各类教育办学体制的深化改革。根据国家的一系列方针政策，全市建立了以政府办学为主、社会各界以及私人参与相结合的办学体制。基础教育特别是义务教育主要由政府来办，同时鼓励企事业单位和其他社会力量按照国家《义务教育法》、《社会力量办学条例》以及有关政策规定采取多种形式办学，积极动员社会力量面向劳动力和人才市场的需要，兴办职业教育和成人教育。1991年，兰州市完成各县（区）重点办好一所职业技术学校的任务，同时调整城镇职业技术学校的专业与布局，以提高办学效益。1993年，兰州市提出加快职业技术教育的“四开放”政策，即开放招生计划、开放收费标准、开放专业设置、开放办学年限，使职业学校的建设取得明显成效。从1995年开始，兰州市政府每年拨出专款10万元用于发展职业教育，每年从教育附加费中划拨20万元用于职校招生补助，为职业教育发展起到积极促进作用。1999年第三次全国教育工作会议后，国家加快了办学主体和投资主体多元化的步伐，兰州市贯彻国家教育政策，积极鼓励和支持民办教育，激发了民间人士兴办教育的热情，先后出现了一批民办中小学、幼儿园和职业技术学校，初步形成公办学校和民办学校共同培养人才的格局。
教育结构是教育体制改革的枢纽。经改革开放的十多年发展，兰州市按照发展幼儿教育，巩固加强小学，充实提高初中，适当控制高中，积极发展职业教育，集中力量办好骨干学校，提高办学效益的规划精神，到20世纪90年代，初步形成一个结构较为合理的教育体系。1995年，兰州市教育工作会议提出实施“542工程”的计划，即到20世纪末建成500所标准化小学，建成实验性、示范性小学、初中、高中及重点职业中学各10所，建成职业教育中心、成人教育中心各一所的学校建设目标。从90年代末开始，根据国家大力推进城镇化建设步伐的要求，进一步调整城市中小学布局。市政府把中小学建设纳入城市建设规划，尤其是小学的建设和城市新区开发、新建住宅小区同时规划、同时建设、同时启用。为适应学龄人口变动需要，对农村初中和小学统筹规划、合理布局，扩建了一批初中校舍，基本解决了初中学龄人口高峰带来的入学难问题。与此同时，职业技术教育得到稳步发展，2000年，全市建成各类中等职业技术学校14所，形成了专业门类较为齐全的职业教育体系。在成人教育方面，1997年，兰州市成人教育工作会议制定了《关于加快成人教育发展的若干意见》，推动成人教育以岗位培训和继续教育为重点，进一步加快发展步伐。到1998年，全市建成“燎原计划”示范乡35个，乡镇农技校83所，年培训人数达13万人次，全市青壮年文盲率下降到4％以下，7个县区通过了国家标准扫盲验收。同时，职工岗位培训进一步走向制度化、规范化，成人高等教育和中等专业教育快速发展。1998年，全市有成人高校13所，成人中专32所，对提高全市职工的文化素质提供了有力的帮助。兰州的普通高等教育结构在90年代逐步走向深化改革，稳步发展的轨道，1995年，省教委提出了《关于推进我省高校联合办学和促进高教结构调整的意见》，确立了共建、联建、合作、合并的方针，整体规划全省高校的教育资源，优化资源配置。在专业结构和人才结构方面，根据产业结构调整和经济发展对各类人才的需求，也逐步进行调整，并初见成效。
改善和加强各级学校的思想政治教育。20世纪90年代，根据当时国内外形势和学校思想政治工作中出现的新情况新问题，按照中央和省委的有关部署，兰州各高校采取加强政治理论课教学，将思想教育同严格的管理相结合等措施，加强思想政治教育，取得良好效果。同时，注重改进和加强中小学德育工作，强调把德育工作放在学校工作首位，是中小学贯彻德、智、体、美、劳全面发展方针的重要一环。全市广大中小学教职工，认真学习《****中央关于加强德育工作的通知》，提高了对德育工作的认识，加强了教书育人的自觉性。各学校建立了以校长为中心，包括党、政、工、团、队的德育工作者和班主任为主体，全体教职工参加的德育工作队伍，逐步形成了德育教育网络。在各小学开展了小学生日常行为规范训练试点的研究，并根据学生特点教学爱国主义、集体主义、社会主义公德教育。各学校还举办革命纪念日活动，开展社会实践，将思想品德教育寓于丰富多彩的活动之中。例如，兰州一中开展的社会主义理论100题知识竞赛活动，西北师大附中举办“党的基础知识竞赛”、“革命党人历史故事演讲会”等，利用多种形式开展的教育活动，使师生精神面貌焕然一新。各学校还结合思想品德课和普法活动，在中小学生中教学法制教育，采取法制教育报告会、举办法律知识竞赛，参观法制展览等多种形式，有效增强了学生的法制观念。总之，在市委市政府的领导和教育部门的共同努力下，全市中小学校积极广泛探索新形势下德育工作的途径，健全德育教育网络，优化育人环境，使德育教育得到切实贯彻落实。
20世纪90年代初期，教育领域开始提出素质教育的大讨论，经过理论探讨和不断进行实践总结，到1995年后，素质教育的理念逐步形成共识。甘肃省教委于1998年印发的《关于积极推进中小学素质教育的实施意见》，提出推进中小学素质教育，必须坚持通过加强中小学教师队伍建设和德育工作，加强薄弱学校建设，深化教材课程改革，构建适应素质教育需要的教育督导评估机制和质量评价体系，积极开展区域实验，调整有关学科教学内容等措施，以稳步全面推进素质教育。1999年，中央召开的全国教育大会将素质教育列为主题，提出各级各类教育都要把全面推进素质教育，提高受教育者的全面素质，作为教育工作的战略重点。既要重视和不断加强、改进文化知识教育，又要重视和不断加强思想道德教育，这为全面推进素质教育指明了方向。
全面推进素质教育，关键在于转变教育思想，更新教育观念。长期以来，在教育模式中大行其道的“应试教育”存在严重弊端，它以追求升学率为出发点，忽视社会对提高民族素质和培养学生全面发展才能的需要，注重短期行为，缺乏面向现代化，面向世界，面向未来的战略思想。因此，以“应试教育”为特征的教育思想和教育模式，制约着教育事业的健康发展。为了加深认识和纠正“应试教育”的弊端，兰州教育系统通过多种形式的宣传教育活动，促使人们转变观念，正确认识素质教育的本质特征。在办学指导思想上，确立教育为社会主义建设事业服务的办学方向，以全面提高学生的素质为根本目标；在教育内容和质量要求上，强调在贯彻党的教育方针和全面提高教育质量上下功夫；在落实基础教育任务上，注重面向全体学生的同时，重视人的个性发展，使每个学生都能得到提高和发展；在教育方法上，主张以教师为主导，学生为主体，力求调动学生的学习积极性与主动性，使学生在自主、活泼的氛围中掌握知识，提高能力。总之，只有实现教育观念的根本转变，才能真正实现推进素质教育的目的。
1999年，兰州市启动了“素质教育工程”，主要措施为：积极争取各级政府的重视与协调；向社会、家庭、学校进行广泛宣传，进一步把转变观念，提高认识作为前提；把加强薄弱学校改造与示范性高中建设作为面向全体学生的突破口；更新课程教材内容，改进教学方法，实现减轻学生课业负担；加大改革招生制度，革新督导制度；加强科研依靠教育科研提供决策依据和行动指导。为配合“素质教育工程”的开展，省教委召开全省素质教育经验交流会，不断扩大素质教育实验的范围，并根据教育部《关于推进素质教育，调整中小学教育教学内容，加强教学过程管理的意见》的精神，本着有利于实施素质教育，促进学生全面发展，有利于教育教学秩序稳定的原则，调整了现行义务教育阶段中小学主要课程的教学内容及教学要求。同时，组织力量参与建设和推行国家新课程体系，为素质教育的有效实施做好课程教材方面的准备工作。2000年，省教育厅与兰州市研究决定，兰州市小学升初中，划片就近招生，免试入学。这一改革措施的推行，有利地促进了在小学改革“应试教育”而推进素质教育进程，同时也基本解决了学生向重点学校择校的问题，有利于加强和促进薄弱学校的建设。
2000年以来，为了深入开展教育改革，扎实推进素质教育，为全面建设小康社会培养高素质的人才，兰州市教育局制定了《兰州市基础教育课程改革实施工作方案》，确立了基础教育课程改革实施步骤，即2001年开始启动课程改革实验工作。城关区、七里河区进入国家级基础教育课程改革实验区，小学课程改革实验工作正式开始。2002年，市教育局出台了《兰州市基础教育课程改革实施意见》，成立了兰州市课程改革领导小组、专家小组、工作小组，标志着全市基础教育课程改革工作全面启动。2003年，全市近郊四区及榆中县、皋兰县义务教育阶段的1年级和7年级执行新的国家课程标准，使用新课程教材。2004年秋季起，全市义务教育阶段的1年级和7年级全部执行新的国家课程标准，全部使用新课程教材。2005年，初步建立符合课程改革要求的义务教育阶段质量评价体系，着手研究中考制度改革；开始普通高中课程改革准备工作。2006年开始，对首批执行国家课程标准的初中毕业生按国家课程标准，采用新的中考制度和评价体系进行考核和评价；全市普通高中1年级全面执行新的普通高中国家课程标准，并使用新教材。同时，建立各级课程改革组织机构和培训机构，分级进行教师培训工作，建立新的课程改革评价制度和考试制度，制定了经费、组织、物质、师资等方面的保障制度。
为了保证教育事业的全面发展，加强农村教育工作成为新世纪教育发展的一个重要目标。2003年9月，******召开了全国农村教育工作会议，下发了《******关于进一步加强农村教育工作的决定》。农村义务教育在全面建设小康社会、建设社会主义和谐社会中具有基础性、先导性和全局性的作用。兰州市委、市政府高度重视全市农村义务教育事业，全面贯彻落实全国、全省基础教育工作会议精神，先后下发了《兰州市人民政府贯彻“以县为主”农村义务教育管理体制的意见》（2003年）、《关于进一步加强农村教育工作的实施意见》（2004年）、《关于进一步加快全市中小学危房改造工程的意见》（2005年）、《关于深化农村义务教育经费保障机制改革的意见》（2006年）等文件，要求各级政府积极筹措经费，认真组织实施农村中小学危房改造工程、农村中小学现代远程教育工程，认真落实农村贫困家庭中小学生“两免一补”政策，使农村中小学的办学水平发生了重要变化，有力地提高了“普及九年制义务教育”水平，促进了全市农村教育事业的发展。
仅以贯彻实施农村中小学现代远程教育工程方面来看，2003年《******关于进一步加强农村教育工作的决定》明确提出“实施农村中小学现代远程教育工程，促进城乡优质教育资源共享，提高农村教育质量和效益。在2003年继续试点工作的基础上，争取用五年左右时间，使农村初中基本具备计算机教室，农村小学基本具备卫星教学收视点，农村小学教学点具备教学光盘播放设备和成套教学光盘”。国家2004—2005年度农村中小学现代远程教育工程在甘肃将覆盖兰州、白银、庆阳、平凉、武威、甘南六市（州）的三十六个县，为甘肃省农村中小学建立教学光盘播放系统、卫星教学收视系统和计算机教室。通过项目的实施，利用现代远程教育手段，引进优质教育资源，促进教育的均衡发展，缩小东西部差距，为农村社会和经济服务。为配合相关工程，2005年8月，由兰州市政府牵头，甘肃省教育厅科技处、兰州市发展与改革委员会、兰州市财政局、兰州市教育局等单位在西北宾馆举行了农村中小学现代教育远程工程项目工作会议，就农村中小学现代教育远程工程项目做了详细的部署和安排。
农村初中计算机教室为开设信息技术必修课创造了条件，并把信息技术应用到教学中去；卫星教学收视点把课程资源、教学素材、“空中课堂”送到学生的面前；教学光盘播放点的应用，把优秀课程引入农村小学的课堂，利用光盘教学或辅助教学在农村小学中广泛应用，使教师从知识的传授者逐步转变为学生学习的辅导者、引导者和课堂教学的组织者。实施农村中小学现代远程教育工程采用的三种建设模式经济实用，符合农村中小学的实际，基本适应我国农村经济和社会的发展水平。
在中小学危房改造方面，为确保全市中小学危房改造工程顺利实施，市教育局、市发改委、市财政局、市建委、市审计局于2005年3月联合对全市的272所中小学的危房状况进行了一次全面核查。核查涉及272所项目学校，计划建设规模203899平方米，计划总投资11732万元。核查期间，市政府督察室领导分别对各区、县的危改工作进行了检查和督导。此次核查，进一步摸清了全市中小学危房底数，准确掌握了我市二期中小学危房改造工程项目执行情况，为加快实施兰州市二期中小学危房工程项目步伐提供了保障。
总之，进入新世纪以来，党中央提出全面建设小康社会、构建和谐社会的目标，需要教育事业的发展必须达到更高的水平。实现小康目标、构建和谐社会，强调以人为本，人力资源是第一资源。这就需要促进人的全面发展，把巨大的人口压力转化为丰富的人力资源优势。因此，教育事业任重而道远。为此，兰州市人民代表大会第十三界六次会议制定的《兰州市国民经济和社会发展第十一个五年规划（2006—2010年）纲要》中，提出了推进“科教兴市”战略和优先发展教育事业的各项部署。《纲要》指出，全面推进兰州科技、教育、文化等社会事业的发展，必须坚持优先发展教育，加快教育结构调整，促进各类教育协调发展，其中重点加强农村义务教育和城市高中阶段教育。要高度重视人力资源的开发，大力发展职业教育和培训，提倡终身教育，营造学习型社会，培养创造型人才。要全面实施素质教育，深化教育改革，优化资源，调整布局，努力提高办学水平和教育质量，实现全社会的教育公平，建立起开放的、多样化的、社会化的终身教育体系和建设学习型城市。由此，兰州的教育事业必将抓住大好际遇，步入一个新的辉煌时期。