1790年，许多城市发生了由贵族和僧侣策划的叛乱。马雷沙尔和他的几位志同道合的朋友并不相信资产阶级国民议会能惩治教会贵族中的那批反革命分子。他们力图唤醒民众去反对君主僧侣主义，反对它的靠山和帮凶。马雷沙尔对农民说：“夜晚的鸟儿一看到灯光就要鸣叫，它们只有在黑暗中才觉得舒服。白昼明亮的光线照得它们耀眼。神甫们也是以如此。他们是危险的客人，不管走到哪儿，到处散布纷争。人民既然起来了，要是对他们手软，使自己的审判半途而废，是要倒霉的。在革命时期，人民的审判应该像闪电一样迅猛。人民只承认平等者，必须打倒那些继续作威作福的人。……”
马雷沙尔在革命前曾幻想用无神论的理性崇拜来代替基督教崇拜，现在他真的这样做了。为了维护这种新的崇拜，他写了一些文章，精心设计理性殿堂的外形，拟定庆典仪式等等。为了理性，他写了一些在巴黎人中广为流传的歌曲，还写了《理性的节日》这部上演时大受欢迎的歌剧的歌词。与许多理性崇拜的拥护者不同，他没有在其中夹进任何神秘主义的、自然神论的概念，他认为这完全是一种有助于排挤宗教特别是基督教的无神论的手段。
马雷沙尔，正像前面所说的，积极参加巴黎公社的反宗教活动。由于没有掌握足够的史料，很难说他是否同意公社关于禁止宗教的错误决议。可以有把握地说，他并不同意用行政手段来禁止宗教。
对反革命僧侣毫不妥协的马雷沙尔，在《巴黎革命报》上发表的许多文章中，把叛乱的僧侣同人民群众截然分开，前者打着宗教的旗帜，竭力恢复昔日的特权；后者是由于种种原因才有一些宗教信念的。马雷沙尔揭穿神甫们的挑拨性的言论，他们歪曲事实，说什么革命政权迫害他们就是因为他们有宗教信仰。他首先向农民群众解释：革命政权是反对宗教的，然而绝不允许迫害信仰宗教的人。
马雷沙尔多次警告当局不要在宗教问题上轻举妄动，不要过分强调这个问题。他在《革命事件的历史画面》中欢呼宣布宗教信仰自由的霜月十八日的法令。多芒热正确地指出，马雷沙尔像罗伯斯比尔一样，也没有把这件武器当做是吓唬教会的好手段。后来马雷沙尔对信仰自由的原则理解得更深刻了。例如他在《无神论者人名录》中写道：“无神论者允许人们有不同的嗜好和信念，但是他们希望，一个伟大民族的政府在依法规定信仰自由时，也能理智地告诉家长和族长：所有的崇拜都是荒谬和愚蠢的。”
使马雷沙尔同埃贝尔和埃贝尔派分裂的另一个问题是关于基督的问题。
大家知道，埃贝尔及其拥护者不仅不怀疑基督在历史上确有其人，而且认为基督是一位革新家，是当时的“长裤汉”的领袖。
最初，马雷沙尔也同意这个观点。他在《共和派历书》(1793年)中写道：“这位犹太人被贵族处死了，因为他想唆使耶路撒冷的长裤汉举行宗教叛乱。他这样做，所以才会产生这样一句名言：谁也不能不受惩罚地成为本国的预言家。”
但是，马雷沙尔在晚期的著作中改变了这种看法。首先，他不再承认早期基督教的民主性，同时也否认了它的革命作用。他大胆地把基督教后来的特点赋予早期基督教，他写道：“刚刚兴起的基督教之所以是进步的，这是因为它的创始人为了迎合掌权人，为了给人民戴上枷锁，是非常勤奋卖力的。”这再一次证实，马雷沙尔像马克思主义以前的所有无神论者一样，不能揭示基督教产生和发展的具体的社会经济条件和政治条件。但是他已正确理解它的反动实质。他认为，基督教是敌视人民的，因此，把它的原则同长裤汉的利益混为一谈是毫无根据的。
其次，马雷沙尔在后期的著作中几乎完全否定了基督教的历史存在。
必须指出，类似这样一些思想，在马雷沙尔以前也有过。更早期的作者就不用说了。我们记得，把这个问题说得最清楚的是伏尔泰和狄德罗。后者指出，基督的形象与那些东方的死而复活的神是一脉相承的，还没有可靠的材料能证明确有哪个想象出来的基督教的创始人。若论否认基督的历史存在，在这方面前进一大步的是杜毕伊(《一切崇拜的起源》1794年)和沃尔涅(《遗址废墟，或论帝国的革命》1791年)。马雷沙尔的思想是直接从他们那儿来的。他写道：“如果注意到学者杜毕伊的著作，那么关于基督教、关于它的书及其作者，还有什么好想的？他说从来就没有什么耶稣。基督不过是一个太阳，崇拜基督不过是对这个天体顶礼膜拜而已。”
有些学者“简直就把耶稣看做是身上披着一块破布的历史模特儿”，马雷沙尔同意他们的看法。他认为各种思想都要经过产生、发展和灭亡的过程。新的思想按时代的要求来利用旧的思想，根据旧的思想，使自己的某些原理也包含一些过了时的思想。各种宗教之间也有这种继承性的联系。但是旧信仰和新信仰之间的联系是杂乱无章的。基督教就是一个例证。马雷沙尔写道：“福音书(圣经也是如此)是一个大杂烩，不加选择地把古人的以及以臆想出来的所谓耶稣基督的名义说出来的毫无联系的只言片语混杂在一起。(对摩西来说也是如此)”
基督是神话中的形象。这样明确的表述使我们有理由假设：
1794年匿名出版的《被揭穿的关于基督的无稽之谈》可能就是马雷沙尔写的，因为那本书力图证明在关于基督的传奇和关于死而复活的上帝的古代神话之间有继承性的联系。该书的中心思想是：基督教是改头换面的对酒神的崇拜。同时，该书作者还想确定希腊神话与古埃及神话的联系，例如，他想把奥西里斯当做丘必特的原型。当然这部著作中有不少虚构杜撰的东西，但是他把基督的形象看做是从早期崇拜派生的，这还是难能可贵的，也是很正确的。这不仅否认了教会关于基督的传说，而且实际上也否定了基督是历史人物。
埃贝尔派的灭亡，对马雷沙尔来说，是一次可怕的打击。那些坚持“左”倾政治原则、坚决反对宗教的人，都退出了舞台。随着对巴黎公社领袖们的处决，又开始了对无神论的迫害。马雷沙尔所写的那些反宗教的戏剧也不再上演了。为了自我开脱，他不得不说埃贝尔派“理应”服刑。后来，当罗伯斯比尔规定对上帝的宗教仪式时，他违心地为这个神灵写了一首颂歌。不难想象，这时马雷沙尔是多么仇恨罗伯斯比尔。
热月政变以后，已经转到革命共产主义立场的马雷沙尔，全力以赴地筹备巴贝夫的密谋，制定巴贝夫主义的理论原则，为人民谱写新的革命歌曲。当然在这种条件下，他没有多少时间专门去写反宗教的文章。但这也不等于说他不再揭露宗教对社会解放事业的仇视了。在《平等派宣言》中，在马雷沙尔谱写的革命歌曲中，都明确表达了他对宗教迷信的仇恨。巴贝夫主义者马雷沙尔在走上为推翻剥削制度而斗争的革命道路后，就懂得了他的理想的实现之日就是宗教欺骗和自我欺骗的终结之时。
巴贝夫运动失败后，正像前面所说的，马雷沙尔脱离了实际的革命活动，投身于反宗教的斗争。巴贝夫组织的瓦解，在马雷沙尔的无神论创作中留下了不少悲观主义的痕迹。在有些著作中出现了妥协的腔调。不信神的人现在在他看来都是一些和平的、无害的人。
在这方面最有意思的是马雷沙尔在1798年出版的《无神论者协会的偶像和守则》那篇短文。这就是马雷沙尔想组织的那个无神论者协会的章程。其中有许多地方表面上提到热月政变后广泛兴起的资产阶级的慈善团体。但是，与那些慈善家不同，马雷沙尔不承认什么神，不承认超自然的力量，也不承认什么神秘的东西。在《偶像和守则》中还有这样一些词句：禁止携带武器入场；无神论者是和睦的人(第20节)；无神论者协会会员应该证明自己从未杀过人(第65节)；第92节要求无神论者协会会员在爆发国内战争时要起调和者的作用。
马雷沙尔的这种颓废情绪，降低了他后来所写的那些反宗教著作的意义。但是如果根据这个理由而忽视它们也是不正确的。
1800年，著名的《古今无神论者人名录》出版了。这是马雷沙尔在著名的天文学家无神论者日罗姆·拉朗德的密切协助下编写的。《人名录》受到反动资产阶级的仇视。
在《人名录》中，马雷沙尔不仅经常引用一些自然神论者的话，而且还引用基督教教会的一些神父的话。但是他挑选的是他们的那些触犯宗教或者有悖于教会和僧侣权威的话。有人说无神论者不讲道德，断子绝孙，他在《人名录》中严加驳斥，并证明人类最优秀的思想家总是反对宗教臆想的。在《人名录》的序言中，马雷沙尔批评了资产阶级无神论的典型特点，批评了那些轻率指责无神论的贵族。
也是在1800年，马雷沙尔出版了《毕达哥拉斯游记》，总结了他的社会政治理想和无神论的观点。这部著作尖锐地抨击了社会不平等，宣传了空想共产主义的原则。毕达哥拉斯(他在马雷沙尔的笔下是共产主义和无神论的拥护者)对他的同乡克罗多尼人说：“只要是你们城里的居民还分为富人和穷人，你们就不能认为自己是平等的。穷人必然成为富人的奴隶，富人必然成为穷人的主人。”《毕达哥拉斯游记》使渐进的社会政治观点不仅在法国而且也在国外广为传播。19世纪初，这本书的俄文版对当时先进的俄国知识分子也起过影响。马雷沙尔的这部著作。对于爱知社的社会政治观点的形成，特别是对亚当·密茨凯维奇的观点的形成，起了不小的作用。
马雷沙尔在逝世前两年，出版了前面提到的《赞成和反对圣经》。这部系统揭露圣经传说和基督教道德的著作，是针对宗教世界观日益增长的影响而写的。沙多勃利昂就是这种世界观的拥护者。马雷沙尔谈到此人时写道：“在19世纪，这位年轻人把自己的聪明才智用来颂扬弥撒、神符，歌颂神义、伪善者，真是可悲。”
马雷沙尔在逝世前不久，离开了巴黎，住在乡村蒙鲁。1803年1月18日就在那里溘然长逝。
在无神论思想史上，马雷沙尔的功绩在于：他竭力克服(虽然不彻底，而且只是在某些问题上)18世纪资产阶级启蒙学说的局限性，当然，要是认为他就是无产阶级无神论者，这是不对的。同样，把马雷沙尔所拥护的巴贝夫的共产主义同马克思的科学共产主义混为一谈也是不正确的。但是，毫无疑问，马雷沙尔在批判宗教时所阐述的一些原理，说明他已经放弃了资产阶级启蒙主义的无神论，已经接近无产阶级战斗的无神论了。