朝廷又热闹起来了。有到处搜集情报，想对张居正痛打落水狗的；有私下串联，想把自己的亲信趁机提拔上来的；有攻击异己，争夺位子的。所有这一切，都借了张居正的名头进行。弹劾的、说明情况的、为自己辩护的、表白忠心的奏疏一时间像雪片般的飞来飞去，让万历忙得常常加班到深夜。万历就感叹，说：“没想到，这张居正死都死了，还把这朝廷搞得沸沸扬扬的。”
本来攻倒张居正到这个时候也差不多了，但兵科给事中孙玮又提出了所谓的辽王冤案，使对张居正的批斗又上了一个台阶：
当年辽王与张居正有私仇，辽王被穆宗废掉以后，躲在自己被软禁的院子里做哲学家，看老庄，吟些春花秋月的诗句。当时有个刑部的官员想敲辽王的竹杠没有成功，恼羞成怒之下，诬告辽王谋反。穆宗派刑部侍郎洪朝选前去调查。这洪朝选过于憨厚，回来后实事求是地对穆宗说，辽王没有谋反，只是在私生活上有些颓废，虚无主义的倾向太严重，没有点上进心。张居正知道后，对洪朝选很不满意，说：“这洪朝选，怎么能这样说话呢？谁敢肯定这辽王没有谋反的思想？很多人都是这样，表面作出看破红尘，要修道成仙的姿态，其实肚子里都巴不得升官发财。我看，这辽王肚子里是不是真的虚无主义还很难说。洪朝选是不是跟这辽王有什么不干不净的地方啊？”
洪朝选听了张居正的话，非常生气，一张黑脸膛变得黑里透红，颤着身子对手下人说：“张大人说话怎么能够这样随意？你是元辅，要对自己说的话负责的！我跟辽王有什么见不得人的地方了？你可以去查嘛。我身子正，不怕影子歪！”
这话传到张居正的耳里，张居正哼了一声，说：“身子正也有影子歪的时候！”
张居正对洪朝选不满意的风声一出，朝廷上好多人都不再与洪朝选说话了，连几个要好的朋友见了他，都匆匆忙忙走开，假装没有看见。洪朝选一气之下，辞职回家去了。
但张居正还是怒气未销，授意福建巡抚劳堪罗织洪朝选的罪状。劳堪觉得这是张居正给他的一个机会，是对他的信任。在给心腹开会的时候，很激动、很兴奋地说：“这次查洪朝选的问题落到我们的头上，说明了张大人对我们的信任，也说明了张大人看得上我们。我们一定要不辜负张大人的重托，把张大人给我们的任务完成好，以此来表达我们对张大人信任的感谢。”
劳堪和手下的人到处收罗洪朝选的罪名。不过这洪朝选为人清廉，又对自己的子女管得很严，既无经济上的问题，又无生活作风上的把柄。劳堪没有办法，只好随便找了几个罪名上报朝廷。朝廷的命令还没有下来，他为了给张居正一个回复，就把洪朝选抓进了监狱。洪朝选脾气太犟，在监狱里大骂劳堪，说：“我也是朝廷的官员，你劳堪诬陷我，你等着，我非到皇上面前告你不可！”又说：“劳堪，你无耻！卑鄙！亏你还是读过书的人！”
劳堪被他骂得火起，说：“我就无耻，就下流，就卑鄙了！你怎么样？我就让你看看什么是无耻！”下令将洪朝选饿三天，不给饭吃。洪朝选一连三天没有吃喝，又气又饿，脑溢血发作，死了。劳堪这人有些像黑社会的流氓，见洪朝选死了，不但不怕，还恶狠狠地说：“死了好，这种人，不知好歹，死一个算一个！”还不准人家殓尸，任尸体腐烂。
张居正死后，洪朝选之子向朝廷申诉。但当时劳堪已经当上了都察院左副都御史，听到洪朝选的儿子告他，马上写信给冯保，请冯保帮忙处理此事。冯保处理的方式是这样的：将洪朝选之子打烂了屁股，革除职务，遣送回乡。
孙玮揭发这事，请万历给洪朝选的死平反。万历便将劳堪罢免了官职。
没想到的是，御史羊可立上书，无中生有地说张居正霸占了辽王府第田宅，要皇上明察。辽王的家属此时正想找机会重新出头，见有人为自己说话，马上跳了出来，写了一份《大奸巨恶丛计陷害亲王，强占钦赐祖寝霸夺产业，势侵全室疏》，说辽王是被张居正冤枉的，而且特别强调，说“金宝万计，悉入居正府”。
万历本来对辽王不辽王的根本不感兴趣。那是上一辈的恩怨了，关自己屁事。不过，一看到辽王家属说金银财宝都被张居正拿去了，这才真正有些生气，说：“这狗娘养的张居正，你什么好东西都拿去了，家产比我这个皇帝还多，这叫什么话！”马上下圣旨，要求将张居正的所有家产都没收归公，田宅等不动产变卖成钱，压解回京。
这一决定，意味着张居正彻底从至高无上的地跌落下来，陷入万丈深渊。
被万历派去抄家的刑部侍郎丘舜本就与张居正有仇，皇上的圣旨一下来，马上哈哈大笑，说：“张居正啊张居正，你也有今天！”还没到达荆州，就命令地方官到张家登记人口。地方官的态度又不好，到张居正府上就恶狠狠地骂人，摔东西，打小鸡小狗，吓得一些老人和孩子躲到了偏房之中，还来不及退出，就被封在了里面。这些人在里面叫天不应，叫地不灵，没过几天，就活生生饿死了十多人。
张居正夫人见到这副情景，哭着叫道：“居正啊居正啊，你倒是睁开眼睛看看啊，你活着时做牛做马的为人家卖命，死了，人家连一处栖身之处都不给我们啊！老天啊，这是什么世道啊！”
但抄家的结果与万历想象的相去甚远。这张居正虽然在其他方面可能不怎么样，但不贪财，比起冯保来，简直就是清廉无比。地方官一共查到的金银不过就十多万两。万历很不满意，觉得不可能这么少，说：“难道就这么一点吗？我看不止。”
丘舜得到万历这句话，马上对张居正的家属严刑拷打，硬要他们说出把财产到底藏在哪儿了。丘舜威胁说：“你们是知道的，没有个满意的答复，皇上是不会放过你们的。早一点交代出来，少受一点苦，否则到后面别说是你们，连你们的妈都要抓起来审问。”张居正的三儿子受不了拷问，只好屈打成招，说他们向曾省吾、王篆、傅作舟、高志进等人转移过财产，加起来有三十万两。丘舜踢了他屁股一脚，说：“你他妈干吗不早说！”
而张居正长子却没有三子这样聪明，又不会说谎，又没法回答，被拷打得很厉害，痛苦不堪，在一个晚上上吊自杀了。临死前，留下一封遗书，说自己是清白无辜的，可以用自己的人格担保，自己父亲和自己是无愧于皇上的，又在信的结尾骂道：“丘侍郎，任抚按，活阎王，你也有父母妻子之念，奉天命而来，如得其情，则哀矜勿喜可也，何忍陷人如此酷烈！”
张居正长子自杀身亡的消息传到京城，大臣们都有些吃惊，虽然都知道张家不会有什么好下场，但被搞到这个地步，倒是没有想到，开始觉得这作法有些过头了，又担心这样的风气以后继续下去，万一哪天自己倒霉了，不是更惨？就开始在下面嘀嘀咕咕，想规劝一下皇上。辅臣申时行这时也有些害怕，私下找朋友聊天，说：“没想到皇上搞人搞得这么厉害，这张居正还是他的老师，他都这样，以后要是我们得罪他了，不是更可怕？”
朋友说：“是呀。我看，你还是劝劝皇上吧，得饶人处且饶人，别太过分了，也算是给我们自己留一条后路。”
申时行点头：“是，不从别的角度出发，从自己以后的出路考虑也要劝劝他了。”
于是申时行向万历提到这事时，很委婉地说：“皇上，这张居正专横霸道，不知好歹，您对他这么好，他还辜负您的期望，实在是该死。大家这几天都在说，皇上处理张居正处理得好，皇上您英明无比，国家大有希望。不过嘛，这张居正也死了，您也抄了他的家了，法律的尊严也得以维护了，大家的怒气也出了，但张居正家里还有个八十多岁的老母亲－－是实岁，不是夸张－－缺衣少食，子孙嘛也相继死亡，没有赡养的人，虽说也是活该，但皇上您心地一向善良，不愿意看见这样的事发生，所以，您看，是不是……在处理上，张居正的家属跟张居正本身还是分别对待妥当一点……”
万历想了想，点头说：“既然你这么说，我看可以考虑。就还给他们一座旧房子，拨给十顷田作为供养老人用吧。”
申时行磕头说：“皇上英明啊！万岁，万岁，万万岁。”
等将张居正的家产盘点清楚，万历对张居正的案子下了结论，说：
“张居正诬蔑亲藩，侵夺王坟府第，钳制言官，蔽塞朕聪。私占废辽地亩，假以丈量，庶希骚动海内。专权乱政，罔上负恩，谋国不忠。本当断棺戮尸，念效劳有年，姑免尽法追论；伊属张居易、张嗣修、张顺、张书都着永戍烟瘴地面，永远充军。”
不过，到了天启二年，万历的后代熹宗又给张居正平了反，还予礼葬，张家的财产又全部归还；到崇祯三年，这个大明王朝的倒霉鬼还给张居正的后人官萌和诰命，还“抚髀思江陵，而后知得庸相百不若得救时相一也”。搞得很多搞历史研究的朋友很不高兴，觉得他们对历史太不够尊重，都说：“这些皇帝搞什么鬼？一会儿这样一会儿那样，还有没有原则性？拿历史开什么玩笑！”