神经症的病因众说纷纭，但目前比较一致的看法是：外在的精神应激因素与内在的素质因素是神经症发生的原因，二者往往互为因果。
1.精神应激因素
神经症被认为是一类主要与社会心理应激因素有关的精神障碍。许多研究表明，神经症患者较常人遭受更多的生活事件，以人际关系、婚姻与性关系、经济、家庭、工作等方面的问题多见。一方面可能是遭受精神事件多的个体易患神经症；另一方面则可能是神经症患者的个性特点更容易对生活感到“不满”，对生活事件更易感，或者是其个性特征易于损害人际交往过程，从而导致生活中产生更多的冲突与应激。
2.素质因素
大多数研究者认为，神经症患者个性特征或个体易感素质对于神经症的病因学意义可能更为重要。遗传学研究认为，亲代的遗传影响主要表现为易感个性。一般认为，患者的个性特征决定着患神经症的难易程度。如巴甫洛夫认为，神经类型为弱型或强而不均衡型者易患神经症；艾森克等认为，个性古板、严肃、多愁善感、焦虑、悲观、保守、敏感、孤僻的人易患神经症。另外，不同的个性特征决定着患者某种特定的神经症亚型的倾向。如巴甫洛夫认为，在神经类型弱型者中间，属于艺术型（第一信号系统较第二信号系统占优势）者易患癔症，属于思维型（第二信号系统较第一信号系统占优势）者易患强迫症，而中间型（两信号系统比较均衡）者易患神经衰弱。甚至某些特殊的人格类型与某些神经症亚型的命名一样，如强迫型人格和强迫性神经症等。
3.生物学因素
近来生物学研究表明，中枢神经系统一些结构或功能的变化可能与神经症的发生有关。如中枢去甲肾上腺素、5-羟色胺活动的增强，抑制性氨基酸如γ-氨基丁酸的功能不足可能与焦虑性障碍有关；而中枢的去甲肾上腺素、5-羟色胺减少则可能与强迫症、抑郁情绪的发生有关；某些强迫症患者脑磁共振发现有双侧尾状核体积缩小等。然而，不同学者的研究有不一致的结果，而且这些变化究竟是神经症的原因还是结果也尚无定论。