“任调人之职，为联合之谋”
武昌起义以及随之而来的革命形势的迅猛发展，对章太炎说来，思想上是缺乏准备的，或者说，是出乎意料的。
1911年10月11日清晨，章太炎从日本报纸上读到了武昌爆发起义的消息，但是，他还“不遽信”，照常讲学。下午，他正在讲堂上“拿佛学印证《庄子》”，“忽然听见巷子里卖号外，有一位同学买来一看，正是武昌起义的消息，大家喜欢得直跳起来”。武昌起义的消息是确实的了，可是，有没有胜利的把握呢？他还在观望。直到“闻湖南、江西相继反正”，他方才中断“讲业”。
他之所以如此，并不奇怪。在此之前，革命党人已经举行了多次起义与暴动，都失败了。特别是1911年4月27日广州起义，“集各省革命党之精英，与彼虏为最后之一搏”，结果，也失败了。同盟会的一批领导人，如黄兴、宋教仁、谭人凤等，通过中部同盟会等组织，与长江流域日渐高涨的革命形势声息相通，积极酝酿发动新的起义。可是，光复会的领导人，如陶成章，这时却“立定主意，不为虚耗金钱之事，更不为无益之举，而虚耗其精神”，准备放弃武装暴动与起义，转而专心致志“多著几部历史、地理教科书，以益后进，而助教育精神之发挥”；如赵声，是致力于光复会与同盟会团结合作、一致行动的一位有威望的革命活动家，广州起义失败后不久便病死于香港。陶成章怀疑赵声被胡汉民等毒死，光复会与同盟会声气便重新隔绝。在这种情况下，身为光复会会长的章太炎同国内秘密进行的实际斗争的直接联系日渐减少。他将大部分注意力都放在讲学与学术研究方面，这更减弱了他对政治形势的关注与对实际斗争的缜密思考。1911年9月15日出版的日文杂志《日本及日本人》所发表的章太炎访问记，记述了几个日本学者到“学林处”拜访章太炎时的所见所闻。他们在章太炎的住处看到的是：搁板上放着缩印本的《藏经》，书桌上放着两三部日文版的书籍，章太炎蓬头乱发，半裸着身体。他们听章太炎滔滔不绝所谈的，是《建立宗教论》的主旨，是法相教义与泰西哲理的比较研究，是“比量”与“现量”在认识过程中的作用，是清朝史学的源流，是对孔教的批评，等等，给人们的印象，是一个“学识渊博，富于特创之见”、“安处陋巷，乐于其学”的杰出学者，而不是一个革命家。访问记后附录章太炎的《读〈灵魂论〉》，和这篇访问记一样，都反映了章太炎这时专注于学术而同实际斗争相当隔膜的状况。
武昌起义的胜利，将章太炎拉回到实际斗争中来，使他抛开了《庄子》、《说文》与法相教义，对于随着革命形势的发展而提出的一系列新的问题匆忙地去探究思索。
由于上海尚未光复，武昌起义爆发后，章太炎在日本继续滞留了一段时间。在这期间，他积极配合国内革命斗争，做了一系列很有意义的工作。
武昌起义后，留日的满族学生人心惶惶，思想相当混乱，有些人竟主张向日本借兵，以镇压革命。日本朝野一些人士也乘机大肆活动，企图利用他们，借机干涉。为此，章太炎立即写了一封致“满洲在东留学生诸君”的******，重申：“所谓民族革命者，本在复我主权，勿令他人攘夺耳，非欲屠夷满族，使无孑遗，效昔日扬州十日之为也，亦非欲奴视满人，不与齐民齿叙也。”“若大军北定宛平，贵政府一时倾覆，君等满族，亦是中国人民，农商之业，任所欲为，选举之权，一切平等，优游共和政体之中，其乐何似！”******还特别指出：“东方一二妄人，志在兼并他人土地，妄作莠言，以动贵政府之听……彼国旧交之域，无过高丽，今观彼国之待高丽，他日之于满洲可知也。贵政府一时皇恐，亦或堕其术中，君辈满洲平民，于此真无利益。”这封******阐明了“排满”真义，对稳定满族留日学生情绪起了积极作用。它还表明，从武昌起义一开始，章太炎对日本朝野的动向便非常关注，一点也没有放松几年来在曲折的斗争中逐步养成的戒心。
10月下旬，章太炎在槟榔屿《光华日报》上发表了长篇论文《诛政党》，对康有为、梁启超、张謇、杨度、蒋智由、严复、马良、汤寿潜、郑孝胥等立宪派头面人物逐一给予猛烈的抨击与批判，揭露他们各为朋党，“操术各异，而竞名死利则同；为民蠹害，又一丘之貉也”。文章指出：“欧美政党贪婪竞进虽犹中国，顾尚有正鹄。政府有害民之政，往往能挟持不使遂行；及自秉政，他党又得议其后。兴革多能安利百姓，国家赖焉。汉土则独否。盖欧美政党自导国利民，至中国政党，自浮夸奔竞，所志不同，源流亦异。”正因为如此，文章要人们千万不要寄希望于这样一些人物，更不要将他们的朋党与西方近代政党等量齐观，“托命此曹，亦犹鹈之巢苇苕也”。章太炎认为，中国真正的近代政党建设与政党政治，都有待于革命成功以后。所以，文章中写道：“苟我夏齐民不忍亡其宗国，赫然振作以恢九服，中国既安，各依其见为政党，内审齐民之情，外察宇内之势，调和斟酌，以成政事而利国家，不亦休乎！”这篇文章表明，直到这时，章太炎对立宪派及其主要代表人物仍深怀戒心，并要求人们对他们保持足够的警惕。
在这期间，章太炎还写了另外一篇重要文章，即为日本人平山周的《支那革命党及秘密会社》一书所写的序言。这篇文章，号召革命党人深入研究会党的组织、要求、特征，并强调“今欲集合会党，非直因成法利导之也，又将参而伍之，去其泰甚，补其缺遗”。会党，正是革命党人历次起义所着重依靠的一支社会力量，也正是武昌起义以后革命党人所将继续依靠的一支重要力量，究竟应当怎样对待他们，章太炎在这里不仅要求了解他们、熟悉他们，而且应当敢于正视他们的弱点，对他们积极加以领导。
这三篇文章表明，武昌起义爆发以后最初那些日子里，章太炎对于一系列问题的思考与答复，基本上继承了他主编《民报》以来的立场。特别引人注目的是，11月初，他从报上获悉孙中山即将回国，尽管前几年同孙中山有过不愉快的纷争，这时，从革命发展的全局考虑，他主动捐弃前嫌，自东京致电沪军都督陈其美，说：“探悉大革命家孙君逸仙已于前日乘轮回国，不日即可抵埠，请贵处派员妥为招待，以便与之协商北伐、攻宁之策，俾得早定大局，以苏民困。”这封电报说明，他这时所希望的仍是确立以孙中山为领袖的革命领导中枢，以便领导革命取得胜利。
上海革命党人11月3日发动起义，7日建立上海军政府。章太炎一听到上海光复的消息，就动身回国。在为迎接孙中山给陈其美发了专电以后，他便带了十多名青年学子乘火车离开东京，11月11日上午10时在神户乘轮船离开了他已旅居了五年零四个月的日本。
在船上，章太炎同清藤幸七郎邂逅。清藤幸七郎是黑龙会重要成员，从同盟会一建立起就作为正式会员非常活跃地参与总部的事务，这时，奉黑龙会与玄洋社头目内田良平之命前往中国，正好与章太炎同船，立即探询章太炎对于时局发展的看法。章太炎同清藤幸七郎谈了他关于建立革命新政权的具体设想。根据清藤幸七郎写给内田良平的报告书，章太炎所谈的主要观点是：
我们还没有到达可以欢呼万岁的时候。前此发展虽然比较顺利，今后则必须准备遇到难关，需要费尽苦心去解决。目前已经光复的各省，还没有足孚众望的领袖人物，但是，由于形势在发展，这样伟大的人物也并非就造就不出。这种伟大人物，如果是华盛顿式的，那就要为中国庆幸；如果一旦是拿破仑式的，那就可能最终导致出现某种乱世。中国现在所适宜的，应是多头共和制度。法国式的统一的共和制，不适合于中国。无论如何，必须采取联邦制。如果不能洞察这必然趋势，潦草地企图将全国统一于完全的主权之下，稍有差错，就会导致内战，以至出现崩溃分裂的局面。
在这里，章太炎谈到了为什么应当建立美国式的联邦制共和国，而不可建立拿破仑式个人集权制共和国，这当然同他对起义各省实际状况的观察和估计是分不开的。这也是他回国时关于建立中央政权的最初设想。
然而，一踏上国土，他就给卷进了复杂的纷争之中。一介书生，在纷争的旋涡中，在一大堆他所不熟悉不了解的实际问题面前，很快就迷惘起来。在各种势力的包围下，在一批善于纵横捭阖的政客的撺掇播弄下，他对问题不再能像前一阶段那样比较冷静地思考。于是，在一系列重大问题上，他都不由自主地改变了他的初衷，而被纷争的旋涡裹挟着向前卷去。
章太炎是在11月15日回到上海的，轮船停泊在吴淞码头。16日《民立报》专门发表了《欢迎鼓吹革命之文豪》一文，说：“章太炎，中国近代之大文豪，而亦革命家之巨子也。……今章太炎已回国返沪矣，记者谨述数语以表欢迎之忱，惟望我同胞奉之为新中国之卢骚。”一般民众，起初确实将这位“七被追捕，三年禁狱”的有学问的革命家“当作大贤崇敬，每篇宣言一出，便当作金玉文章拜跪”，但实际上，章太炎从他一走下轮船踏板起，就已成了当时各派力量借以进行政治和权力斗争的一个工具，一个砝码。
章太炎甫下船，是时自称吴淞都督的李燮和便把他接到吴淞军政分府之中。吴淞与上海市区近在咫尺，怎么建立了两个军政分府呢？原来，在上海策动起义过程中，中部同盟会的陈其美与光复会的李燮和曾进行了合作。11月3日起义时，陈其美被清军扣押于江南制造局，李燮和率部猛攻，将制造局占领，救下陈其美，并使起义转败为胜。李燮和当时即被推举为临时总司令。可是，上海大局甫定，陈其美就乘李燮和疲极休息之时，联合地方绅士，自称都督，组织了沪军都督府，而将李燮和等光复会系统的人员排除在新政权之外。李燮和醒来之后，发现满城都已是沪军都督陈其美的布告，怒不可遏，本想率部攻陈，“惧为清虏笑，乃率众直走吴淞，亦称都督”。陈、李交恶，牵连而致使光复会与同盟会的关系重新紧张起来。章太炎在吴淞军政分府中听李燮和介绍了这些情况，感情上受到了很大刺激。一年多以前导致他和陶成章、李燮和等重建光复会的余痛犹在，不料在革命蓬勃发展的紧要关头，昔日的分歧演化成了激烈的甚至是不择手段的权力之争。这时，大敌当前，章太炎不希望内部冲突激化起来，他想利用自己的社会地位与旧日影响，“任调人之职，为联合之谋”。然而，陈、李这番冲突实际上还是对他的思想产生了重要影响，这集中表现在他建议李燮和带头去掉都督称号，而改称总司令，拥戴原江苏巡抚、苏州军政分府都督程德全为江苏全省都督。李燮和于是立刻发表宣言，声称吴淞只承认苏州军政府为江苏全省军政府，“所有上海地方民政、外交等事，均归苏州军政府办理”。这时，江苏南京等地尚未光复，已经光复的地方，即设置了上海、吴淞、苏州、镇江、江北五个都督，互不统属，各自为政。章太炎劝告李燮和放弃都督称号，固然是为了以此行动来结束政出多门的混乱局面，但是，宁可选择程德全，而不愿支持陈其美，这不能不说是李、陈交恶在他的思想感情上起了重大作用。他的“任调人之职，为联合之谋”，也就不可能不偏不倚，处处以革命事业自身的需要为重。
这时，已有十四省相继宣布“独立”。清廷为了扑灭革命，起用了袁世凯。11月16日，即在章太炎刚刚返国的时候，袁世凯组成责任内阁，一手控制了清王朝的军政大权。为了应付这一严重形势，起义各省迫切要求结束各自为政、互不统属的局面，尽快建立一个统一的领导中心以领导革命向纵深发展。在湖北都督黎元洪、江苏都督程德全、浙江都督汤寿潜、上海都督陈其美的先后倡议下，11月15日，浙江、江苏、福建、山东、湖南、上海、镇江七处代表齐集上海，成立了“各省都督府代表联合会”，展开了紧张的筹组中央政权的工作。为了积极推动这一工作的进展，章太炎经乌目山僧的专程迎迓，离开吴淞来到上海，住进了著名的爱俪园即哈同花园。
在返回阔别已久的上海后，章太炎从三个方面开展了紧张的活动。
其一，力主攻宁、援鄂、北伐。
南京，是两江总督衙门所在地，是清廷统治长江中下游地区的政治中心，江苏大部分地区光复以后，南京仍控制在清军手中。为了确保江、浙等省的安全，有效地支援武昌首义地区，攻宁成了刻不容缓的任务。必须尽快攻占南京，章太炎在这一点上态度非常明确。他不仅动员李燮和尽快出兵，要李燮和赶赴南京前线督战，而且也亲自和宋教仁一道跑到南京城下巡视，激励将士勇猛攻战。12月2日3时江浙联军乘夜攻占南京，章太炎立即领衔会同宋教仁、黄兴、程德全、陈其美、汤寿潜等致电江浙联军全体将士，说“东南大局，从此敉平，谨祝联军万岁，中华民国万岁”。