3月20日，《新华日报》又发表了《关于陈独秀来信》的短评，拿不出证据，却指责陈独秀要求拿出证据来是“无赖的口吻”，“装腔作势佯作不知道”。这无疑激起了更大的公愤，于是罗汉发表了一封致周恩来等的公开长信，叙述了1937年8月至10月间与叶剑英等“很融洽”的谈判情况，驳斥了王明、康生对陈独秀、罗汉等的诬陷。
与此同时，一些别有用心者也参与到对“陈独秀是否托派汉奸”问题的争论中来，并借机大肆攻击中共，致使中共的威信蒙受了不良影响。
为了平息这场风波，周恩来亲自出面对各方人士做了大量工作。他几次托陈独秀的好友周钦岳等前去看望，并嘱咐陈独秀“不要活动，不要发表文章”，以免事态继续扩大。八路军驻湘办事处中共代表徐特立，也专程从长沙赶赴武汉，对陈独秀进行耐心的劝说。因战事吃紧，武汉很快失守，1938年7月，陈独秀夫妇迁居四川江津县。周恩来在朱蕴山陪同下，特意从重庆赶赴江津，到陈独秀家中看望。
在周恩来、徐特立的调解下，陈独秀遂决定保持克制态度。
在江津，蒋介石派胡宗南、戴笠前来拜访陈独秀。胡、戴二人拿出国民党方面为陈独秀辩护的文章剪报，交与陈独秀说：“傅汝霖诸先生是陈老的学生，忘年之交的朋友，诸先生为陈老恢复名誉的辩护启事，乃国人之公论，民心之所向。……国内国共问题，由分而合，由合而斗，大战当前，如国策不能贯彻，前途实堪隐忧。为今之计，陈老意下如何？”陈独秀接过剪报，绕过国共关系的敏感问题，态度平和地说：“我本人多遭诬蔑，幸公道在人心，先生等所示剪报启事一则，是可证明。列名为我辩者，乃国内知名人士，有国民党的，有非国民党的，有以教育家闻名的。我原打算向法院起诉，因见代鸣不平的公启，乃作罢。”胡、戴二人满怀希望而来，却什么也没得到，只得悻悻而归。
“陈独秀是否托派汉奸”问题的论争虽然平息了，但陈独秀与中共的关系却永远地破裂了。
1942年5月25日，陈独秀背负着汉奸的罪名，因突发性心脏病而离开了人世。
陈独秀死后，由于众所周知的原因，头上的“汉奸”帽子一直没有摘掉。1951年出版的《毛泽东选集》第一卷，关于陈独秀的注释完全重复30年代王明、康生对陈独秀的诬陷：“在九一八事变后，他们接受托洛茨基匪贼的‘不阻碍日本帝国占领中国’的指令，与日本特务机关合作，领取日寇的津贴。”
20世纪80年代，一些学者发表文章，对陈独秀的“汉奸”说法提出质疑，引起有关方面注意。1984年3月19日，一份发向全国的13号文件，在指示注意严肃防止不妥当地宣传陈独秀，“不能为他被开除出党和进行托派活动翻案，更不能把他看作党内人物”的同时，也承认：“陈独秀在建党时期有不可否认的功绩，30年代王明、康生诬其为日寇汉奸，亦非事实。”实际上为陈独秀的“汉奸”罪，非正式地进行了平反。
20世纪80年代后期，苏联当局为30年代冤案的平反决定中，否定了托洛茨基接受日本津贴的定罪。
1991年出版的《毛泽东选集》第二版，对于毛泽东在《中国共产党在抗日时期的任务》一文中，把中国托派放在“我们的敌人──日本帝国主义、中国汉奸、亲日派”一起的说法，注释道：抗日战争时期，托派在宣传上主张抗日，但是攻击中国共产党的抗日民族统一战线政策。把托派与汉奸相提并论，是由于当时在共产国际内流行着中国托派与日本帝国主义间谍组织有关的错误论断造成的。
这样，陈独秀的“汉奸”一案终于真相大白，陈独秀没有拿过日寇一分钱。
陈独秀病逝四川省江津后，江津县政府出面操办陈独秀的葬礼。过世时的陈独秀，毫无资财可言。前来参加葬礼的国民政府最高官员是教育部次长、国民党中央委员段锡朋，段还带来了蒋介石、陈立夫等人的赠金。据现存江津市档案馆的《陈独秀逝世前后用费收支表》记载：为陈独秀安葬，蒋介石赠一万元，朱家骅五千元，段锡朋、王星拱、陈立夫各两千元。另，上海光华火油公司董事长许静仁赠一万五千元，胡小石、欧阳竟吾、高语罕等人也有数目不等的赠与。
然而，上述的赠与表达的是赠与者对陈独秀人格的敬重，也代表被赠与者本身人格的高尚。
六、陈独秀的历史地位应进一步肯定
时至今日，关于陈独秀的问题仍然有很多需要继续探讨，其中对他一生的历史地位应该如何评价，就是一个敏感的也是一个十分棘手的问题。
在这里，就此问题，本文将中国现代史学会会长郭德宏先生发表在《安庆师范学院学报》2005年第1期的《陈独秀的历史地位应进一步肯定》一文的部分内容，作为结尾，以示对陈独秀历史地位的肯定。
陈独秀是中国近现代史和中共党史上争议最大的历史人物，长期受到不公正的待遇。现在对于他的研究已经取得很大的进展，他的历史地位逐渐得到了恢复。但是，对他的评价仍然分歧很大，他的历史地位还远远没有得到应有的肯定。
对于陈独秀的历史地位，已经有很多论著进行了论述，但还是肯定得不够。在中国近现代历史上，陈独秀至少有六大历史贡献、两大杰出成就，并为我们作出一个杰出的表率。
其六大历史贡献是：
第一，他是新文化运动的发起者，是20世纪中国第一次思想解放运动的倡导者。他在中国历史上第一个举起了民主、科学两面大旗，对于中国近现代历史的发展产生了巨大的影响，至今还在影响着中国历史的进程。他创办的《新青年》杂志，是中国近现代历史上影响最大的刊物，教育、引导了整整一代人，至今没有一份刊物能与之相比。
第二，他是五四运动的总司令，是五四运动的思想指导者。五四运动能够在中国近现代历史上发生那么大的影响，与他的活动、指导、影响是分不开的。在高度评价五四运动历史功绩的同时，不能忘记陈独秀在其中的巨大历史功劳。
第三，他是马克思主义的积极传播者。他传播马克思主义虽然没有李大钊早，但他创办的《新青年》杂志是当时传播马克思主义的主要阵地，其重要作用是任何别的报刊不能替代的。
第四，他是中国共产党最主要的创始人。现在说，陈独秀是中国共产党创始人之一的说法不准确。如果没有陈独秀，就没有中国共产党在1921年的成立。仅仅这一条，他就可以名垂千古，光照千秋。
第五，他是中国共产党第一代领导集体的最主要的领导人。现在我们说毛泽东是中国共产党第一代领导集体的核心，这是不科学的。毛泽东只是中华人民共和国建立以后中国共产党第一代领导集体的核心，而不是中国共产党第一代领导集体的核心。以陈独秀为代表的从中共一大到五大的领导集体，才是中国共产党的第一代领导集体，陈独秀才是中国共产党第一代领导集体的核心。这一代领导集体，对于中国革命的发展作出了重要贡献，例如党的二大提出了反帝反封建的民主革命的纲领，党的四大提出了民主革命总路线的基本思想，领导了轰轰烈烈的大革命运动，党的队伍也从50多人迅速发展到6万多人，为后来的革命奠定了一个重要的基础，其功劳是不容抹杀的。
第六，他是中国近现代历史上第一个深刻总结、反思苏联和社会主义民主政治建设经验教训的人。他晚年的民主思想，可以说是中国近现代历史上对民主政治的最深刻的思索，至今很少有人能够超越，仍闪耀着真理的光辉，仍是我们奋斗的目标。
其两大杰出成就是：
第一，他是中国近现代历史上杰出的政论家。他的政论文章汪洋恣肆、尖锐犀利。《敬告青年》等很多篇章是中国近现代历史上少有的、杰出的代表作，至今仍给人很多启发。
第二，他是中国近现代历史上杰出的大专家、大学者。他晚年进行的文字学研究，是极其重要的学术成果。如果不是后来转向政治斗争，他无疑会成为中国近现代历史上最杰出的大专家、大学者之一。
所谓一个表率，是说他一生一心为公，光明磊落，丝毫不搞阴谋诡计，不以权谋私，即使在艰苦困顿的晚年，他不接受敌人的馈赠，表现出一个革命者的刚强骨气和高尚人格。他作为一个知识分子，一生毫不妥协，坚决地揭露和批判旧制度、旧思想、旧文化和社会的种种弊病，代表了社会的良心。所有这些，都为后人作出了杰出的表率。
以上这几个方面，要做到其中任何一个方面都是不容易的，但陈独秀兼而有之。毫无疑问，他是中国近现代历史上伟大的思想家、理论家、革命家、政治家和杰出的编辑出版家、大学者，是20世纪与孙中山、毛泽东等具有同等重要历史地位的中国最杰出的伟大人物之一。如果说孙中山是20世纪中国的第一位杰出人物，那么陈独秀就是20世纪中国的第二位杰出人物。随着时间的推移，历史的发展，我相信他的历史地位会越来越高，最终会成为20世纪中国历史上能够千古留名的少数人之一。
总之，陈独秀的历史功绩是不能抹杀的，他的错误是被夸大或者是被利用的，历史上对他的评价是不公正的，他理应可以与孙中山、毛泽东一样得到历史应有的地位！
关于陈独秀问题的研究和评价，前面还有很长的路要走。近年来，关于开除陈独秀党籍问题和陈独秀民主科学思想问题的研究，正在向纵深发展，学者们正在为“恢复陈独秀的党籍”和“彻底平反陈独秀”而努力。
思想的先行者总是孤独地走在时代前列，引领着时代前进的方向。陈独秀如此，陈独秀研究者也是如此。