小孩摇摇头，没有说话。他把手伸进衣兜里，忽然，好像想起了什么似的：“啊，我想起来了。”一面说，一面从衣兜里摸出几个小红果子来：“前几天，我到山上玩，看见小树上结着这种红果子，摘下一尝，酸甜酸甜的。这几天我天天都上山摘它来吃。不信，你尝尝。”孩子把果子递给李时珍。
李时珍接过果子一看，认出这是十分普通的野果——山楂。
小孩的父亲见李时珍端详山楂，便说道：“这几天，见他衣兜里常装着这种果子，我没在意。我也纳闷，小孩的胃口怎么好了，面色也好多了，敢情是吃了这种果子吧。”
于是，李时珍在笔记里，把孩子的病状及吃了山楂的变化详细地记了下来。山楂能开胃健脾，从此便被推广开了。
明代穆宗隆庆元年（公元1567年），李时珍这时已年过半百，仍带着徒弟和儿子继续出外采药。这一次，他注意搜集药用植物标本，特别重视发现历代《本草》中未曾记载过的药物。凡是民间流传采用的药物，他都尽量搜集记载下来。比如朱砂，今天已是消热解毒的重要药物，就是当年李时珍第一个在民间发现，并记载入《本草》的；其他如月季花、凤仙、玉簪、谈竹叶等二百余种新药，都是李时珍从流散在民间、疗效明显的药方中发现，作为药材首次载入《本草》的。还有“三七”，李时珍是这么介绍的：“此药近时始出，南人军中为金疮要药，云有奇功。”并说：“凡是杖外伤损，淤血淋漓者，随即嚼烂，咽之即止，青肿者即消散。”这说明当时军队中已用三七治疗杖扑损伤的出血症。同时，对血崩、无名肿毒、虎蛇咬伤等症，疗效也很显著。三七作为一种重要的中药材，自李时珍发现载入《本草》以来，至今一直是临床研究的热门药材。
李时珍记录这些药物的疗效，不仅听人说，还效法神农尝百草那样，亲自试用。
古书上说，绿豆能解毒，他为了作试验，先给小狗吃了毒物，再吃绿豆解毒，结果并没有救活。后来他经过反复试验，自己亲自尝试，才发现绿豆要加上甘草，熬成汤才有解毒效力。
李时珍为了弄清传说中有毒的药草，他亲自品尝了复盆子、莓、蛇莓、悬钩子等数种类似的药草。传说蛇莓有毒，经过品尝，他在《本草纲目》中作了记录：“俗传食之能杀人，亦不然，止发冷诞耳。”
李时珍还尝过鹅肠草和鸡肠草，以区别这两种相似的药物。他在《本草纲目》中说：“繁缕即鹅肠草，非鸡肠也。二物盖相似，但鹅肠味甘，茎空有缕，花白色；鸡肠草味微苦，咀之涎滑，茎中无缕，色微紫，花亦紫色。以此为别。”
“麻沸散”是华佗为病人做手术发明的麻醉剂，可惜配方失传。李时珍少年时曾听父亲说曼陀罗花是麻沸散的主药，但未曾亲自见到，不敢妄下断语。因此，他一直记在心里要寻找曼陀罗这种药物，试验它的药效是否属实。可惜几十年来，他走遍一座座村镇，翻过了一道道山岭，渡过了无数条小溪大河，都未找到曼陀罗花的下落。
这一年秋末，李时珍采药归来，顺道去河南光山县看大儿子建中。建中依照祖训，实现了李家改换门庭的愿望，乡试中了举人，当上了光山县的教谕。教谕是一种学官，负责文庙的祭祀，教育所属生员。建中的官虽不大，但住在纪念孔夫子的文庙内，环境十分幽雅。他由于自小受到父亲的熏陶，虽然做了官，仍然喜欢种植药草。李时珍在文庙的后花园中发现了一种开白花，状如牵牛，叶如茄子的植物，便问建中是什么花。
建中告诉父亲，这里的人把它叫做山茄子，或者风茄儿。
李时珍点点头，顺手摘了一枝花，仔细地观察起来。这种叫山茄子的植物，绿茎碧叶，独茎直上，高1米多，花有6瓣。这使李时珍突然想起在茅山道观中见到的陀罗星使者塑像来，陀罗星使者手中持的花同这花的形态十分相似，难道这就是曼陀罗花？他兴奋地叫来庞宪、建元，说：“你们看，走遍天涯无觅处，得来全不费功夫，这不就是曼陀罗花吗？”
庞宪大惑不解，问道：“师傅，你根据什么认定这就是曼陀罗花？”
李时珍说：“《法华经》上讲，佛说法时，天上曾经降下曼陀罗雨，后来，道家将北斗七星中一颗星叫做陀罗星，陀罗星使者手中常持曼陀罗花。我在茅山道观中看到的陀罗星塑像，手中拿的白花和这株花十分相似。不过，要确认这是曼陀罗花，还得亲自尝一尝。相传，在采曼陀罗花时，如果采花人在笑，用此花酿成的酒入饮后就会发笑，采摘的人如在舞，用此花酿酒饮后则会令人舞。我们不妨一试！”
建中忙劝阻说：“父亲不可造次，万一此花有毒，岂不糟糕？”
李时珍兴致很高，一面采花，一面哈哈大笑：“古时神农敢尝百草，我要重修《本草》，怎能畏首畏脚？”
为了避免中毒，李时珍叫建元准备了解毒药。李时珍将花放进酒杯，揉碎，然后将酒倒入杯中。李时珍举杯将曼陀罗酒饮了一大口。过不多时，李时珍觉得自己有了恍恍惚惚的感觉，周身舒畅，欢愉异常，竟哈哈大笑，并失态狂呼：“真是曼陀罗花！真是曼陀罗花！”
建元见真是曼陀罗花，高兴得手舞足蹈，也去采了一朵花来，放在酒杯中探碎，盛上酒，一饮而尽，果然也兴奋得跳起舞来。李时珍随即将曼陀罗花的性状详细记录下来，叙述了发现的经过，并叫建元仔细地绘制了曼陀罗花的的图样。李时珍经过反复试验，最后用曼陀罗花和火麻子花制成了类似华佗“麻沸散”的药剂，并在《本草纲目》中将这一段经历作了如下记述：“相传此花笑采酿酒饮，令人笑；舞采酿酒饮，令人舞。予尝试之，饮至半酣，便令一人或笑或舞引之，乃验也。八月末采此花，七月采火麻子花，阴干，等分为末。热酒调服三钱，少顷昏，如醉，割疮灸火，宜先服此，则不觉苦也。”
已经年过半百的李时珍，立志修改《本草》，皇帝不支持，朝廷不赞助，他自己花钱带着徒弟，访采四方，遍尝百草。他冒着生命危险，亲自服用有毒药物，为的是获得第一手资料。他说：“医者贵在格物，方士固不足道，本草其可妄言哉？”这种求实、探求真理的敬业精神，身家性命置之度外的奉献品质，是值得我们永远学习的。
明代隆庆二年（公元1568年），李时珍三人来到久已向往的太和山（即今武当山）。太和山位于湖广均州（现属湖北）西南，方圆400千米，山中有72峰、24涧，层峦叠峰，林木丛生，满山是珍禽异兽，遍地是奇花异草，是一座天然的动植物药库。
李时珍三人在太和山一晃就是数月，采得无数药物标本。一天黄昏，他们来到紫霄宫附近，在大树参天、荒草没顶的小径行走。忽然，建元发现一棵榔树上结着一种奇怪的果子。
李时珍驻足一看，见榔树上果实累累，果实形状既像桃，又似杏。他从低垂的树枝上摘下一个，咬了一口品尝，那果子极为香甜，略带酸味，有点像熟透的梅子。他突然明白了这是什么东西，脸色都变了：“糟了，我们吃了皇上下令百姓不准偷吃的禁果——榔梅！”
庞宪觉得奇怪：“榔梅有什么稀奇，百姓尝一下都不可以？”
李时珍叹了一口气，说：“其实，榔梅没有什么奇特，不过是将梅树枝嫁接到榔树上，从而结出的果实。只不过果实的形状奇特一些，味道也不错罢了。问题出自当今皇帝信奉道教。关于榔梅有一个传说：真武大帝当年在太和山修道时，折了一枝梅枝插在榔树上，对天祈祷说：‘吾道着成，开花结果！’后来，那株榔树果然开了花，结了果子。道士们每年秋天将果子摘下来，用蜜炮制，向皇帝和王爷进贡，说吃了能成仙得道，长生不老。以后，皇上便下令将榔梅定为禁果，只准进贡朝廷，百姓不得偷吃，偷吃便视为犯法！”
李时珍话还未说完，一群道士提着木棍走来。李时珍连忙迎上去，解释道：“我们是郎中，进山采药，误食禁果，万乞原谅！”
众道士中，走出一个德高望重的人，看来是道长。他询问李时珍：“你是什么地方来的，为何到此？”李时珍说：“我是蕲州郎中李时珍，为重修《本草》，来此查访药物……”道长得知李时珍是蕲州来的，便向他打听李言闻的情况。当他得知李时珍便是李言闻的儿子时，便异常高兴地告诉李时珍，他和言闻是刎颈之交。于是，干戈立即化为玉帛，道士视李时珍为侄辈，邀他到道观一叙。