一路上，豆丁和伙伴们聊着天，不一会，他们的飞机降落到了联合国总部，他们不顾一切地冲进了会议室，找到了联合国总部的最高长官，豆丁把外星人的秘密情报递给他，并给他戴上了翻译机，当他带着惊讶的表情下达完命令，便问他们：“你们是怎么知道这些的？”豆丁就把他们的经历如实讲给了他。
警报响起了，广播道：“请大厅里的所有人员到机甲工厂集合。”豆丁和伙伴们跟着人群，来到了机甲工厂，天禄一到那，就说道：“哇，没想到联合国竟然背地里建造了这么个工厂，里面还有这么多的机器人，真好！”联合国最高长官把他们叫到他的办公室说：“现在基地的战斗人员都去参加战斗了，不过还有5架最厉害的机甲无人驾驶，我想让你们去。”“可是我们不会驾驶啊！”大家异口同声道。“没事，很简单的。”豆丁和伙伴们这才答应了。战争即将打响了……
“嘟嘟嘟……”电子警报声吵醒了豆丁及其伙伴，他们匆匆忙忙地穿好战斗服，来到机甲基地报到，分配给他们各自机甲的引导员正等在那里。豆丁及其伙伴看到了各自的机甲——水神号、流星号、探索者、突击者和战神号。由于战况紧急，他们只简单了解了一下操作事宜就立马进入机甲。
通过直升机的运送，他们来到了外星人攻击的首要城市——日本的东京。机甲立刻和外星人展开战斗，由豆丁、天禄、田田、童童等人驾驶的“战神号”左冲右突，杀出了重围，逮住身边的一个外星怪兽就是一记猛拳，怪兽也毫不示弱，喷出了腐蚀性液体，“战神号”利索地侧身一躲，向怪兽冲去，只见刀光闪烁，怪兽应声倒下。
虽然豆丁及其伙伴有着很大的优势，但是最终还是寡不敌众，败下阵来。就在这危急时刻，基地总部立即调动外星人装备制造出来的飞碟和悬浮坦克，它们的到来立刻扭转了战局，豆丁及其伙伴们趁势勇往直前，将入侵的外星人全部消灭。然后收拾好装备，往基地飞去。