这一次光绪接见康有为长达两个小时。光绪帝根据康有为等人的建议，在百日维新期间颁布了几十道新政诏令。其中经济方面主要有：设立农工商总局，开垦荒地；提倡私人办实业，奖励发明创造；设立铁路、矿务总局；鼓励商办铁路、矿业；裁撤驿站，设立邮政局；改革财政，创办国家银行，编制国家预决算。军事方面主要有：严查保甲，实行团练；裁减绿营，淘汰冗兵，采用新法编练陆海军。文教方面主要有：改革科举制度，废除八股，改试策论；改书院和淫祠为学堂；鼓励地方和私人办学，创设京师大学堂，各级学堂一律兼习中学和西学；准许民间创立报馆、学会；设立译书局，翻译外国新书；派人出国留学、游历。政治方面主要有：广开言路，准许各级官员及民众上书言事，严禁官吏阻格；删改则例，撤消重叠闲散机构，裁汰冗员；取消旗人的寄生特权，准其自谋生计。
数天之后，光绪皇帝的旨意却让康有为很是失望。光绪在军机处上报考虑给康有为六品的官职上批复，康有为被任命为在总理事务衙门章京上行走。这是一个六品官，而康有为三年前就是一个六品官了。感到气馁的还有梁启超。康有为没有升官，预示着梁启超更没希望了。半个月之后，光绪帝也召见了梁启超。召见后的结果，同样也是给了梁启超一个六品官，办理译书局事务；梁启超一气之下离开了京城。
就这样，在维新变法中，出现了一种匪夷所思的现象：在变法的100天中，作为变法的推动者光绪皇帝，和变法骨干康有为、梁启超等，竟然只见过一次面。而谭嗣同等，都没有见过光绪。于是，100天的变法中，就形成这样一种局面，所有的主意都由光绪皇帝做主，而光绪皇帝明显表现出经验不足。他尚显稚嫩的政治谋略和手腕，不仅推进不了变法和维新，同时，也激化了矛盾，引起了朝廷大臣的普遍不满。
变法期间，有人曾对李鸿章建言道：“现在太后与皇上意见不合，您是国家重臣，应该出来调和调和才是。”李鸿章叹了一口气说：“你们小孩子懂得什么？”李鸿章实在是不想趟这一滩浑水，他只想远远地站在一边看看。对维新运动，李鸿章的态度颇为复杂。实际上在李鸿章与康有为之间，有关维新的想法和主张是有很多相同点的，无论是光绪倡导的“中体西用”，还是康有为的“尊君权”，都与李鸿章的主张一致或相近。虽然从思想观点上他非常同情、支持维新运动，但是李鸿章对于变法并不看好。在李鸿章看来，康有为、梁启超同样是这样的土壤中长成的。这样的书生，只是空谈和满腔热血，没有政治谋略和经验，也缺乏起码的政治手腕和妥协精神。而依靠着他们进行改革，肯定是绝难成功的。李鸿章深知，在帝制传统的国度中，帝王本身的素质对于国家的前途太重要。甚至可以说，国家命脉，系于一人之身；可光绪帝却是个迂腐而懦弱、意志薄弱、神经过敏的人，他的人品、才干、意志力等，都谈不上能担当大任，更谈不上扭转乾坤。而且作为多年身居高位、深谙宦情的重臣，李鸿章知道维新运动又不能不深涉以光绪为首的“帝党”和以慈禧为首的“后党”之间的权力之争，而卷入其中的危险自不待言，因此小心翼翼，力避卷入朝廷政争之中；而且，他与支持维新运动的重臣翁同龢之间又积怨多年，甲午战后他声名狼藉且被朝廷冷落一旁，地位本就岌岌可危。这一切，都使他在这一严重的政治危机、冲突中，只能是在不危及自身“政治安全”的情况下支持维新派，但更加小心谨慎地自保其位。他曾对一外国人说过，现在权力在守旧派手中，所以“稍明新学”的官员要格外小心，不敢倡言新法，很难做成什么事。
从变法的第一天起，李鸿章就对光绪以及康梁的能力和方式持怀疑态度。维新变法的那段时间里，老谋深算的李鸿章一直躲在贤良寺中，远离着变法的风暴。
1898年9月，光绪的一个雷霆动作引发了轩然大波。9月初，礼部一个与康有为关系密切的六品主事王照看到皇帝与太后关系微妙，大胆上了一个奏折，建议光绪母子二人出访外国，并以日本为出访的第一站。礼部尚书怀塔布认为奏折太出格，便将奏折扣下。光绪知道这件事后，大发雷霆，认为礼部尚书无端阻挠言路，将礼部尚书怀塔布、许应与另外四个侍郎一同革职，让王照连升三级，官至三品，以示激励。紧接着，光绪又下了一道更令人惊骇的圣旨：任命四位新军机章京，他们是：内阁候补侍读杨锐、刑部候补主事刘光第、内阁候补中书林旭和江苏候补知府谭嗣同。明确规定：所有奏章，由4人圈阅；所有上谕，均由4人拟定。原来的王公大臣和军机处之军机大臣，被搁置一边。这样处理问题的方式虽然表示了光绪帝的变法决心，但明显暴露出光绪在处理事务上的草率和鲁莽。毕竟，名不正而言不顺，以区区四品，怎么指挥那些一品二品大臣呢？朝廷老臣顿时不满，他们纷纷跑到颐和园向太后哭诉。
在此之后的局面更不可收拾了，清廷中的守旧派不能容忍维新运动的发展。有人上书慈禧太后，要求杀了康有为、梁启超；奕劻、李莲英跪请太后“垂帘听政”；御史杨崇伊多次到天津与荣禄密谋；甚至宫廷内外传言将废除光绪，另立皇帝。9月中，光绪皇帝几次密诏维新派商议对策，但维新派既无实权，又束手无策，只得向光绪皇帝建议重用袁世凯，以对付荣禄。16、17日，光绪皇帝两次召见袁世凯，授予侍郎；18日夜，谭嗣同密访袁世凯，劝袁世凯杀荣禄，举兵救驾。事后，被袁世凯出卖。
1898年9月21日凌晨，慈禧太后突然从颐和园赶回紫禁城，直入光绪皇帝寝宫，将光绪皇帝囚禁于中南海瀛台；然后发布训政诏书，再次临朝“训政”。慈禧重新训政，下令捉拿“结党营私、莠言乱政”的康有为、康广仁兄弟。24日，朝廷宣布将张荫桓、徐致靖、杨深秀、杨锐、林旭、谭嗣同、刘光第革职治罪。26日，上谕派御前大臣会同军机大臣、刑部、都察院审讯此案。9月28日，在北京菜市口将谭嗣同等六人杀害；徐致靖处以永远监禁；张荫桓被遣戍新疆。所有新政措施，除7月开办的京师大学堂外，全部都被废止。从6月11日至9月21日，进行了103天的变法维新，以戊戌政变宣告失败。
康有为等人提出的很多举措，如废八股、建新式学堂等，都是李鸿章以前在奏折中提过却没能办成的，所以他对康有为颇有惺惺相惜之意。戊戌政变发生后，慈禧重新训政，光绪被囚，康梁逃往海外，“六君子”被杀，支持维新的官员受到不同程度的惩罚，新法尽废。在这严峻时刻，李鸿章却能暗中保护一些维新人士，如张元济因参加维新被革职，他不仅派人前去慰问，而且要盛宣怀在上海安排张的工作。由于他的许多思想与维新派相近，很多人揭发李鸿章实际上是“康党”。慈禧也想趁机敲打敲打他，慈禧太后就拿着别人揭发他的弹章给他看，并问他说：有人说你是康党。李鸿章回答说：“臣实是康党，废立之事，臣不与闻，六部诚可废，若旧法能富强，中国之强久矣，何待今日？主张变法者即指为康党，臣无可逃，实是康党。”慈禧听后只能“默然”。李鸿章之所以敢如此回答慈禧，是因为他明白戊戌变法一方面是政纲的斗争，另一方面是光绪的“帝党”和慈禧的“后党”之间的夺权斗争。而且他了解慈禧最关心的其实并非“法”变不变，而是她的权力是否受到挑战；注重的首先不是臣下对“变法”的观点，而是其是否参与光绪、“帝党”、维新派的实际政治活动。所以他强调“废立之事，臣不与闻”，表明不参与宫廷政争，不参加“帝党”，不参与朝廷的“家务事”，慈禧也因此放了他一马。
同情维新，但首先自保，这是李鸿章对待维新变法的立场。因为早已看出维新运动的核心是以光绪为首的“帝党”和以慈禧为首的“后党”之间的权力之争，而卷入其中的危险自不待言，所以才能及早想出对策，力避卷入朝廷政争之中。在这种尖锐的政治斗争和宫廷政争中，只有能够自保才有生存可言，这也是李鸿章为官多年练就的政治手腕和生存技巧。
所为上策，乃是看出敌人的意图后，便将其封锁；次为切断他与同盟集团的交通，使之陷于孤立；三为直接交战，火拼之。看来，主动出击是不得已而为之的下下策。最好的办法是“不战而屈人之兵”，既不损伤自己，又能达到预期的目的。
任何事物的成长都有一个过程，要了解事物的成长发展方向，只要看它产生时就可以了。因为刚产生的事物虽然弱小，却已经蕴含了它如何发展，将发展到什么程度的诸多因素。知道了一个事物的发展趋势，就可以采取适当的应对措施，从而使自己立于不败之地。
中国武术中的太极拳，其技术理论的核心是：“彼不动则己不动，彼微动己稍先动，以静制动。”战争和武术，都要了解敌人动态，掌握信息；在其他情况下，相当于做好调查研究工作。胸有千壑的人，能从事务细微的变化中准确地推知事物未来的发展趋势，能够从事物的局部表现而推知其全体状况。也就是说，他们具有见微知著的本领，有窥一斑而知全豹、见一叶而知天下秋的智慧，因而能够未雨绸缪，防微杜渐，防患于未然。由此可见，决定胜负的关键在于能否预知事件的发展过程。