1966年2月28日，袁隆平在中国科学院主办的《科学通讯》上发表了一篇重要的论文。这篇论文的题目就叫《水稻的雄性不孕性》。
当时，《科学通迅》是中国科学院唯一一份发表科研论文或报告原稿的最高综合性学术期刊。就连中国科学院的专门研究人员，也不一定有机会在上面发表自己的作品。然而，湘西山沟的中专教师袁隆平，却把自己的第一篇论文，投寄到这块中国科学界最显赫的阵地，而且一举成功，实在让人惊叹。
《水稻的雄性不孕性》这篇论文，观点新颖，内容充实。它的发表，引起国内外科技界的高度重视，对于杂交水稻研究具有划时代的意义。
1966年3月，袁隆平收到中国科学院寄来的这份期刊和50元稿费。袁隆平用手轻轻地抚摸着这份刊载着他的论文的期刊，想到自己为之付出的心血，心中感慨万千。
袁隆平在高兴之余，并没有声张，他继续默默无闻地开展着自己的实验。
袁隆平曾经充满信心地对邓哲说：“我为几亿农民研制优良种子，我为农民而搞科研，我将我的科研成果赠与农民，留给众人。因为有我的爱妻与我相伴，我的希望不会落空……”
这一天，袁隆平和他的好朋友曹胖公在一起谈心。
曹胖公问袁隆平：“你最近在干什么？”
袁隆平淡淡一笑，回答说：“琢磨我的杂交稻。”
曹胖公有些好奇地问：“老袁，你成天这么辛苦，到底在追求什么？”
袁隆平目视前方，十分坚定地回答：“我追求一个人类没有饥饿的未来。”
曹胖公惊叹道：“看来，老袁的雄心很大呦！”
国家科委九局的科学家熊衍衡看过袁隆平的这篇论文之后，十分赞赏，他断定水稻杂交优势可成为现实。于是，他将袁隆平的论文交给九局局长赵石英阅示。
赵石英也非常重视这篇论文，他知道水稻雄性不育研究在国内外是一块未开垦的处女地，如果能研究成功，将给我国的粮食生产带来翻天覆地的变化。他立即请示国家科委党组，党组书记聂荣臻表示支持。
于是，赵石英立即以国家科委的名义，向湖南省科委和安江农校发出便函。函中肯定了袁隆平在科学实践的基础上做出的预言：
利用水稻杂交优势，必将给水稻产量带来大面积、大幅度的增长。
公函还责成湖南省科委和安江农校支持袁隆平的试验。
正是这份公函，得以继续他的水稻杂交研究事业。
1967年年初，湖南省科委将“水稻雄性不育”课题正式列入省级科研项目，他们时常派人来帮助袁隆平解决一些实际困难。
第一年，湖南省科委帮助袁隆平解决600元的科研经费，以后逐年增加。袁隆平利用这有限的经费，从一个瓦窑买来大约100个烧废的瓦盆，作为培育水稻雄性不育系的试验设备。
经湖南省有关部门批准，学校决定给袁隆平配备两名助手，袁隆平点名选拔学业成绩优异的应届毕业生李必湖和尹华奇留校，作为自己的助手。
不久，由袁隆平、李必湖、尹华奇师生3人组成的“水稻雄性不育科研小组”正式成立。
学校在中古盘7号田拨出半亩上等的好地，作为他们的试验田。
1968年的春天，气候非常恶劣。狂风暴雨时常忽然降临。
一天，袁隆平带着他的两个弟子，将珍贵的雄性不育秧苗插在中古盘7号田里。
这一天，恰好是嫘祖的生日。几千年以前，嫘祖发现了吐丝织茧的野蚕，然后发明了养蚕织丝的技术。
湘西一带的山民都非常重视这个节日，这一天，每家每户都备香烛纸箔，扶老携幼，跋山涉水，去参拜嫘祖坟、嫘祖宫、嫘祖殿，祈求蚕丝丰收。
袁隆平看到这种情景，心中十分感动。他将嫘祖的故事讲给他的助手们听，然后说：“我钦佩嫘祖，我钦佩嫘祖那种为人民造福的智慧和精神。”
一场春雨过后，湘楚大地阳光明媚。袁隆平他们管理的试验田里呈现出勃勃生机。那些嫩嫩的秧苗，一天天长大，分蘖、拔节、抽穗，每株秧苗都分出三五个蘖，长势非常喜人。
袁隆平看在眼里，喜在心里。他知道自己做实验的材料越来越丰富了。
在此期间，尹华奇带上无花粉型不育材料去广东繁育，退花型和败育型不育材料则在中古盘7号田里生长。
这时候，一位搞常规水稻育种的学者来安江农校作了一次演讲，他在演讲中说：“水稻是自花授粉作物，自交不退化，杂交无优势，因此杂交水稻的科研课题没有前途。”
一些人趁机攻击袁隆平，他们说：“袁隆平是一个科技骗子！”
袁隆平听说后，心中十分生气，他回到家的时候，脸色十分难看。
邓哲知道事情的原由以后，安慰丈夫说：“你是个有志气的人，犯不上跟这样的人一般见识，你要看开一些。”
在妻子的鼓励下，袁隆平又开始在水稻杂交这条异常崎岖的道路上进行长途跋涉。
为了给自己的科学研究讨回一个说法，在妻子深情的注视下，袁隆平书写着一篇又一篇论文。
袁隆平的这种精神感染着他的弟子，也感染着关心杂交水稻事业的有关部门的领导。
湖南省委有关领导考虑到水稻雄性不育的科研项目非同一般，把这一重大科研课题继续留在安江农校这样一个基层单位，显然是不合适的，于是决定将这个科研项目由湖南省农业科学院主管。
与此同时，湖南省委还决定在农科院成立“湖南省水稻雄性不育科研协作组”，由农科院配备一位干部任组长，由袁隆平主持业务，尹华奇和李必湖继续充当袁隆平的业务助手。
与此同时，湖南省委还特意从有关单位抽调一批业务骨干，充实到科研协作组，以求加快科研进度。
及时调整研究方案
1969年12月，袁隆平带着尹华奇、李必湖来到云南省南部的元江县，以“湖南省水稻雄性不育科研协作组”的名义进行抢季节实验。
师生3人借住在元江县农技站的一栋无人居住的空平房里，租用该站的若干水田，加快繁殖他们的不育系。
他们用木头、油棕架床，木墩作凳，自己上山砍柴，烧茶煮饭，默默地承受着艰苦生活的考验……
这时，袁隆平已经将他们加代繁育的雄性不育材料命名为C、D两个系统。无花粉型不育株命名为C系统，花粉败育和退化型不育株命名为D系统。
12月29日，袁隆平和他的两个学生把珍贵的稻种浸下了水。
此后，师生3人夜以继日地浸种催芽。他们把浸过的种子，按不同的家族系统分别装进几个小布袋里悬挂起来，待其发芽。
1970年1月1日，正值万民同庆的元旦，这天晚上，当时针指向午夜0时的时候，袁隆平和尹华奇、李必湖都脱下外衣，回到那摇摇晃晃的竹床上安歇了。
袁隆平在睡梦中，感觉竹床在剧烈的摇晃。他惊醒过来，连忙拉亮电灯，他吃惊地发现电灯、房子、床铺等都在摇晃，墙壁正在裂缝。
袁隆平知道发地震了，他还没来得及发出一声惊叫，天花板上掉下的一大块石灰就砸在他的头顶上，灰粉撒了他一脸一身，呛鼻的灰土味让他几乎要呕吐。
袁隆平顾不上吐出口中的石灰粉，就对分别睡在旁边两张床上的尹华奇、李必湖大叫：“快起来，往外跑，地震啦！”
尹华奇、李必湖惊醒过来，滚身下床。他们上前拉了老师袁隆平，一起跌跌撞撞地跑出屋门。
尹华奇冲出房间以后，忽然惊呼一声：“种子还在里面！”说完，他转身就要向室内冲。
李必湖也惊叫着：“我们赶快抢种子！”
袁隆平一个箭步冲向尹华奇，将他按倒在地，又挨近李必湖，吼叫一声：“你们都给我站住，种子压不坏，保住性命要紧！”
袁隆平的话音刚落，又是一阵轰隆的巨响。余震发生了，袁隆平他们居住的平房彻底坍塌了。
此时，大地也在跳荡，叫人站立不稳，师生3人连忙蜷伏在地上，随着痉挛的大地一起颤抖。
只听轰隆一声巨响，接着，周围响起刺耳的房倒屋塌的声响……四周一片惊叫，一片声嘶力竭的呼喊！
一栋又一栋房屋，接连着轰隆隆倒下。大地在颤抖，漫漫烟尘在升腾，大地依旧在抖动，余震频繁发生。冬季里少见的狂风暴雨也不期而至，浇得师生3人像一只只落汤鸡。他们这才发现原来刚刚逃跑出屋时没来得及穿衣服，三个人全都是短裤背心，此时，他们都冷出一身鸡皮疙瘩，浑身颤抖。
此时，夜色十分浓重，四周一片漆黑，谁也不知是什么时候。
这时，袁隆平远远瞧见一束手电筒的光芒，原来是农技站的党支部书记老周同志冒雨探望他们来了。老周见到他们，第一句话便说：“我们这里是危险区，你们应该早些撤离！”
袁隆平摇摇头，十分坚定地说：“稻谷刚刚发芽，我们不能走！”
在袁隆平的心中，这些稻种像黄金一样珍贵，他绝对不会舍弃它们。
天亮以后，老周派人从废墟里帮他们扒出了衣服、被褥和正在催芽的浸种小布袋，并帮助他们在水泥球场上用塑料布搭起一个避雨的窝棚。
地震发生后，袁隆平和他的弟子并没有离开云南，他们住进防震窝棚里，继续进行着杂交稻加代繁育试验。
在防震棚里，他们临时筹办了必需的生活用品。筷子是用新鲜的竹子削成的，两只锅是现购置的，床是门板拼的，上面放着军用被褥……
当时，粮食十分紧张，袁隆平和他的两个弟子就向当地农民买香蕉和甘蔗吃。为了节省开支，他们一天只吃两顿饭，早餐吃香蕉或甘蔗，晚餐吃大米饭。
香蕉很容易吃厌，每人吃过几十斤，就再也吃不下了。他们就吃甘蔗。
生活如此艰辛，袁隆平却毫不在意，他一边吃，还一边称赞云南人的甘蔗种得好，一定要带几根回去，让湖南人长长见识。
可是，没吃几根，师徒3人都口里起泡，痛苦不堪。袁隆平向当地群众询问，才知道吃甘蔗也有诀窍：吃时，牙齿和口腔只能上下垂直运动，而不能横向磨动，这样才能减少蔗渣对口腔内壁的摩擦，避免口里起泡。
为了在云南继续进行杂交水稻实验，袁隆平3个月里，吃了1500多公斤甘蔗，两名学生各吃了2000多公斤甘蔗。
当时，由于缺少蔬菜，师徒3人只好以酱油和辣椒汤作为咸菜。
在这种艰苦的生活条件下，袁隆平的身体一天比一天消瘦，体重从137斤下降到106斤。
尽管缺衣少食，但袁隆平的情绪依旧十分乐观，在他看来，只要能从事杂交水稻研究，再苦再累也算不了什么。
春天刚刚来到滇南大地，袁隆平就打着赤脚，弯着腰，在实验田里插秧。
自从20世纪60年代末以来，袁隆平几乎每年都在滇南和海南度过冬季。为了杂交水稻试验的早日成功，他几乎不知今夕何夕，几乎忘了自己身在何处。
这年4月，滇南大地上绿油油的稻田已经变成一片金黄。
这时候，袁隆平十分伤心地发现他们师生共同培植的C、D系统的繁殖不育系的不育率从原来的70％，下降到60％。
显然，他们的杂交水稻研究遇到了新的难题。
李必湖和尹华奇都焦急地问：“洋葱在天然不育株被发现后，很快就找到了保持系。为什么我们的水稻不育株都培育成系了，却总是找不到保持系呢？”
袁隆平紧皱双眉，感到十分苦恼。此时，他承受的精神压力可想而知。
袁隆平苦苦思索着，努力寻找攻克水稻杂交优势的正确方法。他回顾几年来所用的试验材料，尽管品种数量非常之多，但转来转去并没有离开栽培稻这个怪圈儿。从地理环境到生物学特性，其亲缘关系都比较近，这可能就是其症结所在。
袁隆平深有感触地对助手们说：“我们从南到北，经过1000多个日日夜夜，测交品种500多个，最高选育代数已达10代，所做的各种杂交组合总数已近3000多个，但总是进展缓慢，看来，我们还是没有找到正确的培育方法……”
为了让大家振作精神，袁隆平意味深长地给助手们讲了一个十分美丽的传说：
在很久以前，有位勤劳勇敢的彝族青年。他手拿弓箭追赶一只梅花鹿。
梅花鹿十分机敏，奔跑速度也很快，因此，这个年轻人一直没法追上它。
但是，年轻人的意志很顽强，不管怎样劳累，不管怎样希望渺茫，他都不愿意放弃……
就这样，年轻人拖着疲惫的身体，一直苦苦的跟踪着这只行踪不定而又异常敏捷的梅花鹿。他追呀，追呀，追得气喘吁吁，追得精疲力竭。
追了7天7夜，一直追到一块巨石旁边。梅花鹿被迫跳上这块石头。可眼前茫茫大海，已经无路可逃。
男青年正要张弓射去，梅花鹿突然变成了一只美丽的姑娘。后来他们相亲相爱，结成一对美满的夫妻……
大家听了袁隆平讲述的这个故事，感悟到成功的来之不易，感悟到持之以恒的可贵，精神都为之一振。
接下来，袁隆平认真阅读杂交高粱的有关论著。杂交高粱不育系，开始是用西非高粱作母本，南非高粱作父本，回交几代才选育成功的。分析其原因，是地理环境造成的远缘杂交，由于生理不协调而引起的不育。
这时，袁隆平联想到人类近亲结婚后，生育的子女往往不太聪明，他感到问题的症结可能在所有试验材料中，尽管品种成千上万，但都是栽培稻，亲缘关系太近，他的眼睛忽然一亮，他想：“如果把杂交材料的亲缘关系尽力拉大，会不会收到令人惊喜的好效果呢？”
袁隆平决定重新调整研究方案。他决定从亲本选择入手，走远缘杂交的道路，他的新方案计划从三条途径来突破保持系的选育：
第一，用栽培稻与野生稻杂交，以栽培稻为父本，野生稻为母本，F1代再与栽培稻多代回交，直至不育性状稳定；
第二，籼稻与粳稻杂交，用湖南省的籼稻无花粉不育材料同东北或日本的粳稻杂交，再继续进行回交，利用籼稻的生理不协调来选育雄性不育系；
第三，地理上远距离品种的杂交。