玛雅人崇拜与现世幸福和农事有直接影响的事物，如雨神、地神、天神、玉米神、战神等。
农人主要崇拜雨神和土地的保护神“恰克”。据说“恰克”又与一定的颜色和方向有关。如红色恰克在东方，白色恰克在北方，黄色恰克处于南方，而黑色恰克则位于西方。玉米神“尤姆卡什”被描画成一位身强力壮的年轻人形象，死神“阿赫·普契”则以骷髅的形象来表现。天神“伊察姆纳”是玛雅人崇拜的最高神灵，他的妻子是地力之神“伊什切尔”。“伊察姆纳”是祭司的保护神，故被视为是玛雅文字和科学知识的创制者。“卡库帕卡特”是战神，当然也是军事贵族们的保护神。“埃克楚亚赫”是商人的保护神，也是可可种植场的保护神。
玛雅人的宗教家们很早便编造出了一套复杂的神学。他们认为世界上有4位天神在轮流统治他们，这就是“霍布尼尔”、“坎齐克那”、“萨克基米”、“霍桑埃克”，一年一换。这种轮流执掌的观念来自于古代各个民族轮流掌权的社会制度，4位神灵可能是那些轮流掌权的氏族的图腾。以后，随着各民族轮流掌权的时间的延长，这4位神灵的轮换时间也相应地变为20年了。
玛雅人认为整个宇宙共有13重天和9层地。东西南北四方各有一棵“宇宙树”围绕在世界的中央——绿树的周围；在四方的“宇宙树”上又住着4位“恰克”神，每一神都有一个大水罐，当他们把水倒出时，便形成雨；在世界中央的绿树阴下，有一座住着天堂之神“伊什塔布”的天堂，与天堂相对的便是地狱。人死后的命运取决于他在世的行为和在社会上的地位，也取决于死时的方式如何。玛雅人认为整个世界都要经历几个时代，每一时代的结束都是以洪水泛滥而告终的。
玛雅人的宗教专职人员是一个特殊的集团，即祭司集团。祭司的职能主要是掌握节日的礼仪，施行圣礼、占卜和预言。他们也掌管一些其他事务，如学习知识，回答贵族们提出的各种问题及给贵族以劝告，派遣小祭司们前往小城镇去主持祭祀，考查小祭祀们的学识和礼仪，规定小祭司们的职责，教育他们做人们的楷模，并为他们准备各种文化科学知识，然后送他们赴任。他们经常注意选拔小祭司，把那些有意从事宗教职业的贵族次子和自己的儿子从小加以教育和培养，向他们传授各种知识，包括计算年、月、日和推算节日、季节的方法，教授医术、习俗和阅读书写等等，把他们培养成祭司集团的继承人。玛雅人的高级祭司称作“阿金迈”或称“奥坎迈”，他们可以接受从贵族到一般城镇居民的各种祭品和贡纳，极为富有。大祭司非常受人尊敬，因为据说只有他们才能与神灵沟通，替人们向神灵祈祷。
玛雅庙宇遗址除高级祭司外，还有专门把神的答复告诉给人们的祭司——“契兰”，他们备受人们的尊敬，以致人们常把他们抬在肩上。
巫师和医师主要是在病人感到疼痛的部位放血，以此治病。“恰克”是被选举出来协助祭司完成祭仪的4位老人。“科纳姆”是2名官员，其中一名专司剖开作为祭献的活人的胸膛；另一名是从军事首领或有战功的人中选举出来的，他们享有很高荣誉，任期长达3年。
玛雅人进行宗教活动的场所，一般是在公共庙宇，但贵族和头人们，都在自己家中设有祷告室和偶像，便于自己祈祷和奉献祭品。
玛雅人崇拜契琴伊察的泉水，他们常常去那里朝拜，奉献礼品。在去朝拜的路上，如果遇到被废弃的庙宇，也要按习惯进去祈祷，并燃烧树脂。
玛雅人崇拜偶像，有石制的、木制的和泥制的，其中以木制偶像最为珍贵，往往被当作传家宝。
在奴隶社会玛雅人的祭祀活动中，最悲壮的是举行人祭的节日。祭司们根据灾祸的大小要人们祭献活人，有时用奴隶做牺牲，也有时用玛雅人的孩子。节日到来时，他们被祭司带着走街串巷，边走边舞，其他的祭司、庙宇人员，在这期间则要进行斋戒。节日这天，做牺牲的活人全身被剥得精光，然后用一种蓝颜料涂抹他的全身，并在他的头上戴上一顶纸帽。参加仪式的人们身佩弓箭靠近牺牲者，然后与他一起围绕着木桩共舞，边舞边把他抬起捆到木桩上，其他人注视着他继续跳舞。这时，祭司身穿祭服，攀上柱子，用箭刺进牺牲者的阴部，然后下来接血涂在自己的脸上。接着，他向跳舞的人们发出信号，人们便边舞边从牺牲者面前穿过，并依次向预先已作了记号的心脏射箭，这样，牺牲者被乱箭射死以祭神灵。如果要取出牺牲者的心脏的话，就将他带到圆形祭坛，由“恰克”抓住他的腿和胳臂，由刽子手“纳科姆”用刀猛刺他的左肋，然后伸手到胸膛里掏出他那还在跳动的心脏并将它放入盘中，递给祭司。祭司用其鲜血涂抹偶像的脸。之后，祭司们把牺牲者抛下台阶，由神职人员剥取其全身的皮肤，除去手、脚，将整张人皮披在祭司的身上。参加仪式的人们围着这个祭司跳舞，以示庄严隆重。牺牲者的尸体往往被埋在庙宇的院内，有时被人吃掉。那些被当作牺牲者的战俘的骨头，要被主人拿着舞蹈，以显示相传，祭司将取出的心脏放在这个石像上面以示祭祀胜利。
因为在玛雅人生活中，宗教祭仪占有重要的地位，所以举行宗教活动的仪礼中心——顶上建有庙宇的金字塔随处都可见到。在各个城邦，都住有一批与宗教神事有关的人，如雕刻石像、焙制陶器的工匠，为庙宇描绘壁画的艺人，缝制祭服的裁缝等等。尤卡坦半岛南端的科潘、危地马拉境内的基里瓜城，都是当时玛雅人的宗教城市。