土壤中的铁、锰、铜、锌、硼、钼等是植物正常生长发育必需的微量元素。它们是组成酶、维生素和生长激素的成分，直接参与有机体的代谢过程。土壤中的微量元素含量只有几个ppm或十几个ppm。植物对微量元素的需要量是很少的，微量元素过多反而会使植物中毒。
植物需要的微量元素，土壤中主要有下面几种：
1.土壤中的铁：土壤中有代换性铁和三价铁离子可供植物吸收利用。南方酸性土壤一般不缺铁。干旱或半干旱地区的碱性土壤则可能缺铁；土壤中的铜、锰的数量与铁失去平衡或施用磷肥过量时，也可使植物缺铁。植物出现缺铁时，用铁盐或铁盐与螯合剂的混合液（Fe-EDTA）给植物叶面进行喷施，常可获得良好效果。
2.土壤中的锰：土壤中锰的含量不适于作为判断锰的供给水平的指标。一般用活性锰或可移动态锰（用0.5N硫酸浸提的）作为对植物有效的锰（包括水溶态锰、交换态锰和易还态锰）。我国北方存在着缺锰的土壤，如蝼土、黑垆土、黄绵土、黄潮土以及砂姜黑土等。在这些土壤上生长的果树如苹果、板栗、桃、梨、葡萄以及柿子等，常有缺锰症状，植物叶片常出现斑点，叶片呈杂色或缺绿，叶脉绿色，叶片早衰。叶面喷施锰肥（0.2～0.3％硫酸锰液）比较有效。
3.土壤中的锌：土壤中的有效锌（包括水溶性和代换性）可作为土壤中锌的供应水平。但在土壤中的供应水平受土壤酸碱性的影响较大，在中性及碱性土壤中，锌可形成氢氧化物、磷酸盐或碳酸盐等沉淀物使锌的有效性降低。在酸性土壤中，锌以二价阳离子形态存在，有效态锌较多。我国北方石灰性土壤，如黄潮土、蝼土、黑垆土等，施用锌肥可增产。在南方酸性土壤上，可见到油桐、柑橘缺锌，北方的桃、梨、苹果等的果园普遍有缺锌现象。植物缺锌时，常出现小叶病、叶斑病。喷施锌肥（浓度0.25～1％硫酸锌）可提高果实产量。
4.土壤中的铜：土壤中的铜一般并不缺乏，但砂土常有缺铜现象。植物缺铜时将引起缺绿症，幼嫩叶片首先发黄。
5.土壤中的硼：一般土壤中有效硼含量很少。干旱地区土壤含硼量要比湿润地区土壤多，沿海地区土壤含硼又比内陆土壤多，而山区丘陵酸性土壤则往往缺硼。当土壤缺硼时，可引起作物“花而不实”、“蕾而不花”。
6.土壤中的钼：我国北方黄土高原、华北平原、淮北平原和苏南地区属于低钼地区。土壤有效钼含量低于0.15～0.20ppm时，植物表现出缺钼，植物缺钼又可引起缺氮，植株矮小，叶片黄绿色。