“金牌使者”吐蕃境内的户口进行清查，八思巴在他致乌斯藏上层喇嘛的信中谈及了此事，“皇子蒙哥已经即为，对吾等甚为关怀……皇帝并宣谕我：‘已差金牌使臣前往吐蕃各处清查户口，划定地界，汝当遣僧人同往。’为此，吾已派格西朵儿只·不鲁克与格西孙不率随从前往，详情可询问彼等”。
元朝建立后，又进行过几次括户。第一次是忽必烈即位初期，命大臣答失蛮入藏清查户口，设置驿站。答失蛮一行是沿朵思麻—朵甘思—萨迦一线入藏的，当然，他所清查的只能是这一路的户口，因为答失蛮此行的主要任务是在这一线建立驿站。1268年，忽必烈派金牌使者阿衮和米林二人到西藏会同第一任萨迦本钦释迦桑布进行第二次户口清查。这次清查规模空前，对乌思藏及阿里地区僧俗民众户口进行了全面清查。据《汉藏史籍》称，从事这次清查的还有一人是司徒阿什杰，他负责清查从上部纳里速古鲁孙到夏鲁万户的辖地以下到止贡万户辖地以上的户口，阿衮和米林负责清查从上部纳里速古鲁孙到夏鲁万户辖地以上的户口。
此后，元朝政府又先后于1287年、1334年或1335年对西藏进行了两次括户。1287年是元廷派多苏阿努干在本钦宣奴旺秋的协助下进行的，后一次是派多苏阿努干与格洽达平章仍在宣奴旺秋的合作下进行的。对于这两次括户，意大利学者毕达克认为，前一次括户是对1268年括户结果的清理，是配合宰相桑哥在全国范围的理财而进行的；后一次括户是已经虚弱的蒙古统治者为了巩固在西藏的统治而进行的。
札奇斯先生认为：蒙元政权对西藏的屡次括户都是“作为征调兵卒，收集赋税，动员人力与物力的基础”而进行的。
3．“马头”社制的推行
元朝从至元六年（1269年）开始在全国范围内推行社制。诸色人中一律以自然村为单位，每五十家立为一社。
“社”作为最基层的社会组织，其目的不外乎发展农产，稳定社会秩续。在西藏也出现了类似社制的组织——马头（VTa-mgo）。据藏文史籍记载，一个马头有五十户人家组成，这与汉地社制的构成一样。“马头”与吐蕃的军政编制及十进位制的万户组织均无涉，它既不是军事组织也不是行政组织，而是一种社会组织。
藏文史籍中有各万户以达果（即马头）为单位向驿站支应差役的记载。可见，马头作为一种社会组织还是元朝向西藏民众征调赋役的最低层单位，这恰与汉地社制也是征调赋役的最低层单位的情况相仿。所以说，西藏地区的马头组织就是元代普遍推行的“社”。
4、赈济贫户
元朝政府在对西藏地区实行行政管理及军事征服的同时，还通常实行赈济等安抚措施。西藏经常发生的旱、冰、雪、霜、瘟疫、地震等自然灾害，给民众生活造成极大地困难，元朝政府不断进行赈济。如至顺元年（1330年）“吐蕃等处脱思麻民饥，命有司以粮赈之”，还有前面所述对驿站贫户的赈济同样也是元朝政府的赈济措施。这些措施对西藏地区生产的恢复，对社会的稳定，都是有益的。
第二节西藏社会稳步全面发展元朝政府直接地有效地管辖西藏地方，使西藏在400年分裂割据之后，出现了全国大统一下的西藏内部小统一，安定的统一的局面，为社会经济的恢复和发展提供了有利条件。元朝政府在西藏清查户口，划分十三万户，设置驿站等，有效地制止了各地方势力和各教派势力为扩张势力而进行的你争我夺斗争，社会秩序稳定，广大农牧民在划定的区域内也可较安心地从事生产，按规定交纳赋税，自己的一部分个人财产受到保护，生产积极性也随之提高。这与过去相比，可说在一定程度上是从乱到治。
一、各教派自奉教法自由发展
13世纪初叶，西藏社会出现了一个比较普遍的特点，就是新兴的地方封建领主势力都与教派势力紧密地结合在一起，给自己披上了一件宗教外衣，变成既是领主又是寺主的双重身份。例如雅隆觉卧家族控制了拉萨以东墨竹工卡一带的怯喀寺和基布寺以后，又陆续兼并了工布、塔布地区的几十个寺院，寺院集团首领拉卓微衮波（1186—1259年）不仅有权指派寺院总管，而且还有权指派管理寺属农奴的地方官吏“米本”。止贡噶举派则是世代操纵在来自康区的居热氏家族手中，居热氏家族从而也被称作为止贡巴家族。还有噶氏家族控制的蔡巴噶举派，朗氏家族控制的帕木竹巴噶举派等，莫不如此。本书前面反复提及的藏地昆氏家族萨迦派，更是如此，萨迦法主成为当时操政教大权一身的西藏最大实力人物。
从而可见，西藏各教派势力之间，是睦邻相处还是兵戎相见，都直接关系到西藏社会的风云变幻。元朝政府管辖西藏，一个值得注意的有效或者说顺利的原因，就在于宗教关系处理得当，使之起到了政治纽带作用。
1260年，忽必烈即汗位后，封萨迦派法主八思巴为“国师”，“授以玉印，任中原法主，统天下教门”，正式将藏传佛教确立为国教，以藏族僧人为统领。1265年，八思巴奉旨返回萨迦，筹建西藏地方政权，设置宣慰司，划分十三万户，创建“本钦”制。1270年，八思巴奉命创制“蒙古新字”告成，忽必烈下诏颁行全国，“升号帝师大宝法王，更赐玉印，统领诸国释教”。八思巴遂成为元代皇帝的第一位帝师，自元迄明，大宝法王也成为西藏佛教领袖人物的最高封号。
忽必烈“受萨迦派特有之吉祥喜金刚灌顶三次”，极大地抬高了藏传佛教（特别是萨迦派）的地位，藏传佛教从皇帝的皈依和信仰，迅速变成皇室及朝廷上下的虔诚信仰。忽必烈与八思巴出于他们政治上、宗教上的需要，关系越来越密切，元朝政府与西藏地方的政治隶属和行政管辖，也随之愈来愈巩固愈来愈加强。
萨迦派如此受尊崇，必然对其他各教派发生很大影响，各教派从自身利益考虑，自然也都不甘落后，通过各种方式，积极主动地与元朝统治集团取得联系，争取支持，当然也更不能得罪萨迦派，不管内心如何，表面上都得承认萨迦派的领导地位，不可擅自行事，更不可起兵作乱，即使有起兵作乱者，也必遭灭亡。例如发生于1290年的“止贡寺之乱”，就是萨迦势力受到其他教派势力挑战的最典型事件。对此，东噶·洛桑赤列《论西藏********制度》中记载：“八思巴的弟弟恰那多吉的儿子达玛巴拉从藏历第五饶迥铁龙年（公元1280年）起执政八年。他执政一年后，止贡派的京俄居尼巴仁钦多吉去世，由仁波且扎巴益西接任，他把自己的外甥那察扎列巴送到萨迦派喇嘛益西仁钦那里。正当萨迦派要任命他为止贡寺的座主时，被京俄居尼巴仁钦多吉的弟弟甲吾扎巴仁钦杀死。当萨迦派为此责问止贡派时，止贡派全部起来支持甲吾扎巴仁钦，萨迦派和止贡派由此开始发生纠纷……”其实，西藏各教派早在1239年就已纷纷派代表到蒙古地区去寻求蒙古贵族的支持。据《论西藏********制度》记载，当时萨迦派归顺了窝阔台，帕木竹巴、雅桑巴归顺了旭烈兀王子，止贡巴和后藏的古尔莫娃归顺了忽必烈王子，达陇巴归顺了阿里不哥王子等。各王子也给各教派赐封了庄园属民。