时汀、漳、左溪贼酋蓝天凤与赣、南、上新、稳下等硐贼酋雷鸣聪、高文辉等相结，盘踞千里，荼毒三省。公与诸从事议曰：“诸巢为患虽同，事势各异。以湖广言之，则桶冈诸巢为贼之咽喉，而横水、左溪诸巢为之腹心。以江西言之，则横水、左溪诸巢为贼之腹心，而桶冈诸巢为之羽翼。今不先去横水、左溪腹心之患，而欲与湖广夹攻桶冈，进兵两寇之间，腹背受敌，势必不利。今我出其不意；进兵速击，可以得志。已破横水、左溪，移兵而临桶冈，势如破竹矣。”议既决，命指挥郏文帅兵千馀，自大庾县义安入；知府唐淳帅兵千馀，自大庾县聂都入；知府季斅帅兵千馀，自大庾县稳下入；县丞舒富帅兵千馀，自上犹县金坑入。亲率兵千馀，自南康进屯至坪，期直捣横水，与诸军会。命副使杨璋、参议黄宏，监督各营官兵往来给饷，以促其后。是月初七日，各哨齐发。初十日，进兵至坪。会间谍诇知，各险隘皆设滚木礧石。公度此时贼已据险，势未可近，乃自率兵乘夜遂进。未至贼巢三十里止舍，使人伐木立栅，开堑设堠，示以久屯之形。复遣官分帅乡兵及樵竖善登山者四百人，各与一旗，赍锐炮钩镰，使由间道攀崖壁而上，分列远近极高山顶以觇贼，张立旗帜，热茅为数千灶，度我兵至险，则举炮燃火相应。十二日黎明，公进兵至十八面隘。贼方据险迎敌，骤闻远近山顶炮声如雷，烟焰四起，我兵复呼哨分逼，铳箭齐放，贼皆惊溃失措，以为官兵尽破其巢，遂弃险退走。公预遣千户陈伟、高睿分帅壮士数十缘崖上，夺贼险，尽发其滚木礧石。我兵乘胜骤进，指挥谢、马廷瑞兵由间道先入，悉焚贼巢。贼退无所据，乃大败奔溃。横水既破，遂乘胜进攻左溪，擒斩首级无算，俘获男妇牛马什物不可胜算。会雾雨连日，公令休兵犒劳。
是月二十七日，官兵乘胜进攻桶冈。公复议：桶冈天险，四山壁立万仞，中盘百馀里，连峰参天，深林绝谷，不睹日月。因询访乡导，贼所由入惟锁匙龙、葫萝洞、茶坑、十八磊、新地五处，皆假栈梯壑，夤悬绝壁而上；惟上章一路稍平，然深入湖广，迂回取道，半月始至。令移屯近地，休兵养锐，振扬威声，使人谕以祸福，彼必惧而请服。其或不从，乘其犹豫，袭而击之，乃可以逞。纵所获桶冈贼钟景缒入贼营，期以翼日早，使人于锁匙龙受降。贼方恐，集众会议。又遣县丞舒富帅数百人屯锁匙龙，促使出降。遣知府邢珣入茶坑，伍文定入西山界，唐淳入十八磊，知县张戬入葫萝洞，皆于是月晦日乘夜各至分地。遇大雨，不得进。明早，冒雨疾登。贼酋蓝天凤方就锁匙龙聚议，闻各兵已入险，皆惊愕散乱，犹驱其男妇千馀人据内隘绝险，隔水为阵以拒。我兵渡水前击，复分部左右夹攻，贼不能支，且战且却。及午，雨霁，各兵鼓奋而前，贼乃败走。桶冈诸巢悉平。
亲行相视形势，据险之隘，议以其地请建县治，控制三省诸瑶，断其往来之路。又进兵攻稳下、朱坑等巢，悉平。又以湖、广二省之兵方合，虽近境之贼悉以扫荡，而四远奔突之虞难保必无，乃留兵二千馀，分屯茶寮诸隘，馀兵令回近县休息，候二省夹攻尽绝，然后班师。驱卒不过万馀，用费不满三万，两月之间，俘斩六千有奇，破巢八十有四，渠魁授首，噍类无遗。又疏请三县适中之处立崇义县，移置小溪驿于大庾县城内，使督兵防遏。
浰头贼酋池大鬓等闻横水诸巢皆破，始惧加兵，乃遣其弟池仲安等率老弱二百馀，徒赴军门投降，随众立效，意在缓兵，因窥虚实，乘间内应。公逆知其谋，乃阳许之。及进攻桶冈，使领其众截路于上新地，以远其归途。十一月，池大鬓等闻复破桶冈，益惧，为战守备。公使人赐各酋长牛酒，以察其变。贼度不可隐，诈称龙川新民卢珂等将掩袭之，是密为之防，非虞官兵也。亦阳信其言，因复阳怒卢珂等擅兵仇杀，移檄龙川，使廉其实；且趋伐木开道，将回兵浰头，取道往征之。贼闻之，且喜且惧。卢珂、郑志高、陈英者，皆龙川旧招新民，有众三千馀，为池大鬓所胁，而三人者独深忌之，乃来告变，云池大鬓僭号设官，及以伪授卢珂等金龙霸王官爵印信来首。公先已谍知其事，乃复阳怒，不信，遂械系卢珂，而使人密谕其意。珂遂遣人归集其众，待时而发。又使人往谕池大鬓，且密购其所亲信头目二十人，阴说之同部下百八十人使自来投诉。还赣，乃张乐大享将士，下令城中散兵，使各归农，示不复用。贼众皆喜，遂弛其备。池大鬓等乃谓其众曰：“若要伸，先用屈。赣州伎俩，亦须亲往勘破。”率其麾下四十人自诣赣。公使人探知池大鬓已就道，密遣人先行属县，勒兵分哨，候报而发。又使人督集卢珂等兵，俱至，令所属官寮以次设羊酒，日犒池大鬓等，以缓其归。会正旦之明日，复设犒于庭，先伏甲士，引池大鬓入，并其党悉擒之。出卢珂等所告状，讯鞫皆伏，置于狱斩之。夜使人趋发属县兵，期以初七日入巢。诸哨兵皆从各径道以入，自率帐下官兵，从龙南县令水直捣下浰大巢，与各哨兵会于三浰。先是，贼徒得池大鬓报，谓赣州兵已罢归，皆已弛备，散处各巢。至是骤闻官兵四路并进，皆惊惧，分投出御；悉其精锐千馀据险设伏，并势迎敌于龙子岭。我兵聚为三冲，掎角而前，大战良久，贼败。复奋击数十合，遂克上、中、下三浰。各哨官兵遥闻三浰大巢已破，皆奋勇齐进，各贼溃败。
遂进攻九连山。于是选精锐七百馀人，皆衣所得贼衣，佯若奔溃者，乘暮直冲贼所，据崖下涧道而过。贼以为各巢败散之党，皆从崖下招呼。我兵亦佯应之。贼疑，不敢击。已度险，遂断其后路。次日，贼始知为我兵，并势冲敌。我兵已据险，从上下击，贼不能支。公度其必溃，预令各哨官兵四路设伏以待。贼果潜遁，邀击而悉俘之，前后擒斩首级无算，俘获男妇牛马器仗什物不可胜计。馀党张仲全等二百馀人，及远近村寨，一时为贼所驱，从恶未久者，势穷计迫，聚于九连谷口，呼号痛哭，诚心投降。遣邢珣验实，量加责治，籍其名数，悉安插于白沙。相视险易，经理立县设隘可以久安长治之策，留兵防守而归。赣人皆戴香遮道而迎，为立生祠，又家肖其像，而岁时祭祷。
上疏乞休致，不允。又以龙川诸处系山林险阻之所，盗贼屯聚之乡，当四县交界之隙，乃三省闰馀之地，政教不及，人迹罕到。其间接连闽、广，反复贼巢，动以百数。据而守之，真足控诸贼之往来，杜奸宄之潜匿。遂疏请于和平地方建设和平县治，以扼其要害。又以大贼酋龚福全、高仲仁、李斌、吴等邀路劫杀军民，攻掠郡县，命三省将官剿平。上三省夹剿捷音疏。朝廷论功行赏，升右副都御史，荫子一人锦衣卫，世袭百户，写敕奖励。恳疏辞免，乞原职致仕。温旨慰留。因奏平定广东韶州府乐昌县等贼捷音，查例加升子本卫，世袭副千户。
在赣虽军旅扰扰，四方从游日众，而讲学不废。褒崇象山陆子之后以扶正学。赣人初与贼通，俗多鄙野。为立保甲十家牌法，于是作业出入皆有纪。又行乡约，教劝礼让。又亲书教诫四章，使之家喻户晓。而赣俗丕变，赣人多为良善，而问学君子亦多矣。
十四年正月，再疏乞放归田里。当路忌公，欲从其请。王公琼逆知宸濠必将为变，一日，召其属主事应典曰：“我置王某于江西，与之便宜行事者，不但为溪洞诸贼而已，或有他变，若无便宜行事敕书，旗牌将何施用？”时福建有军人进贵等之变，王公曰：“此小事，不足烦王某。但假此以牵便宜敕书在彼手中，以待他变。尔可为我做一题稿来看。”稿成，具题。降敕与公曰：“福州三卫军人进贵等协众谋反，特命尔暂去彼处地方会同查议处置，参奏定夺。”
时濠阴谋不轨，亦已有年。一日，命安福举人刘养正往说公云：“宁王尊师重道，有汤、武之资，欲从公讲明正学。”公笑曰：“殿下能舍去王爵否？”既而令门人冀元亨先往，与濠讲学，以探其诚否。元亨与语矛盾，濠怒，遣还，密使人杀于途，不果。公以六月初九日自赣往福建勘事。十五日至丰城县界，典史鄞人报濠反状。继而知县顾佖具言之。公度单旅仓猝，兵力未集，难即勤王，亟欲溯流趋吉安。南风方盛，舟人闻宸濠发千馀人来劫公，畏不敢发，乃以逆流无风为辞。公密祷于舟中，誓死报国。无何，北风大作。舟人犹不肯行，拔剑馘其耳，遂发舟。薄暮，度势不可前，潜觅渔舟，以微服行，留麾下一人服己冠服在舟中。濠兵果犯舟，而公不在。欲杀其代者，一人曰：“何益？”遂舍之。故追不及。是夜至临江。知府戴德孺喜甚，留公入城调度。曰：“临江居大江之滨，与省城相近，且当道路之冲，莫若吉安为宜。”又以三策筹之曰：“濠若出上策，直趋京师，出其不意，则宗社危矣。若出中策，则趋南都，大江南北亦被其害。若出下策，但据江西省城，则勤王之事尚易为也。”
行至中途，恐其速出，乃为间谍，假奉朝廷密旨先知宁府将反，行令两广、湖、襄都御史杨旦、秦金及两京兵部，各命将出师，暗伏要害地方，以俟宁府兵至袭杀。复取优人数辈，各与数百金以全其家，令至伏兵处所飞报窃发日期，将公文各缝置袷衣絮中。将发间，又捕捉伪太师李士实家属至舟尾，令其觇知。公即佯怒，牵之上岸处斩，已而故纵之，令其奔报。宸濠逻获优人，果于袷衣絮中搜得公文，遂疑不发。
十八日至吉安。知府伍文定甚喜，军民皆遮道呼号。公入城抚慰，两上疏告变，请命将征讨，以解东南倒悬。奏至，王公琼扬言于朝曰：“王某在南赣必能擒之，不久当有捷报至。但朝廷不命将出师，则无以壮其军威。”
时濠畜养死士二万，招诱四方盗贼渠魁亦万数，举事之日，复驱其护卫党与并胁从之人又六七万，虐焰张炽。公以百数从卒，退保吉安，遥为牵制之图。远近军民劫于濠积威，道路以目，莫敢出声。公率知府伍文定、戴德孺、邢珣、徐琏等调集军民兵快，召募四方报效义勇，会计应解留钱粮，支给粮赏，造作军器战船，奏留公差回任御史谢源、伍希儒分职任事，约会乡官致仕右副都御史王懋忠，养病编修邹守益，郎中曾直，评事罗侨，丁忧御史张鳌山，赴部调用佥事刘蓝，依亲进士郭持平，致仕副使刘逊，参政黄绣，闲住知府刘昭等，相与激劝忠义，晓谕祸福。调度已定，移檄远近，宣布朝廷仁德，暴濠罪恶。濠始觉为公所欺，亟欲引兵而出。公谓：急冲其锋，攻其有备，皆非计之得也；始示以自守不出之形，必俟其出，然后尾而图之。先复省城以捣其巢穴，彼闻必回兵来援，我则出兵邀而击之。此全胜之策也。濠果使人探公未出，先发兵出次南康、九江，自居省城以御公。
七月初二日，濠又使人探公兵果不出，乃留兵万馀，属其腹心宗室及仪宾、内官并伪都督、都指挥等官使守省城，自引兵向安庆。公知其出，遂急促各府兵，期以本月十五日会于临江樟树镇，身督伍文定等兵径下。于是知府戴德孺引兵自临江来，知府徐琏引兵自袁州来，知府邢珣引兵自赣州来，通判胡尧元、童琦引兵自瑞州来，通判谈储，推官王暐、徐文英，新淦知县李美，太和知县李楫，宁都知县王天与，万安知县王冕，亦各以兵来赴。十八日遂至丰城，分布哨道。使伍文定攻广润门，邢珣攻顺化门，徐琏攻惠民门，戴德孺攻永和门，胡尧元、童琦攻章江门，李美攻德胜门，都指挥余恩攻进贤门，谈储、王暐、李楫、王天与、王冕等各以其兵乘七门之衅，从旁夹击，以佐其势。又探得濠伏兵千馀于新旧坟厂，以备省城之援，乃遣奉新知县刘守绪，典史徐诚领兵四百，从间道夜袭破之，以摇城中。
十九日，登市汊誓师，且申布朝廷之威，再暴濠恶。约诸将一鼓而附城，再鼓而登城，三鼓不克诛其伍，四鼓不克斩其将。誓已，莫不切齿痛心，踊跃激奋。薄暮徐发。
二十日黎明，各至信地。城中为备甚严，滚木、灰瓶、火炮、石弩、机毒之械，无不毕具。及我兵已破新旧坟厂，败溃之卒皆奔告城中。城中闻我师四面骤集，莫不震骇。我师呼噪并进，梯絙而登。城中倒戈而奔。遂破擒其居守宜春王栱樤及伪太监万锐等千馀人。宫眷纵火自焚，延烧居民房屋。公令各官分道救火，抚定居民，释其胁从，封其府库。搜出原收大小衙门印信九十六颗。其胁从布政使胡廉、参政刘斐、参议许效廉、副使唐锦、佥事赖凤、都指挥王玘，皆自上江西捷音疏，仍分兵四路追蹑。
是时濠攻安庆未下，亲自督兵运土填堑，期在必克。及闻我兵至丰城，大恐，即欲回舟。李士实阻劝，以为必须径往南京，既登大宝，则江西自服。濠不应。次日，遂解安庆之围，移兵泊阮子江，会议归援。