剿饷在嗣昌原议一年即止，饷尽而乱未平，诏征其半。至行练饷时，反并剿饷皆全征。帝虑失信，大学士薛国观、程国祥以为可行，嗣昌复言：“加赋出于土田，土田尽归有力家，百亩增银三四钱，稍抑兼并耳，贫者何害？”帝意遂决。由是剿饷之外，复增练饷七百三十万。计辽饷在神宗末为五百二十万，崇祯初又增百四十万，后再增剿饷、练饷，计千万，先后增赋一千六百七十万，民不聊生，益起为乱。迨帝知悔前失，用大学士蒋德璟言，诏罢练饷，自成兵已逼城下，有诏而不复能行矣。夫古礼家之说，年不顺成，天地祖宗可以杀礼，社稷神祇可以变置。古者神权最重，而救国只有夺典礼，而不闻可以剥民生。卧薪尝胆，乃有国者自处于极苦，与军民同其生活，自能尽全国之人力物力以度此难关。若曰暂累吾民，君与相以及有禄之士大夫则不受其累，是薪胆之苦只有人民卧且尝也。崇祯间最用事最专且久之杨嗣昌，独为帝所特简，谓非亡国之君而何？
剿饷之用途犹有可指，若练饷之用途实为可笑。各镇就旧兵而抽练之，当时论者即谓九边自有额饷，概予新饷则旧饷安归？边兵多虚额，今指为实数，饷益虚糜而练数仍不足，且抽练而其余遂不问，则旧饷之兵公然不练，而练者又仍虚文，加练饷而边防愈弱矣。至州县民兵益无实，徒糜厚饷。凡此皆以嗣昌主之，且事巨莫敢难也。此皆嗣昌居中用事之亡国成绩也，其督师以后则又有可言矣。
嗣昌入熊文灿军受代，以十月朔大誓三军，以左良玉有将才，请拜为平贼将军，报可。良玉既佩将军印，志寖骄，遣使以书谢，嗣昌不悦。会贺人龙败献忠于兴安，请进秩赐奖，欲渐贵之，以抗良玉。良玉知之甚愠。恩威不足以相服，而用术数交斗于将帅之间，武夫无肝胆可共，危急时孰能用命？当是时，官军虽新胜，而嗣昌申养锐之戒，诸将遂无斗志，虽遣将但遥相应，未令合击。代嗣昌为本兵者傅宗龙，克十二月平乱，又数趣分道进兵，嗣昌迁延至岁暮未一战。张琮、贺人龙之捷，本非嗣昌功，其所檄湖广巡抚方孔照遣杨世恩、罗安邦两将攻罗汝才、惠登相者，则全军覆于黄草坪。孔照本屡取胜，至是所部一败。嗣昌以孔照先条上熊文灿主抚之误，心衔之，又忮其言中，遂独劾孔照逮下狱。孔照子检讨以智，伏阙讼父冤，膝行沙中两年，帝心动，始议前功，减死遣戍，则遇败巧中他疆臣以自免之一事也。嗣昌驻襄阳，既节制各路军，乃以楚地广衍，乱难制，驱使献忠等入蜀，冀因地险蹙之可全胜。又虑蜀兵扼险，恐彼不得入，遂调蜀锐万余为己用，使蜀中罢弱不足支。蜀抚邵捷春愤曰：“督师杀我！”争之不能得。于是献忠遂西。其时总督陕西三边军务为郑崇俭，由本兵令兼督蜀军，嗣昌亦檄秦军入蜀，崇俭遂以十三年二月率副将贺人龙、李国奇会左良玉，败献忠于玛瑙山。崇俭身在行间，嗣昌远处襄阳，而帝以嗣昌一出即奏捷，大悦，赏功犒师，悉归功嗣昌。既而捷春以嗣昌弱其兵，秦师入蜀者，又以崇俭奉命还关中，亦噪而西归，蜀无防御之力，献忠等尽萃蜀中。楚将奉嗣昌令追献忠入蜀者，败于土地岭。献忠攻蜀各郡县，嗣昌果委罪蜀军，斩蜀将邵仲光，而劾捷春逮下狱论死，捷春仰药死狱中。捷春清谨有惠政，被逮日，士民哭送，竞逐散来逮官旗，蜀王亦疏救，不听。则嗣昌不任弃蜀之罪而巧陷他疆臣之又一事也。蜀既陷，嗣昌为自免计，已陷捷春，又奏崇俭撤兵太早，削其籍。迨嗣昌败死，帝尚恨崇俭不与嗣昌犄角共平乱，逮下狱，不俟秋后，以五月弃市。南都时，给事中李清始讼其有胜无败，而为他人巧卸、遂服上刑之冤。则嗣昌既陷蜀，而凡稍能军之疆臣皆为卸罪之故连陷以死之又一事也。
帝于嗣昌始终眷注，慰劳赐敕，犒师发帑，一再相望。嗣昌以献忠等尽入蜀，身率师尾之，檄诸将邀击，令俱不行。下令降者授官，惟献忠不赦，擒斩者赉万金爵侯。翊日，军府自堂皇至庖湢遍题：“斩嗣昌献者，赉白金三钱。”嗣昌骇愕。嗣昌小有才，躬亲簿书，军行必自裁进止，千里待报，常失机会。郧阳抚治王鳌永尝谏之，不纳，旋奏罢鳌永而代以袁继咸。鳌永上书于朝曰：“嗣昌用师一年，荡平未奏，非谋虑之不长，缘操心之太苦。天下事，总挈大纲则易，独周万目甚难，况贼情瞬息更变，举数千里征伐机宜尽出一人，文牒往返，动逾旬月，坐失事机，无怪乎经年不战也。其间玛瑙山一捷，督辅本号令良玉退守兴安，若必遵之，无此捷矣。陛下任嗣昌，不必令与诸将同功罪，但责其提衡诸将之功罪；嗣昌驭诸将，不必人人授以机宜，但核其机宜之当否；则嗣昌心有余闲，自能决奇制胜，何至久延岁月，老师糜饷哉？”鳌永所陈，颇中嗣昌之病。帝令中枢饬嗣昌，嗣昌性所偏，不能从也。献忠等既横行蜀中，由蜀南而复西。十四年正月，嗣昌统舟师下云阳，檄诸军陆行追击，诸军惟猛如虎蹑其后，与战黄陵城，大败，献忠入楚。嗣昌檄良玉兵，不应，献忠乃轻骑一日夜驰三百里，抵襄阳，诱启城门，执襄王。献忠坐王堂下，予之酒曰：“吾欲斩杨嗣昌头，嗣昌在远，今借王头，俾嗣昌以陷藩伏法，王努力尽此酒。”遂害王。襄阳故熊文灿所驻，嗣昌来代，以其地为重镇，设守甚备，竟被破之。嗣昌在夷陵，惊悸，上疏请死，下至沙市，又洛阳已陷，福王亦遇害，益忧惧，遂不食，以三月朔日死。廷臣交章论列，嗣昌已由郧抚袁继咸、河南巡按高名衡以自裁闻，而其子则以病卒报，莫能明矣。廷臣论嗣昌罪，帝终念之，赐祭，令有司护柩还籍，且论前功，进太子太傅。后献忠陷武陵，发其七世祖墓，焚嗣昌夫妇柩，其子孙获半尸改葬焉。
嗣昌在中枢，在内阁，所倚者熊文灿，所忌而陷之者卢象升、孙传庭。其才苟在平世，未尝不可供簿书文墨之用。要其苛察自用，无知人之明，尤根本误在柄国而不知恤民，与帝同一受病，谓其甘心祸国，有何等赃污渎职，则非也。帝固以此信之，嗣昌亦以此自信。其子山松，后作《孤儿吁天录》，到处为乃父辩诬，言其有劳无过。当清修《明史》之日，冀以此涂饰史馆诸人耳目，为作佳传。馆臣未受其误，然当时固有受误者矣，潘耒《遂初堂集》有《阅孤儿吁天录》诗云“是父有是子，忠孝声不坠。信史垂千秋，公论未宜废”等句。竟颠倒黑白至此！