我们所要讲述的万历王朝的政治斗争到此就基本结束了，万历时代的确是一个波澜壮阔的时代，基本上农耕时代的一切都在这个时期迸发，苏州工人的那场运动中更使得农耕时代的一切指标都达到了临界点。
万历皇帝跟那些生于深宫、长于深宫的皇帝一样，他显得慵懒而对大多数事情毫无兴趣，他的幼年生活的并不幸，在李皇后、张居正、冯保的压力下，他正在进行格物、致知、诚意、正心、修身、齐家、治国、平天下的接力性任务。他的童年是苦闷的，他不及他的先祖正德皇帝那般快乐，当他背书错了字的时候，将会受到打板子的惩罚，当他发现酒后和太监、宫女很有趣的时候，他的母后甚至威胁要废掉他的皇帝之位。这个孩子很聪颖，也有着孩子的天真，但他的天真、率性从来没有表露出来，他的一生似乎都是在机械性的生活。
虽然皇帝对他的老师张先生表现出来很尊敬，但这明显是在演戏，通过《明实录》中那些虚伪的对话，我们可以感知到君臣的那种微妙关系，而天下的官僚也都感知的到。当张居正死后，由低级官僚开始，以一种循序渐进、去皮见骨的方式展开攻击，这种攻击最终演变成全面的政治风暴，他们不仅全面否定70年代所有的一切，而且还要牵扯现今的人和事，最后还得依靠首辅申时行及时制止了。
严嵩与张居正的失败不是个案，也就是从这个时候，高级官僚与低级官僚对立起来，也就是在这个时候，高级官僚明白了一个道理，那就是无论什么时候也不能得罪天下的官僚。
自此，夹在皇帝与低级官僚之间的内阁阁臣日子益发难过，他们只得小心翼翼的在取得皇帝满意情况下来应对各级官僚。
从张居正死后，“国本之争”差不多就开始了，皇帝以他的倔强脾气来跟全天下的官僚作对，事实上，这根本是不可能取胜的。嫡长子继承制早已经不是皇族的家务事，而是整个国家的事情，在这个儒家最大的伦理上，没有人可以做出任何更改。在这场旷日持久的斗争中，君臣之间的信任已经不复存在，文官之间的信任也不复存在，帝国进入党争时代。
在清算完张居正后，万历总算搬掉了心头上的那座大山，从万历十一年开始这位皇帝显得活力充沛，他整日批阅奏章，亲自过问军事、人事和农田水利，在很多方面，这位年轻的君主都表现出独到的观点。但是很快，万历发现自己几乎在一切问题上都无法按照自己的政策执行。
本朝的行政体制自有它的特点，皇帝的诏命必须通过司礼监下发到内阁，然后由内阁拟票报司礼监批红，然后由六科签发全国，这当中有任何一个环节出现阻力，皇帝的意见就得不到执行。年轻的皇帝此时已经发现有着这个成熟的官僚体制，他个人的确发挥不了特别的作用，皇帝这个时候开始怠政了。
申时行的离开不仅没有使这个帝国安静起来，反而使它显得更加杂乱无章，并最终滑入无序的状态。几乎所有反对内阁的低级官僚形成一个坚固的政党——东林党。这个党派在随后的国本之争、矿税斗争都有精彩表演，这种表演甚至持续到了明朝灭亡。
崇祯年间，常熟县民张汉儒就曾控诉东林骨干钱谦益、瞿式耜居乡“不畏明论，不惧清议，吸人膏血，啖国正供，把持朝政，浊乱官评，生杀之权不操之朝廷而操之两奸，赋税之柄不操之朝廷而操之两奸，致令蹙额穷困之民欲控之府县，而府县之贤否，两奸且操之。”此论虽然偏激，但从一个侧面也说明了问题。
的确，东林党成员大多出身士绅阶层，他们通过结社的方式干预朝政、把持公论、奔竞请托、包揽词讼、隐漏钱粮，异己者虽清必驱，附己者虽秽必纳。所以，清朝初年开始严禁士人结社。
万历年间随着商业发展，参政议政群体开始扩大，舆论也开始民间化，士大夫们开始提出“天下非君王一人之天下，乃共治基础”，这些都反映了在资本主义上升时期，新兴的资产阶级开始积极的追求民主权利，而这所有的一切都有赖于这个蓬勃发展的商业时代。
当帝国即将结束16世纪的时候，一个很严重的问题并没有引起很多人的关注，那就是财政问题，毕竟对于大多数人来说，他们还没有资格从全局考虑问题，但帝国的最高统治者却不得不考虑这个问题。一些潜在的隐患似乎无人顾及，他们更多考虑的只是眼前。
社会的经济结构早已发生改变，洪武时代的那种农村模式已经不复存在，无论是经济总量还是从业人口都向商业转移，但相应的商业税并没有跟上来。皇帝是个明白人，他知道通过文官系统增加商业税是不可能的，他便绕开了文官系统，启动了帝国的另一条系统——宦官系统，但这条系统从嘉靖以后已经衰退。虽然是一种好政策，但在执行中出现了偏差，由于地方官员指挥不动，所以，派到各地的宦官只有收养一些地痞无赖充当打手。另外，在税收的设计上没有针对性，派往各地的税监几乎将一切商民作为收税的对象，结果不仅收上来的税额少的可怜，而且还搞的全国舆论大哗。
从万历二十五年到万历三十四年，各地税监送往宫中的银两总共才是五百多万两，这些还不如一个大的盐商、海商家庭的资产总额，而且这些税银还有部分贴补到万历三大征之中去。所以，无论是农业税也好，还是商业税也好，税收的设计都没有针对性，小民仍然是纳税的主体，真正应该承担纳税任务的却并没有波及到。
关于以上观点，田口宏二朗认为：“近十年以来，矿税问题屡次引起了世界各地学者的关注，但是这些前辈学者们的看法都有一定的倾向性，都强调了其非法、不合理、剥削的一面，把那个‘祸’的原因，简单地归咎于万历皇帝和宦官们的个人素质上。然而作为政策问题的矿税，却很少有人言及。还要指出的是，以往的学者们的研究都仅仅依据明末东林系文人言论而已，关键的问题不是对明末官员们阐述的矿税问题如何进行考察而是要考察矿税本身的性质和内涵等问题，以及其具体运作的问题。”
田口宏二朗的话已经很说明问题，那就是我们对于一项政策不应该从它的本身去考虑，而应该从政策的源头去考虑，如果不去考虑它的因果，未来还会发生这样的政策，甚至会导致更为严重的后果。另外，我们还需注意一个问题，那就是在征收矿税的过程中，内阁首辅赵志皋、沈一贯、方从哲皆采取了默认态度，这更加剧了以商人为主体的东林党与内阁的矛盾。
从16世纪晚期开始，因为商业税的原因，帝国正式发端了市民运动，这是中枢与地方的博弈、君主与臣僚的博弈、农业与商业的博弈，在苏州的那场民变中，更是产生了近代无产阶级工人运动，这明确的表明着，我们身处一个伟大的时代。
万历朝不仅是商业蓬勃、思想自由、文化昌盛的时代，更是东西方文化全面交流的时代，这个时期正处于欧洲中世纪的晚期，教会的力量依然强大，从欧洲的传教士的嘴里和他们的记载里，这些欧洲人发现一个不同的世界，一个跟他们哲学观相似，却又显得理性的世界，这个世界就是东方的儒教帝国。
欧洲人发现道德可以代替神学，君权也并非神授，他们不顾一切的汲取儒家文化的营养，并最终通过法国大革命和拿破仑战争将启蒙运动带到了整个欧洲。
历史进入万历年，我们益发感到体制惯性的强大，民间虽然波澜壮阔，但中枢却没有任何改观。士农工商、凡夫俗子只是各自做着各自的工作，无人将自己的行动和这个集体联系起来，所以，全部的人只好在静悄悄中等待着帝国的灭亡。
我们似乎不应该苛求个体，因为任何个体都是有私欲的，我们的统治者是否应该承担责任，但在那种强大的制度面前，统治者又算得了什么呢？