激烈的交锋
1947年2月，远东国际军事法庭进入战犯和辩护方反证阶段。3月18日，满洲阶段的反证开始，4月22日，中国阶段的反证开始，5月16日，对苏阶段反证开始，6月12日，德意日阶段的反证阶段开始，8月4日，太平洋战争阶段的反证开始，9月10日，被告个人阶段的反证开始。1948年1月12日，辩护方的反证全部结束。
远东国际军事法庭虽然不见刀光剑影、血雨腥风，但唇枪舌剑一样夹带着毫不留情的攻击与抵抗。一旦检察方对日本战犯的指控被推翻，或者法庭裁决提供的证据不成立，那么，伸张正义的审判就有可能落空，后果不堪设想。在将近一年的反证阶段，战犯们和他们的辩护律师极力推卸一切责任，检察方面以各种有力的证据，将他们的谎言一一揭穿。控辩双方再次上演了一幕斗智斗勇的激烈交锋。期间，法庭精彩的控辩非常多，本文无从一一描述，仅以中国人熟悉的土肥原贤二和坂垣征四郎说明之，这两位狼狈为奸的“中国通”，在法庭也确实上演了“精彩”的一幕。
1947年9月16日，土肥原贤二的个人辩护开始。在辩护律师简述案情后，由他所举证人受讯。土肥原提出的第一个证人是他任关东军特务机关长时的新闻课长爱泽诚，其供词大意是沈阳特务机关仅负责采集新闻情报，并无其他秘密行动，并称土肥原为人忠厚坦白。
中国检察官倪征问他：“你是否知道土肥原曾于1935年阴谋发动政治军事攻势，想在平津组织‘华北五省自治’，当时外国报纸均有报道，证人作为关东军特务机关新闻课长，难道一无所知？”爱泽诚一时哑口无言，倪征进一步出示爱泽诚当时作为特务机关新闻课长自己签署的向上级报告外国报纸关于此事的报道的文件。爱泽诚再也无法否认，只得垂头丧气地认输。
土肥原贤二的另一名证人是日本原驻天津总领事桑岛主计。1931年秋，土肥原到天津活动，准备将溥仪挟持到长春，日本外务省担心因为挟持溥仪使日本在外交上陷入被动，对土肥原进行了劝阻，未果，他向外务大臣拍了电报，描述了土肥原贤二如何不听劝告执意将溥仪装入箱内，用汽车运到塘沽，又用船载到大连。桑岛此时却说这些报告都是根据当时的社会流言写出来的。倪征立刻向法庭出示从日本外务省查到的桑岛的电报，桑岛立即目瞪口呆。
中国检察官当即乘胜追击，提交一份关东军的名为《奉天特务机关报》(奉天是沈阳的旧称)的报纸，该报纸首页盖有土肥原的名章，其中一页载有“华南人士闻土肥原和坂垣之名，有谈虎色变之慨”等语。土肥原自吹自擂，在报告中使用中国成语，不愧为有名的“中国通”。可惜弄巧成拙，土肥原、坂垣两人本来都在中国作恶多端，现在这两人的大名竟同时出现在一个文件之内，给中国检察官造就“一箭双雕”的机会。爱泽诚见铁证如山，如坐针毡，只得俯首无语，默认一切。此时土肥原的美籍辩护律师华伦见势不妙，跳了出来向庭上说道，这个文件讲的是一只老虎，与案情无关，应请法庭拒绝接纳作为证据。中国检察官忍住轻蔑和愤怒，向这位“可爱”的律师解释道，“谈虎色变”是一句中国成语，意思是中国人一谈起土肥原、坂垣两人，有如提到猛虎，足见这两人的凶恶。中国检察官一解释完，肃静的法庭顿时哄堂大笑起来。华伦一言不发地回到律师席。
此时的土肥原本人，似乎已经从他的证人和律师滑稽的表演中看出了什么，知道自己的辩解在检察官们的铁证面前将是于事无补的。因此，他除了东京审判开始时检察长宣读起诉书后当庭声明不认罪外，此次他决定放弃陈述。依法庭所采用的程序，不能强迫其当庭发言。土肥原甘愿放弃其亲自辩护的权利，在中国检察组方面来看，这是土肥原自知恶贯满盈，显系自觉心虚所致。但由于土肥原本人不上证人台，检察方面就无由当庭对他严予盘诘，从而失去提出有针对性证据予以反驳的机会。
坂垣征四郎的个人辩护阶段从1947年10月6日开始。他不仅与土肥原狼狈为奸，而且还是土肥原的上司，幕后指示者。他似乎显得比土肥原有信心，他先是安排15个证人为自己开脱，然后亲自出马，登上证人台为自己辩护，声势不可谓不盛。
而此时的中国检察组人员同仇敌忾，中国检察官倪征等人前往被查封的日本陆军省档案库，从字里行间发掘罪行证据，经过周密调查，中国检察官已经做好迎头痛击的准备。
坂垣首先通过他的辩护律师提交辩护文件，这份所谓的辩护文件内容空洞无据，不着边际，许多根本就是一派胡言乱语，无凭信力可言。
在涉及到坂垣征四郎参与九一八事变时，坂垣的部下——当时在沈阳柳条湖附近驻扎的日军联队长岛本作证说他那天晚上在朋友家喝酒，喝得醉醺醺的，回家后才得到九一八事变发生的报告。言外之意，当时的日军根本就没有在筹划什么阴谋，否则他根本不可能出去喝酒。中国检察官当即打断他的话反问：“岛本既然声称自己当晚喝醉了，那么，一个糊涂的酒鬼能证明什么？又怎能出庭作证人呢？”结果，岛本被轰下庭去。这个下马威使坂垣的辩护班子乱了手脚。
他的其他证人所述，也都空洞无据，提不出任何有力反证，不过，战犯们此时仍然不忘记对坂垣进行一番吹捧。后来倪征回忆说：“有的证据是把坂垣征四郎吹得简直不得了，他们吹了也对我们有利，他的罪名更大，这是第一；第二，有些东西落在我们手里面非常有好处。”
最后，10月9日，板垣征四郎粉墨登场，为自己辩护。坂垣提出了长达48页的辩护词，想说明“满洲国”是根据“民意”成立的；七七事变后，他始终主张从中国撤军。可惜他精心准备的辩护词也是累赘空泛，一些内容简直颠倒是非、荒诞不经，一望而知其为无耻谰言。累累罪行的事实摆在那里，你想怎么样去粉饰，都难免流于空泛和荒诞。
尽管坂垣的辩解显得苍白无力，但是，中国检察官依然要以充分的证据来证明他们的虚伪。倪征根据日本御前会议文件、内阁会议文件、密电、******等重要材料盘问反驳，对坂垣征四郎进行了有力驳斥。在驳斥坂垣的时候，倪征也没忘记板垣的老部下土肥原。他问在场的坂垣：当年扶植溥仪称帝、勾结关东军、阴谋华北自治、煽动内蒙古独立、唆使汉奸成立伪政权的，是不是就是土肥原？坂垣不得不点头。
由倪征承担的反诘持续长达整整3天，对坂垣48页的辩护词中所提到的事情，几乎都仔细盘问到。他的高超智慧、沉稳气度和辩论技巧征服了所有人，日本战犯的辩护防线被彻底摧毁。面对大量铁的事实，坂垣无话可说。
最后，土肥原贤二和坂垣征四郎得到了应有的惩罚。1948年11月12日法庭宣读判决，受审的25名被告中7名被判死刑，土肥原贤二、坂垣征四郎就在其中。
此外，在东条英机的个人反证期间，人们疑惑的一个问题是，东条有这么大的力量发动战争吗？他背后有没有支持者？
1948年1月7日，韦伯亲自讯问东条。他问道：“是谁最后就开战问题向天皇进言的？除了你还有谁？”东条说出两个人，一个是已经自杀的陆军大臣杉山元，一个是已经病死的海军大将永野修身，均是死无对证。东条英机一直不惜一切代价回护天皇，由东条英机作为天皇的替罪羊，是战后日本政府一开始就确定的最高辩护方针。
然而，就在韦伯讯问东条的第二天，检察方面正式作出不对日本天皇裕仁起诉的决定，对天皇责任的追究戛然而止。至于上一晚发生了什么事情，世人已经无从知晓。
1948年1月7日，法庭最终认定，被告东条是战争主谋之一。
1948年4月16日，法庭宣布休庭，以进行讨论，作出最后判决。