董仲舒复对策道：“今陛下并有天下，海内莫不率服，广览兼听，至德昭然，施于方外，然而功不加于百姓者，殆王心未加焉。曾子说，高明光大，在乎加之意而已。愿陛下因用所闻，设诚于内而致行之，则三王何异哉！陛下亲耕藉田，以农为先，夙寤晨兴，忧劳万民，思惟往古，而务以求贤，此亦尧舜之用心也，然而未获其效者，士素不厉也。夫不素养士而欲求贤，譬犹不琢玉而求文彩也。养士莫大于太学。太学者，贤士之所关也，教化之本原也。臣愿陛下兴太学，置明师，以养天下之士，数考问以尽其材，则英俊可得也。今吏既无教训于天下，且不承用主上之法，暴虐百姓，与奸为市，贫穷孤弱，冤苦失职，甚不称陛下之意。臣愚以为，使诸列侯、郡守、二千石各择其吏民之贤者，岁贡二人以给宿卫，且以观大臣之能，所贡贤者有赏，所贡不肖者有罚。夫如是，诸侯、吏二千石皆尽心于求贤，天下之士可得而官使也。遍得天下之贤人，则三王之盛易为，而尧舜之名可及也。”
武帝阅此对策后，更欲明其详细，第三次策问道：“朕垂问天人之应，上嘉唐虞，下悼桀纣，凡盛衰与文彩未极，岂惑乎当世之务哉？条贯靡竞，统纪未终，意朕之不明与？今子大夫既已著大道之极，陈治乱之端矣，请详呈其究，朕将亲览焉，子大夫其茂明之。”
于是，董仲舒对策道：“臣闻，天者万物之祖也，故遍覆包含而无所殊；圣人法天而立道，亦博爱而无私，布德施仁以厚之，设礼立义以导之。孔子作《春秋》，上揆天道，下质人情，考于古，参于今，故《春秋》之所讥，灾害之所加也；《春秋》之所恶，怪异之所施也。书邦家之守，兼灾异之变，以见人之所为；其美恶之极，乃与天地流通而往来相应，此亦言天之一端也。天令之谓命，命非圣人不行；质朴之谓性，性非教化不成；人欲之谓情，情非制度不节。是故王者上承天意，以顺命也；下明教化，以成性也；正法度之宜，别上下之序，以防欲也。修此三者，而大本举矣。三王之道，所祖不同，非其相反，将以救溢扶衰，所遭之变然也。
舜治天下，改正朔，易服色，以顺天命而己，其余则尽循尧道，何更为哉！故王者有改制之名，无变道之实。然夏尚忠，殷尚敬，周尚文者，所继之救，当用此也。道之大原出于天，天不变，道亦不变，是以禹继舜，舜继尧，三圣相受而守一道，无救弊之政也。继治世者其道同，．继乱世者其道变。今汉继大乱之后，若宜少损周之文致，用夏之忠者。夫天亦有所分予，予其齿者去其角，附其翼者两其足，是所受大者不得取小也。古之所予禄者，不食于力，是亦受大者不得取小，与天同意者也。夫已受大，又取小，天不能足，而况人乎？此民之所以敖敖苦不足也。身宠而居高位，家温而食厚禄，却乘富贵之力而与民争利，民安能如之哉！故受禄之家，食禄而已，不可与民争利，然后利可均布而民可家足。此上天之理，亦太古之道，天子之所宜法以为制，大夫之所当循以为行也。《春秋》大一统者，天地之常经，古今之通义也。今师异道，人异论，百家殊方，指意不同，是以上无以持一统：法制数变，下不知所守。臣愚以为，诸不在六艺之科，孔子之术者，皆绝其道，勿使并进。邪辟之说灭息，然后统纪可一而法度可明，民知所从矣。”
通过以上三策，董仲舒初步建立起天人感应的经学体系，使儒家学说定于一尊，成为汉代封建社会的统治思想。班固说：“董仲舒《公羊春秋》，始推阴阳，为儒者宗。”王充说：“仲舒之言道德政治，可嘉美也。”
欧阳修说：“汉世之儒，惟仲舒仁义三策炳炳万世。”近代皮锡瑞说：“孟子之后，董子之学最醇（朱子称仲舒为醇儒）。然则《春秋》之学，孟子之后，亦当以董仲舒之学为最醇。”从汉代以至唐宋元明清诸朝代，董仲舒一直受到帝王们的推崇。
天人感应，是秦汉时期普遍流行的一种哲学理论，着重揭示人与自然之间的信息同步以及相互交感、相互作用的客观规律。
用董仲舒的话说：“为人者天也，人之为人本于天，天亦人之曾祖父也，此人之所以乃上类天也。”产生者与被产生者之间的同质同构，使天人之间常常表现出信息的同步。大自然和人类社会的某些现象常常相伴发生，迫使古人探讨其间的互动关系。
《黄帝内经》从自然科学的角度指出，运行于自然界的阴阳五行之气和人身上的阴阳五行之气是同一个东西，天地间五运六气的变化必然会有规律地在人身上引起某些病变。汉代的新儒家们则从社会科学角度指出，人类的社会行为也会引起自然界的变化：“人气内逆，则感动天地，天变见于星气日蚀，地变见于奇物震动。”“治道失于下，则天文度于上；恶政流于民，则虫灾生于地。”这种探讨是有意义的。关于人类行为之失道招致频繁的自然灾害的事实，现代人并不陌生。对于身处严峻的生存困境的现代人来说，秦汉时代的天人感应思想具有一定的借鉴意义。而最系统的天人感应学说，则是由董仲舒阐发的。
首先，董仲舒论证了人与自然的同质同构性，提出人副天数说。他认为，“天地之精所以生物者，莫贵于人。”人受命于天，独能仁义，独能与天地相偶：“人有三百六十节，偶天之数也；形体骨肉，偶地之厚也；上有耳目聪明，日月之象也；体有空窍理脉，川谷之象也。”这种肉体结构的同构和相似只是表面的事实，还有更深层的原因，那就是阴阳五行之气数的原质密码的一致性：“天地之符，阴阳之数，常设于身，身犹天也，数与之相参，故命与之相连也。天以终岁之数成人之身。故小节三百六十六，副日数也；大节十二分，副月数也；内有五藏，副五行数也；外有四肢，副四时数也。”同时，“天之大数毕于十”，“十者，天数之所止也”，农作物的生长收获约十个月，人也有十月怀胎；天有四季，人有四肢；天每季三月，人每肢亦三节；“十二节相持而形体立”，刚好合于十二月，所以，“求天数之微，莫若于人。”总之，“人之形体，化天数而成；人之血气，化天志而仁；人之德行，化天理而义；人之好恶，化天之暖清；人之喜怒，化天之寒暑；人之受命，化天之四时；人生有喜怒哀乐之答，春夏秋冬之类也。”人与自然是全局同构、全息相似的。
其次，董仲舒以大量的事实为基础，论证了同类相动的自然规律。他说：“今平地注水，去燥就湿；均薪施火，去湿就燥。百物去其所与异，而从其所与同。故气同则会，声比则应，其验然也。试调琴瑟而错之，鼓其官则他官应之，鼓其商则他商应之，五音比而自鸣。非有神，其数然也。美事召美类，恶事召恶类，类之相应而起也。如马鸣则马应之，牛鸣则牛应之。帝王之将兴也，其美祥亦先见；其将亡也，妖孽亦先见。物固以类相召也。”又说：“天将阴雨，人之病故为之先动，是阴相应而起也。
天将欲雨，又使人欲睡卧者，阴气也。有忧亦使人卧者，是阴相求也；有喜者，使人不欲卧者，是阳相索也。”总之，万物之相类似者皆相感而互动，人与天亦是同类，人身之气数与天地之气数相副，所以天人之间也是交相感而互相动的，于人事之变可推见天道之变，于天道之变化亦可推论人事之变迁。
最后，把天人感应说运用于社会政治，就是灾异谴告说。他认为，“凡灾异之本，尽生于国家之失。国家之失，乃始萌芽，而天出灾害以谴告之。谴告之而不知变，乃见怪异以惊骇之。惊骇之尚不知畏恐，其殃咎乃至。以此见天意之仁而不欲陷人也。”他要求统治者随时注意自然的变化及其对社会政治的影响，及时作出适当的反应，以便防患于未然，永保安泰。天意是仁爱的，所以统治者也应该效天之仁，实行王道，施仁政于民：“上承天之所为，而下以正其所为，正王道之端云尔。”“与天同者大治，与天异者大乱。故为人主之道，莫明于在身之与天同者而用之，使喜怒必当义乃出，如寒暑之必当其时乃发也。”如果统治者上循天意，下顺民心，庆赏罚刑各有正处，象四季的运行一样井然有序，就会政通人和，祥瑞纷呈。相反，如果统治者逆天意之仁，横征暴敛，破坏了正常的社会秩序和自然环境，必然招致社会动乱和自然灾害的发生，最终导致封建王朝的覆灭。董仲舒的灾异谴告说看似简单幼稚，实际上却包含着对统治者的严峻警策，体现了汉代儒家的深厚政治智慧。
董仲舒继承发扬孔子关于天道生生、仁德流行的思想，把天看成是万物的本原，并从天意之仁引出人间的治道。他说：“天者，群物之祖也，故遍覆包函而无所殊，建日月风雨以和之，经阴阳寒暑以成之。故圣人法天而立道，亦博爱而无私，布德施仁以厚之，设义立礼以导之。”天意是仁爱的，圣人法天以治万民，行王道以施仁义，制礼作乐以明教化，则天下太平，万物和畅，德润四海而人民安乐，这是万古不变的常道。
具体说：“天令之谓命，命非圣人不行；质朴之谓性，性非教化不成；人欲之谓情，情非度制不节。”王者承天意以顺命，明教化以成性，正法度以防欲，就是可求于天的“王道三纲。”首先，“天道之大者在阴阳，阳为德，阴为刑，刑主杀而德主生。是故阳常居大夏，而以生育长养为事；阴常居大冬，而积于空虚不用之处。以此见天之任德不任刑也。”王者上承天意以从事，也要任德教而不任刑。其次，“天生民性，有善质，而未能善，于是为之立王以善之，此天意也。民受未能善之性于天，而退受成性之教于王，王承天意以成民之性为任者也。”再次，“天之道，春暖以生，夏暑以养，秋清以杀，冬寒以藏。暖暑清寒，异气而同功，皆天之所以成岁也。圣人副天之所行以为政，故以‘庆’副暖以当春，以‘赏’副暑以当夏，以‘罚’副清以当秋，以‘刑’副寒以当冬。庆赏罚刑，异事而同功，皆王者之所以成德也。”
把王道的三纲具体化，是王道的五常。“《诗》云：‘宜民宜人，受禄于天。’为政而宜于民者，固当受禄于天。夫仁义礼智信五常之道，王者所当修饬也。五者修饬，故受天之佑，而享鬼神之灵，德施于方外，延及群生也。”具体地说：
（一）“仁者，僭恒爱人。谨翕不争，好恶敦俭，无伤恶之心，无隐忌之志，无嫉妒之气，无感愁之欲，无险陂之事，无辟违之行。故其心舒，其志平，其气和，其欲节，其事易，其道行，故能平易和理而无争也。如此者，谓之仁。”
（二）“宜在我者，而后可以称义。”“大小不跄等，贵贱如其伦，义之正也。”
（三）“礼者，继天地，体阴阳，而情主客，序尊卑贵贱大小之位，而差外内、远近、新故之级者也。”“夫礼，体慎而防乱者也。”
（四）“何谓之智？先言而后当。凡人欲舍行为，皆以其知先规而后行之。其规是者，其所为得其所，事当，其行遂，其名荣，其身固利。”“智者见祸福远，其知利害早。物动而知其化，事兴而知其归，见始而知其终。”“其言寡而足，约而喻，简而达，省而具，少而不可益，多而不可损。其动中伦，其言当务，如是者，谓之智。”
（五）“著其情，所以为信也。”“竭愚写情，不饰其过，所以为信也。”
总之：“天之亲阳而疏阴，任德而不任刑也。是故仁义制度之数尽取之天。”
三纲五常是圣人效法天意而设立的治国之道，是万古不变的王道纲领。三纲五常是判断天下有道与无道的基本标准，行三纲五常者是儒家的王道，废三纲五常者则是法家的霸道。“道之大原出于天，天不变，道亦不变，是以禹继舜，舜继尧，三圣相受而守一道。”凡是符合儒家政治理想的王道，其王者之所作，只是“改正朔、易服色，以顺天命而已。其余则尽循尧道，何更为哉！故王者有改制之名，无变道之实。”董仲舒的这些理论，实际上是把儒家的王道政治和德政思想神圣化和独尊化了。
根据天人感应的新儒学思想，董仲舒认为国家之有道与失道，可以与诸多自然现象联系起来加以考察。如果国家有道，政治清明，人民安乐，就会出现象“凤凰来集，麒麟来游”之类的祥瑞；相反，如果国家无道，政治昏暗，民不聊生，便会出现水火旱灾等各种怪异现象。所以，可以通过观察诸种看似天然的现象来推论国家政治的好坏，以便及时作出积极的反应。
他指出：“阴阳错谬，氛气充塞，群生寡遂，黎民未济，皆长吏不明使至于此也。”他在《天人三策》的第一策中说：“臣闻，天之所大奉使之王者，必有非人力所能致而自致者，此受命之符也。天下之人同心归之，若归父母，故天瑞应诚而至。《书》日‘白鱼入于王舟，有火复于王屈，流为鸟’，此盖受命之符也。周公日‘复哉复哉’，孔子日‘德不孤，必有邻’，皆积善累德之效也。及至后世，淫佚衰微，不能统理群生，诸侯背叛，残贼良民以争壤土，废德教而任刑罚。刑罚不中，则邪气生；邪气积于下，怨恶蓄于上；上下不和，则阴阳缪戾而妖孽生矣。此灾异所缘而起也。”