魏源《圣武记》中《国朝绥服西藏记上》延续了这一说法：“（康熙）四十四年，第巴谋毒拉藏汗不遂，欲以兵逐之，拉藏汗集众讨诛第巴。诏封拉藏翊法恭顺汗……至是奏废第巴所立假达赖。诏执献京师，行至青海，病死。”
不过，根据有关专家的研究，这种官方的选择性记录和经过过滤的结论其实大有可疑之处。比如，康熙三十九年至四十五年间，西藏和清廷之间文书往来不绝，大事不断，但《清圣祖实录》的相关年份里均无记录，甚至康熙四十二年、四十三年和四十四年连续三年没有与西藏有关的任何记载。盖因这种御用史书倾向于记录官方愿意相信的事实，而不是历史事实，所以，真话往往为好听的话所取代，“仅仅依靠官修史书很难弄清历史真相”。
在民间及多部历史文献中，关于仓央嘉措并未在押解途中圆寂的说法也多有出现，比如有的就记载后世达赖喇嘛曾去五台山与他秘会等。但近来越来越多的人相信“遁去说”，即如《仓央嘉措传》所载，康熙皇帝醒悟到对仓央嘉措的处理将左右为难，于是派遣使臣训斥押解人员道：“尔等将此教主大驾迎来，将于何处住锡如何供养？实乃无用之辈。”众人惶恐，更无万全之策，只好恳求仓央嘉措自行遁去。此后，仓央嘉措周游印度、尼泊尔、康、藏、甘、青、蒙古、五台山、京城等地，最后于乾隆十一年（1746年）阴历四月初八逝于阿拉善旗朵买地区的一座蒙古营帐中，年寿64岁。
比较权威的《西藏民族政教史》显然采信了这一说法。这本著作在相关章节中写道：“次因藏王佛海（即桑结嘉措，桑结是藏语佛的意思，嘉措是藏语海的意思）与蒙古拉桑王（拉藏汗）不睦，佛海遇害。康熙命钦使到藏调解办理，拉桑复以种种杂言谤毁，钦便无可如何，乃迎大师晋京请旨。行至青海地界时，皇上降旨责钦使办理不善，钦使进退维艰之时，大师乃舍弃名位，决然遁去，周游印度、尼泊尔、康、藏、甘、青、蒙古等处。宏法利生，事业无边。尔时钦差只好呈报圆寂，一场公案，乃告结束。”
关于仓央嘉措卒年的判断决定了对仓央嘉措后半生的踪迹的判断，这也是目前有关仓央嘉措研究最大的谜团之一。尽管历来有多种说法，但已经有越来越多的证据表明，这位广受爱戴的活佛并非如官方记载的那样短寿，而是在随后几十年的历经风霜中延续和升华了他的传奇。
官方对仓央嘉措一事的草草收场明显包含政治斗争的需要。有关专家引述的《格桑嘉措达赖喇嘛传》（清代蒙文木刻本）中，就指出当时蒙古势力“青海派”伪造了仓央嘉措的圆寂，其目的是想立青海僧侣封建主察罕诺门罕家族的格桑嘉措为继任达赖，以便同蒙古势力“西藏派”的拉藏汗相对抗。而拉藏汗出于和桑结嘉措势力及“青海派”势力的矛盾，也急于另立益西嘉措为达赖。因此，宣布仓央嘉措道死青海，对当时蒙古各派势力和清朝中央政府来说，都是上策。
关于仓央嘉措于青海逃遁之说，除据信为仓央嘉措弟子在他逃遁约50年之后所著的《仓央嘉措传》中记载之外，有关专家还引述蒙文《哲卜尊·丹巴传》中的说法称，仓央嘉措行至青海，并没有死，而是被送到阿拉善隐藏起来了。这些说法虽然在细节上有所出入，但仓央嘉措半途逃遁最后在阿拉善落脚的基本事实却得到了印证。
对于仓央嘉措从青海遁去以后辗转各地最后在阿拉善找到归宿的事实，不但阿拉善地区长期以来有大量的物证和民间传说，而且在仓央嘉措的家乡门隅地区（在流浪中他曾两次返回）也有类似的传说存在。据多名内蒙古、甘肃等地的高僧介绍，在“文革”之前，阿拉善的许多寺庙中都有仓央嘉措的许多遗物供奉，包括已经磨损的仓央嘉措读过的经典等。在位于河西走廊的天祝寺等地方，也有人见过供奉有仓央嘉措的遗物。
上个世纪50年代，全国人民代表大会民族委员会调查编著的《内蒙古自治区巴彦淖尔盟阿拉善旗情况》中也记载说，阿拉善旗有八大寺庙，其中著名的广宗寺（建成于1757年，位于贺兰山中）据说即阿旺多尔济遵六世达赖的遗愿所建，“内有六世达赖的遗体，供于庙中七宝装成的切尔拉（塔式金龛）内”。另当地相传，当时甘肃中卫有一个汉人，因敬奉六世达赖而得子，便替他修了一座庙，即八大寺中的昭化寺。
1933年，当时的广宗寺（亦称“南寺”）迭斯尔立特呼图克图为重建广宗寺撰写的序文中这样写道：“闻之浮屠百尺，赖众志以修成，多宝十层，伏万民而造讫。大凡佛祖宫殿类皆施主经营，鉴古观今，同一辙也。兹有本旗广宗寺供代登盖感（即‘德顶葛根’，蒙语上师喇嘛之意）佛者，系达赖喇嘛第六世真身，劝善来旗，坐化此处，肉身成佛，即地盖龛，外建大庙，香烟极盛，灵迹素昭，远近朝尊，蒙汉托庇，业已数百年……”
最早进行仓央嘉措研究的藏学家于道泉先生在上个世纪30年代翻译仓央嘉措诗歌时，在其译作的引言中也引述当时西藏友人的话说，有关仓央嘉措走到青海湖边忽然失踪的传说，在西藏也多有流传，“……以后他从五台山到了蒙古阿拉善旗，为蒙古人牧羊，有许多羊被狼吃了，他也全不在意。他底（的）主人知道了以后，大加申斥；他乃到山中将吃羊的狼找来，领到主人面前说道：羊是它们吃的，请向它们理论罢。主人大奇，乃知他是有来历的人。日后他底（的）来历被人知道了，阿拉善旗的人以为这样慢待了他们底（的）教主，罪业非轻，乃从那事以后每年集款万余两，送往拉萨分给各寺的喇嘛，用作忏罪的布施，据说这件事至今还未废除。”
关于仓央嘉措的归宿，还有种说法是他圆寂于五台山。比如，《十三世达赖喇嘛传》中记载说，十三世达赖到山西五台山朝佛时，“曾亲去参观六世达赖仓央嘉措闭关静坐的寺庙”。有学者据此认为，六世达赖仓央嘉措被押送到内地后，被软禁在五台山，年寿不详。不过，这种说法仅存孤证，真正相信的人不多。
一个不容回避的问题是：如果仓央嘉措作为六世达赖真的活到了64岁，那么在他生前就作为他的转世坐床的七世达赖又如何解释呢？根据藏传佛教的理论，如何解释一位达赖喇嘛在自己还活着的时候，就转世为另外一个自己？
实际上，藏传佛教认为普通人的确需要生命终结后才能转世，但达赖喇嘛并非普通人，而是已经悟道成佛的观音菩萨的化身。按照佛教的说法，任何一位菩萨都可以在同一时间化作若干身相，教化芸芸众生。如果机缘巧合，情势需要，菩萨甚至可以“化身千百亿”。这样，在一段时期内同时有两位作为观音菩萨化身的达赖喇嘛行走于世，分别向有缘信众弘扬佛法，也并不是什么特别难以理解的事情。
同时，在藏传佛教看来，一个人固然可以通过修行自己得到证悟，但最值得尊重的，乃是像观音菩萨一样在自己得道后发愿再返人间普度众生。在藏文中，活佛本源的意思，就是“再来人”之意。汉语翻译为活佛，无非是表示崇敬。活佛也要重新修行，给世人做榜样，并非一生下来就是佛。
对于像仓央嘉措这样转世到人间帮助其他人得道的菩萨来说，他们最重要的训练，就是让本性即前世的智慧记忆觉醒。一个活佛的前世和转世，虽然动机和目标是一致的，但他们并不是完全相同的人。转世者要根据具体的情况，适应当世人的“业”，以便更好地帮助他们。