什么是“经”？这是研究传统经学首先要弄清楚的问题。无论是在今文经学家那里，还是在古文经学家那里，“经”都被解释成经天纬地、万古不刊的永恒真理。班固纂辑的《白虎通德论》解释经的含义说：“经，常也。有五常之道，故曰五经。”刘熙《释名》说：“经，径也，常典也，如径路无所不通，可常用也。”郑玄《孝经注》说：“经者，不易之称。”刘勰《文心雕龙》说：“经也者，恒久之至道，不刊之鸿教也。”这些解释，不仅为今文经学家、而且也为古文经学家所公认，它突出了经书的权威性与神圣性，也突出了经义内容的永恒性与适用的普遍性。章太炎的许多文章都论证了这些解释完全靠不住。
章太炎指出：“世人以经为常，以传为转，以论为伦，此皆后儒训说，非必睹其本真。”他依据历史事实说明：“书籍得名，实凭傅竹木而起，以见言语文字功能不齐。”一些书籍之所以名之为“经”，发端于古代竹简系用“绳索联贯”。“经者，编丝缀属之称，异于百名以下用版者，亦犹浮屠书称修多罗。修多罗者，直译为线，译义为经，盖彼以贝叶成书，故用线联贯也。此以竹简成书，亦编丝缀属也。”这里丝毫不包含任何神秘或神圣的意味。同样，“传”之得名，“论”之得名，前者是发端于“簿书记事”，后者是发端于“比竹成册”，也没有任何特殊的伦理含义。
经书之所以被人们推崇为无限尊贵，是因为它们早就与孔子的名字联系在一起。按照今文经学家的说法，《诗》、《书》、《礼》、《乐》、《易》、《春秋》都是孔子“制作”，专门用以教化世人，为千秋万世确立一整套人们应当虔诚遵守的永恒准则。西汉纬书《春秋纬·演孔图》说：“孔子仰推天命，俯察时变，却观未来，预解无穷，知汉当继大乱之后，故作拨乱之法以授之。”就是今文经学的代表性论点。康有为撰《孔子改制考》，更将这一观点发展到极点。书中反复宣扬：“孔子受天命，改乱制，通三统，法后王，托古改制。”孔子以前的文物都茫昧难考，所谓夏、商、周三代文教之盛，都是孔子虚拟。“圣人但求有济于天下，则言不必信，惟义所在。无征不信，不信民不从，故一切制度，托之先王以行之。”正是基于这一思想，孔子方才制作“六经”。康有为并断言：“学者知六经为孔子所作，然后孔子之为大圣，为教主，范围万世而独尊者乃可明也。”1907年刊行的皮锡瑞《经学历史》一书也强调：“必以经为孔子作，始可以言经学；必知孔子作经以教万世之旨，始可以言经学。”对于孔子与六经关系的这些观点，又该如何评价呢？
章太炎先前也曾附和过今文经学家关于孔子借助《春秋》“黜周王鲁，改制革命”一类说法。1989年12月，他发表《今古文辨义》一文，就已抛弃这些观点，并对这类说法提出了批评。文章所直接针对的，是曾经给康有为以重大影响的今文经学家廖平。廖平在《群经凡例》和《古学考》等著作中，坚持“六经皆孔子所撰”，说“尧、舜、汤、武之治皆无其事”，孔子是借助撰述六经“构造是事而加王心”。章太炎在文章中指出，所有这些说法，都与历史的实际状况不符。即以尧、舜、汤、武之事而论，不仅儒家经典中谈到，九流中的其他八家也曾谈到，“八家所说古事，虽与经典不无龃龉，而大致三代以上，圣帝、明王、名臣、才士，亦略不异于群经，且嵬琐小事，亦有与群经合者”。章太炎反诘廖平：如果尧、舜、文、武之事都是孔子虚构的，那么，与孔子同时代的这些著述，“使其各为一术，则孔子以前坟典具在，孔子不能焚去其籍也，彼诸子者，何为舍实事不言，而同于孔子虚拟之事乎？”文章认为，“尧、舜、周公适在前，而孔子适承其后，则不得不因其已成者以为学，其后亦不得不据此删刊以为群经”，“六经自有高于前圣制作，而不得谓其中无前圣之成书”。在《訄书》修订本《订孔》篇中，他又重申了这一论点，说：“六艺者，道、墨所周闻，故墨子称《诗》、《书》、《春秋》，多太史中秘书。女商事魏君也，衡说之以《诗》、《书》、《礼》、《乐》，从说之以《金版》、《六弢》。时老、墨诸公不降志于删定六艺，而孔氏擅其威。”这就证明，六经并非孔子制作，而是孔子依据旧籍删定而成；六经中的古代史事也并非孔子杜撰，而是为老子、墨子都熟知的陈说。
出狱东渡以来，在说明六经编纂过程时，章太炎则提出了一套较为系统的理论，主要有以下这样一些论点：
一、“古之学者，多出王官”。这个论点早在《汉书·艺文志》就已提出过，儒、道、阴阳、法、名、墨家等等，在《艺文志》中，被说成分别出于司徒之官、史官、羲和之官、理官、礼官、清庙之官……章太炎根据这些记载，进一步从古代历史的沿革，说明古代学术、文化、典籍完全为国家所垄断，“学在王官，官宿其业”，一般人根本没有受教育和从事学术文化事业的权利。这种状况一直延续到春秋时代，“世卿用事之时，百姓当家，则务农、商、畜、牧，无所谓学问也。其欲学者，不得不给事官府为之胥徒，或乃供洒扫为仆役焉”。在这种情况下，“非仕无学，非学无仕，二者是一，而非二也”。这也就决定了那时人们不可能使自己的学说、著述摆脱同官学的联系。
二、经，“本来只是官书的名目”。尽管“经不悉官书，官书亦不悉称经”，可是，就《易》、《诗》、《书》、《礼》、《乐》、《春秋》而言，则毫无例外地，都是“本官书，又得经名”。这些官书称之为经，并非因为它们有经天纬地之义，而是因为它们所书写的竹简有特殊的规格，这就是长二尺四寸，三十字一简，与只有六寸长、只能书写八个字的手版即传有别。“原夫古者名书，非有他义，就质言之而已”。这也恰恰证明，《易》、《诗》、《书》、《礼》、《乐》、《春秋》六经，不可能是孔子凭空制作，而只能是由原先的官书删定改编而成。
三、“六经皆史之方”。章太炎在这一点上坚持并发展了章学诚所提出的“六经皆史”的观点。他强调说：“《尚书》、《春秋》固然是史，《诗经》也记王朝列国的政治，《礼》、《乐》都是周朝的法制，这不是史，又是什么东西？惟有《易经》，似乎与史不大相关。殊不知道，《周礼》有太卜的官，是掌《周易》的，《易经》原是卜筮的书，古来太史和卜筮测天的官，都算一类，所以《易经》也是史。”这就表明，“六经都是古史”，“经外并没有史，经就是古人的史，史就是后世的经”。正因为如此，孔子在编订六经时，便只能“因当官之文”，而绝不能凭空制作。章太炎批评“六经皆孔子制作”论者说：“惑者不睹论纂之科，不铨主客。文辞、义理，此也；典章、行事，彼也；一得造，一不得造。”编撰史籍时，如何措辞，如何评价，可以凭主观认识的不同，各抒己见，而典章制度和事实本身，则是客观存在，不能凭空臆造。章太炎并引用孔子自己所说的“述而不作，信而好古”，证明孔子在删定六经时“亡变改”。
四、“孔子问礼老聃，卒以删定六艺”。而老聃则是管理四方文书与国家文献典章的史官“柱下史”、“征藏史”，由此也可了解，孔子所删定的六经，本是出自史官所收藏管理的古籍。在叙述孔子与老聃这段师承关系时，章太炎还对孔子做了一番很不恭敬的描绘，说：“老子以其权术授之孔子，而征藏故书，亦悉为孔子诈取。孔子之权术，乃有过于老子者，孔学本出于老……而惧老子发其覆也，于是说老子曰：‘乌鹊孺，鱼傅沫，细要者化，有弟而兄啼。’老子胆怯，不得不曲从其请……于是西出函谷。知秦地之无儒，而孔氏之无如我何，则始著《道德经》，以发其覆。”后来，鲁迅即依据这段故事写成了著名的历史小说《出关》。征藏故书，系从老聃那里诈取而来，再据以删定而成六经，这也足证，经书并非那么神圣。
章太炎除去通过这些史实驳斥了六经皆孔子制作、古事皆孔子虚构等论点外，还以比之《訄书·订孔》更为尖锐而激烈的言辞，说明了孔子同样只是一个凡人，而绝不是什么完美无缺的“上帝”与圣人；孔子删定六经，在保存古代典籍方面确有很大贡献，但是，孔子没有，也不可能为百世制法；孔子所删定的六经，不是，也不应当成为千秋万代崇奉的神圣经典和永恒教条。
出狱东渡不久，在东京留学生所召开的欢迎会上，章太炎就责备孔子“最是胆小，虽要与贵族竞争，却不敢去联合平民，推翻贵族政体”，指出“孔子《春秋》上虽有‘非世卿’的话，只是口诛笔伐，并不敢实行的”，孔子本人先是依傍鲁君，后来依傍季氏，所教的弟子，也“总是依人作嫁”。章太炎认为，孔子的这种种品格，都是不足取的。
在这之后不久发表的《论诸子学》，可以说是辛亥革命准备时期剥去孔子神圣外衣、深刻批判孔子思想的一篇最有威力的论文。这篇文章指出：“孔子当春秋之季，世卿秉政，贤路壅塞，故其作《春秋》也，以非世卿见志。其教弟子也，惟欲成就吏材，可使从政。而世卿既难猝去，故但欲假借事权，便其行事。是故终身志望，不敢妄希帝王，惟以王佐自拟。”就孔子本人而言，他的最大问题，一是湛心荣利，“苦心力学，约处穷身，必求得雠，而后意歉，故曰：‘沽之哉，沽之哉，不沽，则吾道穷矣’”。二是干七十二君，开游说之端，随时抑扬，哗众取宠；三是倡导所谓中庸，“道德不必求其是，理想亦不必求其是，惟期便于行事则可矣”，致使“用儒家之道德，故艰苦卓厉者绝无，而冒没奔竞者皆是”，“用儒家之理想，故宗旨多在可否之间，论议止于函胡之地”。这些事实，确凿地证明了孔子也只是一个凡人，而绝非什么大圣、神明圣王、大地教主、天下归往的制法之主。
章太炎对孔子作为一个历史学家整理六经、保存古代史事的业绩给予高度评价。他说：“孔氏之教，本以历史为宗。孔氏者，当沙汰其干禄致用之术，惟取前王成迹可以感怀者流连弗替。《春秋》而上，则有六经，固孔氏历史之学也；《春秋》而下，则有《史记》、《汉书》，以至历代书志纪传，亦孔氏历史之学也。”《春秋》的价值与《史记》、《汉书》相同，而“《春秋》所以独贵者，自仲尼以上，《尚书》则阔略无年次，百国春秋之志，复散乱不循凡例，又亦藏之故府，不下庶人，国亡则人与事偕绝。……是故本之吉甫、史籀，纪岁时月日，以更《尚书》，传之其人，令与《诗》、《书》、《礼》、《乐》等治，以异百国春秋，然后东周之事，粲然著明。……以诒后嗣，令迁、固得持续其迹，讫于今兹，则耳孙小子，耿耿不能忘先代，然后民无携志，国有与立。……故《春秋》者，可以封岱宗、配无极。”对于孔子热心教育、不信鬼神而专讲修身治国等人间事务，章太炎也给予了肯定与赞扬，说：“有商订历史之孔子，则删定六经是也；有从事教育之孔子，则《论语》、《孝经》是也。”“孔氏之功则有矣，变祥神怪之说而务人事，变畴人世官之学而及平民，此其功亦夐绝千古。”
章太炎承认孔子确有夐绝千古之处，同时又坚持孔子的贡献也仅仅局限在这些方面。他指出，“今以仲尼受天命为素王，变易旧常，虚设事状，以为后世制法”，其实情况恰好相反。以《春秋》一书而论，“《春秋》二百四十二年之事，不足尽人事蕃变，典章亦非具举之。即欲为汉制法，当自作一通书，若贾生之草具仪法者。今以不尽之事，寄不明之典，言事则害典，言典则害事，令人若射覆探钩，卒不得其翔实，故有公羊、穀梁、驺、夹之传，为说各异，是则为汉制惑，非制法也”。如果认真考察一下汉代制法的实际情况，那就不难发现：“卒其官号、郡县、刑辟之制，本之秦氏。为汉制法者，李斯也。”孔子作《春秋》为汉制法之说，完全是汉代五经家“欲以经术干禄”编造出来的。至于孔子作《春秋》且为百世制法这类说法，就更属荒诞，因为“法度者，与民变革，古今异宜，虽圣人安得预制之？《春秋》言治乱虽繁，识治之原，上不如老聃、韩非，下犹不逮仲长统”。六经中其他各经，情况也不例外。以《礼经》而论，“《礼经》一十七篇，守之贵族，不下庶人。皇汉迄今，政在****。当代不行之礼，于今无用之仪，而欲肄之郡国，渐及乡遂，何异宁人欲变今时之语返诸三代古音乎？”再以《诗经》、《论语》等等而论，其中一些训辞、格言，后世并非不可沿用，“然人事百端，变易未艾，或非或韪，积久渐明，岂可定一尊于先圣？”章太炎还特别指出：“《春秋》三统三世之说，无虑陈其概略，天倪定分，固不周知。岂有百世之前发凡起例以待后人遵其格令者？”
为了使经学不再成为中古时代的旧神学，也不致蜕变为一种不伦不类、亦新亦旧的新神学，章太炎提出了经学研究中必须坚持的以下一些原则：
一、坚持以六经为古史。“仆闻之，《尚书》、《春秋》，左右史所记录，学者治之，宜与《史记》、《汉书》等视，稽其典礼，明其行事，令后生得以讨类知原，无忘国故，斯其要也。”
二、研究经学是为了弄清古代历史实际，而不是为了所谓“通经致用”。“抑自周、孔以逮今兹，载祀数千，政俗迭变，凡诸法式，岂可施于近？故说经者所以存古，非以是适今也。先人手泽贻之子孙，虽污垢佇劣者犹见宝贵，若曰尽善，则非也。”章太炎特别强调指出：“《春秋》断狱，《禹贡》治河，三百五篇当谏书，无过以典训缘饰，不即曲学干禄者为之。……学者在辨名实，知情伪，虽致用不足尚，虽无用不足卑。古之学者，学为君也；今之学者，学为匠也。为君者，南面之术，观世文质而已矣；为匠者，必有规矩绳墨，模形惟肖。审谛如帝，用弥天地，而不求是，则绝之。”必有规矩绳墨，就是坚决反对主观臆断，以坚持真理、坚持科学性为第一位，反对狭隘的实用观。
三、研究经书应当重视古文。“六经皆史之方，治之则明其行事，识其时制，通其故言，是以贵古文。”古文经系用先秦古文书写；今文经则是借口耳相传，到汉代才用“今文”著之竹帛的，里面夹杂着各代师说。以稽古而言，后者的可靠性就远不如前者，更为后出的纬书当然就格外靠不住。