真华法师在1986年10月26日晋任福严精舍住持，此后为福严的发展倾注了全部心血，正如他所说：“从1986年的下半年到1996年的上半年才算真正尽到院长的责任，因为在这整整的十年之中，可以说所有的一切，包括生命在内，全都熔入了福严。”[5]首先，真华四处奔波，募集资金，担负起整个福严精舍的重建工作，由于重建费用浩大，约合新台币6000万元。真华法师先是卖掉其在台北的房子得款600余万，使得重建顺利开工。五年重建期间，募集的净资陆续到位。此中台北的老信徒李静铭、陈美珠、李实先等代募善款百余万，当时在新加坡的演培法师，他也曾是太虚、印顺的学生，经手募得100万元，以及来自度庵的慧平法师命其徒贤祥带来500万元的功德金，加上印顺导师前后两次支持150万元，中坜元化院善超尼师乐助百万，以及其他小额捐款，不仅五年内工程全部完竣，还结余了1000多万。此时如虚法师发心重建台北慧日讲堂，真华法师并拨款1000万，作为重建基金。建成后的福严精舍暨佛学院，除了有一栋宽124坪高五层的大雄宝殿之外，还有同面积大小的多功能纪念堂，正中供奉印顺导师铜像一尊，两侧是图书馆，其余的设施还包括有学众的斋堂、教师餐厅、教师休息室、法师寮、导师室、院长室、院务处、会客室、高级部教室、研究部教室、续明法师纪念堂、学众寝室（比丘、沙弥、在家各一幢）、大寮、储藏室，以及浴厕等设备，面积总计千坪左右。福严精舍于1987年7月重建动工，于1992年10月20日举行重建落成，为人间佛教特别是印顺倡导的佛学思想传授提供了一个很好的基地。其次，早在接任福严精舍住持的五年任内，真华就想接续太虚佛学院的传统。由于当时由能净法师任副院长的佛学院从第二届起改为全女众的佛学院，女众的大多数虽虔诚向学，但印顺的办学思想显然更为广大，不能限于一隅。而真华深“感于教内耆宿相继入灭，而这一代青年比丘复少有才德出众者，如此长久下去，正法之住持恐无以为继。故以七二高龄，值福严开山四十周年之际毅然负起培育青年比丘之重任”[6]，因此决定将福严恢复为男众佛学院，从第七届起停止招收女众，纯招男众续办，恢复纯男众佛学院。福严佛学院第七届共招学僧79名，身为院长的真华本着“建立信心，培养僧格，在做人、做事、做学问三方面，为男众教育打根基”的思想，为学僧三年的学习进行了认真而详细的规划，使福严的僧教育有了巨大的发展，特别是奠定了福严教学的现代化基础设施。这与一般的仅为做功德的修寺造像是无法相提并论的，足资不朽。
至此，真华法师在台已46年，曾在“中华佛学院”、菩提佛学院、莲华佛学院、妙清佛学院、华严专宗学院、能仁佛学院等佛教院校、佛学研究班任教或任职。他讲解印顺《成佛之道》，除讲说内容，自身指引力证之外，还结合大陆丛林风规及参学的诸般感受，使学生深受启发，“益增学子们对成佛这条漫长的道路之信心”[7]。
三、厚观法师的不懈努力与成就
1996年，真华法师卸任，经其推荐，由大航法师接任院长。大航规划增建了校舍及扩充了教学所需的软、硬件设施，加强了各年级的佛学研讨课程，“以双向沟通的方式来了解同学的知见”，帮助同学提高。[8]至1999年，由厚观法师接任福严院长职务。厚观法师，1956年7月生，台湾苗栗县人，毕业于淡江大学，1985年10月29日依止印顺导师出家。同年12月于高雄六龟妙通寺受戒。后入圣严法师主持的“中华佛学研究所”深造并结业，进修了日本东京大学印度学佛教学博士课程。1999年6月底，接任福严精舍第十二任住持及第九届佛学院院长，2002年连任，兼任印顺文教基金会董事长。2007年转任慧日讲堂住持。他曾任“中华佛学研究所”、福严佛学院教师。佛学专长为研究《大智度论》、《十住昆婆沙论》。
厚观在接任佛学院院长后，在学院增加了研究部，以满足学僧读完初高级部后作进一步研究的需要。厚观主持下的福严佛学院，秉承印顺导师的僧教育理念，主要侧重对学僧进行三方面的教育，即“净治身心、弘扬正法、利济有情”，人间佛教既然以人为弘化中心，首先就要净化自己的身心，然后才能“利济有情”，弘扬正法，即所谓“不忍圣教衰，不忍众生苦”。对佛教人才的培养，则主要依据四个方针，即“教导佛法的正知正见、陶冶高尚的宗教情操、指导正确的修学方法、力行和合的僧团生活”。对于一个承担弘法利生重任的佛教徒而言，对佛法的正知正见是最基本的，尤其在刚进入佛学院的阶段极其重要。而作为一个宗教师，除了教理、教史的熏修之外，还要有高尚的宗教情操。
人间佛教倡导解行并重，因此也注重修行方面的训练，曾在日本多年的厚观深感日本佛教徒在修行方法上能善巧地将古老的传统和先进科技融为一体，因此认为在传统的修行之外，应该引进新的研究方法，即兼顾优良传统的修行精神与新的研究方法，因此厚观主持下的福严佛学院非常重视图书、期刊的充实，也致力于大藏经、电子佛典的运用。此外，佛学院既是一所教育机构，同时也是一个僧团，“僧”就是和合众，因此佛学院除了教理的学习以外，僧事的运作也是一个重点，要让大家在一个和合、清静、安乐的基础上学习，有良好的环境，互相勉励，自他增上。为此，厚观提出福严办学的宗旨是：造就僧才，住持正法，续佛慧命，净化人心。[9]
为顺应环境的变化与需求，福严佛学院从第十届开始将学制做了相应的调整，将原来初级部、高级部、研究部各三年，调整为大学部四年，研究所三年，大一、大二注重僧格的培养，大三、大四则着重经论的解读。学僧毕业后，可以进入研究所继续深造，一方面可以提升研究能力，另一方面也为将来培养师资。
自厚观法师主持佛学院以来，除了课程安排有进一步的提升外，还做了两项重要的工作就是成立福严网站和福严推广班。随着社会的发展，资讯的发达，网络的使用也日益频繁，因此福严佛学院也成立了福严网站，将学院上课的一些讲义、论文等挂上去，以便与大家分享学院的研究成果。早在第八届佛学院大航法师任院长时，就想到要架设福严内部的局域网络，以作内部的资源共享。但由于筹建教育大楼，必须要等教学大楼所有内部设计确定之后才能统一连网，后来教学大楼没建成，此一构想也就延宕了下来，一直沿用旧机制。厚观法师上任之后，整个潮流及各方面的因缘显得具体而显著，福严网站于是从内部的共享提升到与外界做连结。当初之所以必须这么做有几点原因：
1．佛教信息上网的有不少是新兴教派或个人所架设，一般传统佛教团体对现代潮流不太热衷，不太重视通过网络发布自身信息。而年轻一代都通过网上信息来认识佛教，这可能是不太正确、不太完整，对佛教的认识可能会有偏差。
2．随着福严研部的成立，研究部必须是以研究为主，很多新的研究成果刊载在网络上，可以与更多的人共享。
3．网络的发达将改变很多人的行为模式，颠覆许多人对社会的认知，与传统传媒比较，网络的优势在于不仅可以实时接收文字、声音、影像，还可以主动发布信息。
4．必须要跟上时代的脉动，对佛教而言，网络弘法将是度化众生的越来越重要一环。
基于上述的理由，故而厚观极力推动架设福严网站。目前福严网站除了将印顺导师的著作全部上网之外，还有第七届、第八届同学的论文集，上课的讲义及推广教育班的授课讲义等。[10]厚观法师甚至打算在时机成熟时再设立“网络佛学院”，并在其中设立“佛法讨论区”，让大家上网讨论，讨论的主题以“印顺导师思想”为主，而回应人员分三个阶层，一般问题由负责讨论区的人直接回应，最下层无法回应时，就由中阶层的研究员来回应，倘若还是没办法处理的话，即由上层的师长专家来予以回应。[11]如果说将来因缘具足，这一构想能够实现的话，对印顺思想的传播与弘扬无疑会有极大的推动作用和积极意义。
福严从印顺导师创立以来就始终贯彻僧伽教育的宗旨。当初创立之时，印顺将福严定位于“内修”，而将台北的慧日讲堂定位于“外弘”。而随着福严推广教育班的成立，可以说现在的福严“内修”与“外弘”兼备了。以往福严的师资虽也有外弘的规划，但都是在别处道场讲经说法或到监狱去弘法，不像这一届以整个福严的师资为后盾，在福严精舍附近成立推广班。与福严精舍毗邻的一同寺原设有幼儿园一所，由于租约到期，一同寺要收回，但住持如琳法师认为女众住在山门外不放心，所以就主动提及要借给福严使用。厚观就有了利用这一地址开办推广教育班的设想，决定以推广班来接引一些年青的朋友，并提供一般信众听闻佛法。2000年9月10日召开第一次福严推广教育班的第一次筹备会议，邀请了台湾清华大学教授陈耀宗、张士钦，佛学社指导老师林义馄，玄奘人文社会学院宗教研究所所长黄运喜教授，以及玄奘及中华大学佛学社社长、干部座谈，集思广益，决定推广班的对象不限于学生，应该扩大到广大群众。同年10月31日，与一同寺的如琳法师正式签约，同意原一同寺幼儿园房舍及土地无偿借给福严佛学院使用三十年。2001年第一期的推广班课程正式展开，目标是以印顺导师的思想与精神为主，基本上课程每一期都会分初级班、中级班与高级班，循序渐进地带领学员由浅入深契入佛法的大义。另外周六共修会开设的是般若禅坐共修与八十八佛共修。可以说这一举措在很大程度上体现了印顺人间佛教思想的根本精神：“一面求得体解佛教的甚深义理，以及懂得佛教制度，修行方法等等，一面培植为教护法的热忱。经说：菩萨发心，皆为一切苦恼众生。我们在这里修学，也要以弘扬佛法，利济众生为最后目的，修学不过是一种过程而已。如果有因缘的话，就随缘随地度化众生，但不能够世俗化，世俗化是我所反对的。”[12]印顺生前语重心长地说：“我的身体衰老了，而我的心却永不离（佛教）少壮时代佛法的喜悦！愿生生世世在这苦难的人间，为人间的正觉之音而献身。”[13]
除此而外，福严佛学院现在还提供各种参学和留学奖助学金，为有志于去海外深造的学员提供帮助，以造就更多更高的僧伽人才。而厚观主持的印顺文教基金会在继续整理出版导师遗著的同时，包括已整理出其《大智度论》笔记、讲稿，还制定“印顺导师著作英译计划”，打算将导师的著作翻译成英文，以佛法智慧惠泽更多的修学者。
应该说，福严从创立之始，就秉承印顺导师“学尚自由”的理念，重视开发学员的潜能，培养学员扎实的阅藏基础，感召了大量的学生前往就学，多年来造就了无数人才，成为各僧团、教团的骨干力量，为台湾佛教信仰的提升开拓了广阔空间，也为印顺人间佛教思想的弘扬与传授作出了难以估量的贡献。