洪武九年，“官吏有罪者，答以上悉谪之凤阳，至万数”，其中绝大多数是犯赃官吏。而对罪行严重的，则处以挑筋、挑膝盖、剁指、断手、刖足、刷洗、称杆、抽肠、黥刺、蜚、劓、阉割、锡蛇游、斩趾枷令、常号枷令、枷项游历、条首、凌迟、发配广西拿象、全家抄没发配远方为奴、株连九族等等非刑。户部尚书赵勉夫妻贪污，事发后夫妻二人同时被杀。工部侍郎韩铎上任不到半年，伙同本部官员先后卖放工匠二千五百五十名，得钱一万三千三百五十贯，克扣工匠伙食三千贯，盗卖芦柴二万八千捆，得钱一万四千贯，盗卖木炭八十万斤，私分入己，事发被杀。
同历代封建专制制度的通病一样，明代贪污受贿的官员腐败案并不少见。如：大名府开州通判刘汝霖，追索该州官吏代犯人藏匿的赃款，逼令各乡村百姓代为赔纳，被判枭首；凤阳临淮知县张泰、县丞林渊、主簿陈日新、典史吴学文及河南嵩县知县牛承、县丞母亨、主簿李显名、典史赵容安等收逃兵贿赂，使令他人代充军役，案发后两县官吏尽行典刑；福建东流江口河泊所官陈克素勾结同业户人，侵吞鱼课一万贯，又勾结东流、建德两县官吏王文质等，敛钞数万，被杀身死；进士张子恭、王朴奉命到昆山查勘水灾，接受昆山教谕漆居恭、酋径巡检姚诚宴请，收受缎匹、衣服等物及钞币一千三百贯，将他们的二万二千六百亩已成熟田地谎报为受灾农田，朱元璋查知后，命锦衣卫给他们送去兵刃、绳索，勒令自尽。当时官贪污到银六十两以上者，均处以枭首示众、剥皮楦草之刑。行刑多在各府州县及卫所衙门左首供祭祀的土地庙举行，因而当时土地庙得名为皮场庙。贪官被押至土地庙，枭首挂在旗杆上示众，再剥下尸身的皮，塞上稻草，做成皮人，摆在公座之右，以警戒后任。
在洪武年间，除了一些小型的惩贪案外，还有几次大规模的对贪官污吏的集中清洗，其中以空印案和郭醒案最为著名，声势也最为浩大，两案连坐被杀人数也最为惊人，累积共达七八万人。
空印案发生在洪武八年。当时规定各布政司和府、州、县每年都必须派计吏到户部报告地方财政的收支帐目，县报府，府报布政司，布政司报户部，层层上报，经户部审核，数字与各布政司收支款项总和的数字相符，各布政司数字则需与所辖各府上报数字总和相符，才能结账。有分毫出入，整册驳回，重新填造。布政司和府离京师远的有六七千里，重造表册要加盖原衙门印信，来回跑一趟得花几个月甚至一年时间，就会错过报账日期。为了节省时间，各地计吏都随身带上已加盖官印的空白表册，以备表册被驳回时重新填造。这种空白表册，盖的是骑缝印，除了供报账之用，并无其他用途，因此谁也不认为这里面会有什么问题。各地计吏年年都这么办，已成惯例。部官也知道这种情形，因而也并不以为意，没有向朱元璋反映这种情况。到了洪武八年，被朱元璋知悉，他疑心部官与天下布政司勾结，伙同起来骗他，于是大发雷霆，道：“如此作弊瞒我，此盖部官言私，所以布政司敢将空印纸填写，尚书与布政司官尽诛之。”于是发生了一场明代官场的空前灾难，“系郡国守相以下数千百人人狱，刻以死罪”。户部尚书周萧及各地衙门长官全部处死，佐贰官杖一百充军边地。
郭桓案发生在洪武十八年。御史余敏、丁廷举告发北平布政使司。按察使官吏李或、赵全德等与户部侍郎郭桓、胡益、王道亨等通同舞弊、侵盗官粮。朱元璋下令将他们逮捕审讯，牵连到礼部尚书赵瑁、刑部尚书王惠迪、兵部侍郎王志、工部侍郎麦王德等。于是赵瑁等主犯被判弃市，六部左右侍郎以下皆被处死，追回赃粮七百万石。犯人的供词不仅牵连了许多六部高官，而且也牵连到各布政司无数官吏，朱元璋概不轻恕，一日入狱被杀者竟达数万余人。御制《大法》中宣布郭桓等人罪状时说：“其所盗仓粮以军卫言之，三年所积卖空。前者榜上若欲尽写，恐民心不信，但略写七百万耳。若将其余仓分并十二布政司通同盗卖见在仓粮，及接受浙西四府钞五十万张，卖米一百九十万石不上仓，通算诸色课程鱼盐等项及通同承运库官范朝宗偷盗金银、广惠库管张裕妄支钞六百万张，除盗库见在宝钞、金银不算外，其卖在仓税粮及未上仓该收税粮及鱼盐诸色等项课程，共折米算，所废者二千四百余万石粮。”此案规模极广，盗粮极多，牵连至巨，一时被杀者数万人，遍及天下各布政司、府州县及中央六部官员，引起明初官场极度恐慌，各地官僚地主为保性命，倒打一耙，纷纷攻击告发审案官员，并怨朝廷，说朝廷用法太严，罪人玉石不分，一时全国哗然。为了防止矛盾扩大，朱元璋一面手诏公布郭桓等人罪状，一面将原审法官右审判吴庸等人牵出做了替罪羊，处以破刑，以平众怨。郭桓案至此终于告一段落。朱元璋同时下诏：“朕诏有司除奸，顾复生好抚吾民，今后有如此者遇赦不着。”
明初整肃吏治的斗争前后延续二三十年之久，打击面极广，甚至一些皇亲国戚，若是贪赃枉法，也在劫难逃。为了达成吏治清明的政局，朱元璋六亲不认。开国功臣华云龙、朱亮祖便因以权谋私、贪污受贿死于整肃吏治的斗争中。
6.法治为本，依法行事
从根本上讲，封建帝王专制下的国家政权，是以人治为主的。但是，在人治的基础上，封建法制也确实存在并发挥着非常重要的作用。特殊性别是在贤君圣主的时代，封建法制往往成为治理国家的最主要工具。明太祖朱元璋作为一名有作为的开国之君，当然地把法治放到了统治国家、维护社会安定的重要位置之上，并且自己带头依法办事，这对封建帝王来说，是非常难能可贵。
朱元璋对法制极为重视。这大约源于两方面的原因：第一是维护明朝统治的需要，他已从实践中认识到，从参加反元大起义到削平群雄，成为一代大明王朝的开创者，是由于他有适应一路发展的法令并得以贯彻执行；第二是元朝灭亡的教训，法制不立，纪纲废弛，从义军蜂起到土崩瓦解。洪武四年（1371）六月二十九日，在奉天门，洪武帝与吏部尚书詹同谈论帝王为治之道，詹同建议可以唐虞三代为效法的榜样。洪武帝则说：“三代而上，治本于心，三代而下，治本乎法。本于心者，道德仁义，其用为无穷；由乎法者，权谋术数，盖有时而穷。然为治者，违乎道德仁义，必入于权谋术数，甚矣，择术不可不慎也。”在洪武帝看来，明朝必以法制为统治的根本，权谋术数尤不可避免，惟应引起注意的，一不违背仁义道德，二“择术”慎之又慎。至于元朝因法制败坏而遭到灭亡，洪武帝也常以为戒。建国前夕，他对中书省诸臣说：“元朝出于沙漠，惟任一己之私，不明先王之道，所以在官司辄以蒙古色目人为之长，但欲私其族类，羁縻其民而矣，非公天下爱民图治之心也。况奸吏从而蒙蔽之，舞文弄法，朝廷之上贿赂公行，苟且之政，因循岁月，上下同风，不以为怪。末年以来其弊尤甚，以致社稷倾危，而卒莫之救。卿等宜以为戒。”
积极创制大明法律
洪武帝在建立明朝之前就开始着手制定法律了。较早可以从至正二十四年（1364）说起，所谓“平武昌，即议律令”。当时正消灭陈友谅，被李善长、徐达等拥立为吴王，建置百官，一个新的王朝初具规模，立法也提到了议事日程。正月十五日，这位吴王对李善长、徐达等说：“建国之初，当先正纪纲。元氏昏乱，纪纲不立，主荒臣专，威福下移，由是法度不行，人心涣散，遂致天下骚乱。今将相大臣辅相于我，当鉴其失，宜协心为治，以成功业，毋苟且因循，取充位而已。”生动地反映了其呼吁立法的急切要求。
调动和组织大批官员制定法律则始于吴元年（1367）。这年十月，命中书省定律令，以左丞相李善长为总裁官，参知政事杨宪、御史中丞刘基、翰林学士陶安并右司郎中徐本、治书侍御史文原吉、范显等20余人为议律官。原来洪武帝以唐、宋皆有成律断狱，惟元朝不仿古制，取一时所行之事为条格，官吏很容易藏奸作弊。自平定武昌以来，开始议定律令，至此台谏既立，各道按察司将要赴郡县巡历，“欲颁成法，俾内外遵守”，所以才做了这样安排。
洪武帝还常在西楼，召见议律官和儒臣坐下来，心平气和地讲论律义，以求至当。他对起居注熊鼎说：“吾适观群臣所定律令，有未安者，吾特以一己意见决之，而众则以为然，鲜有执论。盖刑法重事也，苟失其中，则人无所措手足，何以垂法后世。”熊鼎回答说：“主上参于群议，断以睿见，诚为允当，请俟书成，更与廷臣看详，而后颁之。”洪武帝表示同意熊鼎的意见。在洪武帝的关注和积极参与之下，吴元年十二月二日，《律令》一书编成了。洪武帝真的与廷臣再次进行了一番审阅，“去烦就简”，改动最多的是“重从轻者”。定下来的结果，总共有令145条，其中吏令20，户令24，礼令17，兵令11，刑令71，工令2。律则以《唐律》为标准，适当进行了增减，最后所定，共计律285条，其中吏律18，户律63，礼律14，兵律32，刑律150，工律8。洪武帝下令将这次议定的《律令》刊布中外。对李善长等制定《律令》的诸大臣各给了赏赐。
遵令守法不是少数人的事，要万民皆知。洪武帝以《律令》初行，惟恐小民一时不能尽知其意，以致身陷囹圄。便对大理卿周祯等说：“律令之设，所以使人不犯法，田野之民岂能悉晓其意。有误犯者赦之则废法，尽法则无民。尔等前所定律令，除礼乐、制度、钱粮、选法之外，凡民间所行事宜，类聚成编，直解其义，颁之郡县，使民家谕户晓。”
十二月十六日，按照洪武帝让法律家谕户晓的意旨，又编成了解释律令的《律令直解》一书。呈上以后，洪武帝看了，最高兴的就是可以防止贪官污吏舞法弄弊，使人人知法。他说：“前代所行《通制条格》之书，非不繁密，但资官吏弄法，民间知者绝少。是聋瞽天下之民，使之不觉犯法也。今吾以《律令直解》遍行，人人通晓，则犯法自少矣。”
明朝建国后，洪武帝继续对既有的《律令》进行了修订和完善。洪武元年八月，考虑《律令》尚有轻重失当之处，命儒臣4人，同刑部官讲《唐律》，每日写20条进呈，选择其中可用者保留下来，发现有的轻重失宜，则亲自进行增删，“务求至当”。每成一篇，必缮写进呈，洪武帝则命提示于两庑之壁上，亲自加以裁定。直到翰林学士宋濂写《表》进呈，才由洪武帝命令颁行。从此就有了著名于世的《大明律》。
洪武帝制定的《大明律》，经过了数十年的酝酿、创制修订，最后定型。洪武帝亲自主持和参与制定的明朝律令，特别是《大明律》，为我国封建社会一部比较完善的法典，与《唐律》同样享有盛名。是承前启后的法典代表，影响所及不仅当代和其后的清朝，甚而远到日本、朝鲜、越南等国家。
有法必依，明刑慎罚
朱元璋有法必依的一个最好的例子发生在皇帝即位以前。当时刚刚攻占婺州（今浙江金华），下令禁酿酒，大将军胡大海之子犯了酒禁。朱元璋大怒，欲惩治，而大海正领兵征越（今绍兴），都事王恺请勿杀，以安大海心。洪武帝坚定地说：“宁可使大海叛我，不可使我法不行。”亲手刃之。
如果说建国前的洪武帝，杀胡大海之子，在一定程度上是用重典树立其威信，那么建国后他更注意维持法律的尊严了。《明史》上说：“帝初即位，惩宽纵，用法太严，奉行者重足立。律令既具，吏士始知循守。”洪武帝既看到有法与无法的区别，也意识到，法律才是维护统治的根本。他对执法的台宪官员们说：“纪纲法度为治之本，所以振纪纲明法度者，则在台宪。凡揭纪纲法度以示百司，犹射者之有正鹄也。百司庶职，操弓矢以学射者，于台宪乎取法，故审己不可以不慎。”刚刚登上皇帝宝座不到一个月，洪武帝就对大臣们说，他想到天下大事，每日都不自安，特别指出“至于刑法，尤所关心”。同时强调“此非一人所能独理，卿等皆须究心，庶几民无宽抑，刑狱清省。”
洪武帝即位后，为实现有法必依的方针，采取的措施是：
（1）使人民有冤得伸
为此下令在皇宫的午门外设置了登闻鼓，每天令监察御史一人监之。凡有冤者，可直接击鼓喊冤，然后由官府依法处理，而不允许私自解决。
（2）警告人民避免犯法
即除使法律作为教材外，还根据洪武帝之令，先决定在内外府州县及其乡之里社皆立“申明亭”，把境内人民触犯刑律者的罪过及姓名写在上面，张榜公布，使人有所警戒，后来改为一般过失不写，“以开良民自新之路”。还有一项措施是，利用举行乡饮酒礼之机，宣传法令。
（3）洪武帝亲自审案
洪武二年六月，监察御史谢恕巡按松江，以“欺隐官租”逮捕190余人至京师，其中很多人喊冤枉，治书侍御史文原吉等上奏了此事。洪武帝命召数人亲自审问“悉得其情”，便责备谢恕等作为耳目之官，“不能为民伸冤理枉，反陷民于无辜，朝廷耳目将何赖耶！”于是全部释放了那些冤枉的人，处分了谢恕，表奖了文原吉等。
（4）提倡“明刑慎罚”
强调“明刑慎罚”，即把犯罪事实弄清楚，处罚时要慎重。洪武元年十月，有人诬告富人谋反，结果查无实据，使洪武帝极为生气。下令“自今告谋反不实，反坐。著为令”。