“快龙，听得到吗？请你马上赶往新岛，那里会有大事发生，拜托你了！”在赶往新岛的途中一辉利用额头的印记向快龙发送信息，不过不知道来不来得及……
而在一辉连续用瞬移赶往新岛的时候，位于新岛研究所的大厅中超梦出现了。
“我一直想和人类一起生活下去，但是我失望了，人类是比小精灵更低级的生物。如果让人类那样既弱小又过分的生物来支配这个世界的话，这个星球就会……完蛋！”超梦一出来就强势地震住了在场的所有人。
……超梦完全一副我做主的样子，谈判很快就谈崩了。“以成为训练家为目标的人都会拥有最初的小精灵，小火龙、杰尼龟、妙蛙种子。这些都是我做出来的他们进化型的复制品。”随着超梦的话地面上露出了三个圆圈，从中出来了喷火龙、妙娃花、水箭龟各一只。每一只的身上都有着一些奇异的花纹，而且不管是体型、眼神等等都非常好，可以预料这几只都非常强。接着一行人来到了一个决斗场地，这是初始的对决，也是超梦与人类之间的对决。
而在这个时候一辉终于赶到了小智他们之前聚集的那个港口，新岛已经遥遥在望了。港口处有着一群警察在救助海中的训练家，看样子这是那些渡海想要去新岛而失败的人。
“不行吗？超梦在新岛上布置了结界，无法瞬移过去。既然这样！暴鲤龙，摆脱你了！”既然瞬移不行那就只能向他们一样渡海过去了，一辉跳上了暴鲤龙的颈部。
“那边的人，现在不允许出海，快从暴鲤龙上下来，不然我要逮捕你了！”正在指挥的君沙和波依佳当然也看到了一辉，谁让他的暴鲤龙太醒目了，想不注意都不行。现在海面上到处是汹涌的巨浪，天空也不是闪过几道银蛇。所以……“暴鲤龙，潜到水里，向新岛出发！”心急如焚的一辉直接无视了君沙和波依佳的警告，直接让暴鲤龙从海中前进了。一辉的这具身体很特殊，在海中也可以呼吸，所以不必担心呼吸的问题。
“地球上投！”竞技场上，在超梦冷漠的声音下小智的喷火龙被复制品喷火龙一下子砸在了地上，倒了下去。到此为止小智他们与超梦的比赛结束了，结果——完败！“速度、力量都不足！”超梦拿出了三个黑色的有着一个眼睛的精灵球，一下子就把喷火龙、妙娃花、水箭龟三只抓走了。接着越来越多的精灵球出现，一只又一只的小精灵被超梦抓走，顺着一个洞口飞了进去。即使把小精灵收回了精灵球也无济于事，最后连皮卡丘也被抓走了。
然后超梦打开了大门。不过旁边却传来了爆炸的声音，接着烟雾中走出了所以被抓走的小精灵的复制品，还有——小智和本体。暴怒的小智冲上前去一拳打向超梦，但是却被超梦弹飞了。正当小智即将撞上高塔的时候出现了一个气泡接住了他，接着——梦幻出现了！
当正牌遇上假冒，当本体遇上复制品……只有一个人可以存活下去，真正的永远只有一个，于是……战斗……开始了！
“这里就是研究所吗？回来吧，暴鲤龙，辛苦你了。”另一边从海中游过来的一辉终于到了。从超梦打开的大门中走了进去，场中的一切终于呈现在了一辉眼前。
九尾对九尾、水箭龟对水箭龟……每一只小精灵都和自己的对手进行着肉搏战。尽管打得遍体鳞伤，尽管已经精疲力尽，但是这场正牌和冒牌之间的战斗还在继续着，继续着无意义的战斗……场边的角落里火箭队的两人抱头痛哭着，喵喵和另一只复制喵喵却在聊天，与整个环境格格不入。也许真正看清的只有它们而已……另一边小霞他们静静地看着这一切，想阻止却没有那个能力，只要超梦和梦幻的战斗部结束，战斗就不会终止。
看到小霞平安无事一辉心中悬着的心终于放了下来，不过还是情不自禁地瞬移了过去紧紧抱住了她。“霞，你没事吧？”骤然被人抱住的小霞刚想挣扎就听见了一辉满含关心的声音，定眼一看不是一辉还是谁，忍不住哭了起来。今天发生的一切太不可思议了，小霞不止一次地想过要是一辉在这里该多好，可是她也知道终究只是想想而已。但是当现在一辉真正出现在自己面前时，刚才还坎坷的心好像一下子就找到了归属似地，感到无比的安全和舒适。
不过小霞也知道现在不是哭的时候，简单地和一辉讲了下情况。“辉，阻止它们好吗，这样下去大家都会垮掉了！”“恩，接下来就让我来吧。”松开了小霞之后一辉看向了超梦那里，它们正因为一次碰撞而分在场地的两边。
“超梦，为什么你要做这种事！”趁着这短暂的分离一辉瞬移到了它们之间的空中，向超梦质疑道。
“你是……那天的人类！”超梦好像也认出了一辉：“我到底是谁？我既没拜托谁把我生下来，也没恳求谁把我创造出来。我怨恨一切把我制造出来的东西，这是我对作出这一切的你们的——反击！”
“的确，很多人类都是自私的。但是拥有了高度智慧的你又何尝不是？身为梦幻复制品的你最清楚复制品的痛苦，但是为什么你还要造出它们？只是为了一己私欲而已，这样的你又有什么资格做检讨人类！”一辉的话对于超梦来说无异于打碎了它心中一直以来的坚持。“他说的没错，人类是自私的，我又何尝不是？”超梦茫然的目光转向了那些看着它的复制小精灵。“我怨恨把我创造出来的一切东西，但是我却创出出来了它们，岂不是说……它们也在怨恨我？……”
“而且……”一辉见超梦终于停了下来松了一口气，超梦心中对人类的偏见太深了，必须先改变它心中的想法才行。但是就在一辉打算继续开导超梦时……
“啊！”从刚才听了一辉的话之后就一直没有动的超梦突然双手抱头痛呼了起来，接着一枚黑色的上面闪烁着丝丝蓝色电光的球体向着一辉射来，是超梦的影子球！
突如其来的攻击也出乎了在场所有人的意料。“辉！”小霞更是担心得大叫了起来。