净明派经刘玉、黄元吉、徐慧（徐异）三传，局限于江西一隅，局面始终没有打开，于是被兴起的正一派合并。此后虽然有赵宜真、刘渊然等传道，但已步入萧条之中。净明教作为一个道教宗派的活动并不是很成功，但它的思想在社会上却产生了比较大的影响。元明两代的统治者和官僚士大夫对其教义颇为赞赏。明代王阳明心学一系的王龙溪、罗近溪、高攀龙、屠龙等人与净明道过从甚密，对其义理评价很高，如高攀龙认为“仙家惟有许旌阳最正，其传只净明忠孝四字”（《高子遗书》卷五）。
新符篆派与正一道
正一、上清、灵宝是道教中的三大符篆宗派，都主要流传于江南，分别以江西龙虎山、江苏茅山、江西闷皂山为传播中心，故称“三山符箓”。
天师道经过隋唐时期的沉寂后，转变为龙虎宗，也称为正一派。龙虎宗自北宋末年第三十代天师张继先起，引入钟吕一系内丹术，改造传统的祈禳之术为“正一雷法”，给符篆法术注入了新的活力，使得龙虎宗从北宋末期以来受到统治者的重视，逐渐昌盛起来，并取得了统领江南道教的地位。南宋理宗嘉熙三年（1239年），正一派始祖张陵被封为真君，第三十五代天师张可大出任御前诸宫观教门公事，主领龙祥宫，受命统领三山符篆，龙虎宗从此正式成为江南诸派道教的统领。1259年，元世祖的密使访龙虎山，请张可大卜问天下大势，张可大回答说：“后二十年，天下将混一”（《元史·释老志》）。正一派由此与元统治者拉上了关系。二十年后，恰好元一统天下，张可大的预言应现，所以元代统治者对正一教颇为尊崇。正一教于是进一步壮大起来。1276年忽必烈召见张可大之子——第三十六代天师张宗演，以官方名义正式承认他的“天师”头衔，命他统辖江南道教，赐银印，次年又封他为真人，让他主持周天大醮于长春宫。此后，在整个元代，历代龙虎宗首领都因袭此例享受天师称号，赐封真人，统管三山符篆、江南诸路道教，可以推荐任免所管辖地区的道录、道观提点，奏请宫观名额、度牒，有权自己出牒度人为道士。元代正一派天师比较受朝廷重视的，除了张宗演外，还有第三十八代天师张与材。他因劾治潮水之患有功，在大德八年（1304年）被封为“正一教主”，武宗即位后又封他为国公，授金禄大夫，赐金印，享受一品官禄。第三十九代天师张嗣成，也在泰定二年（1325年）被授予知集贤院事，掌管天下道教。
元代正一派道士中，在政治上比较活跃，荣耀有过天师而无不及的道士有张留孙和吴全节师徒。通过他们的活动，从龙虎宗中分化出一个支派，即玄教。张留孙（1248～1321年）是张宗演的弟子。至元十三年随乃师人朝，用“虚心正身，崇俭爱民以保天下”来回答元世祖的提问，很合元世祖的胃口，于是被留于朝中。他善于占卜，又给皇太子、皇后治好了病，所以被封为上卿。朝廷为他建崇真宫，让他居于其中掌管祭祀。至元十五年（1278年）被授予“玄教宗师、道教都提点，管领江北、淮东、淮西、荆囊道教事。”大德年间，被加封为“玄教大宗师同知集贤院道教事”，追封他的祖先三代为魏国公。接着元武宗加封他为“大真人知集贤院大学士”。仁宗加封他为“开府仪同三司”，加号“辅成赞化保运玄教大宗师”，死后被赠与“真君”的封号。他门下的高徒七十五人，被封为真人并受命任各地道教提点的有七人，何恩荣等九人也被任命为道官提点。
张留孙历事元代八帝，有比较高的政治才华，在朝中可谓德高望重。他也有比较高的理论素养，曾为元世祖讲黄老道家清静无为的理论，为武宗讲《道德经》，为仁宗讲《南华真经》。佛道二教斗争而道教失败时，张留孙在道教经籍即将全部被焚毁的危急关头，上言皇帝，减少了焚经的损伤。
张留孙还开创了从龙虎宗中分化出的一个支派，即玄教。
吴全节（1269～1346年）是张留孙的大弟子，大德十一年（1307年）
授“玄教嗣师”，次年武宗追赠其祖、父母，改其故里名“荣禄乡具庆里”。至治二年（1322年）任上卿玄教大宗师，赐真人号，总摄江、淮、荆、囊等处道教，知集贤院道教事。吴全节以侠义著称于士大夫之间，《元史·释老志》说他“推毂善类，唯恐不尽其力，至于振穷周急，又未尝以恩怨异其心，当时以为颇有侠义云”。吴全节自幼向空山道士雷思齐学《易》，对《易》深有所究。他治儒学颇有功底，比较推崇陆学，曾经进陆九渊语录入朝，又向朝廷推荐吴澄、阎复等儒臣，得到了一大批儒臣的赞赏。
玄教第三代宗师夏文咏也“深明于先儒理学之旨，又尝受《河图》于隐者，有昔人未睹之秘。而于《皇极经世》之说，亦了然胸臆间”（《黄金华文集》卷二十七，《夏公神道碑》）。夏文咏之后，嗣教者为张德隆、于有兴等。
玄教有严密而庞大的组织体系和独立的领导体制。玄教在教义内容上对各道派的法术和思想都兼收并蓄，杂采众家，体现了成熟时期的道教的特点，只是他们没有融铸之后作出创新。玄教在道教理论上几无建树，但却有不少弟子在儒学方面颇有造诣。玄教宫观分布范围很广，传播范围也很大。玄教本是元统治者限制全真教势力过度膨胀的产物，因而也随着元朝的灭亡而灭亡。玄教在道教理论上几乎没有什么成就，它在道教史上的昙花一现，一方面是因为它参与元代政治生活，在政治上尊宠显贵。另一方面，玄教的许多道士深究易学，推崇以陆九渊心学为主的理学，力行忠孝，在思想上儒学化，在文学艺术方面多有造诣，如雷思齐工于易学，陈义高、吴全节、朱思本、陈日新、薛玄曦均善于写诗，有诗集存世。其中朱思本在地理学、地方志学方面颇有造诣，著有《舆地图》、《北海释》、《和宁释》、《西江释》等。道士王寿衍还发现了马瑞临《文献通考》并促使它得以刊印流布。这些都与道教自身关系不太大。不过，玄教在道教史上还是有地位的。玄教存世时间不长，但却有力地促进了元代江南道教诸宗派合并入正一道中。玄教壮大了龙虎宗的势力，为统一的正一道的形成奠定了组织基础。玄教首领作为天师在京的常驻代表和代理人，具体负责联络皇室和江南道教各派，从而有机会协调各派之间的关系，为江南道教诸派最后联合形成正一道作了必要的准备。
明代中期以前，明代统治者对正一道采取利用的政策，所以对它也给予了比较大的扶持。正一道天师在这一时期得到的封赏不少，地位也很高。许多正一派道士，如邓仲修、傅若霖、邵元节、陶仲文等，颇受明王室的尊崇。
上清茅山派，南宋以来已出现颓势。但在元代仍然有一些影响，朝廷对它也还重视。茅山第四十三代宗师许道杞（1236～1291年）因祈雨应验，受元世祖召见，赐宝冠法服。第四十四代宗师王道孟（1242～1314年）因祈雨驱蝗被赐予真人的称号。第四十五代宗师刘大彬在元佑四年（1317年）被封为茅山真君。宋末元初上清派道士杜道坚（1237～1318年）曾经得到元世祖的召见，受命住持杭州宗阳宫，升杭州道录、教门高士，仁宗时被赐真人号。
灵宝派在宋代民间颇有影响，入元后呈现衰颓之势。不过元代统治者也没有冷落它。阎皂山万寿崇真宫第四十六代嗣教宗师杨伯歧受赐真人号。
该派在北宋末年分化出“东华派”，后传至温州道士林灵真（1239～1302年）。
除了上述三大宗派外，南宋至明代中期的符箓类道教宗派还有神霄、清微、天心等小的宗派。
神霄派由北宋末年江西南丰人王文卿所创，用神霄雷法行祈禳劾召之事。王文卿之后有两宋之际的道士萨守坚、王嗣文、高子羽各开创一个支派。高子羽一系有徐次第、聂天锡、谭悟真、罗虚舟、霄雨轩、胡道玄等续传。此外还有似乎是直承王文卿的邹铁壁一派，这派入元后有莫月鼎、王继华、潘无涯、周玄真、金善信、王惟一等承传。全真教南宗白玉蟾一系也行神霄雷法。
清微派据说是唐代末年广西人祖舒创建的。这一派的第十代掌教是黄舜申（1224～？）。他在至元丙戊（1286年）年曾经被赐予真人之号。黄舜申的弟子分南北两个支派。南派传人为熊道辉（真息）、彭汝励、曾贵宽、赵宜真等。赵宜真已人明代。北派在武当山传播，开始传播的张道贵（洞渊）、叶云莱、刘道明均是全真教道士，他们兼传全真与清微的道法。
此后有张守清，其门下弟子众多。
天心派为北宋道士饶洞天所创。他曾经假托神授而著有《天心经正法》。北宋末年南宋初期，道士路时中传天心正法，在社会上颇有影响。
他编有《无上玄元三天玉堂大法》、《无上三天玉堂正宗高奔内景玉书》。
大约与路时中同时，还有道士廖守真传天心正法。元代，雷时中（1221～1295年）从天心派中衍生出一个新的支派，称为“混元六天如意道法”，尊晋代路大安为祖师，以《度人经》为主要经典。这个支派的经典是《混元六天妙一炁如意大法》。这派在元代曾经影响比较大，后来并入正一道而消失。
东华派的创建可朔源于北宋末年的道士王古和田灵虚（名思真）。但这两人似乎只是作了创建的准备工作，真正创派的是宁全真（1101～1181年）。东华派以元始天尊、灵宝天尊为最高神，以《度人经》为主要经典，以斋醮科仪为术。这派南宋时的传人金允中于理宗时曾编有《上清灵宝大法》44卷。入元之后，东华派的传人为林灵真，他曾任温州道录，撰有《济度之书》10卷，《符章奥旨》2卷，在斋醮祭炼方面颇有名气。东华派后来也并入正一道中而消失。
在道的方面，总的看来，这一时期的江南符策类道教宗派建树不多。
其中比较有影响的有雷思齐和杜道坚。正一派道士雷思齐（1231～1303年）著有《易图通变》五卷、《易筮通变》三卷，对易学有独到的见解。
他还著有《老子本义》、《庄子本义》，可惜已佚。他与吴澄、袁桷等名儒交往甚多，在社会上有一些影响。上清派茅山宗道士杜道坚撰有《道德玄经原旨》、《道德原旨发挥》、《关令阐玄》、《文子赞义》等，倡导儒道融合。
在术的方面，南宋末年正一派道士蒋叔舆编有《无上黄箓大斋立成仪》五十七卷。茅山宗的萧应叟著有《元始无量度人上品妙经内义》五卷，以内丹解释符箓，又融合了一部分理学思想。灵宝派阁皂宗道士郑所南（1241～1318年）撰有《太极祭炼内法》，阐述灵宝丹阳一派的祭炼（超度亡灵）的法仪。灵宝东华派的林灵真编写的《灵宝领教济度全书》达三百多卷，是《道藏》中卷帙最多的一部书。清微派黄舜申著有《清微斋法》、《清微元降大法》、《清微神烈秘法》。神霄派道士王惟一则撰有《道法心传》来阐述神霄雷法。上述符箓诸派都深受钟吕金丹派的思想影响，把内丹修炼作为外行符箓的基础或前提，把元神用事作为符篆祈禳是否灵验的关键。它们的符箓理论也是以内丹修炼理论为模板建立起来的。