京师保卫战之后，作为兵部尚书的石亨不但没有为朝廷出力，还暗中指使侄子石彪拖叶三的后腿，使明军初战失利，更使朱祁镇不满。对于朱祁镇的不满，石亨并不是没有感觉的，相应的，他也准备了自己的应对。埋伏在朱祁镇周围的大臣自不必说，他还刻意安排了自己的侄子石彪镇守大同，自己则统帅京师驻军，只要朱祁镇一有动静，便可里应外合。这是相当厉害的安排，进可攻，退可守，作为武将，石亨确实很有水平。
可石亨没想到，这次京师勤王后，朱祁镇就没让石彪再回大同。天顺三年八月，一直默不作声的朱祁镇突然发飙，将石彪直接下了诏狱。朱祁镇这一举动大大出乎朝臣的预料，也把石亨搞懵了，让他目瞪口呆。石彪被下狱，意味着自己的所有外援已经被清除干净，单凭京师这点人马，别说造反，连自保都不够。石亨这才意识到眼前这位忠厚老实的皇帝已经不是以前的朱祁镇了，经过这么多年的历练，那个处处依赖别人的年轻皇帝已经成为久经考验，处理朝政经验丰富的老手。现在石亨后悔让石彪进京勤王，本打算让石彪进京捞好处捞资历，没想到竹篮打水一场空，还把石彪搭进去了。现在后悔也晚了，石亨强打精神，振作起来，准备迎接朱祁镇对自己的全面反击。
可奇怪的是，朱祁镇发了一次飚以后又没动静了，没动石亨一根毫毛。石亨实在搞不清楚朱祁镇想干什么，只有以退为进，上书痛陈自己对侄子的罪责负有责任，请求圣上恩准他罢官辞职回家种田。
而朱祁镇总是和颜悦色地说石彪的事情和他一点关系都没有，让他放心地做他的兵部尚书。这次石亨又相信了朱祁镇的话，便不再坚持辞官，同时也放弃了对朱祁镇的防备之心，也放弃了最后一线生机。
自从在慈宁宫和钱皇后的一番夜话，朱祁镇就决心整顿吏治，采取的手段也不同于常人，他放弃了从中央突破，避免朝局动荡，而是采用旁敲侧击的手段，令朱祁镇要清理的对象防不胜防。当朱祁镇决定放弃曹吉祥而重用叶三的那天起，他就决定先除去曹吉祥的羽翼石亨，他做了充足的准备，一点一点清除石亨的势力，不显山不露水策反了石亨身边的人，然后掌握了石亨的一举一动。
于是石亨的罪证通过被他策反的人源源不断地送到了宫内，而石亨还蒙在鼓里，过着平安无事，万事大吉的生活。等朱祁镇清理完石亨的其他部下，逐步完成清除外围的工作后，石亨已经成了孤家寡人，不堪一击了。出乎意料的是，在这关键时刻，朱祁镇却放弃了进攻，迟迟不向石亨下手。所有知情的人对此十分不解，都不明白既然已经到了这种地步，为什么皇上不干脆解决掉石亨呢？
在朝臣中，还是叶三最了解朱祁镇，他明白朱祁镇为何放弃对石亨的最后一击，朱祁镇这些奇怪的举动都在他的预料之中。这位经他调教过的皇帝，虽然历经风波，但是归根到底还是个比较忠厚、念及旧情的皇帝，他连拥立自己弟弟篡位的于谦都不忍杀害，更何况是曾经有过夺门之功的石亨？叶三很清楚，要想让朱祁镇彻底放弃那最后的慈悲，只有一个方法，就是揭开夺门之变的真相。
叶三心里始终存想找机会把夺门之变的真相面陈朱祁镇，说机会机会就来了。当叶三下朝走出御门时，竟然听见一个年轻文官大声说道：“支持户部尚书叶三重组内阁，把宦官集团赶出朝廷！”叶三默默不语，看来曹吉祥真的不如从前了，要是在以前，谁敢当众诟病宦官集团啊？他正要离开御门这是非之地时，就听见一个尖利的声音：“叶大人请留步。”
叶三回头见是太监马朝，便打拱招呼道：“马公公。”
马朝昂起头，拿腔作势：“口谕！说给叶三听。”叶三听罢自然十分利索地跪倒听旨，就像条件反射那样干脆。
“宣叶三即刻进宫见朕，朕有话要和他说。”
叶三高呼：“臣领旨谢恩，吾皇万岁万万岁。”
马朝带着叶三去了西苑，那是宫中极尽华贵的园林，至今叹为观止。叶三和马朝进了一座琉璃瓦的华丽楼阁，许多宫女太监侍立在过道一旁，朱祁镇应该就在里面。
“微臣叶三叩见皇上万岁万万岁。”叶三立刻跪下行朝礼。朱祁镇把目光转过来，和颜悦色地道：“平身，叶三你到这边来坐。”
“臣谢恩。”叶三从地上爬起来，躬身走到朱祁镇的下首，那里有个凳子。朱祁镇放下茶杯，一副漫不经心的神态：“朕下旨让你补户部尚书，并提起你入阁之事，位大九卿之列，是想让你有所作为，你现在给朕说说，有什么治国方略。嗯，牛玉是内廷的人，让他听听，以便相互协作，尽快实施政略。”
叶三心道当我是傻子呢？我既然增补阁臣，还要和内廷携手？别忽悠我了：“皇上恩宠，臣诚惶诚恐，就怕资历学识不足以担当重任，辜负了皇上的期望。”
朱祁镇不以为然地道：“有朕支持你，你只管把事儿办好就成。你且说说，准备怎么办？”作为一个大臣，谁没有点澄清宇内留名青史的抱负呢？叶三听到这里心里十分激动，但是他不敢得意忘形，他沉住气，沉思许久才说道：“当今国家大事，攘外必先安内，以清除内患为首要。其次无非军政钱三样。要想有所改善，清除内患，稳定地方，增强国力，臣以为要先办首要之事。”
朱祁镇十分期待，在他的印象里，叶三无论说得对错，总是会提出一些实用的建议，而不是像其他臣子那样开口闭口就是一大堆道理，实际上一点有用的东西都没有。
“你说，首要的事是什么事？”
叶三顿了顿，看了一眼一旁的牛玉：“揭露朝堂欺瞒皇上的事，不瞒皇上，当初也曾有人劝微臣参与夺门，可被微臣拒绝了。”
“什么？”朱祁镇大感意外，怎么叶三突然说起夺门之事，他马上厉声追问：“当初不是你救了朕吗？那你为何又退出不参加了呢？”
叶三不慌不忙地道：“因为即使不夺门，只要皇上性命无忧，皇位依然是皇上的，既然如此，微臣又何必去夺呢？”
朱祁镇被叶三说糊涂了，这是什么意思？如果没有曹吉祥和石亨等人夺门，朕又怎么会坐上皇位？他满脸狐疑地看着叶三，等待叶三给他一个答案，解除他的狐疑。
牛玉在一旁听到叶三说到此处，已经明白了个大概，心道叶三啊叶三，你实在是高，我牛玉有何德何能成为你的对手？咱家只配给你牵马缀镫了。