种族隔离政策被废除，南非的黑人成了国家的主人，非洲人国民大会站到了舞台中央，这对曼德拉来说，是一个新的开始。他感叹说：“在登上一座大山之后，你会发现还有更多的山要去攀登。”
当选之后，曼德拉立即着手实施南非经济发展计划，扩大就业，推行种族和解政策，改善黑人的生活水平。他还确保了国内的经济稳定，南非成了全世界的一支重要和平力量，甚至是成功的楷模。在新政府的努力下，黑人企业主的数量和富裕阶层的人数增长得很快。1994年，南非国民生产总值告别了连续多年的负增长，增长率达到了2.5%，第二年达到了3.3%。
黑人贫穷的主要原因是种族隔离时期，大多数的黑人无法接受良好的教育。1944年，南非20岁以上的白人中65%有高中以上文凭，但是黑人和有色人种的比例只有14%。曼德拉显然也意识到了教育的重要性，他说：“教育是可以用来改变世界的最强有力的武器；一个受过教育的人不会遭受压廹，因为他具有独立思考的能力。”1996年，新政府通过了《南非教育法》，规定7~15岁的未成年人必须接受义务教育，废除了种族隔离时代的教材，并在小学推行“免费午餐制度”。
在外交领域，曼德拉也取得了巨大的成功。他在任期间，南非对联合国在非洲的维和行动贡献很大，积极支持核裁军保护人权，发起平民免受地雷伤害运动。1997年，曼德拉在英国牛津发表演讲，他充满激情地呼吁和平：“我们能否自信地宣称，从今以后，各大洲、国家和共同体不会因为民族、宗教、种族和语言争端再次走上硝烟弥漫的战场。”
1998年，曼德拉访问中国，与中国建立了外交关系。这也是他对中国长期以来对南非民族解放事业支持的回报。
曼德拉就任总统后，时刻警惕权力的腐蚀。他在自传中写道：“在历史上，不断有革命分子被贪婪打倒，他们最终被转移公共财产为己所用的贪念所压倒。他们背叛了曾经让他们名扬天下的高尚目标，他们抛弃了群众，和那些可以让他们大富大贵的压迫者混在一起，而这些压迫者正是靠着对穷人中的穷人无情盘剥才供养着这些背叛者。”
1997年，年事已高的曼德拉宣布任满不再谋求连任，两年后他履行诺言，功成身退。他把一个经过5年治理已基本实现种族和解、经济走出低谷的南非交给了继任者姆贝基。议会通过决议，尊崇其为“南非终身名誉总统”。
在最后一次主持的非洲人国民大会上，曼德拉发表了感人肺腑的演讲，向他为之奉献了50多年的政党亲自告别：
时事造就人才，个人的命运往往与其生长的时代密不可分。因此，一个人往往会成为一个时代的象征。交过接力棒，我想是时候感谢非洲人国民大会了，感谢非洲人国民大会成就了我，使我成为这个政党的象征。
今天，我在这里向各位辞行，只有这样，年轻的一代——律师、经济学家、金融家、医生、实业家、电脑专家，甚至是普通的工人和农民才有机会带领非洲人国民大会走向一个新的时代。
我已经演完了我的角色，现在只求默默无闻地生活。我想回到故乡的村寨，在童年时嬉戏玩耍的山坡上漫步。
不屈不挠，放弃仇恨，以德报怨，居功不自傲，不贪恋权力，功成身退，这就是曼德拉的伟大人格魅力之所在。
2000年，美国《生活》杂志评选千年来百位最重要人物，曼德拉排名第51，前面是哥伦布、马丁·路德、伽利略、达·芬奇、牛顿、达尔文……
2004年7月18日，温妮出现在曼德拉86岁的生日宴会上，温妮的出现表示她和曼德拉的关系有所缓和。在宴会上，有一个镜头特别让人感动，当温妮和格拉萨一起帮助曼德拉切开生日蛋糕后，两任妻子自然而然地拥抱在一起。
2009年11月，联合国大会为表彰南非前总统对和平文化与自由的贡献，宣告7月18日为“纳尔逊·曼德拉国际日”。