秋高气爽的九月，风和日丽，到处可以人们耕作秋种，打场收粮，广州，依然山青水秀，北京到广州的官道（现在的京广线）上，一大队人马逍遥地向南行去，为首的是伊里布，道光帝命伊里布为钦差大臣、广州将军，赴广东办理中英交涉事宜。十一月六日，广州爆发焚烧洋人楼房事件。道光皇帝下旨对人民群众的反抗侵略斗争进行镇压，强调说既然与洋人议和了，千万不要再有边境的摩擦，如有百姓滋事，要严惩不贷，不要给洋人留下任何借口，破坏了和局，以求安定。
1842年10月，奕山上书奏报，广东仿造西式战舰一艘，较为成功，并且提议停止建造旧时战船，经费用于建造西式战舰，发展强大的海军，道光皇帝认为中英已经停战，不会再有战争，奕山上书奏请发展海军一事，后来不了了之。
广东民众恨死了英国人，广东人民反侵略斗争，日益高涨，爱国士绅和民众以“举义兵复仇”相号召，大家纷纷利用社学，组织人民武装进行操练，自发地进行反侵略斗争，被政府统治者称谓：
募勇数万，结队横行。
伊里布千方百计压制人民反侵略斗争，不许百姓“向洋人滋扰”，声称“谕旨之不可不遵，边衅之不宜再启，且御侮是忠，而违旨径情亦不得为忠，敌忾是义，而开衅生事亦不得为义。”伊里布遣散壮勇，逮捕爱国知识分子、清朝监生、禁烟运动的推动者钱江、爱国秀才何大庚入狱，激起人民更大规模的反抗，广东人民形成了有钱的出钱，有力的出力，也有出钱出人的，大家自发向侵略者开战。
1842年中英签定《南京条约》之后不久，英国公使璞鼎查向中国提出：释放在战争中被台湾军民俘获的士兵。
在战争期间，除了9个英军头目之外，其余的英军战俘已在道光皇帝的同意下被“就地正法”了，哪有战俘归还？
璞鼎查得知英军头目被姚莹、达洪阿处死，痛恨不已，向清政府提出交涉，谎称这些俘虏本系难民，因商船在台湾海峡遭遇台风，漂流至台湾，却被台湾镇道当作官兵杀害，以冒功请赏。璞鼎查坚决要求将台湾镇道“去官正法”，否则的话，将奏明我国女王，难保干戈不再重起。进行战争威胁。
姚莹对于英国公使的上述说法进行了义正辞严的驳斥，他指出：
一，这些英军被俘时台湾海峡并无台风，因此遭风之说完全是无稽之谈；
二，在1842年大安之役中俘获的英国船只上，发现了浙江宁波镇海营中的军器、绿营旗帜和署为“温州镇左营守备”所造附近山形水势图一本。可以说明此船曾参与过这些侵略中国沿海的战役；
三，英国船上设有炮台，“打仗胜则称为兵船，以耀其武，败则指为商船，以讳其短。”而并非是璞鼎查所称仅是商船。英国公使的说法俱是捏造，仅仅是为诬陷、打击台湾抗战军民提供口实而已。
但是，姚莹这些辩解，并没有阻止耆英、伊里布为首的投降派官员，将姚莹罗织成狱。事发之后，“江、广、闽、粤四省大帅……弹章相继，或日为书，遍布京师街头巷尾，曰‘不杀镇道，无以谢夷，以坚和约’。”
清政府令闽督怡良到台湾调查此事。
瓜尔佳·怡良，1791年生，字悦亭，瓜尔佳氏，满洲正红旗人，属正牌贵族。由刑部笔帖式提升员外郎，自道光八年（1828年）起历任广东高州知府、山东盐运使、安徽按察使、江苏布政使等职。1838年2月任广东巡抚（从二品），道光二十一年正月（1841年2月26日），怡良毅然独力上疏道光帝，揭发两广总督（正二品）、正黄旗人（正牌贵族）琦善对英妥协，私订《穿鼻草约》，擅割香港的卖国罪行，促使道光帝降旨将琦善革职，锁拿进京，尔后，怡良兼署两广总督，与琦善结下梁子，常遭琦善打击。
怡良因林则徐被贬，屈服于伊里布等投降派，附和耆英等屈从璞鼎查侵台，英战俘系“遭风难夷”，对姚、达进行诬陷的说法，不容姚莹陈辩，不为姚莹剖析事实真像，没有经过调查，立即将姚莹、达洪阿革职查办，将姚、达押解进京，怡良的作为，为时人所唾骂讽刺。道光帝是知道其中隐情的。当时处决英军俘虏的命令就是他下的。在见到姚莹下狱以后所写的“供辞”时说：“台湾事，朕已知之，毋庸阅也。”但是经过了鸦片战争，道光帝早已被英国侵略者吓破了胆，根本不敢违背英国人的意愿。最后还是作出了委屈姚莹的决定，将姚莹下狱。
姚莹在一首诗中写道：
海外功名泡影如，群公网岂漏游鱼。
怡良到台湾将姚莹及达洪阿逮捕入京时，台湾民众不愿意，军队精兵数千人攘臂怒吼，其势汹汹，几乎激成兵变。后经劝导，众人才痛哭流涕，将武器怒掷在地上。不久，绅士、百姓，又成百上千的集中在大府行署门前，整日匍伏在地上，纷纷要求为姚莹申诉，这样的事发生了几十起，到姚莹下狱的时候，台湾官吏、士绅、朝中官员纷纷上书，说明姚莹在台湾所作所为，争相称赞姚莹的功劳，数说姚莹的冤情。在各方压力下，道光皇帝不得不将姚莹赦免出狱。但是为了使英国人满意，将他以等同知直隶州知州等级待遇，发到四川效用。尽管这样，投降派官员犹不满足，在皇帝面前百般进谗，道光皇帝是一个优柔寡断的人，耳根子软，听谗言多了，就又令姚莹到西藏去管理监狱，北京到拉萨，往返六七千里的路程，道险路难行，虎啸猿鸣，蛇咬虫侵，还有高原反应，让他受尽了折磨。
这种遭遇，近60岁的姚莹却安之若泰。姚莹是天下俊才，任何环境，他都会利用吸收有益的东西，虽然两次奉使往返万里，临冰山雪窖中，崎岖无以比拟，他却能处之泰然，边走边诵读吟咏不停，利用这次远涉西陲，他系统地考察了所经地区的山川、地形和风土人情，同时，对“西洋各国情节及诸教源流，尤深致意焉。”写成了举世闻名的《康经行》（《康輶纪行》）15卷，并附图一卷。他在书中提出，要抵抗西方侵略者，必须要学习他们的自然科学技术，并要进一步了解他们的情况。他在书中还特别提醒人们，要防范英国侵略者对西藏进行侵略。这部书和魏源的《海国图志》、徐继畲《瀛环志略》一起，开启了中国早期近代思想启蒙的先河，形成一种新思想——科学技术救国。后来的中国清政府的洋务运动，就是对这种思想的初步实践。