阳明自龙场以后，其教再变。南中之时，大率以收敛为主，发散是不得已。故以默坐澄心为学的。江右以后，则专提致良知三字。先生记《传习》，初卷皆是南中所闻，其于致良知之说，固未之知也。……是故阳明之学，先生为得其真。（《明儒学案》第221~222页）
黄宗羲并引聂豹批评现成良知派之语以申己意：
聂双江云：“今之为良知之学者，于《传习录》前编所记真切处俱略之，乃架空立笼罩语，似切近而实渺茫，终日逐外而自以为得手也。”盖未尝不太息于先生（指徐爱）云。（《明儒学案》第222页）
黄宗羲此处褒贬倾向十分明显，褒扬徐爱即所以批评龙溪。对王阳明亦未尝不微有讽意。另一明显的事实是，《明儒学案》所选阳明语录，是经过刘宗周筛选并在某些条下加了案语的《阳明传信录》。“传信”二字表示，其中所选语录，皆阳明著作中可为天下式者。即使选入《传信录》，认为能代表阳明根本思想的，刘宗周也在评案中有所补正。如“门人叹先生自征宁藩以来，天下谤议益重。先生曰：‘我在南都以前，尚有些子乡愿意思在；今信得这良知真是真非，信手行去，更不着些覆藏，才做得个狂者的胸次。使天下之人都说我行不掩言也罢’”一条，刘宗周加案语说：
读此方知先生晚年真面目，我辈如何容易打过关捩子也。然向后正大有事在。（《明儒学案》第216页）
意思是说，阳明于毁誉一关打得过，可做得狂者胸次。众人未易及此。但“信得良知过”，此后仍有一大事在。此一大事即实地修养功夫。如无此功夫，信得良知过只破得乡愿之伪。以信得良知过代替具体功夫，以至“信手行去”，适入狂荡一路。刘宗周此类话还有一些，黄宗羲采入《明儒学案》时一仍其旧。其褒扬江右学派重功夫，重归寂、主静的修证，以对治王龙溪、罗汝芳的纯任先天，意思甚为明确。
黄宗羲承其师刘宗周，惩泰州龙溪的荡越，特别是何心隐、李卓吾的“鱼馁肉烂”、“非名教所可羁络”，所以提倡收敛，强调流行中的主宰。这是他表彰江右学派的实意。他在论述黄绾的“艮止”、季本的“龙惕”宗旨时，都反复强调有本、有主宰之意。但未免对收敛一路提掇过重，掩蔽了阳明学中的其他精义。说“致良知一语发自晚年，未及与学者深究其旨”（《明儒学案》第179页），其实也不确。王阳明论良知十分详尽，起行征思田前因弟子之请而作之《大学问》，将“致良知”三字发挥《大学》之三纲领八条目，意思十分完整。学者各以其所需附会甚至矫诬良知之旨，因而各有解说是实，但这只是门弟子之疏略，非可以说王阳明本人的良知说不全面不完整。
黄宗羲的“盈天地皆心”是和他关于本体功夫的见解密切相连的。“盈天地皆心”是一种识度、一种理解，达到这种识度和理解需要功夫。识度不是与生俱来的，需要在现实的理解活动中养成。“心无本体，功夫所至即是本体”，就是承认，要达到“盈天地皆心”的识度并理解其“变化不测，不能不万殊”的存在形态，除了心灵的修养（道德理性和知识理性的修养二个方面）之外别无他法。心灵不是某种既成的东西，心灵的全部含蕴是在现实活动中成就的。这里有量的积累，也有质的升华。结果不是既成的，结果产生于过程。由功夫积累而成的本体，才可以说分说全、说理说气、说性说命而两无滞碍。黄宗羲接过王学论争中的这个口号，把它作为根本思想，作为对明儒各派的评价标准。“心无本体，功夫所至即是本体”已经不仅具有王门后学争论中所具有的特殊含义，而且作为一种哲学主张，获得了更为广泛的意义。
五哲学史方法论
黄宗羲晚年精心编著的《明儒学案》是中国历史上第一部完整的断代哲学史，叙述了明代二百余位思想家的生平和学术大旨，后附其主要著作选辑。这部著作在人物评论、材料取舍上，都达到了相当高的成就。由黄宗羲草创，其子黄百家和私淑全祖望续补，王梓材、冯云濠修订整理而成的《宋元学案》各案评语虽多出全祖望之手，但全书框架由黄宗羲制定。这两部书尤其是《明儒学案》反映了黄宗羲的哲学史方法论。
“一本万殊”是黄宗羲著哲学史的基本纲领。“一本”，从宇宙本体着眼，即道，即太极，即宇宙总法则。从学术史着眼，即文化精神，学术统绪，人文关怀。“分殊”即各时代有建树、能代表其时学术发展成就的各个思想体系。一本万殊就是文化精神、学术统绪体现在各时代哲
学家的各个不同的哲学思想、哲学宗旨中。反过来说，各不同时代的思想家共同构成了文化精神和学术统绪。这个“一本”是各个时代的杰出心灵智慧的结晶。它不是既成的东西，也不是各时代的思想家的学术思想的简单汇合和机械相加，而是各思想家本其文化立场、人文关怀而提出的思想主张与时代风气、学术潮流整合融释的结果。这个一本万殊，是即心即物的。一本呈现为万殊的变化，变化不测的万殊共同表现这个一本。这些万殊在构成一本中所起的作用，它对一本的价值，从不同的着眼点去看是不同的。这种看法是一种识度，获得这样的识度靠“修德”，即通过修养对一本万殊的关系有通透的、多侧面的理解。修德的反面是执定成局，举一废百。黄宗羲对上述思想有极明彻的表述：
盈天地皆心也，变化不测，不能不万殊，心无本体，功夫所至即其本体。故穷理者穷此心之万殊，非穷万物之万殊也。是以古之君子宁凿五丁之间道，不假邯郸之野马，故其途亦不得不殊。
奈何今之君子，必欲出于一途，使美厥灵根者，化为焦芽绝港。夫先儒之语录人人不同，只是印我之心体变动不居。若执定成局，终是受用不得。此无他，修德而后可以讲学。今讲学而不修德，又何怪其举一而废百乎？（《明儒学案》第9页）
这里“必欲出于一途”之君子，既指不喜讲学，借整顿学术之名摧残、压制自由讲学的当权者，又指自拘自划，贬斥不同意见的陋儒。黄宗羲提倡的是用过功夫，竭其心力对整个学术发展做出了特殊建树，因此对一本有所发明、有所助益、有所受用的思想体系。他就是根据这个总纲去选择那些他认为应该论列、应该叙述的思想家。黄宗羲制定的《明儒学案》发凡，代表了他编纂学术史的基本观点，这些观点是他的一本万殊之旨的具体贯彻。其中最主要的有：
第一，选取最有代表性的哲学家为之立案。选取的标准是，有独立见解，着实用过功夫，不剿袭前人成说，对于“一本”有所发明者。黄宗羲说：
羲为《明儒学案》，上下诸先生深浅各得，醇疵互见，要皆功力所至，竭其心之万殊者而后成家，未尝以懵懂精神冒人糟粕。（《明儒学案》第10页）
编著学术史，最关键的是制定入选的标准：应该为哪些人立案，如何评价学者的成就，这实际上是学术良心、识度、才能的综合检验。即前人所谓史德、史识、史才。世之为学术史之人，有借学术阿当道者，有排斥相反意见，压制自由思想者，有以一己好恶率意去取者，有不识所选学者的学术成就而褒贬失当者。黄宗羲的选取标准是，真正用了功夫，有独立见解，成一家之言者。只有独立见解、一家之言，才能对一本有所发明，否则会“以水济水”。《明儒学案》共立十七个学案，二百一十名学者入选。虽其造诣不同，宗旨各别，但都是真正用了功夫，有独立见解者。有的入选者虽然学术未见大成，但或言行不同流俗，或所得求之甚苦，其精神足以传世者。如泰州门下之樵夫、陶匠等。有学者批评明儒学案“袒护师说，主张姚江门户”（沈维：《国朝学案小识》序）。这恐怕不是公允的看法。《明儒学案》中对一些学者的评论以刘宗周的相关论述为根据，这是事实，但《明儒学案》的根本编纂思想却是黄宗羲自己的。更重要的是，黄宗羲身处明清鼎革之际，相当长的时间是在清廷统治确立之后的相对平静的时期中度过的。他所面对的问题，他为解决这些问题酝酿出的方案，都不同于刘宗周。即就对具体人物的评价说，两人也有不一致的地方，如刘宗周对阳明学“始而疑，中而信，晚年辩难不遗余力”，欲纠正王门流弊的用心十分明显。黄宗羲则对王阳明十分赞赏，但对阳明弟子，尤其对泰州龙溪批评甚为严厉。即使黄宗羲在相当多的观点上同刘宗周吻合，也应看做黄宗羲同意并继承了其师的观点，非与其师不同而曲为袒护。
说《明儒学案》“主张姚江门户”，更是不了解明代学术发展历程的皮相之见。明代学术，自王阳明崛起后，局面为之大变。由于王阳明不背离儒家基本立场而思想有所创新，反对当时朱熹之学的僵化而能超越之，反对当时的功利潮流而学说中又能容纳之，这些都适应了当时的社会需要。再加上他的人格的巨大感召力，使他成为当时推许景仰的对象。他的弟子遍天下，其中少数龙象有绝大的力量推波助澜，使阳明学说成为一种风靡大半个中国、占据思想界主导地位的思潮。以王学为中心是当时学术界的事实。《明儒学案》记叙了、传述了这个事实，并非阿私所好而曲为张扬。除王门外，《明儒学案》还论列了明初沿袭朱子学的崇仁、河东、三原等学案，与姚江相呼应的甘泉学案，对姚江有所批评和修证的止修、东林、蕺山学案。其中与阳明同时和后于阳明的学派，其学说不能无视或回避在当时有绝大影响的阳明学，在著作中，有赞许，有批评，有商榷，有袭取，这都是情理中事。王学为学术界注目的中心，这是当时的实际情况。《明儒学案》以王学为中心，是对当时学术情形的实录，并非争门户。此外，王学发展线索历然可寻，为叙述方便计，为归属明了计，王学分门别派立案。而诸儒传承不清，总立“诸儒学案”。这并非重王门而轻诸儒。实际上“诸儒学案”名虽一而分上中下，案中所叙人物甚多，所占篇幅甚大，王门之外的重要思想家几网罗无遗。而东林、蕺山是否王门，尚在可争论之列。这些都说明，所谓《明儒学案》“袒护师说，主张姚江门户”是不实的。朱学学者为使朱子学重执学术界之牛耳，故意抑低王学，减杀其影响，缩小其范围，这正是为朱学争门户。此现象在清代前期甚为明显。
黄宗羲既以“功力所至，竭其心之万殊而后成家”者为入选标准，所以他不排斥相反的意见。只要是用了功夫的，于身心真有受用，于一本真有发明的，皆为立案，而且在评说中特别点出其特出所在。《明儒学案》发凡中说：
学问之道，以个人自用得着者为真，凡倚门傍户，依样葫芦者，非流俗之士，则经生之业也。此编所列，有一偏之见，有相反之论，学者于其不同处，正宜着眼理会，所谓一本而万殊也。以水济水，岂是学问？（《明儒学案》第15页）
这里他提出了他心目中学问标准：凡是对自己的人格修养有益的，对人类文化发展有贡献的，方是真学术。“个人自用得着者”，不在读书的多寡、不在见闻的广狭，甚至也不在具体修养功夫上的疏与密、敬与肆，而全在精神境界的养成。一切知识，一切功夫，最后都要对修养主体有所触动、有所激发因而有所启示、有所助益。这里暗含的前提是，自己用得着的，不必他人也用得着。各人由于学养和性情不同，面对的问题和解决的手段不同。精神和心灵的需要也不同，所以允许学者选择不同的学派、不同的宗旨。《明儒学案》中有许多此处受业、彼处得悟，此派不契、彼派大行的人物。这里包含着思想自由原则：学者为了真实的心灵受用，可以改换门庭，可以不守师说，可以像禅师那样到处行脚，寻师问道。实际上《明儒学案》各案基本上以地域分，而同一地域的学者宗旨往往不同甚至互相抵触。这表明黄宗羲是一个具有自由精神的学者，注重心灵实有所得，不重外在的门户与师承。
他所反对、所鄙视的，是“倚门傍户，依样葫芦”。学术应该没有道理格式，不讲仪节虚文，心灵的真实受用是惟一的。外在于心灵受用的知识，是“经生之业”，蹈袭前人旧路而无真实受用的，是俗士之学。学者所应着眼的是真实受用，即使一偏之见，相反之论，只要是自用得着的，就应允许其存在。道、一本，是各个不同的宗旨共生共成的，不是先在的、预设的、与学者心灵无关的东西。黄宗羲的一本万殊论，是他选取人物的最高标准。
第二，选取最能代表哲学家思想的第一手资料。《明儒学案》是学案体的典范，其体例先有案语，叙述哲学家生平和学说大旨，间以驳正一些他人的评论，后缀以哲学家本人的著作节选。关于著作择取，黄宗羲在《明儒学案》发凡中说：
每见钞先儒语录者，荟撮数条，不知去取之意谓何。其人一生之精神未尝透露，如何见其学术？是编皆从全集纂要钩玄，未尝袭前人之旧本也。（《明儒学案》第14页）
资料选取是否精审，是衡量一部学术史尤其是学案成功与否的重要标志。一部学术史，如果选材芜杂，不知哪些著作为学者一生精神所寄，功力所萃，就会存椟遗珠。《明儒学案》对各哲学家的著作择取是非常精审的。黄宗羲花多年心血，明人文集，读之殆遍。中国古人著作，皆为书信序跋碑铭语录诗文之汇辑，即使专门的论学文字也多为短篇。选辑中国学者的著作，必须从这些零散的资料中披沙简金，其功夫大为不易。《明儒学案》的选材，是在大量阅读明人文集的基础上，据其“用得着者为真”的原则，选取最能代表哲学家见解、最具有
独创性、与整个学术发展有关的材料。短者全录，长者摘其精要。门面语、浮语、闲语皆不录。录者皆心髓入微语，真切受用语。前人谓《明儒学案》哲学多于史学，这一评断，很大程度上是由于黄宗羲特别注重材料的选取。在黄宗羲之前，明人已有关于理学史的著作，其中最著名的是周汝登的《圣学宗传》和孙奇逢的《理学宗传》。细考其得失优劣，可以发现这二部书在选材及人物评断上皆不及《明儒学案》。黄宗羲自言：
各家自有宗旨，而海门（周汝登）主张禅学，扰金银铜铁为一器，是海门一人之宗旨，非各家之宗旨也。钟元（孙奇逢）杂收，不复甄别，其批注所及，未必得其要领，而其闻见亦犹之海门也。学者观羲是书，而后知两家之疏略。（《明儒学案》第14页）
这绝非虚语。周汝登以禅学消化各家宗旨，对学者自别于他人的特出之处未能道出，其选材与评断已失各家本意。孙奇逢《理学宗传》仿朱熹《伊洛渊源录》，叙北宋至明末著名理学家的思想。虽亦附有著作片断，但多自《近思录》、《伊洛渊源录》等资料选辑中抽取，且仅撮列数条，多为耳熟能详者。《明儒学案》与此不同，如其中江右与龙溪，江右中黄弘纲、刘邦采、刘文敏与聂豹、罗洪先的辩论，皆毫厘入微，而能代表各自精神，黄宗羲皆为录出。黄宗羲尝说：“有明文章事功皆不及前代，独于理学，前代之所不及也。牛毛茧丝，无不辨晰，真能发先儒之所未发。”(《明儒学案》第14页）黄宗羲之选材，于牛毛茧丝之细，皆不放过，以见各家微细不同。这些材料，皆从全集中抉剔出来，其慧识非等闲学术史编著者能比。循其所选而进窥学者全集，亦无误导之虞。