康熙二十八年七月二十六日，清朝使团离开尼布楚，九月初六返回北京。索额图向康熙皇帝汇报了谈判情况，康熙皇帝对谈判成功表示满意，并决定在边界地区立碑，以垂永久。碑名为“大清国遣大臣与俄罗斯国议定边界之碑”，刻《尼布楚条约》要点于其上。康熙二十九年三月初五，康熙皇帝责成工部咨行黑龙江将军，在额尔古纳河口、格尔必齐河口立碑，碑由高八尺、宽三尺一寸、厚八寸之石二块制成，正面铭刻满文、蒙文、汉文，背面铭刻俄文、拉丁文，正式划定了中俄两国东段的边界。
充实边防，加强边疆管理
《尼布楚条约》签订之后，康熙皇帝又进一步建立健全管理机构，充实边防力量，加强对边界地区的管理。盛京、宁古塔、黑龙江分别设将军，并在黑龙江的瑷珲、墨尔根、齐齐哈尔、伊倭齐等地新设管理机构，派兵驻防；另外，还在吉林的白都讷、三姓、珲春等地设官驻兵，目的就是要加强对边界地区的管理。康熙皇帝除了在东北地区继续编组“新满洲”外，还特地在黑龙江地区配备了大小战船一百二十艘，担当执行巡边和战斗任务；立定界碑之后，还定期派人巡视界碑情况。与此同时，康熙还进一步开发和建设东北边疆。康熙皇帝认为，要想使东北地区真正成为抗拒沙俄的军事基地，必须保证这一地区军需物资的供应，而解决这一问题的根本方法是发展当地生产。因此，康熙皇帝在决定永戍黑龙江时，就发出指示要军民屯田，这为清军收复雅克萨打下了一个坚实的基础。《尼布楚条约》签订之后，康熙皇帝仍然推行这一政策。经过长期努力，黑龙江驻军粮食达到完全自给，这一措施实际上也促进了东北经济的发展。另外，康熙皇帝在《尼布楚条约》签订之后，也加强了对东北地区各少数民族的管理，发展了产品交换的市场，使边境少数民族地区与内地的联系得到进一步加强。所有这些，都为东北地区的安宁与发展起到了积极的作用。
5.三次亲征，削平准葛尔、蒙古之乱
康熙皇帝执政期间，面临的国际、国内环境都很严峻。一方面，沙俄殖民主义势力不断东侵，严重威胁着我国北部边疆的安宁；另一方面，厄鲁特蒙古之一部噶尔丹又乘机勾结沙俄叛乱，企图称霸全蒙古。在这种形势下，散处于我国北方的蒙古各部就有了特别重要的意义。为了巩固统一，加强蒙古各部与中央政权的联系，遏止沙俄进一步东侵和噶尔丹的分裂活动，康熙皇帝对蒙古各部采取了有效的政治、经济、军事措施，以把蒙古建成戍守祖国的坚强屏障，使之成为较长城更为坚固的防备力量。
决意旁征噶尔丹
元朝灭亡以后，蒙古退出长城以外，分裂为三大部，一部为漠南蒙古，也就是内蒙；一部为漠北喀尔喀蒙古，即外蒙古；一部为漠西蒙古，叫做厄鲁特蒙古。漠南、北蒙古是成吉思汗的后裔。漠西厄鲁特蒙古是瓦剌汗也先的后裔。明朝，瓦剌曾多次大举南侵，永乐十二年（1414年），明成祖御驾亲征，与瓦剌会战，于忽失温（今乌兰巴托东），大败瓦剌军，正统十四年（1449年），瓦剌军打到北京城下，被明军未退。清太宗时期，漠南蒙古已归附清朝，喀尔喀蒙古亦遣使纳贡，厄鲁特蒙古远在漠西，只是形式上服从清朝而已。
厄尔特蒙古又分为四部，绰罗斯即准噶尔部，游牧于巴尔喀什湖以东，天山以北，伊犁河流域；杜尔伯特部游牧予额尔齐斯河两岸；和硕特部游牧于乌鲁木齐地区；土尔扈特部游牧于塔尔巴哈台地区。其中以准噶尔部最为强大，噶尔丹篡夺了准噶尔的汗位以后，首先征服了厄鲁特蒙古其他三部，然后引兵逾天山南侵，击破回部据有南疆、科布多和青海，再向东侵略，欲吞并漠北喀尔喀蒙古。
喀尔喀蒙古分为札萨克图、土谢图和车臣三部，康熙二十二年（1684年），喀尔喀发生内讧，噶尔丹乘机攻入漠北蒙古，漠北蒙古被迫投入漠南蒙古，并向清政府请求保护。
玄烨命尚书阿尔尼发粮赈济，并暂借科尔沁草原安置喀尔喀牧民。噶尔丹遣使入贡，朝廷命其西归，将侵占的土地归还喀尔喀，噶尔丹却拒不从命。
此前，沙俄正在悄悄入侵蒙古，遭到喀尔喀蒙古的抵抗，因此，沙俄为了坐收渔翁之利，一直积极支持噶尔丹乔并喀尔喀蒙古，给予军火支持，使其气焰更为嚣张。
康熙二十九年（1690年），噶尔丹引兵数万，以追击喀尔蒙古土谢图汗王的名义，越过呼伦池，逼进内蒙古，尚书阿尔尼率内蒙古兵迎战失利，噶尔丹乘势深入到距北京七百里的乌兰布通（今内蒙古克什克腾旗）。
京师为之震动，一时物价腾贵，人心惶惶。玄烨召集群臣商议对策，有人主张和谈，大将军费扬古坚决主张出兵抵御。他说：“噶尔丹狼子野心，既入犯，其志不在小，讲和恐难如所欲，惟有痛剿才是上策。”费扬古，满洲正自旗人，出身贵族，平定三藩之乱时期，转战江西、湖南，升领侍卫内大臣，列议政大臣。
玄烨说：“费扬古之见与朕不谋而合，朕决意亲征。”
玄烨已经有了教训：当年不与吴三桂谈和；与台湾郑氏谈判多年而不能和，最终还是武力解决；与俄罗斯不打则不能谈和。这些教训都说明一个道理，在对手还十分强大的时候，若以谈判求和平，是没有指望的，谈判必须以战胜对手为前提，不经过真正的较量，敌人是不会死心的。并且，当时还有一个很现实的问题：噶尔丹将漠北喀尔喀蒙古的领土侵占，喀尔喀蒙古暂借漠南蒙古游牧，天长日久若不归复故地，又如何生存？留下的后遗症将永远困扰着国家，和平安定根本没有基础，故此不打是不行的。
于是，玄烨下诏亲征，命裕亲王福全为抚远大将军，率同皇子允提为左翼，出长城古北口，命恭亲王常宁为安北大将军，率同简亲王雅布，出长城喜峰口，为右翼，又另调盛京、吉林及科尔沁兵助战，玄烨随后亲自出长城督师。
康熙二十九年八月初，裕亲王福全在乌兰布通与准噶尔军接战。噶尔丹率骑兵数万陈于山下，依山阻水，以骆驼万匹，缚足卧地，又加箱子行理为城垛，盖上湿毡做为壁垒，号称“驼城”，蒙古噶尔丹叛军依垛隙发铳抵御清军，清军隔河列阵，因为从没见过此种阵势，颇有些胆怯，一时无从下手，国舅佟国纲反复审视敌阵，然后说：“驼城可破矣。”他命令清军以大炮轰击“驼城”，自中午一直打到黄昏，直打得天昏地暗，骆驼终于受不住惊吓，四散奔逃，“驼城”自毁，清军步兵争先陷阵，佟国纲率骑兵纵马挥刀从侧翼横击之，把叛军打得大败，不幸，佟国纲却壮烈阵亡了。
噶尔丹急忙派喇嘛递上谢罪书乞求停战议和，天色已晚，福全遂下令收兵，同时又将战况飞报玄烨，玄烨当即命令：追击叛军，活捉噶尔丹。此时，噶尔丹早已趁着夜色昏暗之机逃遁而去，清军扑空，玄烨切责诸王坐失战机。
噶尔丹向北狂逃，仅有数千人生还，残兵多于半途饥疲而亡。这时，玄烨忽然生病，于是下令班师。
对于穷凶极恶的敌人的乞降，是不应该轻易相信的，既然战争已经胜利了，就应活捉噶尔丹，岂能功亏一篑？可见福全不善于从全盘考虑问题，有厌战心理。
噶尔丹不死，问题就没有解决，他还可能卷土重来。虽然准噶尔军受到重创，但是，元气未伤，野心不死。准噶尔蒙古是一个十分好战的民族，生产力低下，社会组织不健全，它还不可能理解和运用商品经济的手段来取得必需的生活资料，因此它总是以侵夺的手段来取得基本的生存物资。可以说它的历史就是一部战争史，内部打完，再向外打，永无宁日，直至灭亡。后来它终于在战争和瘟疫之中毁灭，今天人们在地图上只能找到准噶尔这个地名，这个部落已经没有了。面对这样一个敌人，玄烨怎么能放心？
再次亲征，临危不惧使敌遁
乌兰布通一战，噶尔丹虽然战败，但兵力还有数万，他纠合残部，休养生息，以图东山再起，同时，再向沙俄求援，得到大批军火，康熙三十四年（1695年）噶尔丹又率兵三万沿克鲁伦河而下，进踞巴颜乌兰。
玄烨早料定噶尔丹必来寻衅，故对边防格外重视，连续几年，年年出塞巡边。命侍卫大臣费扬古为安北将军，总管归化（今呼和浩特）城兵马。
噶尔丹引诱内蒙科尔沁亲王作内应，拉其叛清而归准噶尔，科尔沁亲王据实奏闻，玄烨将计就计，命科尔沁亲王复书噶尔丹，诈许作内应，诱其前来。
康熙三十五年（1696年），玄烨命黑龙江将军萨布素统帅东三省军出东路，遏敌前锋；命抚远大将军费扬古，会同甘肃提督孙思克引陕、甘、宁兵力出西路，断敌归路，而自率禁旅出中路，由独石口趋外蒙古，亲征噶尔丹，留太子守京师。
沿途大雨，每到营地，玄烨必须等到士兵扎好帐篷都住进去了，才进帐休息，宁可在雨中淋着，也不首先进帐，士兵很受感动，士气高涨。走了七十余日，兵马劳顿，将近敌境时，前方传来噶尔丹借来俄罗斯兵六万的消息，这是狡猾的噶尔丹在致科尔沁亲王的信中透露出来的，目的是恐吓清军。大学士伊桑阿等人力清皇上回銮。玄烨大怒，说：“朕祭告天地宗庙，出师北伐，不战而还，何以告天下？”喝退伊桑阿，命令大军继续前进，直达克鲁伦河。
皇帝临危不惧，其御驾亲征才有意义，一遇强敌就回銮，又何必亲自出征？玄烨不愧是英明天子，胆略不凡。
玄烨派人给噶尔丹送信，命其投降。噶尔丹不相信皇帝会再次亲自出征，他登上山顶遥望，见对面河岸，黄幄龙纛，军幔环城，四外周布栏栅，将士各个威武，军容如山，不由大惊失色，当夜便拔营逃遁了。
第二天，清朝中路大军渡河追击叛军，已是不及。玄烨下令回师，又命内大臣明珠，把中路粮草分运西路，接济费扬古军。
噶尔丹逃窜至昭莫多（蒙古语大树林之意），其地在肯特山之南，汗山之东，土拉河之北，地势平旷，山林丛杂，自古以来即为漠北之战场。费扬古早已在此设下埋伏，以逸待劳。他先派出四百清兵引诱敌军，清军下马步战，且战且退，将噶尔丹引入包围圈中。费扬古与孙思克率部分清军据小山顶伏击敌军，大同总官兵康调元率另一支清军就西面沿河布阵。
噶尔丹叛军力争山项，攻势极猛，敌骑冒着清军的枪炮，汹涌驰突，冲至阵前，为鹿砦所阻，噶尔丹乃依东崖作屏障督战，叛军举铳上击，清军铳弩齐下。声震林木，自午至暮打得血肉横飞，叛军仍鏖战不退。