这里对于“性命”的解释，显然取自朱熹。命即宇宙本体表现为个体的历程，宇宙本体为发出者，个体为禀受者，发出是一必然的、合规律的过程。宇宙没有意志，不能对具体事物进行主宰与支配。所谓命只是天道在自然运行中，在无目的中表现出的合目的性。此即陈淳所说：“命犹令也，如尊命、台命之类。天无言做，如何命？只是大化流行，气到这物便生这物，气到那物又生那物，便是分付他命令他一般。”（《北溪字义》第1页）陈淳此义是转述朱熹的意思，曹端的以上说法亦本于朱熹。关于命的具体含义，曹端在注释《通书》理性命章中有所发挥。理性命章本文中原无“理性命”三字，曹端认为，“厥彰厥微，匪灵匪莹”是说“理”，“刚善刚恶，柔亦如此，中焉止矣”是说“性”，“二气五行，化生万物”以下是说“命”。他注“二气五行，化生万物，五殊二实，二本则一，是万为一，一实万分，万一各正，大小有定”说：
二气五行，天之所以付受万物而生之者也。自其末缘本，则五行之异，本二气之实；二气之实，又本理之极。是合万物而言之，为一太极而已。自其本而之末，则一理之实，而万物分之以为体。然而谓之分，不是割成片去，只如月映万川相似。（《通书述解》第28页）
曹端所理解的“命”实际上是太极表现为万物、万物归结为太极的过程。这个过程既是气的运行过程，也是理的舒卷开阖过程，当然这个开阖不是理本身的动静，因为理是形而上者，是超绝动静的。所谓理的舒卷开阖，指气的运行过程中体现出的条理、规范、界域等。万物的化生，是由此物的形式转换为彼物的形式的过程，构成这一过程的实体，可以分为不同的层次，由气到质，由质到物。这一构成过程即命，说命意在强调万物根据自己本性的必然性与外在条件共同作用而显现的不得不然又不知其所以然这种状况。所以从气上说，曹端所谓命即宇宙大化流行的过程；从理上说，则是太极表现于万物之理，万物之理又归结为太极这种由一至万、由万归一的往复过程。这个过程同时是主体的一种观法。观法因视角的不同而有，而这种着眼点的转换则是由积学所得，由对天地万物根本法则的理解，对“诚”、对“太极”等等表示宇宙本体的范畴的觉解领悟而有。觉解、领悟的程度和层次决定着观法的工拙精粗。曹端所谓命在气上是继承了朱熹的说法。从理上说，一理而万物分之以为体，但这种分不是形下的时空中的分割，不是“割成片去”，而只是一种形而上的对宇宙根本之理和具体事物之理的比拟和转换，故“如月映万川相似”。“万一各正”，就是在一理和万物之理间，既可视之为一，亦可视之为万，并且知道一和万之卷舒自如是因主体的视角不同、观法不同而有的表现。整个宇宙就是大化流行中多样性和单纯性的统一。
曹端论性继承了张载、程颐、朱熹的说法，既言天地之性，又言气质之性。这一点不同于周敦颐。周敦颐论性，是从气质上说，所以周敦颐所谓性，指人气质的刚柔善恶。周敦颐说：“性者，刚柔善恶，中而已矣。”（《通书·师第七》）曹端对这一句的注释，加入了程颐、朱熹“性即理”之意，他说：
此所谓性，以气禀而言也。太极之数自一而二，刚柔也，自一而四，刚善刚恶，柔善柔恶也。遂加其一“中”也，以为五行。濂溪说性，只是此五者。他又自有说仁义礼智的性时。若论气禀之性，则不出五者。然气禀的性，只是那四端的性，非别有一种性也。所谓刚柔善恶中者，天下之性固不出此五者。然细推之，极多般样，千般万种，不可考究，但不离此五者尔。（《通书述解》第28页）
这里，曹端认为周敦颐既有言仁义礼智之性处，又有言刚柔善恶之性处。但没有明白地说前者为天地之性，后者为气质之性。他在述解周敦颐的“诚”这一概念时说：“性，则理之已立者也。圣人之所以圣，不过全此实理而已，即所谓太极也。五常，仁义礼智信，圣行之性也。”（《通书述解》第4页）周敦颐虽提出“诚为五常之本”的命题，但没有明确说五常即人物之性。曹端的注语，明确地把五常作为人性。这是他用朱熹思想补充周敦颐处。另一可注意之处是，周敦颐以刚柔善恶说性，“中”只是变化气质之后对刚柔两极的适中或达到的境界。曹端则把中也作为一性，以与仁义礼智信五常相配。
曹端还指出，气禀之性与四端之性、气质之性与天地之性，二者非截然相离。二者是同一的气的不同表现。天地之性是气之理未被遮蔽而发出的，气质之性是气禀之外在表现。他说：
性只是理，然无那天象地质，则此理没安顿处，但得气之清明，则不蔽固。此理顺发出来，蔽固少者发出来天理胜，蔽固多者则私欲胜，便见得本原之性无有不善。只被气质昏浊，则隔了。学以反之，则天地之性存矣。故说性需兼气质方备。此性便是言气质之性，四者之中，去却刚恶柔恶，却于刚柔二善之中择其中而主焉。（《通书述解》第11页）
变化气质，返于天地之性，此处承张载、二程、朱熹之说而来。惟去掉刚恶柔恶，于刚善柔善中择其中则取于周敦颐。曹端的性论以张载、二程、朱熹天地之性、气质之性之二分为主，取周敦颐之说以补充。在天地之性上，以张、程、朱熹之说加强周敦颐天地之性不突出的缺点。在气质之性上，以周敦颐刚柔之说补充张载、朱熹笼统说气质，未在其中详细论证的疵病。但总的说，沿袭旧说者多，自创新义者少，其重笃实躬行而轻理论发挥的形象甚为鲜明。
三诚敬与仁
曹端的功夫论，注重通过对道体的体认，通过在具体事物上省察克治，直接在心地上做功夫。他很少讲到格物致知，这一点和朱熹从格物致知入手的修养途径有很大的不同。由于强调直接在心上做功夫，所以曹端把存诚放在第一位，他说：“学圣希贤，惟
在存诚，则五常百行，自然无不备也。无欲便觉自在。”（《明儒学案》第1066页）他认为，存诚也就是身与道义为一，道义有体用，道义之体即天地之理，道义之用即行为合乎时宜。人之尊贵，就在于人之身就是道义的具体体现，他说：
道义者兼体用而言也。道则穷天地，亘古今，只是一个道义。随时随事而处之得宜，所谓天地之常经，古今之通义也。人而身有道义，则贵且善焉。（《通书述解》第31页）
诚与理为一是曹端的修养目标，其入路则在敬，他说：
吾辈做事，件件不离一敬字，自无大差失。
一诚足以消万伪，一敬足以敌千邪，所谓先立乎其大者，莫切于此。
学者须要置身在法度之中，一毫不可放肆，故曰礼乐不可斯须去身。（《语录》，《明儒学案》第1065页）
曹端提出一“勤”字，作为圣人功夫的根本特点。其实“勤”字就是敬，他说：
圣人之所以为圣人，只是这忧勤惕励之心，须臾毫忽，不敢自逸。理无定在，惟勤长存。心本活物，惟勤则不死。常人不能忧勤惕励，故人欲肆而天理亡，身虽存而心已死，岂不大可哀哉！（《明儒学案》第1066页）
理学家中，周敦颐提出“主静”，作为修养根本功夫。二程嫌静字偏于消极，易入于老释，故易静为敬。朱熹继承了程颐，以敬字贯动静，认为“敬则自然静，不可将静来唤作敬”（《朱子语类》九十六）。
敬是此后儒者共同尊奉的方法。曹端认为，周敦颐的功夫入门“一为要”，是顿悟，而程颐的“敬”是渐修。他述解《通书》“一为要，一者，无欲也”句说：
“一”字为圣贤之要，一即太极，是纯一不杂之谓也，只是纯然是个天理，无一点私欲。且无欲便觉自在。周子只说一者无欲，这话头高，率急难凑泊。常人如何便得无欲？故伊川只说一个敬字，教人只就敬上捱去，庶几执捉得定，有个下手处。（《通书述解》第26页）
这是说，一即太极，太极是理之全体，理之全体是诚，是纯一不杂。欲与太极为一，必须心中无私欲，以心之全体直下与太极为一。这是顿悟。而敬是渐修，是在日常践履中省察克治，逐步提高精神境界，最后与理为一。这里他对周敦颐和程颐的修养方法作了区分，认为周敦颐近于顿悟，程颐近于渐修，是很有见地的。这与现代某些研究者对于宋明理学的派分恰好吻合，但曹端对此没有展开论述。
曹端在注释《通书》时，对仁这一重要概念也有发挥。周敦颐认为，儒者的最高追求，是孔颜之乐，曹端对此发挥说：
天地间至富至贵可爱可求者，仁而已。仁者天地生物之心，而人所受以生者。为一心之全德，万善之总名。体即天地之体，用即天地之用。存之则通，充居之则身安。今端窃谓孔颜之乐者，仁也。非是乐这仁，仁中自有其乐耳。且孔子安仁而乐在其中，颜子不违仁而不改其乐。安仁者，天然自有之仁，而乐在其中者，天然自有之乐也。不违仁者，守之之仁，而不改其乐者，守之之乐也。（《通书述解》第30页）
曹端沿袭了二程、朱熹的说法，认为仁即天地生物之心，即天地万物上表现出的生生之理。人禀受天地生物之心而为仁。仁不仅是仁义礼智四德中的一德，而且是全德，仁赅仁义礼智。仁义礼智可以说是仁的不同表现。仁即天地万物之体，爱即仁之用。仁存养于心则周遍于己与人，仁充盈于体则己身安。周敦颐教二程寻孔颜乐处，孔颜乐处是一种精神境界，有了这种境界自然有心灵的愉悦。不是为了追求这种愉悦才去进行精神修养。乐是精神修养的自然结果，不是实用目的。孔子说：“仁者不忧，智者不惑，勇者不惧。”具有仁德的人自然乐在其中。不同精神境界的人感受仁的方式不同。孔子是安于仁，颜回是不违仁。安于仁即本有仁而因任之，以仁为全部精神满足。不违仁即求得仁而保有之，以仁为道德准则而无违。这两种境界对仁有不同的体验方式。
宋代理学家特别是二程对仁论述甚多，程颢的《识仁篇》，提出了宋代理学精神修养的基本方向。朱熹的《仁说》阐发二程的说法，更为完备和全面。曹端把仁作为天地间至富至贵可爱可求者，作为最高的价值，表明他继承了二程和朱熹的基本修养方向。但他提出的求仁的方法，则抛弃了朱熹的格物穷理说，直接以体证仁体、居敬涵养为本。他的学说代表了明初儒者的一般情况。
明代初年，朱熹学说占据统治地位，学者一般沿袭朱学的思想取向和修养方法。但在数百年发展中理学格局起了变化，朱熹偏于格物穷理的方向有所纠正，加重了主敬涵养这个方面。故明初诸儒在理气心性理论方面没有大的发展，但注重笃实躬行，在心上做功夫。其严毅劲节为宋元儒者所不及，但也失去了宋代儒者注重见闻之知对于德性之知的辅翼关系，知识理性和道德理性并重并行的学风。这种局面在后来王阳明突破明初朱学而自标新格中有所改变。
曹端之学，自二程、朱熹最平正无偏、最笃实安稳处入手，故其学虽无波澜而平正通达。他最主要的著作是对《西铭》、《太极图说》、《通书》的述解，意在褒扬周敦颐、张载、朱熹的学说。他一生以笃实躬行为务，所以著作甚少。以上三种述解是他的代表作。《四库全书提要》说：“明代醇儒以曹端及胡居仁、薛瑄为最，而曹端又开二人之先。”《明史·曹端传》称：“洎明兴三十余载，而端起崤渑间，倡明绝学，论者推为明初理学之冠。”以上评论是对曹端在明代学术发展史上的地位的肯定。《明儒学案》也说：“先生之学，不由师传，特从古册中翻出古人公案，深有悟于造化之理，而以‘月川’体其传。反而求之吾心，即心是太极，即心之动静是阴阳，即心之日用酬酢是五行变合，而一以事心为入道之路。故其见虽彻而不空，学愈精而不杂，虽谓先生为今之濂溪可也。”说曹端于古册中翻出古人公案，指曹端在对周敦颐、张载、朱熹著作的述解中对某些关键问题的阐发。说曹端以“月川”体其传，指曹端在宇宙根本之理和万物各具之理、心中之理的关系上宗旨不出朱熹“人人有一太极，物物有一太极”之说，且将之概括为月川诗：“天月一轮映万川，万川各有月团圆。有时川竭为平地，依旧一轮月在天。”而“一以事心为入道之路”，则是说曹端抛弃了朱熹的格物穷理之说，以涵养用敬直接在心上做功夫。这一评论指出了曹端功夫进路的特点，并间接点明了明初儒者的一般宗旨趋向，是深有见地的。