杭州是方腊太子、安南王方天定镇守的大都城。三面青山，一面湖水，本有四座禁门临对西湖沿岸。四禁门叫做钱塘门、涌金门、清波门、钱湖门。宋以前，杭州还叫清河镇。到钱王手里，改名为宁海军，城池扩大，又设成十道城门：东菜市门、荐桥门，南候朝门、嘉会门，西钱塘门、涌金门、清波门，北是北关门、艮山门。宋高中车巡南渡之后，曾建都于此，唤做花花临安府，又添增三座城门，使得过往更活畅。苏东波学士有“湖光潋滟晴偏好，山色空蒙雨亦奇。若把西湖比西子，淡装浓沫总相宜”的诗句，就是写那一时期的杭州风情。眼下城池方圆八十里，虽经方腊夺城之战，目前也是江山秀丽，人物奢华。只是闻得宋军兵南下，城内布置有七万兵马，安南王方天定坐镇指挥，手下有二十八员大将，其中有四大元帅，二十四员正偏将佐。四元帅中，有一个歙县僧人，名号宝光如来，姓邓名元觉，使一条浑铁打就的禅杖，人称国师。其余二十七个将帅，也都是数次征战中涌现出来的骁勇之人，个个能征善战，武艺高强。
宋江兵分三路，意欲围取杭州。但头一次锋，就被折了八虎骑中金枪手徐宁和偏将地雄星井木犴郝思文。水军头领混江龙李俊也在打探军情时被乱箭射死。
在这种情况下，武松与鲁智深、朱仝、史进、王矮虎、扈三娘受命攻东门去了。
本来，武松从三大王方貌嘴里已感知到方腊起义目的只为自己享荣华富贵，也是越战越勇，并在道次交锋十分危险的情况下，乱军中救得徐宁回营。徐宁当时只身中一箭，只要神医安道全稍作调理，断无大碍，可神医安道全却是在这个时候，被道君皇帝索去京城御用，至使大将徐宁不治身亡。武松就与鲁智深说，“我等正为他卖命，伤亡不断，他不遣医务支援，已是视梁山生命如草芥，还反要了神医去了，真是居心何毒！”鲁智深说，“兵家说，将在外，君命有所不授。徐将军之死，可不也是宋江对兄弟不尽爱惜责任？可宋江居然让他去了！洒家如是受伤，也与徐将军同命。洒家打过为一回，断不再打！”武松闷闷不语。
武松、鲁智深、朱仝、史进、王矮虎、扈三娘六个将领引五千人马在东门口遇着方腊国师宝光如来邓元觉等八个将领。鲁智深本心存不快，见那邓元觉于阵前挥舞禅杖，又忍受不住，也舞了禅杖出阵。二个斗了五十回合没分胜负。斗五十回合没分胜负的现象是正常的，但与鲁智深斗五十回合没被打败，却又是没有遇到过的。偏偏这个时候，对方阵营里又闪出马将贝应夔，直着来取鲁智深。武松心里叫声不好，不等身边马将反应，徙步直迎而去，两个在吊桥上撞着。那贝应夔原是方天定手下二十八员大将之一，也使一柄丈八蛇矛。贝应夔自持丈八蛇矛把长锋利，加上又在马上，哪把不着铠甲的一个蓝衣步兵放在眼里，当下叫一声“送死的来也”，就瞧准武松剌来。武松见那长矛来得勇猛，反而撇了戒刀，也不避让，只一招，把那长矛夹在腋下，马步一拽，就把长矛连人拖下马来，跨前一刀，剁了头颅。方天定城楼上看得清切，急鸣锣收兵。方腊国师邓元觉看武松在吊桥上，打马转另一吊桥回营。
武松与鲁智深并排往宋营走，鲁智深说，“今不是武松兄弟，洒家自是难蠃，那宝光国师功力原不在洒家之下。南方竟有凭多能人！”武松想，那方腊寻访贤能，视为国宝，当然手下有人，哪像我等这之卖命的朝庭！差点说了方腊欲寻找他俩入伙的事。
由于方腊手下贤能多，不光武艺，才有计谋。虽攻下杭州，却伤亡惨重，刘唐等人就在与卢俊义攻打北门时死于非命。
攻下杭州，接下来就要打方腊老巢睦州。打睦州必经过乌龙岭。乌龙岭关隘依附长江，山峻水急，上立关防，下布战舰。解珍、解宝就在乌龙岭探路时遭遇挠钩乱石，尸体被守兵悬挂在岭下树上。宋江不忍看两兄弟尸骨风化，要夺回盛入棺椁厚葬。晚间动身，从军营到岭下时，已是二更时分。远远见两尸影悬在高空，近看不清，走到近前，挂尸树上刮皮处写着字，月光下看不清切，就叫随从打火照看，却是“宋江早晚如此，号令便在此处！”宋江怒不可遏，还不及解下尸首，就见四周火把举起，金鼓乱鸣，团团军马越来越近。军内有方天定手下又一元帅元宝，那元宝原是大刀关胜也不曾胜过的；又有鲁智深不曾赢得的宝光邓元觉，岭上还有王责、晁中诸将往下撕杀，左右又有敌将白钦、景德。宋江本为盗尸，为轻巧又不曾带多少兵马，见前面火把起时，邓元觉大喝，“梁山贼寇宋江还不下马受降？”急往后走，又听石宝大叫，“贼寇宋江拿命来！”宋江叫感都来不及了，只得仰天长叹，还没叹出声，那宝光禅杖已到近前，生死存亡之际，只见火把里光影一暗，一个身影直直地空中横撞过来，八搽麻鞋碰得禅杖一声闷响。宝光只得迎战黑影。黑影火把中双戒刀阴光忽闪，那宝光已知遇着的是谁，不敢怠慢，只叫宝石拿住宋江，可那宝石早被一个胖和尚的禅杖缠住。四周也顿起刀光剑影，那宝光、石宝只得趁乱散去。
原来，宋江执意要夺回解珍、解宝二兄弟尸体，武松、鲁智深感知宋江又有兄弟情义，暗地里徙步跟着来了。因不骑马，行步声小身影又不高大，草丛中弓腰行走，宋江没有发觉，伏兵也不曾发觉。中营里吴用自不放心，又派了秦明、花荣、朱仝、李应、燕顺、马麟、一丈青等领兵接应。
宋江对武松说，“如不武松兄弟那一跃，截住那禅杖，又缠住争得时间，宋江哪还有命！”
武松说，“哥哥念及死亡兄弟，武松感动。”
“结识武松兄弟，宋江剿寇如同有了左膀右臂！”
“哥哥过奖！武松一介武夫，何德何能，哪能被朝庭先锋视为左膀右臂啊？”武松虽自称武夫，可悟世自有道理。宋江也听出那话中有话，不觉暗自伤神。
武松不愿成为腐败朝庭的臂膀，这是真的。
此后不几日，武松左臂断了！
自此，武松得到解脱。
武松左臂是被包道乙砍断的。
那包道乙擅长妖术，武松最没兴趣的就是妖道。正如佛门与妖魔，是水火不融的两个对立面。
包道乙原籍浙江金华，自幼出家，却不为僧，而做道士。学得一些旁门左道，跟随方腊夺城掠寨，因屡建奇功，被方腊封为灵应天师。有一口剑，号为玄元浑天剑。至今江南一带民间还相传那剑能百步取人。
包道乙有一个徒弟，叫郑彪，原在婺州兰溪县为都头，本来武艺高强，也因遭遇方腊后，掠城夺寨屡建奇功，被封为殿帅太尉。这郑彪虽枪棒娴熟，官至太尉，还拜那包道乙为师，学得魔道，可以说是身怀绝技之武帅，外号郑魔君。当时宋江攻下乌龙岭，正要一鼓足气攻打方腊巢穴睦州。王矮虎、一丈青这对能征善战、屡建奇功的梁山绝配，均为包道乙弟子郑彪戮死，宋江为报此仇，只顾引兵掩杀。本是马军战马军，步兵对步兵。可武松想起女将一丈青死得凄惨，乱营里只寻那郑彪直奔过去，没想到后面还有个包道乙。
殿帅太尉郑魔君郑彪瞧见一个步兵，哪放在眼里，并舞了手中银枪要拿武松。马上魔君三五下拿不住地上凡人，就偷着暗自使起法来。奇怪的是，尽管口中念念有词，在武松双戒刀面前，竟使不出法来。渐渐心怯，棍法也乱了。武松先看那长枪闪得快，加上王矮虎夫妻都死下那杆枪下，只是小心应战，后见其棍法紊乱，破绽百出，开始只当有诈，并不擅自近身，又见那枪没了力量，瞧准一个破绽，就把戒刀从那长枪下端直搠向马上去。武松虽使又戒刀，却有一个路数，但凡只要一刀能构成杀伤力时，绝不两刀并进。因两刀并进一定会结果了性命，一刀则可能还留下一条命，给性命个回头是岸的机会。但武松在使出那一刀时，又想起对手不同一般，如若出手不重，自己贴到近前，反受那枪棒攻击。武松就把另一只手朝相向的反向一张，也为的是伸出的那只手更有力量，没想到包道乙身在高头大马上，百步之内看得清清楚楚，扬起手中玄元浑天剑，口发一个“疾”字，武松翅膀一样横着的左臂一麻，垂了下来。一麻之际，人亦晕倒。
当时孙二娘夫妇正随卢俊义一路在昱岭扎寨，思议拿来下昱岭关后进取翕州。听到武松臂断，哪敢相信。虽然不信，也军营中嚎哭不止。卢俊义也感念武松师兄弟，就叫孙二娘去睦州营里探视。孙二娘、张青都不会骑马，就叫一马军校官带了孙二娘，两人一匹马，直奔宋江营去。
孙二娘到时，武松在榻上，尚未苏醒。
武松在救回军营的路上，因拖拖拽拽醒过一次，看到臂膀只连接一点皮肉在身上，反拉扯得疼，右手一提戒刀，索性割了，才又更加晕了过去。
“哥哥呀……二弟呀……都头呀！你如何变得这个样子了呀？二娘这几天眼睛总是跳，古怪地跳，就知要出事呢，没想到会出在哥哥你身上呀！那个宋江也不知怎么弄的，每回分兵都没让俺二龙山人在一起，害二娘照顾不到哥哥，要不哥哥哪会这个样子呀……”
“武松哥哥，二弟，都头，二娘自从见到哥哥，就知哥哥是个命苦的人，二娘我特别也想照看好哥哥，比对我那厮还要照料，可那鬼宋江就不把你我分在一路上，只把施恩、曹正与我们一路，把你和鲁头领在他那一路，害二娘眼睛总是跳呀……”
“武都头，哥可，二弟，二娘和那厮都是把二弟当亲人的，我们想过二弟武家没后，就要把儿子过继给都头做后代呢，梁山谁个不知呀，只二弟还蒙在鼓里呢！我们都在儿子名里叫一个武字，就是有意思的呀。张武孙过继给你后，你要是看那张字不快，就不叫它，只叫武生也行呀！你已经有后代啦，怎还不照顾好自己呢？怎变成这个样子呢？”
孙二娘哭叫着，又问旁边两个人，“你两个都是我哥哥救命的，因何不照看好他呀？”
张能、赵小四都说，“哪看得住呀，都头的脾气，嫂嫂又不是不知道，打仗时一冲，不知又到哪里了。我们步兵都在战步兵，自身都顾不过来，他一冲，就到马兵队里去了。”
“谁砍的？你们说，谁砍的？
“就是那个妖道人，叫包道乙砍，用宝剑砍的。”
“人呢？抓住没有？”
“杭州都攻下了，还能不抓住。”
“老娘这就去把他碎己万段！”
“前天攻城时，就初步轰天雷凌振一炮轰得稀巴烂了，哪还有尸首？那个郑魔君，也被大刀关胜一刀劈了。仇都报了呢！”
“谁要他们报仇呀？让老娘报仇才解恨呀！二弟呀，你今天也不应一声么？这都几天啦，你都没说话么？都头，二娘还指望哥哥奉旨做了阳谷县都头，二娘去开酒店呢！哥哥……”孙二娘嚎哭着，突然支撑不住，一下扑在了武松身上。
张能、赵小四正要扶孙二娘，也是奇怪，武松被扑得断臂一痉挛，鼻孔里出了口气，慢慢睁开了眼睛。
“哥哥，你醒了？你没事吧？”
武松无力地闭了下眼，又睁开了，好久，说出话来，“二娘……妹子……”
“二弟你睡好，只顾养分伤，不要再说话了。等伤好了，我和那厮带哥哥和施恩还去开酒店。啊？”
“施恩已经不在了，水里淹死了。”
“啊呀，这是怎能么弄的呀！还当受了招安，能过上好日子！你两个，快去弄点稀粥来，我二弟几天都没吃了吧？”
张能、赵小四去了，孙二娘牵起武松一只手，摆在腿上，慢慢地揉着。武松那只断臂，被绷带绑在身上。
“哥哥！”
武松笑了一下，“二妹，你心痛武松，武松心里清楚呢，所以才不敢用你的洗脚汤。”武松到底有体能，醒来就言词清楚。
孙二娘哪听得懂武松的意思，只说，“二娘以后天天给哥哥打洗脚汤！”
因为军情紧急，二娘当天回到了昱岭军营。去来的三四天里，卢俊义已攻下昱岭，正在攻翕州了。孙二娘到时，卢俊义刚与翕州守军交锋过，正在清点人马，却不见了欧鹏与张青。欧鹏被敌将庞万春连珠箭射死，张青死于乱军之中。孙二娘寻得尸体，又哭一阵，亲点柴火烧化。
武松不到半月已能起床走动，慢慢还用一只手练着戒刀。只在听说孙二娘死去后，把戒刀都扔在了地上。
孙二娘是在攻清溪县时，被敌将杜微飞刀杀死的。当时宋江与卢俊义已会兵一处，面对的也只一个小小的清溪县。虽方腊蜗居清溪县里的一个山洞里，也是早晚可破。可那孙二娘急着只往里冲，可能记着早点结束战事回去开酒店的事，宋营鸣金退兵也全然不顾，被杜微山头上看得清切，一飞刀插进了胸口。
张能、赵小四一直在武松身边。武松那练着刀，动作也是越来越快。因鲁智深禅杖劈着方腊，缚着解到帐前。战事已经结束。鲁智深来看武松时，武松问到孙二娘，鲁智深才说出孙二娘已经殉国的事。武松扔了戒刀，只说了句，“死了才是解脱。”
此后鲁智深与武松，都在钱江岸上一个叫六和塔寺院歇息。忽一日，鲁智深听到湖汛，想起多年前智真长老“听潮而圆，见汛而寂”的谒语，叫寺里僧人打来洗浴汤，于浴盆中坐化圆寂。
武松虽失一臂，身子却还健朗。宋江劝武松随军回京，武松拒绝，说，“小弟今已残疾，不愿（不是不能）赴京朝觑。只愿在这六和塔里，陪伴智深师傅骨灰。哥哥功劳薄上，切不可提小弟名字。林冲师兄业已偏瘫，前日已与小弟说过，不原回京。也请哥哥留他在这六和寺里，由武松看视照料。”
宋江知武松言出即随，只得允诺了，又听武松说，“小弟只有一事相托，张青兄弟曾为梁山留下一后人，还盼哥哥悉数照管。”宋江听了，潸然泪下。因为记了武松的嘱托，宋江回京受封的第二年，发现自己喝下御赐毒酒，紧急做了两桩事，一是从所周知的，毒死李逵的事，还有一年是暗中做的，就是写信叫手下到郓城家里，要大鼠皮带张武孙到南宋去，改名换姓，置办田产，要张武孙不要习文、练武、当官，只做一个庄人，保住了梁山唯一的后代。
二个身着校官，也突然从随从中出来，“小的张能、赵小四，愿留下侍奉武都头。”宋江因哽咽无声，只得点头。
这是八月中秋之后。梁山军马是在京畿军营里过了元宵才挥兵南下的，用了整整七个月时间剿灭了方腊。
武松在六和寺禅室里设了九个牌位，他把九个牌位这样依次排着：师傅鲁智深、哥哥武植（武大）、嫂嫂潘金莲、哥哥张青、嫂嫂孙二娘、兄弟施恩、妹子韩玉兰、妹子张彩儿、妹子张千金。
六和寺原来的僧人见到牌位告戒武松说，“寺院当以供奉佛祖，不宜私设牌位。”武松说，“他们都是菩萨。”
二随从亲眼目睹了武松刀搠潘金莲经过，现在看到潘金莲位列其中，对武松尤其敬服，关照越发体贴。林冲死后，牌位又增加一个，正好十个。
武松在六和寺活到八十岁善终，圆寂后面含微笑。两随从叫匠人根据武松当时的形象，雕成菩萨，至今还供六和寺里。