资产阶级改良思想家康有为、梁启超、谭嗣同等看起来像是“新儒家”。康有为创立“新公羊学”宣传历史进化论，并以儒家的方式提出中国资产阶级的社会理想——大同。梁启超创立“新民说”，用资产阶级观点改造儒家的修养学说，也可以说是提出了一种中国资产阶级的人格理想——新民。谭嗣同创立“新仁学”，把儒家的核心概念“仁”扩展为宇宙本原，为中国的资产阶级建立一种儒家式的世界观一一仁学。他们有一个共同特点，就是不批判孔子，甚至是继续推崇孔子，但是对孔子之外的其他儒家学者尤其是程、朱等理学家展开了激烈的批判。谭嗣同认为，几千年的儒学是荀学，是“乡愿”，而历代封建统治者则是大盗，二者互相利用，是旧中国一切罪恶与黑暗的总根源。是不是可以拿改良派与西方的宗教改革家比较？中国的改良派之于儒家与西方的宗教改革家之于基督教确有某种类似之处，但西方的基督教改革家成功了，而中国的儒家改良派失败了。
与康有为等提倡今文经学相反，资产阶级革命家章太炎是古文经学大师。比康、梁、谭更进一步，章太炎连孔子一起批了，他把孔学批评为比荀学更坏的“国愿”。他指出：“所谓中庸，实无异于乡愿。彼以乡愿为贼而讥之。夫一乡皆称愿心，此犹身没里巷，不求世宦者也。若夫逢衣浅带，矫言伪行，以迷惑天下之主，则一国皆称愿人。所谓中庸者，是国愿也，有甚于乡愿者也。孔子讥乡愿而不讥国愿，其湛心利禄，又可知也。”
作为经师兼革命家的章太炎，实际上把整个儒家学说全盘否定了。
资产阶级领导的辛亥革命推翻了满清王朝，同时也宣告了儒家学说作为封建意识形态的终结。但是，伴随着袁世凯复辟帝制的逆流，社会上出现了一股尊孔复古的反动思潮。1913年6月20日，袁世凯发布“尊孔祀孔”令。8月15日，“孔教会”代表陈焕章、严复、夏曾佑、梁启超等上书参政两院，要求定孔教为国教。他们声称，中国一切典章制度、政治法律，皆以孔子之经义为根据，一切义理、学术、礼俗、习惯，皆以孔子之教化为依归，此孔子为“国教教主”之由来也。共和国以道德为精神，而中国之道德源本孔子……故中国当仍奉孔子之学为国教。
在这种情况下，新文化运动暴发了。以陈独秀、李大钊等马克思主义者为代表的新文化运动的健将们，高举民主、科学的大旗，坚决地提出了“打倒孔家店”的口号。为发展新文化而奔走呼号。陈独秀指出：孔子提倡之道德、垂示之礼教、主张之政治，都是维护封建制度的，其范围不越于少数君王贵族之特权与名誉，却无助于多数国民之幸福。他说：“要拥护那德先生，便不得不反对孔教、礼法贞节、旧伦理、旧政治；要拥护那赛先生，便不得不反对旧艺术、旧宗教；要拥护德先生又拥护赛先生，便不得不反对国粹和旧文学。”在他看来，新道德、新文化及整个新的上层建筑与旧道德、旧文化及旧的上层建筑是不可调和的。李大钊说：“孔子者，数千年之前残骸枯骨也：孔子者，历代帝王专制之护符也。”历代君主，莫不尊之祀之，奉为先师，崇拜为至上，而孔子云者，遂非复个人之名，而为君主政治之偶像矣。故余之掊击孔子，非掊击孔子之本身，乃掊击孔子为历代君主所雕塑之偶像的权威也；非掊击孔子也，乃掊击专制政治之灵魂也。和马克思之批判宗教一样，在李大钊看来，反对孔子的斗争乃是间接地反对以儒教为精神慰籍的那个世界的斗争。
随着新文化运动的深人，思想界又上演了一场著名的“科玄论战”。
所谓“科玄论战”，实际上是新文化与旧文化在思想道德建设问题上的一次正面交锋。科学与玄学的论战，又称为科学与人生观的论战。1923年，以丁文江为代表的科学派和以张君劢为代表的玄学派，就科学能否解决人生观问题展开争论。民主与科学是新文化运动的旗帜，而玄学派却认为科学不能解决人生观问题，只有儒家思想（其实他们对儒家的理解很偏狭）
才是解决中国人人生观问题的基本出路。由于历史潮流之大势所趋，丁文江对“玄学鬼”的批判似乎取得了胜利。实际上，在马克思主义者看来，无论是胡适的实用主义还是丁文江的科学哲学，都是有其局限性的，而玄学派的观点也未必毫无道理。文化史的进程有它自己内在的逻辑，正象德国（西方）的宗教批判并没有使它脱离基督教传统一样，中国的改良派和革命家也没有使中国脱离儒教或儒学的传统。
“五四”以后，中国的思想界至少出现三种主要的文化思潮：以李大钊、毛泽东等为代表的马克思主义思潮，以胡适、丁文江、金岳霖等为代表的实证主义思潮和以梁漱溟、熊十力、冯友兰等为代表的现代新儒家思潮。这是中国传统文化在当时历史条件下必然作出的几种反应，而马克思主义无疑是新文化运动的高潮。
纵观中华民族的传统文化，大致经历了先秦、两汉、魏晋、南北朝隋唐、宋元明清等几个阶段。先秦时代的“百家争鸣”以儒家为主线：它始于孔子，经过墨子、老子、孟子、庄子等，由荀子总其成。师出荀子门下的法家代表李斯和韩非帮助秦始皇建立了中国历史上第一个封建王朝，并且演出了“焚书坑儒”的惨剧，但法家学说却随着秦王朝的覆灭而受到批判。经过汉初黄老道家的短暂过渡，董仲舒应汉武帝之召献“天人三策”，儒家经学正式成为中国封建社会的意识形态。为了振兴因为“党锢之祸”
而走向衰落的两汉经学，魏晋的儒生们开始又一次援道入儒。玄学化的魏晋经学不仅没有使儒学复兴，反而为佛教和道教的发展开辟了道路，导致南北朝隋唐时期“三教鼎立”的文化局面。从晚唐到宋明，儒生们经过深入汲取佛、道两家的思想营养，终于创立了高度理论化的儒家学说，这就是所谓的“宋明理学”。“五四”新文化运动打倒的“孔家店”，实际上是“理学店”。
但理学是一个很笼统的概念。一般哲学史上所谓的宋明理学，实际上包含了三个非常不同的儒学派别：理学、心学和气学。狭义的理学是指程朱理学，代表人物有周敦颐、邵雍、张载、二程、朱熹等，在南宋朱熹那里达到高潮。朱熹死后，理学被统治者奉为官方哲学，从南宋末年到元、明、清一直充当封建王朝的意识形态。但这种理学从南宋起就受到心学与气学的挑战和批评，朱、陆之间著名的“鹅湖之会”是一场“心与理”的争论，而陈亮、叶适与朱熹之间“气与理”的争论似乎更激烈。
陆氏心学发展到明代由王阳明集其成，再经过泰州学派而发展为广泛的平民运动：王阳明以绝世之资鼓动海内，门徒遍天下，流传逾百年，使崇信程朱者复无几人。泰州之后，其人多能以赤手搏龙蛇，传至颜农山、何心隐一派，遂复非名教所能羁络，“诸公掀翻天地，前不见古人，后不见来者”。
气学思潮是从理学的内部分化出来的，代表人物有王廷相、顾炎武、黄宗羲、方以智、王夫之、颜元、戴震等，它由王夫之发展为朴素的辩证唯物主义，由颜李学派发展为朴素的实践唯物主义，由戴震发展为实事求是的朴素实证主义。心学是对理学的解构，重在解放思想；气学则是对理学与心学的批判和再造，重在实事求是。心学虽然受到统治者的抵制和压抑，却能通过学术思想对理学有所影响。气学则不同，它始终受到封建统治者的压制和打击，一度销声匿迹，仅以民间方式流传，或部分转化为“只研究问题而不谈主义”（戴震除外）的考据之学。直到近代，气学思想才同心学一起复活，对资产阶级改良思潮产生重大影响，并最终与西学结合发展出近代进化论唯物主义，成为马克思主义在中国传播发展的重要历史文化基础。所以，马克思主义成为新文化运动的主潮，乃是以儒家为主导的中国传统文化在现代化过程中必然的历史选择。
以胡适、丁文江、张东荪、金岳霖等为代表的实证主义思潮，则是在继承清代考据学（又称汉学）传统的基础上接受西方实证主义思潮影响的产物。实证主义思潮是科学技术的高度发展在哲学理论上的反映，包含较多的唯物主义成分。考据学则是儒家唯物主义的气学在满清文化专制主义高压下潜入传统典籍故纸堆的产物，是儒家唯物主义“研究问题”的结果，在当时被概括为“实事求是之学”。在西方，实证主义与马克思主义在起源上是比较接近的；在中国，考据学与气学唯物主义又是一致的。所以，实证主义在新文化运动中基本上是马克思主义的战友。中国实证主义的最后代表是金岳霖，其《逻辑》一书是中国人写的第一本高水平的逻辑学教科书，《道论》和《知识论》则建立了一种客观主义的知识理论。由气学分化为考据，再经过实证主义而回到马克思主义，这是中国文化史上的有趣现象。
现代新儒家思潮是在新文化运动“打倒孔家店”的情况下，通过吸收佛学和西学，重新改造宋明理学中的唯心主义传统的产物，一般被称为“文化保守主义”。其中，梁漱溟的“新孔学”和熊十力的“新唯识论”
受佛学和心学的影响较多，冯友兰的“新理学”受理学和西学的影响较多，贺麟的“新心学”受心学和西学的影响较多。这里所谓西学，主要指西方的现代资产阶级唯心主义学说。解放后，梁漱溟基本上放弃了其新孔学思想，冯友兰和贺麟则接受了马克思主义；熊十力对他的新唯识论进行改造，去除其中的佛教唯心主义成分，接受马克思主义的影响，力图用改造过的“新儒学”为社会主义服务；而马克思主义者则主要通过研读“新儒家”的著作来丰富自己的理论。马克思主义（具体说是毛泽东思想）在解放后对“现代新儒家”的批判与吸收，说明它无愧为中国儒家优秀文化传统的最伟大、最成功的继承者。正像江泽民同志在党的十五大报告中所指出的：“中国文化有着辉煌的历史。在社会主义现代化建设的伟大实践中，我们一定会创造出更加绚丽多彩的有中国特色社会主义的文化，对人类文明做出应有的贡献。”