一、出身清贫，学业优异
洪承畴，字彦演，号亨九，明朝万历二十一年（1593）九月二十二日生，明末清初福建泉州府南安县二十七都英山霞美乡（今福建南安英都镇良山村霞美）人。
洪承畴的远祖本姓陈，因入赘于洪氏，故改姓洪。洪承畴为当地望族的后裔，是武荣翁山洪氏的第十二代孙，属东轩五房。这是一户书香门第，然而到了他的曾祖父一代，家道已经中落。曾祖父洪以诜，庠生。祖父洪有秩，贡生，卒于赴考途中。父亲洪启熙是洪有秩的遗腹子，母戴氏，因孝事姑婆，扶孤成长，被朝廷旌表节孝烈女，赠一品夫人。
洪承畴的父亲洪启熙，字尔朝，号幼迹公，也是一名秀才，以致孝远近闻名。其妻傅氏为名门闺秀，有文化教养，具备传统女性优良品德，对三个儿子要求极严。次子承畹早逝，三子承唆的书法极佳，很受人们的喜爱。
洪承畴是启熙夫妇的长子，对他的期望和钟爱更是无可比拟。七岁时，洪承畴进入溪益馆读书。后因家境贫寒；十一岁时便辍学在家，每天帮助母亲做豆干，次日早上再到集镇上出售，如果还有剩余，就在附近乡村走街串巷高声叫卖。这种艰难的生活，给了洪承畴很大的磨炼，也使其思想认识有了提高。因为接触到大千世界，特别是社会下层的贫苦人民，所以使他对社会有了更深一步的了解，从而也给有抱负的洪承畴在脑海里勾画出一幅未来想要实现的草图。
当时，洪氏西轩长房的才子洪启胤在水沟馆办村学。好学、上进的洪承畴，在闲暇的时候，就到学馆外听课，偶尔有的学生不会作对子，他便代其完成，并且还能得到先生的赞扬。久而久之，洪启胤发现洪氏家族还有这样一个天赋极高、抱负不凡的人，就决定收洪承畴为门徒，让他免费读书。
洪承畴非常珍惜这一难得的学习机会。他抓紧时间，刻苦学习，不但出色地完成学馆的课业，而且博览群书，尽量获取不同学科的知识。启胤先生见洪承畴前途无量，也就更加用心培养，将自己的藏书如《史记》、《资治通鉴》、《三国志》、《孙子兵法》等经典著作借给承畴阅读，对于他所提出的问题，都给予耐心、细致的解答。洪承畴从小就表现出了治国平天下的愿望，对此，洪启胤很是赏识，同时也加以鼓励和正确引导。洪启胤就曾在洪承畴的一篇文章中写下“家驹千里，国石万均”的评语。
五年以后，洪承畴来到泉州城北学馆读书。
“功夫不负有心人。”明万历四十三年（1615），二十三岁的洪承畴到省城参加乡试，中乙卯科第十九名举人。第二年赴京参加会试、殿试，结果中丙辰科二甲第十四名。洪承畴从此释褐，踏上仕途，并步步高升。
洪承畴初授刑部江西清吏司主事，六年中，历员外郎、郎中，成为清吏司的最高长官，是尚书、侍郎以下的重要部员。
明天启二年（1622），洪承畴由中央调到地方，为浙江提学佥事。按照明朝规定，该官在三年的任期内，要巡回考试各府、州、县的生员。乡试前负责考定各地教官的等第，以便选聘至省城阅卷。洪承畴以其渊博的知识和敏锐的观察、判断力，所选拔的人才皆称俊奇，因而受到了朝廷的赞扬和赏识。两年后，即迁为承宣布政使司左参议。三年任满，又迁陕西督粮参政，成为国家从三品地方大员。
洪承畴从万历四十四年，二十四岁时金榜题名，到天启七年三十五岁时升任陕西督粮参政，短短十二年间便成为一名三品的朝廷命官。由此也可见洪承畴的办事能力，及对人际关系的妥善处理。然而此时的洪承畴，只是一个听命于上级的下属官员，并未能发挥个人运筹帷幄的聪明才智，及独当一面的组织能力和高超的领导艺术，从而在自己的人生道路上创造奇迹，在同辈中独树一帜。洪承畴只能企盼着机会的到来。
二、剿灭义军，崭露头角
“时势造英雄。”明末社会的动荡不安，为洪承畴施展其才能和谋略提供了实践的机会，而每次实践的成功，又为他加官晋爵提供了依据。当大权在掌、独当一面的时候，洪承畴的足智多谋便得以充分表露和发挥了。
明朝天启七年（1627），陕西大旱，澄城知县张斗耀“催科甚酷，民不堪其毒”。县民王二，聚众数百人，皆以墨涂面，闯入县城，杀死知县。王二领导的起义，正式拉开了明末农民战争的序幕。
星星之火，可以燎原。王二起义的次年，即崇祯元年（1628），陕西许多地方的饥民、失业驿卒和逃亡士兵等便闻风而动，纷纷起义。如府谷县农民王嘉胤率领广大群众起义，王二闻讯即率部来汇合，共拥众五六千人；清涧人王左桂（原名王子顺）更召集骑士万人，反于宜川；汉南人王大梁起义后，有部众数百人，自称大梁王，到崇祯元年十月，又有成县、两当两地的农民三千多人加入，攻克略阳，逼近汉中府；清涧人点灯子（赵四儿、赵胜）也在本县起义；十二月，固原发生兵变；崇祯二年，阶州士兵周大旺率众起义；三年，陕北饥军三千余人在神一元领导下起义。
人民起义的烈火，开始在三秦大地熊熊燃烧，而且越来越旺。这就使刚刚登上皇位的崇祯皇帝惊恐万状。遂于崇祯二年（1629）二月，以杨鹤为都察院右都御史兼兵部侍郎，总督陕西三边军务，全力对付起义军。《明通鉴》说：“是时，关中寇炽，廷臣莫肯往，群推鹤。上召鹤问方略，对日：‘清慎自持，抚恤将卒而已。”’显然杨鹤是把农民起义看作一个严重的社会问题。他还提出了“剿抚兼施，以抚为主”的策略。
事实上，在对付农民起义的问题上，明中央和地方的官员，大抵主张剿抚并用，但究竟是以剿为主，还是以抚为主，却往往出现分歧。杨鹤以抚为主的方针，得到了部分廷臣和地方官员的支持，崇祯帝也一度表示认可。在崇祯四年（1631）正月的一次廷对中，他就说：“寇亦我赤子，宜抚之。”由于各种各样的原因，杨鹤的主抚政策以失败告终。四年七月，杨鹤即下刑部狱。
而此时的洪承畴却有自己的想法与做法。崇祯二年（1629）九月，混天王与王子顺等千余人活动于雒川县曹店村、宜川县龙耳嘴一带，后又掠韩城的龙门渡，守将失利。时为督粮道参政的洪承畴同抚院中军李满仓、都司艾穆、千总费邑宰等击败起义军，起义军走清涧，韩城解围。这一战使得洪承畴名声远扬，也为日后的升迁提供了坚实的依据。
崇祯三年（1630）六月，起义军首领王嘉胤杀孤山副将李钊，米脂张献忠聚众响应，起义军势力越发壮大，对官军的威胁进一步加强。在这重要时刻，洪承畴被朝廷任命为延绥巡抚，成为大权在握的一方长官。当时，洪承畴虽然是陕西总督杨鹤手下的一名官员，但他并不支持杨鹤“以抚为主”的策略，而是采用“以剿为主”的“内定”策略。在大力剿灭起义军的同时，对既降复叛的王左桂等人，洪承畴则杀之。他认为强硬手段是对付起义军的最好办法，从而引起朝廷重视，也是使得他能够飞黄腾达的机遇所在。
黄河把山西、陕西分隔东西，山西自河曲至蒲津一千五百里，河面较窄。崇祯三年以后，陕西起义军不时过河，攻城略地。如三年四月，起义军陷蒲县，分兵东略赵城（现已撤销）、洪洞、汾、霍，西略石楼、永和、吉、隰等州县。洪承畴也率领官军过河入山西境。崇祯四年（1631）七月，点灯子部六千余人东渡山西。八月，洪承畴大败点灯子于山西桑落镇。不过洪承畴的主战场还是在陕西。
崇祯三年六月，起义军首领王嘉胤陷黄甫川、清水二营，遂居府谷。洪承畴与杜文焕率部围之，王嘉胤等深夜劫营，被官军击败。八月，王嘉胤勾西人人犯，佯装乞降，乘机夺路走皇甫川，后复引西人入掠。洪承畴、杜文焕从孤山进击，又一次将其打败，王嘉胤部崩溃。四年四月，投降官军的义军首领不沾泥拥众挟粮赏，复攻米脂。总兵王承恩、侯拱急率三千人至葭州，洪承畴、张应昌亦至。不沾泥分两营以待，两军交战数次，起义军不敌，于是逃遁。洪承畴等率军紧追，至西川，斩杀义军三百余人，溺死者不计其数。官军屯住西川双湖峪，其间有窑寨六十四，皆险绝，都是义军及贫苦人的聚集地。洪承畴乃令在此设防堵截，不沾泥恐惺万状，率百骑逃关山岭。都司马科等追之，尽歼其骑。不沾泥无路可走，于是向官军投降；为了表示自己的“忠诚”，不沾泥亲手杀死义军首领双翅虎，绑缚柴金龙以自献。六月，混天猴、独行狼等义军万余人自甘泉犯合水，洪承畴得到报告立刻率兵追击，在甘泉山中将其打败，混天猴等只好乞降。这段时间，洪承畴以自己的谋略，对义军无论是剿还是抚都取得了较大的成效。
在杨鹤“以抚为主”的政策指导下，招抚没有什么成效，大抵旋抚旋叛。如满天星曾降于杨鹤，杨鹤就曾按照其设想选骁勇者安置营中，遣散一般部众一万两千余人，并命起义军头领分别强制回家。然而不到数月，众人又纷纷叛去。就是对杨鹤，义军亦视之如儿戏。四年三月，起义军首领孙继业、茹成名等六十余人来投降，总督杨鹤非常高兴，欣然接受。官军还设御座于固原城楼，令投降者跪拜，并呼万岁。接下来又宣读圣谕，令投降者发誓，然后解散，或归农，或留军中。然起义军对杨鹤的招抚“视作儿戏”。
崇祯四年四月，省臣劾陕西总督杨鹤“恇怯玩寇”。言官也上章批评杨鹤，杨鹤只好上疏引咎辞职。七月，逮陕西总督、兵部右侍郎杨鹤下刑部狱。至此，杨鹤的“主抚”政策宣告失败。
三、全力清剿，以剿坚抚
当杨鹤的招抚策略屡屡受挫，并受到官员弹劾的时候，洪承畴节节胜利的消息却接二连三地传到京师。这就使朝廷中的一部分大臣对洪承畴的才能和他采取的以剿为主的策略，有了更深认识。胜利的消息也使崇祯帝感到振奋，洪承畴必然受到皇帝的青睐。
崇祯四年（1631）九月，朝廷任命巡抚延绥右佥都御史洪承畴总督陕西三边军务兼兵部右侍郎。从此，洪承畴一改杨鹤“以抚为主”、“边剿边抚”的方针为“全力清剿”、“以剿坚抚”、“先剿后抚”的方针。
但从当时的情况来看，形势是十分严峻的。农民军攻城略地的规模越来越大，次数也更加频繁，仅四年九月以后，被占据过的州、县就有宜川、安塞、安定、甘泉、宜君、葭州等等。洪承畴在给上司的报告中就说：“贼势日炽，承畴日不暇给矣。”此外，投降的义军首领又联络其他义军攻陷甘泉，劫掠饷银十万八千两，杀知县郭永图，备兵河西张允登战死。十二月，诸投降的义军纷纷复叛，攻绥德等地。
崇祯五年（1632）正月，义军陷宜君、保安、合水，渡河东去者陷山西蒲州、永宁等地。在此情况下，就有人弹劾洪承畴。不过由于巡按御史李应期上奏说：“洪承畴是在认认真真地履行自己的职责，他对敌人的情况了解得比较透彻，担当现任官职，是可以施展他的才能的。”这番话得到了朝廷的认可，才使洪承畴没有丢掉官位。
就当时的情况而言，在处理陕西事务上，是没有人能与洪承畴相比的。
洪承畴是幸运的。他在升任陕西三边总督后的不算太长的时间里，就取得了令人信服的战绩。首先，他打了不少胜仗，斩杀不少义军首领。四年他击败点灯子，并将其擒获而后杀死。点灯子起于青涧、绥德，征战与延安与西安之间的广大地区，秦、晋沿河州县不断报警。他的被杀，使得山西平阳一带暂时安定。闰十一月，义军首领谭雄复据安塞，参将李卑驻兵城外。洪承畴谋计说：“我若株守宁塞，必至各处蠢动。”于是命副总兵曹文诏等围宁塞，自己率领骑兵同总兵王承恩等到达安塞城下，诱使谭雄等五人出城，斩之。
最使明廷振奋的是崇祯五年（1632）春的西陕之捷。先是宁塞逃逸的义军人马与环、庆等地的义军汇合，攻陷镇原，并屯军于蒲河，欲犯平凉，走冈翔、汉中。陕西巡抚练国事自泾州迅速来到固原，令固原道王振奇同副总兵王维善等严密防守各隘口，又令平凉道徐如翰同副总兵董志义防守泾州各要害，并令总兵杨嘉谟、游击赵光远缉拿或杀死农民军情报人员以及往来传递信息的骑士，这样就切断了各义军问的联系，遂使义军固守城中，不敢出来，加上食物匮乏，起义军之间也产生疑虑，人心动摇。此时，总督洪承畴从鄜州问道驰至庆阳，曹文诏也率临洮新兵两千人来到，宁夏总兵贺虎臣所率新兵也如期到达，会于西陕。在统一指挥下，官军采用分兵合击的战术，与义军进行了大小十余次战斗，战场纵横数十里，义军伤亡极重。据史书记载，杨嘉谟斩两百二十五人；曹文诏斩三百八十三人；贺虎臣斩三十人；王维善斩三百二十六人，赵光远斩九十七人。战后官军吹嘘说：“宁塞之强寇尽矣。”
此战一扫多年官军之颓气，大大地鼓舞了官军的士气。时人以西陕之捷为用兵以来的第一大胜利。西陕之捷显示出了洪承畴等谋略的成功，进一步树立起他在朝廷中的形象，巩固了个人的地位。
其次，洪承畴在招抚上也取得了一些成功。四年十二月庚寅，洪承畴报告招抚张献忠、罗汝才等一千九百余人。
可以说，洪承畴在陕西三边总督任上是发挥了他的聪明才智的。他是以多管齐下的方法，全面对待陕事的。明末的陕西天灾、逃兵等多种因素，导致了明末农民起义首先在陕西爆发，而规模之大，人数之多，是中国农民战争史上少有的。对待如此大规模的农民起义军，绝非一个“剿”，或一个“抚”可以解决问题。当时的明朝政府财政困难，官吏之间党派林立，东北满族兴起，加上天灾、人祸，更显危机四起。
而从当时陕西的情况来看，无论是“剿”还是“抚”，都需要钱。官军也需要钱，没有钱，发不了饷，士气不高，战斗便难以取胜。何况参加义军的人中就有一部分是失业的驿卒，及因积欠饷银而无衣无食的士兵。具体到招抚的义军战士，他们绝大多数为贫苦农民，如果回乡没有一定的资金从事最简单的生产，维持最低下水平的生活，他们必然会重新走上反抗的道路。洪承畴深深懂得此事的重要，他曾多次向上级报告缺乏饷银。如在他任三边总督前的崇祯四年八月，就向上司报告乏饷。出任三边总督后的五年正月，洪承畴向中央提出，请留陕西饷银二十万，资剿费，并以劝农。结果朝廷“从之”。有了饷银，无论“剿”或“抚”都有了坚实的后盾。
有了暂时的财政保障，又有了西陕之捷树立起的军威，洪承畴及其领导下的官兵，接连不断传来胜利的消息：五年正月，洪承畴在槐安堡打败起义军，斩四百三十人；五月，洪承畴自绥德至西川，与延绥巡抚张福臻合兵围剿起义军，擒斩四百余人；八月，在环县等处斩杀四百三十六人和两百五十二人，等等。
随着官军对起义军打击力度的加大，起义军的流动范围也更加扩大。洪承畴及时修订计划，指挥部属开始了南征北战。
洪承畴对起义军的情况是有所掌握的，对陕西及其周边的地形也是有所了解的。在官军压境、大力围剿的不利形势下，起义军有可能藏匿山谷，暂时躲避，更有可能逃出陕西，向明廷薄弱的地区发展或隐藏。洪承畴清醒地认识到这一问题，遂于七年五月以副总兵贺人龙、刘成功等兵两千，游击王永祥骑兵八百赴蓝田驻守。农民军东出陕西的陆路通道有二：一为商州、雒南；一为汉中、兴安、平利。当时农民军深入南山大峪，与省会西安较近，官军必定全力以赴驱逐，使西安不受威胁，避免万一落入农民军手中。这样被逐之起义军必定东奔纲峪川，然后进入大山，再远逃商雒地区。此前攻略西安、泾阳、三原地区的李自成、张献忠等就西奔周至、鄠县。南大山、北渭河相距三十里，义军出入秦中必然走这条路。于是传檄抚标都司高崇远、李世春以三千五百人驻周至，监军刘顾节制，以堵击东西方面起义军的侵袭或逃逸。洪承畴企图：一、在陕西境内剿灭陕地的起义军；二、防止陕西的起义军逃奔邻省及邻省的义军进入陕境。如果各地督抚也能如洪承畴这样，而其余一些条件又大体具备，洪的这一设想大体可以实现。然而情况并非想象的那么简单。
陕西巡抚练国事就曾上奏说明当时感到最难的事。他说：“今日最难之事有五：一日缺兵。大盗起延绥、榆林，官兵人少，难以转调。榆林兵仅有五千，陈奇瑜率以剿贼，现又要西还防守边境，可用之兵愈少。二日缺饷。西安、凤翔兵荒，所留薪饷，即使支尽，也不够三日之用，又没有可借处。三日缺官。荒盗频仍，官员有的参罚戴罪，有的失城被逮，有的因赃罪死，陕地官缺三十余员。四日宗禄。陕西藩王较多，贫宗人数也多，所需宗禄、赈金不少，且有增多的趋势。五日驿递。驿递募夫今日苦甚，人人都在思逃。”巡抚所言只是从军事、行政的角度来看问题，并未触及深层次的社会问题，若就整个明朝社会而言，其难就更多、更大了。
不管怎么说，洪承畴是一个忠于职守的人，是一个尽心尽力为大明王朝办事的官员。他谋略得当，能与士卒同甘苦，能以身作则，不畏艰苦，冲锋在前，不辞鞍马劳累，东追西杀，南征北伐，取得了阶段性的胜利。
洪承畴借“西陕大捷”后，明军士气大振，军队声威大震的良好时机，发挥自己军队的长处，避开弱点，开展了对农民军的攻战，尽量做到少失城池，少伤亡。
崇祯七年（1634）五月，洪承畴自汉中往援甘肃。六月，洪承畴驻三原，虽只有兵两千五百人，但他张伏设疑，致使人数众多的农民军不敢南下泾阳、三原，只得暂时屯驻于淳化耀州境上，不久便由耀州奔富平，东走同州、朝邑，欲渡渭河而去。七月，洪承畴趋富平，又转入渭南，再到华州，农民军听到消息，遂自朝邑向北奔澄城、邰阳，向东奔河南阌乡、灵宝。是月，农民军首领混世王等从凤翔、郿县东奔周至、鄂县，扬言攻掠省会西安。洪承畴知道，西安若被起义军攻破，无论是对整个战局，还是个人的前途、性命都至关重要。于是率部下马不停蹄，疾驰一昼夜，第二天便到达西安。此时富平官兵及张应昌兵已遵洪承畴的命令自清水、淠阳、凤翔到达泾阳，承畴又命其速赴西安，合击农民军。因为官军日夜兼程，疲惫不堪，所以当农民军到达西安东境时，洪承畴只是让官兵严加防守西安，不要轻易出击。作为一名高级军事指挥官，打仗一定要有把握，“战必胜”的思想应该时刻牢记，当自己的军队过度疲劳、不能胜任无法确定的战争时，休整是最好的方法。洪承畴在西安城下的做法，不仅表现出了一名军事家的谋略才智，而且避免了一次可能的失利。洪承畴的“免战”，并不是让对方乘势发挥，反映自己怯弱，而是以“免战”削对方的锐气，长自己的志气，达到制敌、胜敌的目的。
洪承畴是一地的总督，他始终认为将自己管辖区内的“贼”赶入其他地区是不负责任的，也会给当地官员带来不便和困难。因此，他时时防范农民军逃奔陕西的邻省州县。洪承畴唯恐农民军自渭南、华州东出潼关，在经过短暂的休整后，即令张应昌、副总兵曹变蛟间道前往渭南、华州，阻挡农民军东奔。而他却带领人马自潼关红香沟追击。游击李效祖、柏永镇军与农民军展开激烈鏖战，从辰时（上午七点到九点）至申时（下午三点到五点），战斗进行了大约十小时，农民军不支，开始退却。由于潼关已为官军重兵把守，不能出关，只好登山。洪承畴自潼关驰赴蓝田，欲从山后间道剿之。农民军首领在山上望见远处有官军向山后僻静的小路移动，知道官军意图，遂于半夜逃往商雒山中。
当初，农民军马守应等部万余人先据南雒山中，今又有农民军万余人进入。其地叠嶂重岩，越险阻即可出，地形对攻、守均有利。于是，洪承畴又率张应昌、赵光远共兵三千赴潼关大峪口拦截其出路，并派兵在阌乡、灵宝诸处警戒、侦察，加强戒备。
而此时，李自成、张献忠等部又攻陷澄城县，并围邰县旬余，在百余里范围内相互联络。当听到洪承畴带领军队来到时，便解围而去，由清水、秦州窥平凉、邠州，或南或东，流动作战。
看来，陕西农民起义军的势力颇强，每支可达数千人或数万人。他们各自为战，或东或西，或南或北，今日攻陷某城，不久即又离去，过些日子又来攻取，流动性极大，没有根据地。这就给洪承畴不多的兵力，造成了奔波之苦，并在一城重复作战的现象。洪承畴深知这种情况对官兵的不利，他在上奏中说：
今日官兵必数千或万余合成一旅，方可决战。今南雒各贼，外有堵兵而内无剿兵；澄城各贼，臣督万兵分两哨，合力以挫贼锋；至平凉、邠州等贼无兵分应，则今日贼势断非见兵可灭，此事理之易见者也。而从双方的人数及战马等方面相比，官军也比不上农民军。洪承畴在一次上奏中就说：
入陕猖獗之贼，大抵可十四五万，明知官军一二万不能四驰，恃其势众，旁伏递进，则剿贼之难。贼多精骑，每跨双马，官军马三步七，则追逐之难。贼攻堡掠野，到处可资，官军待饷转运，则粮刍之难。则入山赴嵎，官兵相持一日，即坐误一日，则时日之难。
有此“四难”，使得洪承畴对付农民军更是难上加难。捉襟见肘、顾此失彼的洪承畴要想真正平息农民起义的烈火，就条件而言并不具备。而朝廷也无力，或难以将更多的人力、物力投入到这一战场。
忠勇的洪承畴只能成为一个“救火队”的首领，哪里有“火情”，就带领部众到哪里去。东战西杀，只能斩杀起义军几十人至几百人不等，并不能歼灭起义军的有生力量。而深刻的社会矛盾和自然灾害等，却使更多的饥民、逃兵和受迫害的人投奔到起义军中，总体而言，起义军的人数不仅不减，反而在不断增加。
洪承畴在陕西三边总督任内，虽然困难重重，但也开创了一个较新的局面：起义军受到不小的打击，官军的士气也有所上升。朝廷上下对洪承畴的功绩是肯定的。洪承畴官职的升迁是指日可待的了。四、困难环境，尽责尽职崇祯七年（1634）十二月，朝廷除仍任洪承畴为陕西三边总督外，并以功加太子太保、兵部尚书，总督河南、山西、陕西、湖广、保定、真定等处军务，成为当时镇压农民起义军的最高统帅。
事实上，这一职位的到来晚了约十个月。本年三月，南京都察院右都御史唐世济上言，说：“流寇有四：一乱民，一驿卒，一饥黎，一难氓。宜分别剿抚。”崇祯皇帝看后，十分赞许。其时，农民起义军蔓延秦、晋、楚、豫，流突不定。廷议认为，各镇抚事权不一，互相观望，应该以重臣开督府，统摄诸道兵讨伐。于是命阁臣拟谕，专门委派一名总督料理。本来打算任洪承畴，但众臣考虑到陕西三边情况的重要，目前只有洪承畴才可控制局面，未敢轻易让洪改职，而委陈奇瑜总督陕西、山西、河南、湖广、四川五省军务，专事镇压农民起义军。
陈奇瑜上任时，形势更为严峻。一是自然灾害更加严重。如山西自六年八月至七年三月不雨，人民无以为食，发生人相食的悲惨现象。更有甚者，永宁州民苏倚哥，“杀父母炙而食之”。七年闰八月，河南亦大旱，饥民纷纷加入起义军。陕西也如此。如文县去岁大旱，入秋早霜，一冬无雪，今春又无雨；而延绥西路更是数年粮食无收。二是各地义军在官军的围剿下，流动性更大了，出现更大规模的越省攻城略地。如四川义军三万人屯湖广郧阳之黄龙滩，分三道：一均州，趋河南；一郧阳，趋淅川；一趋商、雒、卢氏。而另一支四川义军在陕西攻陷两当、风县。河南义军一支则东至于湖广之蕲水、黄州、广济；另有一支则分略南直隶的潜山、太湖、宿松。陕西起义军有的出略阳，入四川梓潼、剑州；有的则由宁羌入侵四州之广元。
陈奇瑜要应付这一局面，必须要有一个全盘、细致、行之有效的方案。然而陈奇瑜的谋略欠佳，他不能运用手中的权力，用集中与分散兵力的手段，消灭义军的有生力量，而是盲目行事，造成了许多失误。抚治郧阳的卢象升和总督陈奇瑜曾将数省兵力萃于湖广，企图彻底消灭湖广义军。湖广义军深知自己的力量不能抵御官军，于是西奔汉中、兴平，从而与商、雒相接。而陕西义军也因洪承畴的剿逐，人商、雒山中。这时陕西东南部的广大山区，成了各路义军的聚集地。人多、地形复杂，给官军的围剿造成了极大的困难。而易守、易出的环境，也给官军带来突如其来的打击和意想不到的威胁。
陈奇瑜和卢象升虽然也有战绩，如剿竹山、竹鼷各“山寇”，斩一千七百余人；奇瑜复败“贼”于硖石，斩七百余人，淹死五千余人，坠崖死者两千余人等，但总的来说，却是失败者。
陈奇瑜与杨鹤一样，是一名主招抚的朝廷大员，故其在任上便尽力实施其招抚的方针。当初，陕西一支起义军为洪承畴所逐，逃向汉中。时川兵防守巴西诸险，起义军不能入川。此时，义军人饥马乏，得不到可以充饥的食物，在这危难关头，起义军向总督陈奇瑜乞降，接受招抚。陈奇瑜见此，十分高兴，认为这是自己招抚方针成功的范例。于是向上级报告；降“贼一万三千有奇，斩渠十人，余皆延安百姓，令其还乡”。
总督陈奇瑜是一个谋略较差、办事欠周密的人。他主招抚，但对招抚者应如何安置，应采取哪些措施防止招抚者的复叛，却没有具体的、针对性的方针。要知道，在一般的情况下，起义军之所以接受招抚是因为饥饿疲惫，困于危险境地而不得不采取投降这一招，就其本身而言，根本没有投降的意愿，投降只是一个缓冲。实际只是“假降”，是义军采取的一个策略。而陈琦瑜却让诸军原地不动，仅派遣极少的官员监护这些人，并命令所经过的地方，官府都应为其提供饮食和粮米。当这些人走出栈道，脱离险境后，便不再受总督所派监护官的约束，“仍事杀掠，所至罢市”。最终五十名监护官全部被杀，义军又先后攻陷麟游、永寿诸城，重新举起反抗的大旗。这降而复叛的万余人，给陕西的围剿带来了极大的困难。
陈奇瑜等的招抚政策，也给起义军造成可乘之机。如七月辛卯，起义军的一支来到凤翔县西关，谎称是奉总督和巡抚的命令，让他们到城内驻扎。明智的守城官员知其诈，欺哄起义军说：“奉上司命令，不敢打开城门，入城须以绳索吊上城。”起义军相信了守城官员的话，结果登上城的三十六名农民军将士全被杀死，从而保住了城池。如果守城官员不能识破其诈，后果可想而知。
陈奇瑜通过此事小但不能反省，进而完善自己主张的招抚策略，反而在此事上大做文章，弹劾地方官员和地方乡绅阻扰，毁坏了招抚局面，以便激起皇上的震怒。多疑、易怒的崇祯皇帝真的发怒了，命缇骑（明代锦衣卫校尉）逮宝鸡县知县李嘉彦及风翔乡绅孙鹏等五十余人，下刑部狱。陈奇瑜为了保住自己的乌纱帽，为了张扬自己招抚策略的可行，掩盖自己的无能如此，也可见明末官场的黑暗，官员品质的低下。
崇祯七年闰八月，陈奇瑜来到陕西凤县，得知农民起义军的势力范围已经“北接庆阳，西至巩昌，西北至邠州、长安。西南则周至，宝鸡”，人数已有二十万人，才开始认识到自己的愚笨，想到分兵出击。但官兵人少，难以应付。可以说，在这段时间里，陈奇瑜给了陕、豫等地的农民起义军一个发展的大好时机。农民军纵横陕西、河南、湖广等省，官军丢城失地。
十月，陕西巡按傅永淳上言：“汉南降盗陷城破邑，所在骚然。皆由奇瑜专主招降，谓盗已革心，不许道途讯诘，故郡邑不敢问，开门揖盗，剿抚两妨，皆奇瑜之流毒也。”山西巡抚也上言：“招安流盗，最宜慎重，彼狼子野心，势难驯服，况边地穷荒，无居无食，仅日免死，遂甘心易虑乎哉！”
陕西义军的蓬勃发展，崇祯帝既恐慌又恼怒。十月逮陕西巡抚陈国事，命李乔巡抚陕西。
在这样的情况下，陈奇瑜可能已感到前途的不妙。于是请各抚镇分地责成，看来好像是陈奇瑜改变了策略，实际却是陈奇瑜见抚局大溃，义军发展壮大之势不可阻挡，想以此来转嫁“罪责”，推诿责任。然而这种卑劣的手段出手似乎晚了些，陈奇瑜上任十个月的作为，朝廷历历在目，十一月，总督陈奇瑜被免职，听勘。
当陈奇瑜在陕推行主招抚政策的时候，陕西三边总督洪承畴却率领部将东奔西追，南征北战，哪里危急就到哪里救援，被围的城市解围了，失陷的城邑收复了。在处理明末民变的问题上，陈奇瑜与洪承畴相较，两人差距太大了。十个月的风风雨雨，陈奇瑜一败涂地，洪承畴却在朝廷中，树立起了更高的“英雄”形象。“五省总督”的职位虽来得晚了点，历史却给了他一个发挥个人聪明才智的舞台。
洪承畴接手的是陈奇瑜留下的一个更加难以收拾的局面。崇祯八年（1635）正月，陕西义军数十万出关，分为三支：一自陕州上平阳人山西；一自武关向襄阳人湖广；一自卢氏东向，分犯河南北。而黄河南北义军也分三支：一走伊、汝陷荥阳、汜水，东略郑州，分道犯商城；一自叶、蔡南围汝宁；一自怀庆东渡河，掠归德、睢、汝、陈、许等州。湖广襄阳境内也集聚了数十万义军。朝中的有识之士看到了问题的严重，给事中常自裕上言道：“中原天下安危所系，今群盗充斥，乃仅以左良玉一旅塞新、渑，陈治邦等数营扼汝州，陈永福孤军堵南阳，贼势日众，兵力日分，贼二三十万，大小七十二营，蜂屯伊、嵩、宛、雒之问，以数千官军，东、西堵拒，贼何畏而不长驱哉！”接着提议“乞更选边兵，统以廉勇之将，特选重臣视师，庶腹心不致决裂也”。
朝廷接受了常自裕的建议。兵部议调西北边兵及南兵共七万两千人，饷九十三万六千两，并发内库银二十万两，齐至督臣前。并命洪承畴统率大军出关，节制诸路抚镇，合力剿灭义军，一切军事行动均听督臣命令。朝廷授予洪承畴较大的权力，但也明确了任务：必须在六个月内平息义军，使国家安宁，同时立颁奖赏，如果仍留有“余孽”，督抚诸臣立置重典。
于是洪承畴奉命率军出关，赶赴河南。
当时在河南的义军，听说老对手洪承畴出关，甚觉局势的严峻，为了商讨对策，老回回、曹操、革里眼、左金王、改世王、射塌天、横天王、混十万、过天星、九条龙、顺天王及高迎祥、张献忠共十三家，七十二营会商于河南荥阳。经过讨论，大家同意了李自成提出的“分兵定向”策略。革里眼、左金王挡当川、湖兵；横天王、混十万挡陕兵；过天星扼河上，缀河南兵；高迎祥、李自成和张献忠略东方；老回回、九条龙往来策应。陕兵锐，益以射塌天，改世王。
经过这次调整，起义军的战斗力较前又有所强大，连陷霍邱、颍州；并于正月丙寅陷中都凤阳，焚毁皇陵楼殿及松树三十万株，杀守陵太监六十余人，烧公私邸舍两万两千六百五十余间。
凤阳的陷落，对明王朝是一个沉重的打击，而对起义军来说，却是一件鼓舞士气的大事，同时也是李自成、张献忠分裂的开始。
凤阳的失陷，明廷归罪于总督漕运、尚书杨鹏和巡按御史吴振缨，逮二人于狱，杨鹏论死，振缨遣戌。
风阳的失陷，可以说又给了洪承畴一个机遇。一些朝中大臣对战局有了新的认识，也使得洪承畴对自己的战略方针、行动部署有所调整。紧接着便晋升洪承畴为兵部尚书，赐尚方剑，令集诸路兵驻楚、豫适中之地，以利于兵力调迁。
三月初一日，洪承畴来到汝宁，分遣将领贺人龙往风阳，邓圮往麻、黄，左良玉往南阳，以便邀击义军。十七日，洪督师来到河南信阳，而总兵官曹文诏、张应昌也自晋中到来。于是，准备对起义军实行大规模的军事围剿。曹文诏奉命于二十八日冒雨追逐义军到随州，斩杀三百八十人，取得了一次胜利。
督师洪承畴的出关及其战略部署，使得先前由陕西东出，活动于湖广、河南等地的起义军又纷纷西回陕西。高迎祥、李自成先由凤阳趋归德（今河南商丘），然后入关；张献忠也由风阳陷麻城，再由麻城向西入陕。洪承畴在得知起义军回到关中的情报后，四月，与诸将会师于汝州（今河南临汝），决定了“还顾根本”、“分地击贼”的策略。令邓圮、尤翟文、张应昌、许成名驻樊城（今湖北襄樊），防汉江；左良玉、汤九州控吴村瓦屋——河南内乡淅水之要道；尤世威、陈永福、徐来朝分驻永宁、卢氏山中，以拒雒南、朱阳之险；洪承畴则亲自统率大军等待曹文诏由随州到达后，一同入关进剿农民起义军。
洪承畴牢记朝廷六个月内平定义军的旨令，不待曹文诏到，便率贺人龙、张全昌等西行，约文诏商州相会。当洪承畴驻师灵宝时，曹文诏亦自南阳赶来。承畴一见，大喜，共商入陕征讨大计。洪承畴认为，起义军现屯商雒地区，闻官军集众而来，必然先向汉中转移，如果大军由潼关入陕，必定会在起义军行动之后。官军不能与之相遇，劳而无功，达不到预期的效果。于是，洪承畴命令曹文诏由阌乡走山间小路至雒南、商州，直捣义军的大本营，然后从山阳、镇安、旬阳直奔汉中，阻止义军逃跑。洪承畴知道这次行军的艰苦，深情地对曹文诏说：“这次行军，道路迂回曲折，时问也较漫长，将军和部众是非常劳苦的。我将集关中兵马为将军的后盾，并等待将军的好消息。”洪承畴亲切地拍了拍曹文诏的肩，祝福他马到成功。曹文诏满怀信心，跃马而去。
五月，总兵官曹文诏、参将曹变蛟冒雨来到商州。农民军离城三十里。夜半，文诏率变蛟及守备鼎蛟、都司白广恩等与农民军在深林中激战，获得胜利。第二天，追击逃跑之农民军至金岭。四川农民军依靠险要的地势，以千骑与曹文诏部逆战，在关键时刻，曹变蛟大呼冲入对方阵地，其他官军亦协力并进，最终取得胜利。
当时，洪承畴驻泾阳，农民军听说督师到来，遂奔往礼泉、兴平。于是承畴率部下折而西去，夜渡渭河，计议征讨在商、雒的农民军。此时，商、雒地区的农民起义军马守应（老回回）部已离去，并逼近西安，距离官军只有五十里。洪承畴遂派遣贺人龙南入子午谷，夺其南部路径；派刘成功和游击王永祥往东南，遏其北走。张全昌亦自咸阳截击，绕出兴平之东。农民军见此阵势，遂不敢南渡，尽奔武功、扶风。当夜，农民军从扶风之教坊塘渡河走郿县。洪承畴恐怕这支农民军东奔，又率部渡渭河追之。贺人龙、刘成功等正好与南来之义军相遇，双方发生激战，官军取得胜利，义军只好舍骑登山。从此，商、雒义军部分逃入终南山中，少数逃往兴平、平利。
明末农民战争中，农民军的流动性大，但这一流动也是有规律可循的。洪承畴在陕多年，专司此事，因而对此非常清楚。大抵冬、春时节，起义军多奔向河南、湖广及江北诸地，流动范围广，队伍也比较分散，此刻官军要想剿灭义军，比较困难；每当夏、秋时节，各路义军又纷纷返回陕西，集中于某些地区，这样官军可以集中兵力，在陕西境内对其打击。然而义军可由栈道从徽州、阶州进入汉南，而后入川；如果出商雒，可进入河南的内乡、淅川及湖广的郧西、上津而达襄、郧。所以，陕西的这些战略要地需派兵把守，以防止农民军逃出。陕西义军精锐，人数众多，洪承畴在陕西采取就地消灭的战略，应该说是正确的。
六月，副总兵艾万年、柳国镇、刘成功，游击王锡命等以三千人与李自成部战于宁州之襄乐，斩杀义军达千人。天色将晚，遂旋师至巴家塞驻扎。不多时，李自成又率重兵来到，万年出砦大战，中埋伏，艾万年、柳国镇两员大将战死，失亡士官千余人。刘成功、王锡命等亦受重创。紧接着，总兵张全昌、副总兵贺人龙也以三千人至清水之张家川，斩杀义军一百六十余人，但在追击中失利，都司田应龙、张应春死。
起义军几次连胜，开始出现骄傲情绪，想侵犯西安、泾阳、三原诸战略要地。官军经过几次败仗，丧失多员大将，情绪颇为低落。洪承畴在邠州也甚感忧虑。此时，总兵官曹文诏听到艾万年的死讯，非常气愤，他拔刀斫地，并大骂义军，坚决要为万年报仇，遂即到洪承畴帐前请战。正在发愁的承畴一听，喜出望外，说道：“除非将军不能剿灭此敌，眼下我军已分散各地，没有可以策应者。将军行，我将由泾阳赶赴淳化，以为将军之后盾。”曹文诏乃以三千人自宁州前往战斗。在真宁之湫头镇遇到义军，参将曹变蛟为前锋，奋勇向前，斩杀义军五百余人，乘胜穷追三十里，文诏自率步兵殿后，却不幸中了义军埋伏，官军与数万义军骑士拼杀。文诏尽力格斗，亲手杀伤数十人。在方圆数里的战场上往来奔波，终因力不能支，拔刀自刎而死。这次战斗失败了。
起义军欲乘胜转掠，洪承畴全力以赴，将其阻挡在泾阳、三原一线，使西安不受威胁。
起义军再次远离洪承畴，希图由蓝田东奔河南卢氏。在洪承畴“分地击贼”方针的指导下，督师在四月已派尤世威、陈永福、徐来朝等分别驻扎永宁、卢氏山中，以拒雒南、兰草川、朱阳关之险。
七月，张献忠部欲走卢氏，由于尤世威的驻守，故难以取胜，乃入商雒山中。徐来朝部初因不肯入山大噪，这时，义军到来，来朝不战而逃，全军尽没。这样就使尤世威军完全暴露，又值疫情发生，与起义军战，失利。义军遂入朱阳关，并杀裨将徐来臣。起义军分十三营向东进犯，河南震惊。
但李自成部仍留在陕西。八月，李自成陷咸阳，又陷永寿。
本年正月，朝廷有六个月平定各地义军的指令，若到时不能完成任务，“督抚诸臣立置重典”，现在期限已过，但时局没有出现很大的转机。可以说，此时的崇祯帝和朝中一些大臣还是明智的，对形势还是有所了解的。不但未曾处分洪督师和诸大官，反而给洪承畴出谋划策，调整其作战方案及部署。八月，“廷议以贼势益张，洪承畴一人不能兼顾，乃擢（卢）象升总理五省，与承畴分辖，承畴督关中兵办西北，象升督关外兵办东南。”不久，又进卢象升兵部侍郎，加总督山西、陕西，赐尚方剑。事实上这与洪承畴的“分地击贼”是一致的。分为关内、关外两个战区。在实施中，更能有效操作。
总督洪承畴专主他所熟悉的陕西战事，显然比较得心应手。
前已述及，高迎祥、李自成取得几次胜利后，便骄气横生，目无一切，分道出犯各地。高迎祥略武功、扶风以西；李自成略富平、三原以东。崇祯八年九月，洪承畴遣将追李自成取得小胜。至礼泉，李自成部将高杰来降。洪承畴得知李自成的基本情况后，遂回过头向东追击李自成，并在渭南、临潼发生激战，自成大败，继续东走。督师麾下副总兵曹变蛟与高杰再破自成军于关山镇，逐北三十余里。
不久，曹变蛟又追高迎祥，与其战于凤翔之官亭，高迎祥败走。紧接着又与左光先在乾州再败之，高迎祥中箭而逃。于是东逾华阴南原绝岭，偕李自成一起出朱阳关，并与张献忠汇合凡拥众三十万，悉聚于阌乡、灵宝，“尘埃涨天，络驿百里”。此后，农民起义军在豫及其北攻城略地，横行一时。
崇祯九年（1636）夏，起义军大抵又归陕西。高迎祥在汉南，李自成踞南山险隘，穿商、雒问走延西，并曾计划由绥德渡河入晋，结果被定边副将张天礼所遏止。
五月，崇祯下诏说：“赦胁从诸贼，愿归者护还其乡，有司安置。其愿从军自效者，有功者一体叙录。”但效果不佳。
七月，陕西巡抚孙传庭在周至与义军发生战斗，大破其众于黑水峪，高迎祥被俘（后押至北京处死），给了关中起义军巨大的震慑。
对于明廷来说，高迎祥的被俘及被杀，是鼓舞士气的大事。但此时形势却发生了相反的变化。七月大清兵陷昌平，入攻顺义，下宝坻、定兴、定肃、大城、雄县、安州等地，京师戒严。在这危急关头，卢象升于八月入援，暂驻真定。九月改象升总督宣大、山西军务，河南、湖广军务便暂无人料理了。当时的湖广巡抚苗胙土不习军务。张献忠乃约马守应诸部二十万众自均州、新安、唐县分道犯襄阳诸地，气势渐盛，高迎祥死，义军复推李自成为闯王，从此，李自成、张献忠分寇西、南，各为雄长。
洪承畴此时所处形势也严峻起来。他在力所能及的条件下，与陕西境内的义军展开斗争。十二月，洪承畴在陇州大败李自成，自成奔庆阳、凤翔。
崇祯十年（1367）四月，洪承畴因义军破阶州，刚刚率军与之战于大散关，而小红狼部围汉中，瑞王朱常浩告急，奉旨谯责。洪承畴乃率贺人龙兵往救，汉中之围遂解。
当秦抚孙传庭到陕之初，洪督师曾与之共表“灭贼”的决心。两人在战区上作了分工：承畴战关以西，传庭战关以东。先是李自成由凤翔渡渭河，犯泾阳、三原、蝎子块，过天星皆来会合，孙传庭督副将曹变蛟连战七日，将其击败。蝎子块降。五月，李自成与过天星奔秦州，并谋入蜀。此外，孙传庭先后降义军首领一条龙、镇世王、上山虎等。
九月，洪承畴又在汉中打败义军。经过洪、孙二人的奋战，关中起义军的势力逐渐衰弱。
李自成见陕地洪、孙谋划周详，分兵、合力对付义军，义军又连连遭败，乃以其半入四川，其余的由汉、兴、商、雒以入湖广、河南。当时杨嗣昌主兵事，唯恐陕西义军出关动摇其剿抚局面，于是想诿罪于洪承畴。而此刻，洪承畴等正奔跑于秦、蜀两地，寻机而战。
十二月，总督洪承畴率总兵官曹变蛟等援四川，由沔县历宁羌过七盘、朝天二关，山高路险，上马饥疲，岁暮，抵达广厄。十一年正月，与李自成在梓潼大战，官军大胜，斩首五百余人，李自成的兵卒亡失殆尽。李自成率刘宗敏、田见秀、李锦、谷可成、张世杰、高一功、张鼎、李过、李双喜、任继光、田虎、刘汝魁等十八骑溃围，奔回陕西。
由蜀返秦之义军大抵分散开来，有的与官军东西转战，乘其不备破城夺邑；有的则暂时潜伏，避开官军的锋芒，以便寻找时机再战；更有以“假降”来渡过低潮期的。唯独李自成从洮州来到了番地。洪承畴令曹变蛟偕贺人龙紧紧追赶，屡屡发生战斗，前后斩杀六千七百余人。番地缺乏食粮，义军死亡颇多。
明朝末年，官场风气大坏，官吏拉帮结派，党派林立，一个没有靠山的督师，有再多的功劳和忠心，也会遭到对手的攻击或诬栽。洪承畴就曾遇到这样的事。四月，熊文灿奏舞阳、光山之捷及刘国能、张献忠就抚的情况。因熊文灿是杨嗣昌的好友詹事姚明恭所推荐，而文灿又为嗣昌所荐，召为兵部尚书，总理南畿、河南、山陕、川湖军务，故杨嗣昌在朝廷竭力赞扬文灿而诋毁洪承畴。昏庸的崇祯帝下诏：“镌承畴尚书、宫保，曹变蛟、左良玉各夺五官，仍戴罪办贼。”
主剿的洪承畴及曹变蛟、左良玉等，“戴罪办贼”期间，在陕、豫、川及湖广积极开展围剿，并不断传来捷报。洪承畴估计李自成已势穷，必奔潼关。于是和陕西巡抚孙传庭计议，设三伏于潼关之南原，每五十里而立一营，令总兵官曹变蛟穷追李自成。李自成军进入埋伏圈中，自相蹈藉。曹变蛟手执大刀，大呼斫贼，伏兵尽起，斩杀自成军无数。其幸免者，或弃刀枪，或丢坐骑，逃逸汉南山中，前后降者不计其数。李自成也与妻女失散，只带领七骑逃去，藏匿于商雒山中。
可以说，这次潼关南原之战，对明廷十分有利，如果洪承畴能继续留陕，陕西的围剿情况将会有大的改观，中国明末以后的历史也可能不是今大这样。然而事情却发生了极大的变化。
崇祯十一年十一月，清兵自良乡趋涿州，分三路深入：一由涞水出易州，一由新城出雄县，一由定兴出安肃。高阳城陷，孙承宗被执，投缳而死。十二月，宣大总督卢象升与大清兵战于巨鹿之贾庄，结果战败，卢象升格杀数十人，身中箭而死。当时京师危急，朝廷召洪承畴、孙传庭合兵五万人卫。
崇祯十二年（1629）正月，大清兵入济南。明与清的战事加紧。正月，改洪承畴总督蓟辽军务，孙传庭总督保定、山东、河北军务。洪承畴等离开了围剿农民起义军的前线，开始了他一生中的又一个阶段。
五、松锦战败，被俘降清
崇祯十二年六月，总督蓟辽洪承畴在经过对辽事的认真思考、研究后，上书朝廷说：“建州女真采取明暗两种手段，屡次向我大明讨要赏赐，今后他们如果不再向西侵犯我朝，就赏赐如故，否则就不给赏赐，并要进行围剿。”朝廷对这一针对性极强的务实主张表示同意。
崇祯十二年十月，清兵攻宁远。总兵官金国凤因愤于将士怯战，便亲自率亲丁数十人，在宁远城北山冈抵御清兵。鏖战多时，矢尽力竭，金国凤同他的两个儿子都战死了。洪承畴得报后，上疏朝廷说：“国凤怀忠勇，前守松山，兵不满三千，乃能力保孤城，此非其才力优也，而是能因事权专，号令出一，而人心齐肃。迨擢任大将，兵近万人，反致殒命，非其才力短也，由营伍纷纭，号令难施，而人心不一所致。请从今往后，设连营节制之法，凡遇警守城即出，唯总兵官之令是听，方可军心齐肃，这对于守卫疆土关系甚大。”崇祯帝接受了这个建议。
崇祯十三年（1640）三月，清兵至义州，谋犯锦州。总督洪承畴同辽东巡抚方一藻，以及前锋祖大寿、团练吴三桂、分练刘肇基先屯兵锦州松山以待敌，并调山海关总兵官马科率万人前往增援。五月，总督洪承畴出山海关，驻兵宁远。吴三桂、刘肇基出杏山。前锋祖大寿以及副总兵祖泽远在松、杏间遭遇清军，吴三桂被围，刘肇基率部将他救出，损失千人，而所杀伤的清军亦相当。副总兵程继儒临阵胆怯，洪承畴将其斩首，从此军士俱听命效力。
十二月，征宣府总兵杨国柱、大同总兵王朴、密云总兵唐通以及东协总兵曹变蛟、援剿总兵白广恩、山海关总兵马科、辽东总兵吴三桂、王廷臣，凡八总兵，总计兵十三万，马四万，骡一万，皆出关，隶属于洪承畴。当时清兵已下大凌河。祖大寿入锦州拒守，松山、杏山、塔山三城相与为犄角。
崇祯十四年（1641）三月，总督洪承畴、总兵曹变蛟、白广恩及吴三桂、王廷臣等至宁远。洪承畴至松山，见明军将少，兵力不足，难以防御，遂调宣府总兵杨国柱等兵。祖大寿会合诸军击清军于锦州，斩杀清兵三十六人。次日再战，清军被击退。
六月，明军与清兵战于松山石门，双方皆有伤亡，清兵虽未退，但已受挫。这时，在北京的兵部尚书陈新甲屡陈敌情，想分兵几路出战：一路出兵塔山，趋大胜堡，攻清营之西北；一路出兵杏山，抄锦昌而攻其北；一路出兵松山，渡小凌河而攻其东；又正兵出松山而攻其南。朝廷命行营将帅讨论陈新甲的意见。当时洪承畴虽然统率八镇兵马，但只有白广恩、马科、吴三桂三镇敢战，而其他可以合力；若分数路出兵，恐怕寡不敌众。因此洪承畴提出“且战且守”的战略。他说：“长久坚守松、杏，可借以作为军需物资转运之地，况且锦州守御坚固，清兵不易动摇。如果清军过了今秋还不能拿下锦州，就势穷了。这便是可守而后可战的策略。现在兵部讨‘议出战，我怎敢迁延时日？只怕到时转输粮草物资艰难，鞭长莫及。战争的胜败与国体攸关，不如稍稍等待，使清军自困，再进行攻击，才是可行之策。”崇祯帝也认为洪承畴的意见是正确的。
而陈新甲顽固坚持前议。职方郎中张若麒则浮躁而好事，见我军有几次小胜，就说锦州等地之围可以立解，崇祯帝也就命令他留在关外料理。陈新甲又写信给洪承畴说：“近接二协报告，说清兵又想入犯，如果真是这样，则关内外均会受困，势将不可支。督师出关用兵已经有一年多，花费饷银数十万两，而锦州之围未解，内地又受困。此时督师不进山海，则三协虚单，若往辽西，则宝山空虚，这怎能对得起圣上及朝中文武群臣的希望？圣上忧虑，臣僚受辱，督师清夜思之，恐怕也会不安的吧！”洪承畴既被陈新甲所激，又奉密敕恪期进兵。当时，兵部尚书陈新甲又荐前绥德知县马绍愉为兵部职方主事，出关协助谋划；张若麒、马绍愉又都说我军可战。于是洪承畴的策略被否定了。
七月，洪承畴出兵增援锦州，进抵松山。洪承畴夜见清军屯兵于乳峰山之东，遂传令明军中夜登乳峰山之西角。部署略定，清兵大骇。
八月初八日，清兵攻乳峰山西营，明军将其击退，斩六人；再攻，再击退。初九日，明军分两路攻两石门，总兵王朴战败。初十日，明军稍胜清兵，自是清兵不再出战，等待援军的到来。马绍愉向洪承畴建议，宜乘明军之锐出奇制故，这样可以鼓舞锦州明军的士气，不要待援军来后再行动。洪承畴不采纳。长岭山自塔山迤逦至锦州，延至松山城的右边。大同监军张斗对洪承畴说：“应该在长岭山驻守一军，以防止清军抄我后路。”洪承畴亦不听，并且十分生气地说：“我一个十二年的老督师，还不如一个书生知道的多？”
八月辛酉（十八日），清军以三千骑来支援，首先占据长岭山，声言要围困松山城。明军以为诈，按兵不动。清兵则在松山城外挖壕沟，壕沟深八尺，宽一丈多，并且挖了三重壕沟，明军反而被困于内。清兵围困松山城，目的在于分散明军兵力，断明军粮道。乳峰山在锦州城外，而松山又在乳峰外，明军粮饷缺乏，洪承畴对部下说：“清兵新旧相替，轮番攻守。因此我军出战，当速战速决。要命令本部将士奋力战斗。我将亲执桴鼓参战，解围在此一举。”然而诸将却计议回宁远就饷。黄昏，兵部职方郎中张若麒给洪承畴写信说：“我军连胜，今日再战，亦不为难。但松山之粮不足三日，且敌不但围困锦州，而今又围困松山，各帅既有回宁远支粮再战的意见，应该答应。”于是，诸将意见不一，有的主张明日战，有的主张今夕战，有的则主张何时战以后再计议。洪承畴听后，说道：“往时诸君都矢志报效朝廷，现在正是时候。眼下我们粮尽被围，应将当前形势明告吏卒：战也是死，不战也是死；若战或可侥幸于万一。明日望诸君尽力一战。”于是决定明日出战。
但总兵王朴怯战，率先逃走。于是各总兵也争先恐后逃奔。逃走问望见火光，便认为是清军阵地，不敢向前，又转身返回，结果遭清兵伏击，大溃。当夜，吴三桂、王朴、唐通、马科、白广恩、李辅明被清军掩杀，死者不可胜数。总督洪承畴、辽东巡抚丘民仰率将吏入松山城。洪承畴当夜留兵三分之一守城，其余突围冲阵，明军有小胜。清军殊死战，明军又不得入城，移屯海岸，又被海潮所淹，仅两百余人脱险，而只有白广恩回到松山。兵部职方郎中张若麒、兵部职方主事马绍愉获渔船，逃到宁远，上奏朝廷说洪承畴失策，造成此败，企图以此自免，此是后话。
此时曹变蛟于当放夜弃乳峰山寨，率领所部马步兵袭击清兵镶黄旗和正黄旗，直攻清军老营，未能取胜。变蛟也奔还松山。至此，洪承畴的十三万大军，死了五万多人，诸将又纷纷溃遁，只有曹变蛟、王廷臣等率残兵一万余人相从。
清兵围困松山后，清太宗皇太极致书洪承畴劝降。承畴不答。
九月，洪承畴谋突围，悉出城中步骑兵，夜攻镶黄旗骁骑营。及正白、镶白两旗汉军营，皆败，死伤千人。十二月，闻关内援兵三千赴援将至，遂出兵六千，夜攻正红旗护军营、正黄旗蒙古营，结果被矢、炮击毙四百二十人，溃走杏山，半路又遭伏击，死者五百七十余人。败退城下的明兵，又因门闭不得入，三千多人投降了清军。而关内赴援之兵竟驻宁远，不敢前往松山等被围之城。此时的洪承畴欲战则力不支，欲守则兵寡粮尽，欲遁不敢成队而出，只能与曹变蛟、王延臣、巡抚丘民仰等坐困围城之中。
崇祯十五年（1642）二月，松山城守副将夏成德使其弟景海与清兵交通，并以其子舒为质，相约为内应，于是清兵夜间从夏成德所守城堞处树云梯登城，松山城破。洪承畴、丘民仰、曹变蛟、王廷臣等被俘。当时是二月壬戌（二十二日）。皇太极命杀丘民仰、曹变蛟、王廷臣，而押送洪承畴到盛京。
洪承畴被俘之初，与其他被俘明朝将领一样，拒不剃头投降，“只求速死”。当满族官员发怒，举刀要砍他时，洪承畴曾“延颈承刃，终始不屈”。他还曾下决心绝食，“米浆不入口者七日”。
当时的皇太极极雄心勃勃，对于招降明朝官吏十分注意，而明降将都察院参政张存仁对此更为热心。四月一日，张存仁上奏皇太极说：“洪承畴这样的人，不宜久加拘禁，应令其剃发，降于我朝，然后酌加应用。这样做的结果，会使明朝皇帝闻之寒心，其朝廷大臣闻之夺气。”他还建议，对投降后的洪承畴“恩养不宜薄”。皇太极采纳了张存仁的意见，对洪承畴积极做诱降工作。
皇太极曾多次派不同身份的官员去说服洪承畴降清，但无结果。皇太极甚感焦急与不安。有一天，皇太极派范文程去说降。范文程来到洪承畴的住所后，先不说降清的事，只是随意漫谈，内容很广，涉及古今人事。谈话问，忽然从梁间落下一些灰尘，掉在洪承畴的衣服上，洪承畴便赶快将其拂去。这次谈话结束后，范文程立刻向皇太极报告说：“洪承畴绝不想死。他对衣服尚且这样珍惜，何况生命呢？”皇太极听了十分高兴，于是，便亲自去看望洪承畴，并把自己身着的貂裘脱下送给他，说：“先生难道不冷吗？”洪承畴对着貂裘凝神很久，十分感叹地说：“真命世之主也！”立即跪地叩头，向皇太极请降。
洪承畴的投降，使得皇太极异常高兴，立即对其大加赏赐，并设酒陈百戏庆祝。当时，也有一些缺乏远见的清朝将领对此不理解，非常不满地说：“皇上为什么如此重待洪承畴呢？”皇太极反问他们说：“我们栉风沐雨几十年，究竟为了什么呢？”诸将回答说：“为得中原。”皇太极笑着说：“譬如走路，我们都是盲人，现在得到了一位向导，怎能不令人高兴呢？”
据史籍记载，崇祯皇帝开始曾听说洪承畴被俘后，“义不受辱，骂贼不屈”，已被清军“碎体而亡”，因此准备对洪承畴举行隆重的祭祀之礼，设祭十六坛，并“建祠都城外”，与死难的巡抚丘民仰等并列，崇祯帝还准备亲临奠祭。不久传来洪承畴降清的消息，崇祯帝感到非常沮丧，祭祀之礼也立刻停止了。
五月，皇太极召见洪承畴及诸降将于崇政殿。洪承畴跪大清门外奏言：“臣为明将，兵十三万，由松山援锦州，曾经数战，冒犯军威，圣驾一至而兵败。臣坐困松山，糗粮磬绝，人皆相食，城破被擒，自分应死，蒙皇上矜怜，不杀而恩养之。今令朝见，臣自知罪重，不敢遽入。”皇太极说：“承畴言诚是。彼时与我军交战，各为其主，朕岂介意。朕之击败十三万明兵，得松山、锦州诸城，皆天也。天道好生，善养人者，斯合天道，朕故恩沾及尔。尔但念朕抚育之恩，当尽力以事朕。”洪承畴等乃入朝见，命上殿坐，赐茶。
皇太极虽积极劝降了洪承畴，但皇太极在世的时候，洪承畴并未得到重用，只是使他隶镶黄旗汉军，而生活上对他优厚罢了。
六、剿抚并用，平定江南
崇祯十七年（1644），即清世祖顺治元年三月，李自成率起义军进入北京，崇祯帝自缢于煤山，宣告了明朝的灭亡。这一消息到了四月清睿亲王多尔衮才得知。这一突如其来的变化，引起清领导集团的极大重视。多尔衮立即召集会议，征询意见，以便采取相应对策。洪承畴因陈进兵策，其内容为：“我大清兵力十分强大，是天下无敌之师。首先应该遣官宣布号令，明确此次行动的目的在于扫除乱逆。清兵所到之处，不杀人民，不焚庐舍，不掠财物。并宣告各府州县及其官吏，凡开门迎降或为内应，而立大功者，破格封赏，法立令行，此是最紧要的事。”接着，他又根据多年围剿农民军的经历进一步分析说：“从以往的情况来看，李自成军的战术是，遇弱则攻，遇强则走。现在他听说我军赶到，必然向西逃遁。因而我军应从蓟州、密云一路疾行，赶在李自成军的前面。李自成军若退跑，我军就以轻骑追杀；如果他们仍旧占据京城进行抗拒，那么更容易为我军所破。关于入山海关的路线，我认为山海关一带道路险隘，我大清兵不便走北道，恐李自成埋伏有精兵强将以待我军。”他还献计说：“我军应该改骑兵为步兵，使兵行于前而马跟在后，等到进入边境，道路宽畅，步兵就又成了骑兵。兵到北京后，应该连营城外，以阻断西面各路援兵的到来。城中守兵孤立，便可一战而胜。”洪承畴的意见，深受清军统帅多尔衮赞许。
清军入关攻明，洪承畴时刻不离多尔衮左右，他所献种种谋策，大抵为多尔衮采用。此后，洪承畴的地位便渐趋重要。
山海关大战，清军取得胜利。多尔衮在此期间向明朝军民发布的出师告示，就是根据洪承畴的上述主张起草的。在这个告示里，不仅把清军说成是救国救民的仁义之师，而且号召汉族地主阶级与满族贵族联合起来共同镇压农民军。这个告示，在促进北方汉族地主阶级和明朝官僚与满族贵族联合方面起了十分重要的作用。
清朝定鼎北京后，洪承畴奉旨仍以太子太保、兵部尚书兼都察院右副都御史原衔，同内院官佐理机务，不久便成为秘书院大学士。为了健全政府机构和完善各项制度，洪承畴曾与冯铨等共同上书睿亲王多尔衮，要求恢复明朝内阁制，题奏皆下内阁拟旨，下分六科，抄发各部院。这样做，如有什么问题，大学士们就可以有所指陈，六科也可据此摘参，从而起到防微杜渐的作用。九月，顺治帝由盛京到达北京，洪承畴与冯铨、谢陞等奏请皇上，制定郊庙乐章，把汉族王朝的一些礼乐制度，介绍给新王朝。
在用人制度方面，洪承畴一方面利用自己与明朝官员的旧关系，向新朝推荐了很多人才；另一方面，他还建议由九卿科道会推督、抚、提镇官员，并实行“保荐连坐法”，要求荐举人对所保举的官员负责，以便造成官僚集团的清正廉洁。
由于满族人关后，形势发生了巨大的变化，洪承畴从满族皇帝的利益出发，建议顺治皇帝像金世宗完颜雍和元世祖忽必烈那样，“习汉文，晓汉语”。“博综典籍，勤于文学”，以儒学为师，学习汉族地主阶级丰富的统治经验。洪承畴在顺治皇帝面前表现的忠心，使得他先后两次在京佐理机务，“应诏，条奏甚多，咸蒙谕允。又特疏荐举人才，皆蒙录用。”顺治帝对洪承畴所奏，可行即行，即使不可行，从来也不责备，这样也就使洪承畴敢于大胆直言。
顺治二年（1645），豫亲王多铎率师南下。五月，南明福王政权忻城伯赵之龙、大学士王铎、礼部尚书钱谦益等三十一人以城迎降。这时江南人民的反清斗争也如火如荼地发展起来。清廷为了镇压江南人民的抗清斗争，争取得到江南地主阶级对清政权的支持，决定派洪承畴去江南“安抚”。多尔衮说：“我见他做得来，诸王亦荐他好，故令他南去。”闰六月癸巳，即“命洪承畴以原官总督军务，招抚江南各省，铸‘招抚南方总督军务大学士’印，赐敕便宜行事”，驻江宁。洪承畴到任后，首先疏列降顺之明朝南京翰林、科道卿寺部属等一百四十九人，请令赴部录用，安定了部分前朝官员的思想。
就当时江南的形势而言，是相当严峻的。一方面，南京虽然在五月间被清军占领，但是到六月间，因剃发令的重申，促使民族矛盾进一步激化，江南各地掀起了更大的抗清斗争的浪潮。另外一方面，明朝宗室藩王及其后裔，在明文臣武将及“遗民”的簇拥下称王称帝，并出兵与清军作战，企图抗清复明，给清的统一战争带来极大困难。作为故明汉族大臣的洪承畴，精通儒家“治国平天下”之道，深深懂得汉族人民的心理。他认为，江南人心未定的原因。主要是明朝宗室称王称帝，惑乱人心。因此要达到招抚江南各省的目的，必须采取剿抚并用的策略。所以洪承畴到达江南后，一方面用“抚”的方法安定了宁国、徽州和江西南昌、南康、九江、瑞州、抚州、饶州、临江、吉安、广信、建昌、袁州诸府，又用“剿”的方法攻破绩溪、婺源等地。
在绩溪城破、南明福王朱由崧的左佥都金声被俘后，洪承畴曾问金声是否认识自己。金声故意说不认识。洪承畴急忙说：“我就是洪亨九。”金声听罢，大声怒斥道：“咄！洪亨九受先帝厚恩，官至阁部，英勇而死。先帝曾恸哭辍朝，御制祝版，赐祭十六坛，予谥荫子，是我大明忠臣。你是什么人，敢冒亨九。”洪承畴被斥得无地自容。
顺治三年（1646）正月，洪承畴查知江宁有人叛应朱谊石等反清复明势力，便在距城五十里的西沟池捕杀内应万德华等五十余人，又闭城搜捕五十余人，并鞫实郭世彦、尤踞等三十一人杀之。不久，朱谊石等合众两万来攻，为清兵所败。
在这段时期，洪承畴以剿抚并用的策略，为清政府在江南地区的统治奠定了基础。洪承畴亦以汉族军民的鲜血，换来了清朝最高统治者对他的赏识和信任。这期问，洪承畴曾疏请还京，清统治者则“以江南未大定，不允”，同时“赐其妻白金百，貂皮二百”，以资奖励。
在江南期间，也发生了几起对洪承畴极为不利的事。明朝给事中陈子龙家居华亭，潜结太湖反清力量，遥附朱以海。洪承畴遣章京索布图往捕，子龙投水死。四年四月，驻防江宁总管巴山等奏，柘林游击陈际可擒获谍者谢尧文得鲁王朱以海敕封洪承畴国公，江宁巡抚土国宝为侯；又得鲁王将黄斌卿与承畴、国宝书，有伏为内应杀巴、张二将，则江南不足定语。顺治帝奖巴山、张大猷等“严察乱萌”，命与洪承畴会鞫谍者。别敕慰谕承畴、国宝说：“朕益知贼计真同儿戏，因卿等皆我朝得力大臣，故反问以图阴陷，朕岂堕此小人之计耶！”洪承畴免遭一次灾难。
十月，又发生了一件事。当时有个僧人叫函可，是故明尚书韩日缵的儿子，出家已经多年了。韩日缵是洪承畴会试的房师，有师生之谊。南明弘光元年（1645），即顺治二年春，函可从广东来江宁印刷藏经，正赶上明清之际的江南战乱，因而久住江宁未返。现在江南已基本平定了，道路也通了，函可便找洪承畴请授给印牌以便出城回广东。但城门守卫在盘查函可时，却从他携带的物品中发现有南明福王答其大臣阮大铖的书稿，书稿文字有触犯避忌的地方；又有《变纪》一书，内容干预时事。事发，洪承畴自知此事非同小可，便上书引咎自责，并说明事情缘委，最后说：“臣与函可世谊，应避嫌，不敢参与此事的处理，谨将所查获的书帖牌文封送内院。”顺治皇帝下旨部议。诸大臣经过认真研究议定：洪承畴徇情，私给印牌，应予革职处分。但顺治帝却以“承畴奉使江南，功绩可嘉”，而予以宽宥。
通过以上事件，洪承畴也知道了自己处境的艰险及个人对清的作用。他想暂时离开官场，静心观察。不久，洪承畴得到父亲卒于福建的噩耗，洪承畴于是上书说“江南湖海诸寇俱已削平，又闻父丧，请解任守制”。顺治帝同意了他的请求，同时命他假满，即回内院任事。另调宣大总督马国柱为江南、江西、河南总督。
从顺治元年清兵人关，到四年江南基本安定，洪承畴以他的谋略和军事才能，为清的统一和清政权的巩固作出了贡献。