人粪尿是含氮较多的速效性有机肥料，对一般植物均有良好的肥效，特别是对叶菜类、桑、麻等需氮较多的植物肥效更好。人粪尿中含氯较多，如果施在烟草、马铃薯、甜菜等忌氯植物上，用量过多会影响产品品质。
人粪尿适于各种土壤，如果和含有机质较多的堆、厩肥配合施用，既能增加产量，又能提高土壤肥力。
人粪尿养分浓度高，肥效较快，一般作追肥施用，作水稻追肥时，可掺水2～3倍，排水后泼浇在田面上，施用后耘田使土肥混合，2～3天后再灌水，以免养分流失。作小麦、杂粮、棉花等旱作的追肥时，一般也应掺水稀释，施用方法有沟施、穴施或泼浇施用。如果人粪尿中掺入大量泥土做成土粪，一般作基肥较好，如果土壤湿润有灌溉条件，也可沟施或穴施，作旱地植物的追肥。
粪尿分存时，人尿特别适于北方小麦冬前追肥。一般是在停止生长后到第二年返青期之间进行，用量每公顷7500千克左右。小麦浇入尿时，一般用鲜尿掺水3～5倍后浇在麦垅上。人尿还可用来浸种（水稻、小麦、油茶、玉米等植物），用新鲜人尿浸种2～3小时，可促进种子发芽，出苗早、发根快，苗期长势健壮而增产。
在积制堆肥、沤肥或进行沼气发酵时，加入一部分人粪尿调节碳氮比，有利于微生物活动，对有机物分解有利。
人粪尿的适宜用量，一般大田植物每公顷7500～15000千克，对于需氮较多的叶菜或玉米等植物，每公顷施用15000～22500千克。人粪尿含氮多磷、钾少，施用时应根据土壤条件和植物需求，适当补充磷、钾化肥。