印度大乘佛教学者无著、世亲一系的瑜伽行派，不满意仅仅着眼于人生直接的受用讲缘起，也不限定在一般认识领域内讲缘起，而是强调人生转变的关键在于对整个宇宙人生的全面了解，由此扩展范围，从整个宇宙人生的因果转变的法则上立论。再者，瑜伽行派以为像大乘中观学派那样，视一切皆空，都无自性，会使人们的思维处于捉摸不定的状态，宇宙万物也会陷入混沌难别的状态。由此转而承认自我意识的存在和内省的作用，强调在认识领域内分清宇宙万物的不同的界限与范围，从缘起方面说一切现象有自性。由此瑜伽行派提出了“分别自性缘起”说，也称“自性缘起”说。“分别”，指一切法，即一切现象；“自性”，指自相，性相相通。自性实质上就是观念，就是人们的种种认识，真理也包括在内。所谓自性缘起，就是形形色色的现象都有其不同的自相、观念，从而显示出彼此的区别。形成这种区别的重要原因是阿赖耶识含藏有一切现象的自性不同的种子，种子的自性不同，一切现象也就有了区别。据此自性缘起实质上就是阿赖耶识缘起，略称赖耶缘起。也就是说，一切现象的种子都含藏在阿赖耶识中，由种子的变现而成森罗万象。阿赖耶识是宇宙的总体、万有的根源。这也是瑜伽行派的所谓“三界唯心，万法唯识”的理论。印度佛教大乘有宗和大乘空宗不同，不是从无自性的角度讲缘起，而是从唯识性的角度讲缘起，把缘起归结为阿赖耶识的作用。所谓缘起，就是识的分别，也就是把各种现象之间的区别，最终归结为意识、认识、观念方面的原因。
一、种子变现说瑜伽行派宣扬，阿赖耶识种子依前七识熏力的熏发，即长期的观念、经验、习惯的熏习影响、作用，使种子生长，生起“现行”（显现行起），展现为宇宙万象。那么，阿赖耶识种子是什么呢？是怎样构成的呢？阿赖耶识种子是一切现象的本原，是现实世界一切事物的最直接的原因，它也涉及生命个体的起源和解脱，是瑜伽行派宗教实践的主要根据。瑜伽行派有见于植物的种子能生长结果，借用种子以比喻阿赖耶识中藏有产生世界一切现象的根源。无著《摄大乘论》的《所知依分第二之二》说种子有外种和内种二种。《成唯识论》认为，外种是世俗意义的种子，如稻种、麦种，是一种物质现象，是假立种名，不是实种子；内种，是佛教讲的种子，即阿赖耶识所藏的种子，是实种子。《成唯识论》卷二说：“何法名为种子？谓本识（阿赖耶识）中，亲生自果，功能差别。”种子是产生形形色色事物的不同功能，是依托在阿赖耶识里面的精神性、意识性的功能、作用、力量。种子有六种特性：（1）“刹那灭”，刹那生灭变化，生则随灭，只有这样才能成为原因，产生结果。（2）“果俱有”，种子显现行起，变现为万有时，能生的种子和所生的结果，同时存在，和合不离。（3）“恒随转”，长时间地随第八识转起，没有转易间断，从而保持生果的作用永不息止。（4）“性决定”，原因产生结果，其性质是决定的，不杂乱生。也就是善种生善的结果，恶种生恶的结果。（5）“待众缘”，种子生果还需假其他条件的和合，不是一因独立不待众缘就能生果的。（6）“引自果”，种子各引生自果，也就是说，某种子只对某种果来说是种子。
种子通常分为名言种子和业种子两大类。所谓名言种子的名言，指名称、概念。名言种子就是含藏于阿赖耶识中的名言功能、作用，是显现一切现象的直接原因。名言种子又有两种：一是表义名言。由于名言能表述意义，因此当用名相概念指称、表述各种现象时，在内心就会呈现出相应现象的形相（印象），并在阿赖耶识中熏习成其为种子，此类种子称为表义名言。二是显境名言，是指心识的活动接触外境时，能够区别各种外境，外境的形相也反现于内心，并在阿赖耶识中熏习成其为种子。所谓业种子，业指善恶的身、口、意三业，业种子就是所作的各种业熏习成的阿赖耶识种子，是人死后获得不同果报的原因。
瑜伽行派各家对种子的来源有不同的说法，最常见的是两种观点：一是“本有”，即无始以来先天具有的，不是熏习而新生的。也就是说，人类的知识、认识本来具有，只是通过后天的学习、实践把它引发出来。没有原来的认识种子，就不可能产生认识。二是“始起”，指后天熏习而成的，也称“新熏”后来瑜伽行派学者又将本有说和新熏说统一起来，强调两者是相辅相成的。认为本有的认识种子如不经过后天的学习、实践，即新熏，就不能发生认识作用，而新熏如果没有本来的种子作根据，也无法熏习成功。。瑜伽行派十分重视始起种子，始起种子是指前七识有所见闻觉知，发生认识，形成经验，就在心理上遗留印象、痕迹，积淀在第八识里面，成为以后认识的依据，具有发生再认识的功能、作用，以后的认识就从这样的依据中重新产生出来。这种认识过程中的经验、影响力并不消失，储藏在阿赖耶识里面，而使其中的内容，生种种变化，叫做“熏习”。熏习是强调世间的知识是在实践中逐渐增长的，出世间的智慧也不是生来就具有的，而是后天听闻佛法形成的，这有点近似间接经验论。熏习所成就是种子。熏习也使所熏的已有种子成长。
瑜伽行派也称这类熏习而成的种子为“习气”。“习”是熏习，“气”是气分。习气即熏习的气分，比如用香花熏茶，茶也就变成香茶。习气原指由现行的烦恼在心中持续历久而形成的种种积习，瑜伽行派用以指现行所熏习的气分，用现代语言来说，就是指人们积累的经验，长期形成的难以改变的习惯。习气又分为三种：一是“名言习气”，指人们使用名相概念而熏习阿赖耶识所形成的种子。这类种子既能诠表义理，又能了别境界，是产生千差万别的事物的直接原因。二是“我执习气”，指人们执著以为“我”是真实存在的观念熏习阿赖耶识所形成的种子。这类种子是人们在现实中区别我、你、他等种种不同的原因。三是“有支习气”，有支即十二有支（十二因缘）的构成部分，有支习气是指人们自身所作善恶诸业熏习阿赖耶识所成的种子。当它相续到成熟时，能召生死果报。这类种子是人们死后获得各种不同果报的原因。总之，所谓种子是指人们的先天本能和后天经验，尤其是后天经验而言。后天经验属于认识，可见种子主要是由认识所构成的，是指人的认识作用、主观意识的分别作用。
阿赖耶识是一个还是无数个？瑜伽行派宣称，虽然说宇宙一切现象都是第八阿赖耶识所变，但并不是说一切现象只是由唯一的共同的阿赖耶识所变。也就是说，不是一切众生唯有一个共同的阿赖耶识，而是不同众生各有各的阿赖耶识，其数是无量的。这是用宗教的特殊语言承认和高扬自我意识。瑜伽行派强调一切众生各自从自身的阿赖耶识变现出各种现象，正是由无数的阿赖耶识变现出森罗万象的世界。再就众生能不能解脱来说，因为阿赖耶识种子不同，就有不同的种姓之名。瑜伽行派依据所谓不同的阿赖耶识种子，强调众生具有五种不同性质，划分为五种姓：一是“声闻种姓”，未来成就阿罗汉果。二是“独觉种姓”，未来成就辟支佛。三是“菩萨种姓”，未来成就菩萨或佛。以上三种统称“三乘”，都具有内在的先天的决定根姓，都是一定会相应地达到果位的。四是“不定种姓”，虽具有三乘本有种子，但能否达到果位则不一定。五是“无种姓”，是永远沉沦生死苦海，毕竟不能入道，得不到解脱的。这样，无论是就变现宇宙一切现象，还是从广大众生获得解脱的根据来说，不同众生都具有不同的阿赖耶识，从而体现出主观唯心主义的思想特质。此外，也应指出，瑜伽行派的五种姓说，是印度社会种姓制度的反映。
它坚持“无种姓”的主张，是针对反对佛教的势力而言的，实际上反映了佛教与反佛教的激烈斗争。