自天启七年王二在黄土高原上举起首义大旗以来，到崇祯二年有王嘉胤、罗汝才、张献忠、高迎祥相继反叛，恁凭此时，崇祯也不得不对西北重视起来了。在原陕西巡抚无法应对叛乱的情况下，吏部会推左副都御史杨鹤担任三边总制，以刘广生为陕西巡抚，张梦鲸为延绥巡抚，协助杨鹤平叛。
事实上，崇祯仍然没有认识到问题的严重性，因为这个时候朝廷对陕西的政策仍然是以安抚为主，因为他认为这都是失去生路的饥民所为，而且这个时期，皇帝将重点也放在辽东问题和朝廷官员的任用上。
这个期间，陕西的王嘉胤部崭露头角，高迎祥、李自成、张献忠都成了他的部下，除此之外，还有颇为骠悍的王左挂、神一元。由于崇祯二年的己巳之变，延绥、宁夏、固原、甘肃、临洮五镇兵马被调往拱卫京畿，所以对于杨鹤来说，平叛显得捉肘见襟，他便启用前宁夏总兵杜文焕从延绥、固原调兵三千进剿。
杜文焕在对待民变问题上跟杨鹤截然相反，杜文焕在镇宁夏的时候就以凶狠著称，如今杨鹤主抚，而杜文焕主剿。督抚不合无疑是平叛的大忌，前面已经有魏学曾、叶梦熊和熊廷弼、王化贞的教训，杨鹤一方面对于王嘉胤猛攻延安、庆阳隐瞒不报，另一方面开始积极招抚王左挂部。在杨鹤正加紧对叛军招抚之际，杜文焕正带领山西、陕西、临洮、宁夏四镇兵马对王嘉胤部进行猛攻，官军大败，接着，神一元所率义军攻陷宁塞，杀明参将陈三槐，还有杜文焕的家人十几口。
杨鹤任三边总制后两年时间内对于陕西的势态并无太大改观，在这种情况下，崇祯四年关于对待民变的政策朝廷又开始了争论。陕西巡抚练国事说道：“边关缺饷，军心不稳，乞求发饷数十万两济之。”职方郎中李继贞说道：“朝廷以三十万担米的价格在陕西附近购买粮食赈济灾民，这样造反的农民就会重新为民，而打算造反者则会打消这个念头，这样造反大军将会不攻自破，甚至还会有人主动献出贼寇首级。”
从这里我们可以看出，官僚们认为饥民为贼乃是饥饿所至，兵为贼者乃是缺饷所至。崇祯对此说也颇为赞同，他说道：“寇亦我赤子，宜抚之。”在这种情况下，主抚似乎成了帝国不容置疑的决策，而这一切都是缺饷所至，话说回来，没有钱不能够发兵进剿，但没有钱也同样无法安抚。
崇祯四年（1631年）义军最厉害的首领神一元在保安之战中阵亡，其弟神一魁担任义军将领。一魁率领数万大军进攻宁夏，败明军指挥使王英，攻合州、庆阳，势不可挡。在这种情况下，杨鹤开始将招降的重点放在神一魁身上。杨鹤对神一魁的招降获得了成功，神一魁被授予守备职衔，和其部众一起四千人被安置在宁塞，其他六七千人解甲归田。
对神一魁的招降成功无疑给思宗的招抚政策树立了榜样，思宗心中也甚慰。虽然如此，但延绥巡抚洪承畴显然并不认同朝廷的主抚方略，他率领曹文诏、艾万年对王嘉胤部发动猛攻，败王嘉胤于阳城，王嘉胤战死。西北最大的义军头子王嘉胤的战死对各路义军来说是个沉重打击，众义军领袖纷纷投降。
形势虽然看起来那么喜人，但问题并没有解决。对于反叛的士兵要将他们归还到军中，那么就要发饷；对于造反的农民要将他们遣返回乡，那么就要发给种子、农具，还有安置费用。这些对于朝廷来说都是不可能，所以所谓的叛军归降实际上就像瓦上的霜一样没有任何意义。
很多已经归降的叛军聚拢在一起不肯散去，一些回乡的反叛者也还是依靠着过去的惯性不停的在家乡骚扰、劫掠，看似安静的陕北高原犹如一个随时会被再次点燃的火药桶。
不久，神一魁手下的头目茹成名由于获得封赏不满意，殴打杨鹤手下参将，结果杨鹤将茹成名擒杀，此举无疑动摇了本就蠢蠢欲动的降军的心。神一魁手下另两个头目张孟金、黄友才挟持神一魁再次发动反叛，攻占陕西北部重镇宁塞。
神一魁的再次反叛无疑标志着朝廷主抚政策的破产，这些反叛者在崇祯眼里再也不是什么皇帝的“赤子”，而是没有信誉的“恶贼”。皇帝为了保全自己的面子，立即让锦衣卫赶赴陕西将杨鹤缉拿来京。
朝廷安抚政策的失败绝不是杨鹤的责任，关键问题就在于朝廷剿抚不定，杨鹤虽然主抚，但洪承畴却主剿，甚至将投降的义军残忍杀害，这些都减少了义军对于投降的信心，对于他们来说，朝廷已经没有信誉可言。
杨鹤被免职后，崇祯任命洪承畴为三边总制，负责平叛事务。洪承畴上任后，完全抛却前期的主抚，对义军展开大规模进剿。崇祯五年春天，洪承畴率甘肃总兵杨嘉谟、固原总兵杨鹿其、临洮总兵曹文诏、延绥总兵王承恩、宁夏总兵贺虎臣五路大军围剿陕西义军，双方在庆阳西壕展开主力会战，农民军大败，此战将陕西境内的农民军势力基本上镇压下去了。
陕西境内的战火虽然熄灭下去了，但是义军首领王自用率领三十六营士兵避开陕甘的官军主力进入山西境内，开辟了晋东南战场。义军既进入山西，接着便以山西为跳板开始进入河北南部和河南北部，此举直接威胁到帝国的心脏京师，到了此时，这场叛乱已经不是在陕西高原上那样只闻其声不见其人，而是一个俯冲就可以冲到京师来的实实在在的威胁。
为此皇帝调昌平副总兵左良玉进入河北跟农民军作战，接着调延绥总兵曹文诏入山西平叛，又调四川副总兵邓玘率川军和土司兵入河南进剿，然后又派宦官陈大全、阎思印、谢文举、孙茂霖担任曹文诏、张应昌、左良玉、邓玘四支军队的监军。四路官军在河北的战况并不理想，朱由检又急调京营入河北作战，而高迎祥率张献忠、罗汝才乘着黄河冰封向南渡过黄河进入淮河流域，这已经是崇祯六年十一月间的事情。
义军的主力终于转移到了南方，尤其是昔日聚集流民的荆襄之地，到了这个时候，无论是杨鹤的主抚还是洪承畴的主剿都被宣布破产，帝国需要制定新的应对策略。
针对农民军四处流窜，而各地镇抚推诿观望的现象，有人提出来必须设立平叛总督负责一切平叛事宜，在这种情况下，崇祯将延绥巡抚陈奇瑜升为兵部右侍郎，总督陕西、山西、河南、湖广、四川五省军务。陈奇瑜上任后即马上着手此事，他令陕西巡抚练国事驻陕西商洛，从西北方向围剿义军；郧阳巡抚卢象升驻湖北房县，从西南面围堵；河南巡抚玄默驻河南卢氏县，从东北面围剿；湖广巡抚唐晖驻湖北南漳从东南面围堵。
在四路大军围堵的情况下，陈奇瑜亲率大军进攻荆襄之地，崇祯七年六月，陈奇瑜大军将高迎祥、张献忠、李自成的七万大军围困于陕西安康县的车厢峡达两月之久，期间阴雨连绵、山洪暴发，农民军减员过半，在不得已的情况下，李自成诈降而出。此举无疑将陈奇瑜四路围剿的计划毁灭，崇祯免去陈奇瑜五省总督之职，重新以洪承畴代之。
崇祯八年，义军攻克中都凤阳，朱元璋的老家顿成一片火海，消息传来，举国哀悼。攻克凤阳后，义军分成两股，一股由高迎祥、李自成率领折回河南，另一股由张献忠率领转向南方。无论崇祯如何的恨农民起义军，此时还真是得静下心来好好应对。在任命洪承畴为五省总督的同时，崇祯又任命卢象升为五省总理，洪承畴在陕西，卢象升在河南，两人互为犄角。
崇祯九年，继义军的头领王嘉胤战死后，义军的又一主要头领高迎祥被俘杀，但中原的流寇仍呈剿不灭的大势。崇祯十年三月，崇祯在平台召见杨鹤之子杨嗣昌，杨嗣昌向崇祯提出自己的“四正六隅，十面张网”策略。具体说就是以陕西、河南、湖广、江北四个地区为四正，作为围剿农民军的主战场；以延绥、山西、山东、江南、江西、四川为六隅，作为辅助战场，由这六个地方的巡抚协助围剿；“四正”加“六隅”构成“十面之网”，由总督、总理二臣重点进剿。“四正六隅，十面之网”策略对崇祯非常有吸引力，他似乎看到农民军被绞杀的希望，他任命杨嗣昌为五省总督，杨嗣昌又举荐熊文灿为五省平叛总理，杨嗣昌议兵十二万，由于户部无饷可拨，杨嗣昌又建议加征剿饷二百八十万两。
杨嗣昌信誓旦旦的提出“下三个月苦死功夫，了十年不结之局”，所谓的“三个月苦功夫”就是以崇祯十年十二月到崇祯十一年二月之间的三个月为期。杨嗣昌提出的“十面张网”颇为大手笔，但它遭到了陕西巡抚孙传庭的反对。孙传庭认为各地边军已经抽调一空，再议兵十二万已是空谈；连年增派加饷已至穷尽，再若加饷必无法征齐，而且还会导致更大规模的民变。孙传庭认为应该集中兵力进攻陕西的李自成部，打歼灭战。到了此时，谁是谁非已经不是那么重要，无论是围还是剿，事实表明都难以奏效，也许根本没有人知道，下一步将会走向何方。