第六，没收种子处罚。没收的种子存放和处理，应由作出处罚决定的农业行政主管部门负责。存放的方法，可以由农业行政主管部门设置仓库存放，也可以委托由某单位代贮，还可以指派当事人保管。
没收的种子，也应区别对待，合格种子，可以委托经营部门销售，不合格种子作为农产品处理。种子变卖的价款，扣除保管、运输等费用，其余上交地方财政部门。
在决定不能动用、又未决定没收之前，农业行政主管部门有权决定冻结封存。同时应规定封存期限，不能由此而影响使用季节和质量。
第七，实行对违法单位负责人个人的罚款处罚。对违法单位除建议其上级单位或对有关人员给予行政处分外，也可以对该单位的负责人（法人代表）处以个人罚款。这样既有利于增强惩戒的作用，也有利于制止违法行为。
第八，实行对种子来源违法的查处。为了使种子管理和处罚的各环节相互配套、完善执法，应规定对生产加工和经营的种子无档案记载、收购田间生产的种子无生产许可证及质量检验证、批发来的种子无质量检验证等行为，给予罚款的行政处罚，并规定罚款额度。这样可增强生产许可证、质量检验证的制约力，也有利于加强生产经营过程的管理。
第九，实行违法案件相关责任人的查处。由于目前种子生产经营倒手多，违法发生地的当事人有其应负的责任，但往往还有相关责任人，而当地的当事人并不是质量事故的主要责任人。针对种子生产经营的特点，为了有利于杜绝假劣种子的生产和流通，实行相关责任人追索查处制度。当违法案件在当地进行处理的同时，当地的农业行政主管部门应将违法事实及证据通知相关责任人所在的同级农业行政主管部门，进行协助检查处理。
第十，种子行政处罚决定的程序。由于种子行政处罚的内容和方法有其自身专用性的特点，因此，应由国家农业行政主管部门根据国家行政处罚的要求，制定种子行政处罚决定的程序，以增加行政处罚的可澡作性。
（3）种子事故造成生产经济损失的赔偿。假劣种子造成减产，农民受到损失，已成为目前社会上关注的一个问题。农民由于得不到损失的补偿，引发出一系列问题，其起因与种子管理有关。现行的种子法规定有责令赔偿直接损失和可得利益损失，但实际上难以执行。农业行政系统的种子管理，应否介入种子事故的处理和处罚，学术界有着不同的看法。有的认为应该管，有的认为不该管，管也管不了。研究立法，对此必须明确。从性质分析，买卖双方因产品质量问题发生经济索赔，属于民事经济纠纷，已不是行政处罚的范围，农业行政部门无权、也无能力解决经济赔偿问题，但种子管理对发生的假劣种子又要进行行政处罚，只处罚销售种子的单位，而不过问它给农民造成的经济损失，情理欠缺，难以被各方面接受，而且以此为由，也难以解决现实生活中农民的上访和告状问题。因此，从历史习惯和现实情况，在立法中应明喃规定农业行政部门应该管，但要明确职责，一是立案管理，二是进行事故性质及造成损失数量的技术鉴定，三是可以进行赔偿问题的调解。
出了事有人管，从技术上判明案情，并对双方进行调解，如调解无效，再由法院依法审理。
（4）种子质量事故造成减产损失责任的鉴定。种子在田间种植后，使用者提出因种子有问题造成经济损失，要求赔偿。处理程序：第一步应鉴定是否为种子；第二步鉴定在减产中，种子责任占多少；第三步根据罚过一致的原则，确定种子责任者应承担的赔偿数额；第四步是如果种子责任者无力承受，商定解决办法。
在实际工作中，前三步的鉴定是一项兼管理、技术、经济为一体的相当复杂的问题，而且在技术上也有相当的难度。首先是对种子自身的鉴定，包括品种不符、杂交种变更亲本组合、杂交制种时亲本正反交等，还有因混杂退化给生产造成损失的，这是一项复杂的技术难题。其次是田间现场的鉴定，由于有些问题自身鉴定的不确切性，使用者种植后受气候条件、土壤条件、栽培管理技术、病虫危害等因素的影响，又将引起群体自身的一些变化，从而增加鉴定的难度。如播量过少，出苗少，可能归结于发芽率问题；管理不当以及病虫危害造成的株高、株型、长势不一致，可能归结于纯度问题；由于气候原因造成熟期、生育期、植株长势、产品形态等变化，可能归结于品种真实性的问题。农业生产造成的减产，往往是气候条件、生产技术、栽培管理、病虫危害、种子质量等多种因素综合影响的结果。确定本年度这些地块减产多少，与上年相比或与相邻地块相比，都存在一定的不准确性。在减产诸因素中，种子质量问题又可能与其他因素造成减产有相关性，这些确实也是一个复杂的问题。
对这个复杂的问题，在进行现场鉴定时，又会遇到一些问题，影响到鉴定的准确性，如选定的代表地块，能否代表整批用种的结果，参加鉴定人员的专业性和技术水平，再加上部门利益、地区利益思想的干扰等，都可能使责任的真实性和准确度产生误差。
损失赔偿鉴定是种子立法的一个关键问题，需要制定具体的管理办法，鉴定组织、鉴定程序、鉴定技术操作规程、量化的计算方法等，其中有些技术问题还需要通过试验研究加以澄清。对这些问题，都应该在立法完善时予以规定，并同时明确由农业部制定具体操作办法。
（五）种子法实施中存在的问题及对策的研究《中华人民共和国种子法》（以下简称《种子法》）的实施，给我国的种子产业注入了新的活力，为种子选育者、生产者、经营者和使用者提供了有力的法律保障，对于提高种子质量，规范和促进种子产业的发展具有重要的意义。三年来的工作实践，使人们对《种子法》在加强种子行政管理方面的作用有了深刻的认识，但在具体工作中也遇到了一些疑点和难点问题，主要有不办理经营许可证而经营的管理问题、非主要农作物的管理问题、种子质量的管理等。
1、《种子法》实施中的主要疑难问题
（1）不需要办理经营许可证而经营的几种情况管理难度大
《种子法》规定了不需要办理经营许可证的四种情况，在实际运行中常见以下问题。一是专门经营不再分装的包装种子，在市场销售中以散装种子、自己包装种子和伪造包装种子等违法经营行为较为多见，尤其是后两者带有一定的蒙蔽性，易给农民群众带来损失，并且由于其数量多、品种杂，给种子管理工作也带来了一定难度。二是接受书面委托经营代销的种子，常有委托代销不慎重（乱委托）、不规范、超范围和超区域委托的现象，甚至有的企业由于利益驱动买卖委托书；个别经营单位为了扩大自己的销售范围，不从实际出发，不考虑自身的经济能力，设立数个代销点，人为造成市场的混乱；也有个别经营者同时代销几个单位的种子，种子来源多，供销渠道混乱，种子质量难以保证，给种子管理工作增加了难度。三是设立分支机构经营的种子，存在超有效区域设立分支机构、分支机构不备案、分支机构经营范围超越经营许可证规定、种子来源难以判断等问题。四是农民个人出售、串换自繁、自用剩余的常规种子，在实际操作中出现“三难”，即农民（自然人）的身份：和“自繁自用”及“剩余种子”三项认定难、种子数量核定难、具体管理措施到位难。常有变相销售散装种子的情况发生，种子质量无法保证，出现纠纷根本无法认定和追究责任。
出现的种子质量问题，主要是由上述四种情况造成的。尤其在种子紧缺、价格上扬的时候，表现更为突出。有些商户为了牟取暴利，不惜以身试法，大量制假售假。假劣种子问题暴露时，这些违法商户不是积极与管理部门配合，而是回避责任一走了之，管理部门对此无能为力，为问题的解决和案件的查处带来了重重障碍，严重侵害了农民的利益，在社会中也造成了极为恶劣的影响。
（2）主要农作物市场混乱
《种子法》只规定主要农作物品种推广应用前应当通过审定，对非主要农作物的品种如何管理没有作出明确规定，这样就出现了以品种不适应和盲目引进为代表的诸多问题，有以下几个主要特点：第一，非主要农作物品种繁多，且有明显的区域适应性及性状隐蔽的特点，导致了近年来假劣种子案件和种子纠纷时有发生；第二，我国农业目前生产规模小，农民以各家各户分散种植为主，没有精力对各种渠道提供的品种信息进行筛选，也缺乏判别种子真伪的专业能力；第三，由于非主要农作物不再进行品种选育和审定，也没有相应的质量标准，有些也不办理种子经营许可证，农民基本弄不清种子品种以及适宜性等情况，因此特别容易上当受骗；第四，由于没有法定的管理依据，也为种子管理部门的规范管理带来了很大的难度，出现问题以后难以追究种子经营者的责任，为农民赔偿损失也更加困难。
（3）种子质量管理需进一步完善
在《种子法》实施以后，种子质量以生产商或经销商承诺制的形式体现出来，种子经营者要对自己所经营的种子质量负责，农业或林业行政主管部门负责对种子质量实施监督。这样一来，种子的质量管理就成为事后监督，常常是种子质量问题暴露出来以后，才能被发现，管理时间的滞后带来了管理措施的执行难，而且判定质量纠纷的依据也不充分。因此，强化行政主管部门的质量监督职能，规范和加强种子质量的复检程序，是种子质量管理的关键，也是今后在《种子法》实施中的重要环节。
2、相应的解决对策探讨
上述问题的出现是由于在《种子法》中没有具体的管理规定，因此在实际工作中难以操作，已成为进一步深入贯彻《种子法》、严格种子行政管理的难题。如何做到既依法行政又切实解决现实问题，需要我们认真研究和探讨。根据《种子法》第三十六条“种子经营者应当建立种子经营档案”和第六十二条“违反本法规定，有下列行为之一的，由县级以上人民政府农业、林业行政主管部门或者工商行政管理机关责令改正，处以一千元以上一万元以下罚款：……（四）未按规定制作、保存种子生产、经营档案的”规定，我们经过认真分析、反复讨论，确定以上述《种子法》所规定的“建立种子经营档案”为主要依据，将备案经营活动、非主要农作物品种、种子质量等作为经营档案的重要内容，制定相应的规定和措施加以规范，较好地解决了管理上的矛盾问题。我们感到，这是农业行政执法中理论与实践相结合的一种新的探索，使种子管理工作既有法可依，亦有章可循，为种子管理的法制化、规范化、制度化走出了一条新路子。
（1）加强和完善经营活动的备案管理
对不需办理种子经营许可证的经营活动实行备案登记并作为经营档案的重要内容进行管理，使种子管理部门在履行备案手续的过程中，及时掌握经营者包括其赔偿能力在内的基本情况，为种子纠纷的顺利解决创造了有利条件，既增强了《种子法》的可操作性，又对优化经济环境和规范经营秩序起到了积极的作用。
对于经营不再分装的包装种子的，办理备案时需提交以下材料：营业执照复印件，营业场所产权证明或租赁合同复印件，经营者的身份证明复印件。同时要求在购种时，要查验并记录种子提供方的种子生产或经营许可证，质量检验证明等。
受具有种子经营许可证的种子公司在其有效区域内书面委托代销其种子的，备案登记时应提交以下材料：委托方、被委托方营业执照复印件，委托供销合同证明或协议，委托方种子经营许可证复印件（要加盖委托单位印章），受委托方负责人身份证复印件，受委托方营业场所产权证书或房屋租赁合同书的复印件。
种子经营者按照经营许可证规定的有效区域设立分支机构的，分支机构备案登记时要提交以下材料：设立分支机构的单位的种子经营许可证复印件（并加盖原单位印章），设立分支机构的单位和分支机构营业执照复印件，分支机构负责人的任命书及身份证复印件，设立分支机构的单位在原发证机关备案材料复印件，分支机构营业场所产权证明或房屋租赁合同复印件。
对于农民自繁自用的常规剩余种子，要经种子管理部门登记，并经种子质检机构出具检验合格证明后，方可在当地集贸市场上出售、串换。
（2）对非主要农作物实行品种登记管理
随着农业产业结构调整的不断深入，非主要农作物所占有的市场份额也越来越大，市场对非主要农作物进行规范管理的要求也越来越迫切。《种子法》实施近两年来的工作实践表明，非主要农作物管理的关键在于了解和掌握其生态适应性。对非主要农作物品种的生态适应性进行严格的审查登记，并纳入种子经营档案的内容进行规范管理，能够把好市场准入关，有效防止非主要农作物品种的乱引乱推，把种子风险控制在推广之前。
非主要农作物品种的登记由申请单位或个人填报《非主要农作物品种登记申报书》，载明品种名称、特征特性描述和标准图片等，并提交生态适应性证明材料。如无证明材料的，应进行生态适应性试验。
申报的品种经审查合格后即为登记，由种子管理部门签发品种登记证明，并在种子标签上标注。