云阳县有个书生，叫靳明，字无垢，祖上都是官宦人家。那一年家里收成不好，靳生就背起笔砚闯荡四方，直到二十三岁了，仍未娶妻。之后他搭船来到扬州，在西郊一家姓程的财主家中坐馆，教程家子弟读书。程家主人很欣赏靳生的才华，相处得十分融洽。
有一天，一个病重的叫花婆来程家要饭，但不幸死去，靳生见状很慷慨地拿出自己的部分积蓄为她买棺盛殓，程家也慈善地施舍了一块地皮给她埋葬。叫花婆还留下一个女儿，她自己说已经十七岁了，容貌丑陋，还拖着鼻涕，身上污浊不堪，又常用又粗又龌龊的手指到处搔痒，而且驼背厉害，黄眼珠，大脚，穿着破烂的衣衫，肩肘处都破了，露出里面紫黑色的皮肉，人们都很嫌弃她。她哭葬了亲娘后，蓬头垢面，像个囚犯一样，对靳生说：“我现在是个孤儿，而且容貌丑陋，哪里有我的栖身之处呢？”靳生很可怜她，就向程家主人请求说：“可不可以省一口闲饭来养这孤儿？”程家主人同意收留她，就叫她赶紧去洗洗身子，换件粗布衫，安排她和家中粗使老妈子一起干活。烧柴打水，十分勤快，全家人也都接受了这个粗使丫头，称她为黑牡丹。
一年后，靳生忽然得了神经麻痹症，神情委顿，病骨支离，整天只能躺在木床上，连大小便都需别人帮助解决。程家主人知道他无家可归，又可怜他是个光棍，就对他说：“如果你不嫌弃她又脏又丑，我愿把黑牡丹送你，伺候你。请你不要多想。”靳生认为这样也好，就说：“总算比没有一个身边人好些。”程家主人就将黑牡丹送来，让她以后专门侍奉靳生，虽然手脚不利索，天性蠢笨但是也算周到。靳生见她左手生了六个指头，就替她改名叫枝娘。之后为了能随传随到，枝娘就在靳生床边地上铺了点稻草睡下。夜里，靳生要小便便让枝娘递夜壶，谁知一个失手，竟把夜壶摔破了，把被褥都弄湿了，骚兮兮的，但靳生还是容忍了。又有一天晚上，枝娘给靳生送茶，却不小心把他心爱的古磁茶杯打破了。为靳生清理几案时，又不小心把他家传世之宝香姜砚打碎了。这时枝娘十分羞愧，可是靳生却一点也不生气，反而安慰她说：“枝娘别害怕，这些东西的得失都是命运安排的。”
又过了一个多月，当靳生做事稍有违反枝娘心意时，竟被她横加白眼，加以争辩，恶声恶气地顶撞，靳生也能一声不响地忍受。有一天，枝娘忽然对靳生说：“我容貌如此丑陋，又在穷途末路时，蒙你出手救援，我很是感激您的大恩。主人命我侍候先生，正是让我可以报恩之时，但我却多次对你无礼，可你并不计较，一直容忍。今天，我如果不把自己的真面目相露，实在是太过分了。你就如独头茧，我就如只求公野鸡的雌野鸡。你并不是什么好色的登徒子，但我却要毛遂自荐了。还请你回过头来好好看看我。”靳生好奇地回头一看，只见眼前出现了一个绝代佳人，圆润饱满的额头，柳叶似的眉毛，身穿美丽而又轻软的衣裙，步履轻盈，仪态动人。靳生吃惊不已，问她：“你是人还是妖精？穷秀才我现在也只有几根穷骨头，恐怕难以填饱你的肚子啊。”枝娘听后大笑着说：“我是天上仙女降谪红尘，命中注定要嫁给凡人，可惜之前所见的都是些俗不可耐的轻薄之徒，没有一个能像你这么忠厚老实的。以前我是故意装成容貌丑陋的人，为的是欺骗世人的眼睛；现在露出花容月貌，是为了报答你的恩情，还请你为我保守秘密。”靳生惊喜不已，说：“仙女能光临，真不知我这前世修的怎样的福气。但是恐怕邻居们会感到惊异，家中藏着如此绝代美人，要招来外人非议，这可如何是好呢？”枝娘说：“你不用担心此事，别人见到我时，仍旧还是个丑八怪。”可是靳生仍有些顾虑，说：“我固然不能让你再在床边席地而卧，可是我一身疾病，又不能让床安睡，这可怎么办，怎么办？”枝娘说：“我正打算替你治病，哪有什么床上、床下的区分呢？”
到了晚上，枝娘自己脱下衣服，登上床榻，伸出玉臂，替靳生按摩，用细细的手指捺捣，靳生顿觉身体舒畅，有了好转。枝娘又用小脚对着靳生的肛门挑揉了几下，问他：“你是否感到有一股暖气通到小腹部？”靳生说：“我只觉得一股奇异的热气由涌泉穴直往上冲，但却冲不透脑门，所以身上十分酸楚，难于施展。”枝娘说：“看来一定要用华池水冲洗才能解决问题。”就用舌头伸入靳生的口中扰咂几次，把口水吐入他的口中。靳生忽觉腹中发出一阵怪响，骨头骨脑瞬间都通畅了，病也忽然痊愈了。
靳生一骨碌爬起身子，就在枕边磕头说：“你果真是神仙，还请你别怪我过去迷了眼睛，没有认出你来。”枝娘笑着说：“你一双空手，要怎么谢我这名医呀？”靳生说：“我每天用香花供养你，尊奉你，重你敬你，一定把你的救命大恩谨记在心，生生世世不敢忘。”枝娘依偎在他身上说：“我把这个身子献给你，你只要好好地爱我，就是你对我最好的回报。”靳生说：“男女欢爱，这怎么能算表示敬重呢？”枝娘很妩媚地笑靳生是个呆子，两人缠缠绵绵地上了床。第二天早晨，靳生起身，看那些曾被打碎的古磁杯、香姜砚，都已完整如初，看不到一丝裂缝。再仔细观察枝娘的为人，体态轻盈，性格温存，和过去大相径庭。靳生私下问她这是什么原因，她说：“我过去那样子是用来试试你的心的。仙人的法术，凡夫俗子怎会看得出呢？”
程家主人见靳生疾病突然好了，心中感到十分惊讶，浑然不知这全是因为枝娘的仙术所致。靳生向他请求说：“我的病刚好，正需要有人调护，还请您把枝娘继续陪我打发寂寞，这份大恩我将终身不忘。”他问：“枝娘是谁？”靳生说：“就是你家的黑牡丹。”就把黑牡丹改名为枝娘的原因告诉了他。程家主人把枝娘叫来一看，果然见她左手是六指，就答应了靳生的请求。程家主人见靳生对枝娘十分喜爱，就私下对人说：“靳生或许也是个嗜痂成癖的人，不然怎么挑选侍妾时不讲究美丑呢？”
靳生一向酷爱读书，如今他晚上就和枝娘恩爱作乐，白天就咿咿呀呀地苦读，把写好的八股文放在案头，摇头晃脑地大声诵读，枝娘看后十分讨厌。她拿起靳生的作文翻阅，立即就眉头紧锁，说：“你是个老诚君子，但缺乏灵巧的才思，虽生得风度翩翩但却没有丰富的想象力，心是木疙瘩，笔是钝的，写不出新文章。珍珠固然是无价之宝，但一旦被埋入棺材就会失去光彩；镜子是明亮的，但蒙上了灰尘，就会变得灰暗。像你这样抄抄拼拼的文章，用它去取得高官，谈何容易呢？”靳生说：“你能用手足做医疗工具替我治好身体的病，你又有什么好办法来整治我文章的病呢？”枝娘说：“医文病也是我所擅长的。不过你要先效仿晋人君苗把笔砚焚弃。”靳生说：“好。”
于是枝娘每天晚上带着美酒和琵琶来到房中，点上蜡烛，两人共饮三杯，夫妻相对，然后枝娘轻轻地弹起琵琶，乐声铮铮，缕缕而弹，变换了各种指法，弹出哀怨的声音。靳生问这是什么乐曲，枝娘说：“这是昭君出塞马上第一拍。”靳生说：“真是妙极了！仿佛身在无边无际的异域大漠中，飞沙走砾近在眼前。”接着枝娘又弹出了凄怆悲切的琵琶声，靳生问那是什么曲子，枝娘说：“这是蔡文姬归汉时，告别匈奴单于的哀伤曲。”靳生说：“乐声清切，曲意悠长。男女私情，如泣如诉。锦旗伞盖簇拥着骆驼，万里长途也就如近在咫尺。”枝娘又弹一段慷慨豪迈的旋律，靳生问这是什么曲名，枝娘说：“这是木兰从军的凯旋曲。”靳生说：“果然雄壮！木兰真是千古少有的巾帼丈夫。”枝娘又弹起了悲壮心碎的乐音，靳生问这是什么曲调，枝娘说：“这是霸王别姬。”靳生说：“英雄事业，儿女情长，都可以流芳百世。项羽力可拔山，虞姬情重难舍，项羽可真是艳福不浅。”枝娘又换了一副假指甲，弹出一段如春风拂面的乐音，靳生问这是什么曲子，枝娘说：“这是唐明皇演员小分队裹着头巾在跳《霓裳羽衣舞》呢。”靳生说：“杨贵妃早起梳妆，美艳如百花齐放，真要把唐明皇美死了。”
这时枝娘整了整彩袖，微笑着说：“我就是要把你的注意力移到别处，陶冶性情，你是否深有体会了？”靳生十分开心，几乎忘了自己的年龄。枝娘之后又玩了各种高雅的游戏，围棋猜谜等，没有不精通的。她每天用这些玩意儿陪靳生消遣，绝口不谈写作八股文的事。这样过了两个多月，靳生也渐渐能配合着枝娘玩几手。枝娘说：“行啦。”夜里，她抱住靳生躺下，嘴对嘴呼吸灵气，下身交接，以阴补阳。靳生顿觉喉咙口发出咯咯的响声，突然吐出来一枚拳头大的痰核，落到地上还在不停跳动。枝娘说：这是你胸中的结块，郁结在那儿，即使有再神妙的法术，不把结块除根，玲珑心也难以开窍。现在总算病好了，请用酒来洗它。”结果痰核化成了青色的液体。靳生痊愈后起来翻阅自己的旧作，不禁羞愧得大汗淋漓，一把火将文稿全烧了。第二天早晨，靳生又试着写了一篇，枝娘读后，就娇声吟诵起来，声音宛转动听。
靳生听说考试的日子快到了，就准备回老家云阳，枝娘说：“与其回云阳，为什么不直接上北京去参加应试？”靳生同意了，就向程家辞去了家庭教师的职务。程家把枝娘送给了靳生，一起出发进京。到了山东地方，恰逢教民作乱，阻碍了交通，他们只得住进当地旅店，眼看盘缠就快用光，靳生十分担忧。枝娘笑着说：“医穷也是我的业余爱好。”就写了一张招贴说：为挣得进京赶考的路费，丈夫卖文，妻子算卦，还请各位多多捧场。
当地的读书人都争着来请靳生代写文章，靳生一挥而就，人们都称他为“穷司马迁”。又请枝娘算卦，枝娘随口就替人决断疑难事件，大家都称她为会算命的女严君平。两人靠着卖文算卦挣了许多钱，顺利到了北京。之后，靳生中了进士，名列前茅，入礼部考选，被授为翰林院编修。枝娘也恢复了本来美丽的容貌，不再像从前那样老是现出丑陋的嘴脸。
又过了一年，靳生奉旨巡视江浙一带的海防事务，路过邗江，程家主人听闻亲自前来迎接。他上了官船，只见帐幕后隐约有女子穿着绣裙出没，还有好多小丫鬟在身边服侍，有的送毛巾，有的手执拂尘，就问道：“贵人已经娶了佳妻了吗？”靳生笑着说：“我们是姻亲，我叫贱妻出来拜见主人。”随后就看见一位满头珠翠、身穿绣裙官服、身材苗条、美若天仙的女子出来向程家主人盈盈下拜。靳生就说：“不知你还认识她吗？她就是枝娘啊。”程家主人惊讶得说不出话来。枝娘把衣袖捋上去伸出六个指头的左手给他看，他这才确信她就是枝娘。程家主人请靳生留下，暂住几天叙旧。枝娘也一起随靳生到程家，就像是回娘家似的。程府上男男女女见了枝娘后，无不惊讶。
这时，邗江地方恰巧瘟疫盛行，枝娘用丹药救活了好几万人，外面都传说枝娘是天女下凡。事情传到朝廷，皇上就派监察御史为钦差大臣到邗江查办，要以妖人惑乱的罪名处治靳生。靳生十分害怕，枝娘说：“这有什么可担忧的？”就挺身而出拜见钦差大臣，这时她又变成一副丑陋的容貌，御史见了笑着说：“这副尊容还能称得上是仙女吗？众人可真眼瞎。”就回京交差去了。
又过了一年，靳生奉旨渡海去册封琉球国王。枝娘亲自写了一卷《金刚经》，说：“把它供奉在船上，能保郎君平安。”又画了几十幅折枝花卉册叶，说：“把它们展示给海外之人，一定会有奇迹出现。”靳生漂洋过海，顺利抵达琉球国。那儿的绿眼睛商人看到中国的使节，十分惊讶地说：“上国使者船上怎么会有那么多宝气？”他们都向靳生询问原因，靳生说：“下官只是个穷读书人，行李中哪来什么珍奇异宝？只是我妻子画的几十帧册叶，还算不俗。”说着就把画稿拿出给他们看，那些商人见了大惊，下拜说：“天上的仙女怎么下凡到人间来了？这些没骨花卉可都是无价之宝。”于是就拿出价值数万金的珊瑚玉树、明珠宝石给靳生，强行买下画幅，欢天喜地地走了。靳生回到国内把这些珍宝都献给了皇上，皇上称许他为官清廉，仍把这批宝物赐给了靳生。
枝娘一直苦于不能生育，就劝靳生纳妾，之后，生了个儿子。儿子在十七岁时就中进士做了官，娶了位贤惠的妻子。靳生曾私下问枝娘：“从前你那位死了的叫花子母亲，是否是成仙升天了呢？”枝娘说：“她并不是我母亲，本就是天上的仙婆被降谪凡间。”打开棺材一看，果然里面空空如也。靳生富贵后，对做官的兴致也就冷淡了下来，八十岁时，身子容貌逐渐衰老，可枝娘却还一直像个二十来岁的妇人。
一天晚上，枝娘左手上那个多生的指头像被刀削一样掉了下来，她说：“我的大限已到，马上就要离开人世了。”说完就将断指用黄绵包好埋在后园，把家事都付托给儿子和媳妇，然后带着靳生去朝拜泰山、嵩山等五岳，从此再也没有回来。十多年后，埋断指的地方忽然生出一株灵芝，儿子、媳妇将它服食后，也成仙而去。